基因總覽
VAMP3（vesicle associated membrane protein 3）是人類的蛋白質編碼基因，其產物屬於 synaptobrevin 家族。現有資料將 VAMP3 描述為 SNARE，並指出它參與晚期胞內體至 trans-Golgi network 的囊泡運輸。其蛋白質具有細胞質區域、跨膜區段及囊泡側的短區域，並含有 v-SNARE coiled-coil homology domain。這些資料勾勒出其家族歸屬與基本結構，但未提供更廣泛的表現或功能資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000054666 ★ | 7,771,296–7,781,432 | 5 |
| ENST00001118191 | 7,771,264–7,781,447 | 3 |
| ENST00001131236 | 7,771,264–7,779,224 | 5 |
| ENST00001140705 | 7,771,264–7,781,447 | 5 |
| ENST00000470357 | 7,772,707–7,781,447 | 5 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAMP3 是參與囊泡運輸的 SNARE，來源所述的運輸方向為由晚期胞內體前往 trans-Golgi network。這項資料指出其參與特定區室之間的囊泡運輸，但未詳述其分子作用步驟、運輸貨物或調控方式，因此不宜據此延伸推論更具體的機制。
Promoter 與基因調控
>VAMP3 ENST00000054666 GRCh38 chr1:7770296-7771396 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTAGGTGGTCTGTGCACACTGCGTCCATTTTCACTGCTGTCTTTGTTCATGGTGTTTGCCCAACCCTTA CTTGGAAAGTTCTTTTCCACTAGTACCCAGCTCAAATCCCACCGCCTTTGTGACACTCGTTTATTCGATA TATACTAACGTTTCCCTTTTCAAAGTATTCTATTTAGAGTTGGAAAAAACAGCATAGTATTTAAGTACTG TATTTTTCACTTCTCATCTAAGAGACCCACCAATGACCTATTAGTGTTTTATTTTTTGGTGTAGGTAACT ATGTTGGTAGGAATATTTCAGTAACAAATATATACAAGGTAACTCACTGCGTTCAGATTTGTGCTTCCCT CCCTTCGACCAAAACCTGAGGACCTATTCTGTGCTAGGGCCTGAAAATACAGAAATAAAGGAACTACAGC CTTGATGCCAAGGCTCTCGTAAGCAGATTATAATATGATCTGCAGTGACAAATATTTGTGTCACCGATGA AAACATGAGCGGGAACCTCACCCAACACCATGTGACAAATACCCGAAATGGACTTCCTATTTCAACTACT TTAGAGAAACATGGTGCCCTCAGGATCACTAGGTTACTCTGGAACACTCAGCAGAAGCCAGTCATCTGTC TCTAATACTGTTAGAAATGGTCCCGAGCCCAGAATAACATGAATTGCCCCCACCCTCACTTATCCACGCA GTCCCTCGCCAGTGGCTAATGCACCACGTTTACAGACCACGTCCCCAAGCGCCAGCGCGGACGGCGGTGC GGACAGGGAGCTGTATTGACCTGCGTTCTGCGTTTCAGAGCCCGGACCGCCCTGGGACCCCTGTGGCCCT CAAGTTCCCAAGTGACCTCGTCCGGGGAGGGGACGTCTCGCTCTGACCCCGCCCTGGACGCACCCACCCA CGACGCCCCCGCCCACTTCCGGCGCGCCCCCTCTTCGCCCCGCCCACTCCCCCGGCTCCGCCTAGTGACG TCTTTGCCCCGCGCCGCGCCGTCCCACCCATCTCCCTGGCCTCCGGTCCCAACTTCGCTTCTCTGCTGAC CCTCTCTCGTCGCCGCTGCCGCCGCCGCAGCTGCCAAAATGTGAGTGACGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAMP3_1 ↗ | 1:7,771,296 | 正股 | 7,771,247–7,771,306 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B3JM8 · enhancer · 7770591–7771156 · regulatory
ENSR1_886K8 · promoter · 7771157–7771306 · regulatory
ENSR1_53SCHT · CTCF_binding_site · 7771211–7771232 · regulatory
ENSR1_53SCJ4 · CTCF_binding_site · 7771257–7771278 · regulatory
ENSR1_CQS7 · enhancer · 7771307–7772339 · regulatory
· motif · 7770877–7770892 · motif
· motif · 7771144–7771156 · motif
· motif · 7771178–7771185 · motif
· motif · 7771192–7771202 · motif
· motif · 7771196–7771206 · motif
· motif · 7771205–7771215 · motif
· motif · 7771207–7771220 · motif
· motif · 7771211–7771221 · motif
· motif · 7771213–7771229 · motif
· motif · 7771219–7771228 · motif
· motif · 7771219–7771230 · motif
· motif · 7771226–7771236 · motif
· motif · 7771228–7771241 · motif
· motif · 7771242–7771252 · motif
· motif · 7771244–7771257 · motif
· motif · 7771248–7771258 · motif
· motif · 7771259–7771275 · motif
· motif · 7771338–7771350 · motif
· motif · 7771445–7771455 · motif
· motif · 7771587–7771598 · motif
· motif · 7771587–7771598 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：100 aa
