基因總覽
VAMP7（vesicle associated membrane protein 7）是由蛋白質編碼基因 VAMP7 產生的膜蛋白，屬於 synaptobrevin 家族。其蛋白質具有單次跨膜構造，主要部分位於細胞質側，並包含 Longin domain 與 v-SNARE coiled-coil homology 區域；膜內區段則構成跨膜錨定部分。這些特徵與其作為囊泡膜 SNARE 蛋白的身分相符。VAMP7 涉及多種細胞內膜運輸及囊泡融合情境，包括內體與溶酶體相關運輸、溶酶體胞吐，以及若干分泌和免疫細胞活動。其具體作用與參與的生物過程，依細胞情境而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000286448 ★ | 155,881,345–155,943,769 | 8 |
| ENST00000262640 | 155,881,227–155,943,769 | 7 |
| ENST00000460621 | 155,881,227–155,943,769 | 7 |
| ENST00000895988 | 155,881,227–155,943,769 | 8 |
| ENST00000895989 | 155,881,227–155,943,769 | 6 |
| ENST00000895990 | 155,881,227–155,943,769 | 7 |
| ENST00000936172 | 155,881,227–155,943,769 | 9 |
| ENST00000936173 | 155,881,227–155,943,769 | 9 |
| ENST00000942503 | 155,881,227–155,943,769 | 9 |
| ENST00000942504 | 155,881,227–155,943,769 | 8 |
| ENST00000942505 | 155,881,227–155,943,769 | 5 |
| ENST00000942506 | 155,881,227–155,943,769 | 9 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAMP7 參與運輸囊泡辨認目標膜及與目標膜融合，尤其與蛋白質由早期內體運往溶酶體的過程相關。此角色涉及膜運輸中囊泡與受體膜的接合或融合；資料描述其可能參與囊泡定位及／或融合，並未將作用限定為單一步驟。
在內體與溶酶體系統中，VAMP7 是晚期內體與溶酶體異型融合，以及溶酶體同型融合所必需。這些融合事件連結了不同膜性區室的內容物與膜，使溶酶體相關運輸得以進行。除此之外，VAMP7 也參與鈣離子調控的溶酶體胞吐，將溶酶體相關胞吐活動納入其功能範圍。
VAMP7 亦涉及分泌途徑與免疫細胞的囊泡釋放。它參與乳糜微粒由內質網輸出至順面高基氏體的過程；在嗜酸性球與嗜中性球脫顆粒時，介質的胞吐則需要 VAMP7。自然殺手細胞殺傷目標細胞也需要 VAMP7，顯示其作用與細胞分泌活動及效應功能相關。
在吞噬體形成期間，VAMP7 是晚期內吞囊泡局部胞吐所必需。這項作用指出，囊泡融合不只關乎區室間運輸，也參與吞噬體形成時特定位置的膜事件。上述功能涵蓋細胞內運輸、溶酶體胞吐、分泌及免疫相關活動；現有描述未提供各情境間的調控關係或更細部的分子機制。
Promoter 與基因調控
>VAMP7 ENST00000286448 GRCh38 chrX:155880345-155881445 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGGCGCACGCCTGTAGTCCCAACTGCTTGGGAGACTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGACGGA GCTGGCAGTGAGCCGAGATCGCGGCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGATTCCATCTCAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATAATGAAACTAAAGTCCTGCAGAGTTGAAATACGGTAATGGCTTAAAAG TATCTATTTGTTTTAGCAACACTGTTGAGAATTCTGTCTGTAAAGGAGAGGTGAGAGAAAGACCACTAGC TTATCTGTGTTTGGTCTGTGTTTGATGAGGGGGCTTGGGGTATGGGGTTAAGAAAGGTGACTTTGGAATG TTTTAGATGAGAGAAATTTTGACAGCCTTTAAGTCCTGATAGTAAAGAGCGAGTTAGCAGAGAGCCGTTG AGGAGTCATGCAACGGAAGGGTTCATCAGAGGAGCTTGACTCTGAGTCGGCAACAGGGAATAGAGATGGA AGAGGGCTGGCTTAGATCAAAGGAGAGTAGTCGTTTATTATTATTATTATTGCAAAAAGAATAGGAGAAA GGATTGGTGAGGGGTACAAGAAAATTAGAAAATTTCATGGCGAAAGTAGAGGCAGTTCCTGTCAGATGAA TTCTATTTTGTCTGTGAGGAAACGGGCGACGCTGCCTACTGAGACTAAGCAGGAGAGACGGGGCAAGCTT GGCTCTTCATTTATGCCGCCTACTCATTGCTGGTAGATTCTTTATCTAGCCTGCATCCTCTCATTTTCCT GGATCCCTATACGGCATTTGACGCTGTTTACCACAAGAGCTGTCGAACGAACGTGAAACACTCAGTGATA CTCCAACCGGAACTACTACTCCCAGAATGCAGTACGGCTCCTGGGAAGTGCGGGGGGCTGGGAACGCAGC AGGCCTAGCCGTGTCGCCTGCTGCCATTGGAGGAGCGCTCCCACTCCCAAGAGGCCACGCGTAGACGGGG CGCTTCATGCGGAAGTCAGCGGCGTCCGGTCCCAGCCTCCTCTGGGAGCGGGCAGTTGGCGACCCTGCAC TGACCCGCGTCCCTCCGTCCCGAGCCCGCGCGCCCTCAGAGGGTGCCCGGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAMP7_1 ↗ | X:155,881,345 | 正股 | 155,881,296–155,881,355 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_B35X98 · promoter · 155880855–155881388 · regulatory
