基因總覽
VAMP4（vesicle associated membrane protein 4）是由 VAMP4 基因編碼的蛋白質，屬於 synaptobrevin 家族，並歸類為囊泡 SNARE（v-SNARE）。其蛋白質含有一段 v-SNARE coiled-coil homology 區域，並以單次穿膜方式錨定於囊泡膜；整體結構包括較長的細胞質區域、跨膜區，以及位於囊泡側的短區段。這些特徵使 VAMP4 能在囊泡膜上參與細胞內膜融合相關的 SNARE 系統。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000236192 ★ | 171,700,160–171,742,065 | 8 |
| ENST00000997178 | 171,700,160–171,742,280 | 7 |
| ENST00001009964 | 171,700,160–171,742,280 | 8 |
| ENST00001009967 | 171,700,160–171,742,280 | 8 |
| ENST00001142009 | 171,700,160–171,742,280 | 8 |
| ENST00000969944 | 171,700,170–171,742,044 | 8 |
| ENST00000969946 | 171,703,802–171,742,062 | 8 |
| ENST00000997180 | 171,703,804–171,742,280 | 8 |
| ENST00000926427 | 171,703,922–171,742,043 | 8 |
| ENST00000367740 | 171,703,950–171,742,280 | 8 |
| ENST00000969945 | 171,703,959–171,743,206 | 8 |
| ENST00000926428 | 171,704,435–171,742,280 | 7 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAMP4 是囊泡 SNARE，參與囊泡與質膜的融合。SNARE 蛋白分布於相對的膜面，彼此組裝形成 trans-SNARE 複合體；此複合體是延伸的平行四股螺旋束，組裝時釋出的能量可推動膜融合。典型核心 SNARE 複合體包含四個 α 螺旋結構域，其中三個來自標的膜 SNARE（t-SNARE），另一個則來自囊泡 SNARE（v-SNARE）。VAMP4 作為 v-SNARE，提供囊泡膜一側的組成，參與這類膜融合過程。
在骨骼肌衛星細胞中，VAMP4 與其相應的 SNARE 蛋白 STX11、SNAP23 協同作用，促進 CD36 囊泡由胞內體運送至質膜。此運輸是肌肉再生的重要步驟；相關敘述標示為相似性推定，因此不應視為已在所有情境中確立的作用。
Promoter 與基因調控
>VAMP4 ENST00000236192 GRCh38 chr1:171741965-171743065 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTTTCCTCCTGCTGTTTTCTTGTCTACTCTTGTTCTTGAACACCCCCTCTTATTTTTATGTCTTTAGAA AGTGCCTGGCACAGTATTTCAGACAGTTAAAATACTGTATCAACAAAGGACCCATAGATACTGTATTAAT TTTAAAAGATGTGTAGTGAATATGATTCAATGAGTAAAATAATCCAGCTGGGGCGTGGGAGGAACGGATA ATAAAACAAATAAGAGAACGGAAAAACAAAATTAGGAATTGTTTCTGGTAGACAGCTACTGCGGGCGTGG AGATCTAAACATGATACCAAATTGGGCGGAGGGGGAGGGAGTGAGGAAGGAATGGGCAGAGTGGCGGAAT GGCCTGGCGAGGGCGATTTCCTGAAGGCTTTCAGGTTACAACTAAGGGATACCGGGAAAAGAACACCGAG CCCTCGTCCCGTATCTATCTAAACTAGCCGTGTTAACTTTAAGTCAATCTCCTCTCTGAACCAGATATTC CTCCTATCTAAAGGGAGGAGCCTGGCCTTAACATCTCTTTCCAAGTCTAGCTCTAATTCTGTAAACAGGG GATCAAACAGATCTCCTTTCTTCAGAAAAGGCCCCAGACGAACCCGAAGCAGGTCCTCGAGCTGCGAGCC ACTCTCCACTTGCCACTCAACGTAGTCAGCCAGAGGGACGGATGTGCCACCAAGCACCACCTTCTTTCTA ACGCCTCATCACCCCAGCCACGCACTCCGGCGCGGCGCCCAGTCCCGAGCGGTTCTCGGAAGTTTCCCAC TCCTCCCCTAATCGCCCTCCACGCACGCCGGATCACGACCGGAACGTGGACAACCAGTGGTTGTTCCTCC CCTAAAGCACAGCATAAATTTGGAGAGATGCATCTAAACTGCGTGTGGGTTCGGGCTCTTTTAGGTGAAT AGGGCTCGGCGGATCGACTTCCTCGATTATCTCCGTGCCCTGGACCCGCCCCCTCCGCCTGGCGCCAGGC CGCCGAGCGCCGATCGGCTCGATGAGCGGAGGCGCTGCTGCGGCGCTGCGGCCGACGCCGGGTCCGCACC AACTGTCTCCCCCTCCCAGCTTCTTACCTCGGCTTCCTACTCCTTCCCCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAMP4_1 ↗ | 1:171,742,065 | 負股 | 171,742,055–171,742,114 |
| VAMP4_3 ↗ | 1:171,742,183 | 負股 | 171,742,173–171,742,232 |
| VAMP4_2 ↗ | 1:171,743,206 | 負股 | 171,743,196–171,743,255 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_873BZ3 · enhancer · 171739004–171739209 · regulatory
ENSR1_873BZH · enhancer · 171739773–171739912 · regulatory