VAMP3 蛋白長 100 個胺基酸，屬於 synaptobrevin 家族。第 2–77 位胺基酸為細胞質區域；第 78–98 位形成螺旋跨膜區段，作為 type IV 膜蛋白的錨定區；第 99–100 位位於囊泡側。第 14–74 位具有 v-SNARE coiled-coil homology domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 VAMP3 標示於 early endosome membrane、recycling endosome membrane，以及 synapse 和 synaptosome。 膜相關註解指出它是 single-pass type IV membrane protein；來源未進一步說明不同位置間的轉換條件或動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Synapse, synaptosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 55 個夥伴
- AHNAK2Q8IVF2-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AIG1Q9NVV5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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VAMP3 與 POPDC1 透過 VAMP3 的 C-terminal cytoplasmic tail 互作。它也與 BCAP31 互作；依相似性註解，BCAP31 參與 VAMP3 自 endoplasmic reticulum 的輸出。VAMP3 與 BAIAP3 的互作在有 calcium 時增加，並與 PICALM 互作。資料未說明這些蛋白是否共同組成同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VAMP3 是參與囊泡運輸的 SNARE，所述運輸由晚期胞內體前往 trans-Golgi network；資料未進一步交代運輸貨物或分子作用細節。 | 含實驗來源 | 證據與來源SNARE involved in vesicular transport from the late endosomes to the trans-Golgi network PMID 18195106 ↗ |
| 交互作用 | VAMP3 透過 C-terminal cytoplasmic tail 與 POPDC1 互作，也與 BCAP31、BAIAP3 及 PICALM 互作。依相似性註解，BCAP31 參與 VAMP3 自 endoplasmic reticulum 輸出；VAMP3 與 BAIAP3 的互作在有 calcium 時增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with POPDC1 (via the C-terminus cytoplasmic tail). Interacts with BCAP31; involved in VAMP3 export from the endoplasmic reticulum (By similarity). Interacts with BAIAP3; this interaction is increased in the presence of calcium. Interacts with PICALM PMID 22118466 ↗ · PMID 28626000 ↗ |
| 細胞定位 | VAMP3 被標示於 early endosome membrane、recycling endosome membrane、synapse 與 synaptosome；其膜蛋白型態為 single-pass type IV。 | 含實驗來源 | 證據與來源Early endosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Recycling endosome membrane / Single-pass type IV membrane protein; Synapse, synaptosome PMID 23353890 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTCCCACCCATCTCCCTGGCCTCCGGTCCCAACTTCGCTT40CTCTGCTGACCCTCTCTCGTCGCCGCTGCCGCCGCCGCAG80CTGCCAAAATGTCTACAGGTCCAACTGCTGCCACTGGCAG120TAATCGAAGACTTCAGCAGACACAAAATCAAGTAGATGAG160GTGGTGGACATAATGCGAGTTAACGTGGACAAGGTTCTGG200AAAGAGACCAGAAGCTCTCTGAGTTAGACGACCGTGCAGA240CGCACTGCAGGCAGGCGCTTCTCAATTTGAAACGAGCGCA280GCCAAGTTGAAGAGGAAATATTGGTGGAAGAATTGCAAGA320TGTGGGCAATCGGGATTACTGTTCTGGTTATCTTCATCAT360CATCATCATCGTGTGGGTTGTCTCTTCATGAAGAACCAGC400GGAACTCAAAACTGCTGTTCAAGAAACCTCTTCAAGACTT440TTGACTTAGAACCTGCTATATTATCAAGCTTACCTACTGT480TATCTCTAAAATTTTTTTTGTGTTAATGTAAAGTTGAATT520TCTAGGAAACGTGCCTTTGTTTTTTAATATGCACTCCAAA560TTAGAAGGCCGGCCCCGTCCACATTTTGCACAGTGCCTTT600ACAGATTTACGTATGGGCTGATGAAGAGGCCTTCTTAAGT640TCCAGAGTGCTATAATCTAGATGTAATGTTGTCACTAATT680AATTGCCATTACTCCCAGTTAGTTACCCTTGTCATTTGGC720ATTATTTTCAGAACCACATTTTAAACCTTTGGGTAATCAG760ATTTCCAACTTATGCCTTCCAGAAAAAAACACTACTGCCT800AACACAAATCTGTGATAACAACAGGCTGTGCCTTATTTTG840ATAATTTTCTGATTCCCTAGAAGAGAACCCTCTACTTTTT880GTAAGCACTACTGACTCTCGCTGTATTTAAGATGCTGGTG920AAGAGCTTTTGCTCTTGCATTAGATTTGAAGATGTTTACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。