ENSRX_B35X9B · enhancer · 155881389–155882033 · regulatory
· motif · 155876869–155876880 · motif
· motif · 155876922–155876935 · motif
· motif · 155877492–155877505 · motif
· motif · 155877492–155877505 · motif
· motif · 155881188–155881199 · motif
· motif · 155881190–155881199 · motif
· motif · 155881297–155881310 · motif
· motif · 155881297–155881310 · motif
· motif · 155881330–155881341 · motif
· motif · 155881330–155881341 · motif
· motif · 155881798–155881811 · motif
· motif · 155881798–155881811 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：220 aa
VAMP7 蛋白長 220 個胺基酸，屬於 synaptobrevin family。其細胞質側區段約涵蓋第 2 至 188 位，並含第 7 至 110 位的 Longin domain，以及第 125 至 185 位的 v-SNARE coiled-coil homology 區域。第 189 至 209 位形成螺旋狀跨膜區，作為 type IV membrane protein 的錨定區；第 210 至 220 位位於囊泡側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VAMP7 定位於多種囊泡與細胞器膜，包括分泌囊泡、高基氏體 trans-Golgi network、晚期內體、溶酶體、內質網及吞噬體膜。 神經元中的分布隨成熟狀態改變：未成熟神經元可見於軸突和樹突的囊泡結構，成熟神經元則位於體樹突區域。 腎細胞中與 LAMP1 共定位；內質網膜定位則在腸道觀察到，但在肝臟或腎臟未觀察到，此項差異為相似性推定。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Synapse, synaptosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- AGFG1P52594 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- SNAP47Q5SQN1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- 3aP0DTC3 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
溶酶體胞吐時，VAMP7 與 STX4、SNAP23 形成 SNARE 複合體，並與 SYT7 結合。晚期內體和溶酶體異型融合所需的另一個 SNARE 複合體由 STX7、STX8、VAMP7 與 VTI1B 組成。VAMP7 另與 PICALM 及 RAB21 互作；與 STX17 的互作則僅為相似性推定，應視為可能的互作，而非已確定的實體結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VAMP7 參與運輸囊泡定位至目標膜及／或與目標膜融合，涉及蛋白質由早期內體運往溶酶體。它是晚期內體與溶酶體異型融合、溶酶體同型融合，以及鈣離子調控之溶酶體胞吐所必需；也參與乳糜微粒由內質網輸送至順面高基氏體。此外，嗜酸性球與嗜中性球脫顆粒時介質胞吐、自然殺手細胞殺傷目標細胞，以及吞噬體形成時晚期內吞囊泡的局部胞吐，均需要 VAMP7。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in the targeting and/or fusion of transport vesicles to their target membrane during transport of proteins from the early endosome to the lysosome. Required for heterotypic fusion of late endosomes with lysosomes and homotypic lysosomal fusion. Required for calcium regulated lysosomal exocytosis. Involved in the export of chylomicrons from the endoplasmic reticulum to the cis Golgi. Required for exocytosis of mediators during eosinophil and neutrophil degranulation, and target cell killing by natural killer cells. Required for focal exocytosis of late endocytic vesicles during phagosome formation PMID 10888671 ↗ · PMID 16677249 ↗ · PMID 18042464 ↗ |