ENSR1_B3948T · promoter · 171741304–171741880 · regulatory
ENSR1_873C2P · enhancer · 171741881–171742054 · regulatory
ENSR1_94J6HX · promoter · 171742055–171742423 · regulatory
ENSR1_53HDN9K · CTCF_binding_site · 171742365–171742386 · regulatory
ENSR1_CM35J · enhancer · 171742424–171743876 · regulatory
· motif · 171738369–171738382 · motif
· motif · 171738369–171738382 · motif
· motif · 171741181–171741192 · motif
· motif · 171741388–171741401 · motif
· motif · 171741393–171741409 · motif
· motif · 171741420–171741429 · motif
· motif · 171741960–171741970 · motif
· motif · 171742050–171742063 · motif
· motif · 171742098–171742111 · motif
· motif · 171742103–171742113 · motif
· motif · 171742129–171742140 · motif
· motif · 171742290–171742300 · motif
· motif · 171742367–171742383 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：141 aa
VAMP4 蛋白長 141 個胺基酸。第 1–51 位為無序區，第 52–112 位含 v-SNARE coiled-coil homology 結構域。第 1–115 位位於細胞質側，第 116–136 位為螺旋型跨膜區，作為 type IV 膜蛋白的錨定段；第 137–141 位位於囊泡側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VAMP4 位於細胞質囊泡膜，並與 trans Golgi network（TGN）及新形成的未成熟分泌顆粒（ISG）相關；成熟分泌胞器則未見 VAMP4。 此定位描述的是 VAMP4 本身。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 42 個夥伴
- ANKS6Q68DC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CISD2Q8N5K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CPLX4Q7Z7G2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYB5R3P00387 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ELOVL4Q9GZR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERGIC3Q9Y282 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EVI2BP34910-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM209AQ5JX71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM210BQ96KR6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR152Q8TDT2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPX8Q8TED1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KASH5Q8N6L0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- LDLRAD1Q5T700 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LEUTXA8MZ59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MFFQ9GZY8-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MGST3O14880 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTIF3Q9H2K0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PTGESO14684 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- REEP4Q9H6H4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RETREG3Q86VR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SAR1AQ9NR31 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SEC11CQ9BY50 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
