基因總覽
VAMP5（vesicle associated membrane protein 5）是人類的蛋白質編碼基因，產物屬於 synaptobrevin 家族。其蛋白質為單次穿膜蛋白，含有 v-SNARE coiled-coil homology 區域，並具有細胞質側與囊泡側的拓樸區段。現有資料將其可能角色連結至肌生成相關的囊泡運輸；具體作用仍以可能參與的描述為限。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000306384 ★ | 85,584,431–85,593,406 | 3 |
| ENST00000872734 | 85,584,397–85,593,421 | 2 |
| ENST00000966848 | 85,584,397–85,593,421 | 3 |
| ENST00001078731 | 85,584,397–85,593,421 | 3 |
| ENST00001139293 | 85,584,397–85,593,421 | 3 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAMP5 可能參與與肌生成（myogenesis）相關的運輸事件。現有資料列出的例子包括肌母細胞融合，以及 GLUT4 的運輸；這些描述表示其可能涉及相關囊泡運輸，但未明確指出 VAMP5 在其中的具體步驟或作用方式。
肌母細胞融合與 GLUT4 運輸是來源列舉的不同例子，並以「及／或」相連，因此資料並未確定 VAMP5 是否同時參與兩者，也未提供其作用的實驗條件、分子機制或對細胞結果的影響。其功能描述應保留為可能參與肌生成相關運輸，而非視為已確立的必要作用。
Promoter 與基因調控
>VAMP5 ENST00000306384 GRCh38 chr2:85583431-85584531 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTCAATTCTGTTGGTCAAGAGAGGCCTCACTTGAGGGACCAGGCCCAGTGGCTCACACCTGTAATCCCAA CACTTTGGAAACCTGAGGCAGAAGAACTGCTTGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGTCAACATAGTG AGACCCTGTCTCTCTCAAAAAAAAAAAACAAACAAACAAAAAAAAAAAAACGAGGGACCTTATTTTAAGA TGTCCGAGGCAGCTTGGAGTAGTGGAGAACAGGTAGCTGGTGGTTTCTCTGTAGCAGTGAGAGGACAGGA TGGGTAGATTCGGCTCAGGAAGGCTCTGAAGTGGTAGTAGATACACCAGCCTCCCCCATCCTCTGACTGA GGAGCAAGTGCATGGCGGGTGCATGACAGCACAGAGCTGCACTTGCCCTCATGGTGAGGAAAGACATACA GAAAGGCTAGAGCTAGTACTTTGCCCATGTGGGGCTGCTTTCTTTTTGAATAGAGGTGAAAGTCACACAA TGTACAGTTTGTTATTTTAAAGTGTACAGATCAGTGACATGTATTCAGAATGTTGTGCAACCACCACTTG TCTTTAGTTTCAAAACTTTTTGGGTGCCTGTTTTTGGTTCTGGGTGAGATGCACTCACCAGGGTGATAAA GACCCTGCCTGGCTTGTTCATGGCGTCTCCAGGACCTAGTATGGTGCCTGACCGTGGCACTCATAGGGTG TTTGTTGAGTGAATGAATGATGCCTTTTCAGCTGAACTCGAGCTAGAAGACTCCAGGGCTCACTCCACTG TGCCCATTCCACAGATCCGGCCCCGAGGTGTGCCCGTTCACCAGGCAGAGGTGTCATCCGAATTCAGGCT CCTGGGGCCCGGGAGGGTCCGACTCTACGGACCCAGGTCGCTGTGGCCCATCGCTTTCGATTTGACTTGG TTTCTGTCGCCACTCGCGGAAGGCGCGCCCCCCGCCCTCGCTCGGCGGCCCGCCCCGCCCCGCCCCTGCT CTTCCTCCGGGGCCGCTGGCACTGCGGCCGCTCCGCAGGCAGAGAAGCCGGGAGCGGGCGAGGCGGCGGC GGCAGCAGCGATGGTGAGGGCCCAGGCGGGGCCGGCCAGCCCTGCGACGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAMP5_2 ↗ | 2:85,577,616 | 正股 | 85,577,567–85,577,626 |
| VAMP5_3 ↗ | 2:85,581,726 | 正股 | 85,581,677–85,581,736 |
| VAMP5_1 ↗ | 2:85,584,451 | 正股 | 85,584,402–85,584,461 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_938Z6X · promoter · 85583941–85584441 · regulatory
ENSR2_CBHB3 · enhancer · 85584442–85586226 · regulatory
ENSR2_938Z7Z · enhancer · 85587623–85587929 · regulatory
ENSR2_938Z86 · enhancer · 85588339–85588599 · regulatory
· motif · 85579611–85579625 · motif
· motif · 85579611–85579625 · motif
· motif · 85579856–85579871 · motif
· motif · 85579936–85579947 · motif
· motif · 85580170–85580177 · motif
· motif · 85580170–85580185 · motif
· motif · 85580175–85580187 · motif
· motif · 85580178–85580185 · motif
· motif · 85583863–85583878 · motif
· motif · 85583972–85583981 · motif
· motif · 85583972–85583981 · motif
· motif · 85584562–85584576 · motif
· motif · 85584562–85584577 · motif