| 交互作用 | 在溶酶體胞吐時，VAMP7 與 STX4、SNAP23 形成 SNARE 複合體，該複合體會結合 SYT7；在晚期內體與溶酶體異型融合時，VAMP7 與 STX7、STX8、VTI1B 組成所需的 SNARE 複合體。VAMP7 可能與 STX17 互作，此項為相似性推定；另有與 PICALM、RAB21 互作的記載。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a SNARE complex composed of STX4, SNAP23 and VAMP7 that binds SYT7 during lysosomal exocytosis. Forms a SNARE complex composed of STX7, STX8, VAMP7 and VTI1B that is required for heterotypic fusion of late endosomes with lysosomes. May interact with STX17 (By similarity). Interacts with PICALM. Interacts with RAB21 PMID 23741335 ↗ · PMID 25648148 ↗ |
| 細胞定位 | VAMP7 位於分泌囊泡、高基氏體 trans-Golgi network、晚期內體、溶酶體、內質網及吞噬體膜，也見於突觸相關結構。未成熟神經元中，其分布於軸突和樹突的囊泡結構；成熟神經元中則位於體樹突區域。腎細胞中與 LAMP1 共定位。內質網膜定位在腸道觀察到，但肝臟和腎臟未見，此定位差異為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasmic vesicle, secretory vesicle membrane / Single-pass type IV membrane protein; Golgi apparatus, trans-Golgi network membrane / Single-pass type IV membrane protein; Late endosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Lysosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Endoplasmic reticulum membrane / Single-pass type IV membrane protein; Cytoplasmic vesicle, phagosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Synapse, synaptosome; In immature neurons expression is localized in vesicular structures in axons and dendrites while in mature neurons it is localized to the somatodendritic region. Colocalizes with LAMP1 in kidney cells. Localization to the endoplasmic reticulum membrane was observed in the intestine but not in liver or kidney (By similarity) PMID 17897319 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGCGTCCGGTCCCAGCCTCCTCTGGGAGCGGGCAGTTGGC40GACCCTGCACTGACCCGCGTCCCTCCGTCCCGAGCCCGCG80CGCCCTCAGAGGGTGCCCGGACAGACTGAAGCCATGGCGA120TTCTTTTTGCTGTTGTTGCCAGGGGGACCACTATCCTTGC160CAAACATGCTTGGTGTGGAGGAAACTTCCTGGAGGTGACA200GAGCAGATTCTGGCTAAGATACCTTCTGAAAATAACAAAC240TAACGTACTCACATGGCAATTATTTGTTTCATTACATCTG280CCAAGACAGGATTGTATATCTTTGTATCACTGATGATGAT320TTTGAACGTTCCCGAGCCTTTAATTTTCTGAATGAGATAA360AGAAGAGGTTCCAGACTACTTACGGTTCAAGAGCACAGAC400AGCACTTCCATATGCCATGAATAGCGAGTTCTCAAGTGTC440TTAGCTGCACAGCTGAAGCATCACTCTGAGAATAAGGGCC480TAGACAAAGTGATGGAGACTCAAGCCCAAGTGGATGAACT520GAAAGGAATCATGGTCAGAAACATAGATCTGGTAGCTCAG560CGAGGAGAAAGATTGGAATTATTGATTGACAAAACAGAAA600ATCTTGTGGATTCTTCTGTCACCTTCAAAACTACCAGCAG640AAATCTTGCTCGAGCCATGTGTATGAAGAACCTCAAGCTC680ACTATTATCATCATCATCGTATCAATTGTGTTCATCTATA720TCATTGTTTCACCTCTCTGTGGTGGATTTACATGGCCAAG760CTGTGTGAAGAAATAGGAAAGAAGAAGTTACCATTAACCA800AGGATATGAGAGAACAAGGAGTTAAAAGCAATCCATGTGA840CTCAAGCCTTTCACATACTGACAGATGGTATCTGCCAGTC880TCTTCAACCCTCTTCTCACTTTTTAAAATCTTGTTCCATG920CCTCCAGGTTTATCTTTGTCTTATCTACCAGTTTATTCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。