VAMP4 與 STX11、SNAP23 形成 SNARE 複合體，並參與由胞內體至質膜的囊泡運輸。另有相似性推定指出，VAMP4 曾被辨識於含 STX6、STX12、VAMP4 與 VTI1A 的複合體中。VAMP4 也與 BAIAP3 互作，且此互作在有鈣離子時增加。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNARE 蛋白在相對的膜面組裝成 trans-SNARE 複合體，其平行四股螺旋束的形成會釋放推動膜融合的能量；典型核心複合體由三個標的膜 SNARE 的 α 螺旋區域及一個囊泡 SNARE 的 α 螺旋區域構成。VAMP4 作為 v-SNARE 參與囊泡與質膜融合；在骨骼肌衛星細胞中，VAMP4 與 STX11、SNAP23 協同促進 CD36 從胞內體運至質膜，這是肌肉再生的重要步驟，此關聯為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源SNAREs (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor-attachment protein receptors) are essential proteins for intracellular membrane fusion. SNAREs localized on opposing membranes assemble to form a trans-SNARE complex, an extended, parallel four-helix bundle whose assembly releases energy that drives membrane fusion. The core SNARE complex typically consists of four alpha-helical domains, three from target membrane SNAREs (t-SNAREs) and one from a vesicle SNARE (v-SNARE). VAMP4 is a v-SNARE that functions in vesicle fusion with the plasma membrane. In skeletal muscle satellite cells, VAMP4 cooperates with its cognate SNAREs STX11 and SNAP23 to facilitate CD36 vesicular transport from endosomes to the plasma membrane, an essential step in muscle regeneration (By similarity) PMID 10036234 ↗ |
| 交互作用 | VAMP4 與 STX11、SNAP23 形成 SNARE 複合體，並參與囊泡由胞內體運送至質膜。另有相似性推定指出，VAMP4 出現在含 STX6、STX12、VAMP4 與 VTI1A 的複合體中；VAMP4 亦與 BAIAP3 互作，而且在有鈣離子時，這項互作會增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms a SNARE complex with STX11 and SNAP23; involved in vesicular transport from endosomes to the plasma membrane. Identified in a complex containing STX6, STX12, VAMP4 and VTI1A (By similarity). Interacts with BAIAP3; this interaction is increased in the presence of calcium PMID 10036234 ↗ · PMID 28626000 ↗ |
| 細胞定位 | VAMP4 是單次穿膜的 type IV 膜蛋白，位於細胞質囊泡膜，並與 trans Golgi network（TGN）及新形成的未成熟分泌顆粒（ISG）相關；成熟分泌胞器中則未發現 VAMP4。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasmic vesicle membrane / Single-pass type IV membrane protein; Associated with trans Golgi network (TGN) and newly formed immature secretory granules (ISG). Not found on the mature secretory organelles |
核酸與蛋白質序列
GATGAGCGGAGGCGCTGCTGCGGCGCTGCGGCCGACGCCG40GGTCCGCACCAACTGTCTCCCCCTCCCAGCTTCTTACCTC80GGCTTCCTACTCCTTCCCCCGCCCGCCCAGCACCGCCAGC120CCGGGAGAGCTGCCGGGAGTTCCCCGGGAGCCTCAGGTGG160TGACTATCCTGTTGAGAAGCAAAAGATACTTTGCAAGTAA200AAAATATGCCTCCCAAGTTTAAGCGCCACCTCAATGATGA240TGATGTCACAGGTTCTGTGAAAAGTGAAAGGAGAAATCTT280TTGGAAGATGATTCAGATGAAGAAGAGGACTTTTTTCTAA320GGGGACCATCTGGACCAAGATTTGGACCTAGAAATGATAA360AATTAAGCATGTTCAGAATCAAGTGGATGAAGTTATTGAT400GTCATGCAAGAAAATATTACAAAGGTAATTGAGAGAGGGG440AGAGACTAGATGAACTACAGGACAAATCAGAAAGCTTATC480GGATAATGCAACAGCTTTTAGCAACAGATCCAAACAACTT520CGAAGGCAAATGTGGTGGCGTGGATGCAAAATAAAAGCCA560TCATGGCTTTGGTTGCTGCTATCCTTTTGCTAGTGATTAT600CATTCTTATAGTCATGAAATACCGTACTTGATTTGATGAC640AGAGATCTTCATTAAACAAGATCTGGGACAGTAATAAAAG680ATTGCTGCATAATTTAAATGAAACCTATGTGTATATAACT720TTCAAAACTTCTTTTTCAAGAAACTAAGAGGCAAGTATCA760CTTCAAATTGGAACGTTGAGAATGTCCAATTATCTTCTCC800CTTTCTAACAAAATGTTCTTTTAATAATTATGTTTAAGGC840AAAGAGAACTAGCCTCTATTTTTCCATATTTCAAGGATCT880AATTTGAAACTAGATACTTGCCAGTTCATTATTTGTGTAT920ATAAACACTGATTATAATATTTCATATTAATATTTTAATG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。