· motif · 85584586–85584599 · motif
· motif · 85584586–85584599 · motif
· motif · 85584970–85584983 · motif
· motif · 85585241–85585256 · motif
· motif · 85585242–85585256 · motif
· motif · 85585243–85585256 · motif
· motif · 85585460–85585473 · motif
· motif · 85585774–85585787 · motif
· motif · 85587477–85587489 · motif
· motif · 85587480–85587495 · motif
· motif · 85587732–85587745 · motif
· motif · 85587746–85587753 · motif
· motif · 85587753–85587765 · motif
來源僅指出 VAMP5 與肌生成期間相關，未提供其表現量變化方向、調控因子或其他調控條件。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：116 aa
VAMP5 蛋白長 116 個胺基酸，屬於 synaptobrevin 家族。第 5–65 位胺基酸為 v-SNARE coiled-coil homology 區域；第 73–93 位為螺旋型跨膜區，作為 type IV membrane protein 的錨定區。拓樸註解將第 1–72 位列為細胞質區段，第 94–116 位列為囊泡側區段；後者另註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
在肌管中，VAMP5 與細胞膜，以及細胞內核周和周邊的囊泡結構相關。 資料另以相似性推定其與 trans-Golgi 膜相關，但不與 cis-Golgi apparatus 相關；此項定位屬 By similarity。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Endomembrane system。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 68 個夥伴
- ABHD16AO95870 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- IL10RAQ13651 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IL3RAP26951 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VAMP5 可能參與與肌生成相關的運輸事件，例如肌母細胞融合及／或 GLUT4 運輸。此描述僅指出可能的參與關係，未說明其具體作用機制，也未確定上述兩類事件是否皆涉及 VAMP5。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May participate in trafficking events that are associated with myogenesis, such as myoblast fusion and/or GLUT4 trafficking |
| 細胞定位 | 資料指出 VAMP5 與肌管的細胞膜、核周及周邊囊泡結構相關；此外，依相似性推定其與 trans-Golgi 相關，但不與 cis-Golgi apparatus 相關。來源亦列出細胞膜、內膜系統及 trans-Golgi network 膜等位置，並將其描述為單次穿膜蛋白。 | 推論支持 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type IV membrane protein; Endomembrane system / Single-pass type IV membrane protein; Golgi apparatus, trans-Golgi network membrane / Single-pass type IV membrane protein; Associated with the plasma membrane as well as intracellular perinuclear and peripheral vesicular structures of myotubes. Associated with the trans-Golgi, but not with the cis-Golgi apparatus (By similarity) |
| 調控 | 來源僅指出與肌生成期間相關，沒有提供表現調控的方向、幅度、調控因子或其他條件，因此無法據此描述更具體的調控方式。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTGCGGCCGCTCCGCAGGCAGAGAAGCCGGGAGCGGGCG40AGGCGGCGGCGGCAGCAGCGATGGCAGGAATAGAGTTGGA80GCGGTGCCAGCAGCAGGCGAACGAGGTGACGGAAATTATG120CGTAACAACTTCGGCAAGGTCCTGGAGCGTGGTGTGAAGC160TGGCCGAACTGCAGCAGCGTTCAGACCAACTCCTGGATAT200GAGCTCAACCTTCAACAAGACTACACAGAACCTGGCCCAG240AAGAAGTGCTGGGAGAACATCCGTTACCGGATCTGCGTGG280GGCTGGTGGTGGTTGGTGTCCTGCTCATCATCCTGATTGT320GCTGCTGGTCGTCTTTCTCCCTCAGAGCAGTGACAGCAGT360AGTGCCCCACGGACCCAGGATGCAGGCATTGCCTCAGGGC400CTGGGAACTGACCCAGCTGGTCCTGAAGGAGAAGCCAAAT440GGCTGCACTGGCCGATTCTGGTCTCCAGAGGACCTTGGTG480TTTGCTCTCCCTTGACCCACCCCAGTGAGTGCCAAAGGGC520AGCCCCAACATGTGCACCCCTGCATTTCCTGTCATGCCAC560AGACTGGCCCTTGAGGGCAGCCTGCTGTACTGGCCATGCT600GGGCCAGCCCCACCTGGAGCTCAGTAAAAACTGCTGTTTG640ATTAAAAGCTGGTATCTGTG660cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。