基因總覽
VAMP2（vesicle associated membrane protein 2）是由蛋白質編碼基因 VAMP2 產生的蛋白質，屬於 synaptobrevin 家族。它是囊泡 SNARE（v-SNARE），與位於相對膜面的目標膜 SNARE（t-SNARE）共同參與細胞內膜融合。蛋白質長 116 個胺基酸，具有細胞質側區段及靠近末端的跨膜區，並以單次跨膜蛋白形式錨定於膜上。其結構包含 v-SNARE coiled-coil homology 區域；這些特徵與它作為囊泡膜成分的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000316509 ★ | 8,159,149–8,162,948 | 5 |
| ENST00001136012 | 8,159,149–8,163,584 | 5 |
| ENST00001049303 | 8,159,150–8,163,584 | 5 |
| ENST00001049304 | 8,159,156–8,163,584 | 5 |
| ENST00000404970 | 8,160,406–8,163,546 | 4 |
| ENST00000870910 | 8,160,408–8,163,584 | 5 |
| ENST00000488857 | 8,160,819–8,162,932 | 5 |
| ENST00000481878 | 8,161,319–8,163,584 | 4 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
VAMP2 是囊泡 SNARE，能與目標膜上的 SNAP25 和 STX1A 組成 SNARE 複合體，促進突觸囊泡與突觸前細胞膜融合，參與神經傳遞物質釋放。一般而言，位於相對膜面的 SNARE 會組成延伸、平行排列的四螺旋束；其組裝釋放的能量可推動膜融合。核心 SNARE 複合體通常由四個 α 螺旋區域構成，其中三個來自目標膜 SNARE，一個來自囊泡 SNARE。
除突觸囊泡融合外，VAMP2 也依相似性資料被認為參與補償性胞吞作用，協助突觸囊泡回收。在脂肪細胞中，它依相似性資料與胰島素依賴的 GLUT4 儲存囊泡胞吐作用有關。這些敘述指出 VAMP2 的膜運輸角色不只涉及突觸囊泡，但後兩項功能的證據屬相似性推論。
此外，VAMP2 可能在不依賴 SNARE 活性的情況下調節延遲整流型電壓依賴性鉀離子通道 KCNB1 的閘控特性；此作用同樣屬相似性推論。來源未提供足以進一步界定此調節方式的細節。
Promoter 與基因調控
>VAMP2 ENST00000316509 GRCh38 chr17:8162848-8163948 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAAAGAAAAAAAAATGAGAGAAAAAGAAAAAAGGCTTTTTTTTTTTTTTTGGCCCAGGCCCTGTGCCTGG GACCAAAGCCTGAGCCCTTTCCTGCAGTCGGGTCGCTGACCTAAGCCTGGGGCAAAGCTAGGTCTTGGCC AGTCAGCAGCCACCACGTGAAGCAGCCCCTGCCCCCATCACCCCCGGCAGCCTTGTGCCCTCCTCCTCGG GGTCCTCAGCTCACCCCACCTCAGTCGGGCCTGCTCCAGCGGTTAAGTACCCCTAGTCTGAACCTTAATC GTGAGGCGGGGCAGCCCCCTCCCCACACCCTGTAGACACTCCCCCGTCCTCCGCCCCCTGGACTTGTTTG GGCGGGAAGAGCCTGCCTCATCTTTTCTTCCTACCCTCCTACCCAGTGGCCAGGGACCCCAGGCTTCCTC TGAGACATCCACCAGCGGTGATGGGTTGGGACCAATCTCCCCCACTCCTCTCCACCCTAGCAGTAAGGTC CCCGCTCTCGATACTGCCCCAGCACCTGCACTGGCCCTCTCTGATTTCCCAACTCCAGCCCATTCCAAGT GCTGAAGGCGGGTCGCTAGGTGCTGGGACCTGGGCGCGGGGCAAGACCTTGGGCTGTGTGGGGTGCAGGC TGGTTTACTGGGTTCACGATTGAGGGAGTGGTCTGGGGGTTAGGTGTAGGGCCAGGCTGCGTTGTGCTCT AAGGGGCAGGCGGCAGGCGGTTTGGGGGGGCTGTGGTCAGACAGGGTGGGGTGGCGGTGGGTTTGGGGAA GCCGCAGCAGCCCGCCTTGGGGTCCCGCGAGTGCCGAGGGAGCTGCCGGGGCATGGTGGCGCGGGGCCCG TGGTCCTGCCCGGCACGACCCCCGCCCCGCAGCGCCCCGCAGCGCCCCGCCCCCGCGGCCCCGCTCGCGA CGCGTCTCCCGCGGCGCCCCGCCCCCGCCCGCAGTGCCCGGATGCGGGTGACGCGCGGCCGCCATCTTTC CGTCCCGGGCAGCCAGCGCCAGTCGGAGCCAGCGCGAGCCGCCGCCGCCATCACTGCCGCTGCCAAGTCC TCCACCCGCTGCCCCCGCCATGTGAGTCGGCCGCCCGCCACCCTCACCGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 6 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| VAMP2_5 ↗ | 17:8,159,330 | 負股 | 8,159,320–8,159,379 |
| VAMP2_4 ↗ | 17:8,160,821 | 負股 | 8,160,811–8,160,870 |
| VAMP2_7 ↗ | 17:8,160,954 | 負股 | 8,160,944–8,161,003 |
| VAMP2_3 ↗ | 17:8,161,471 | 負股 | 8,161,461–8,161,520 |
| VAMP2_6 ↗ | 17:8,162,322 | 負股 | 8,162,312–8,162,371 |
| VAMP2_1 ↗ | 17:8,162,948 | 負股 | 8,162,938–8,162,997 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_CRT8 · enhancer · 8158395–8160247 · regulatory
ENSR17_53WRZW · CTCF_binding_site · 8158938–8158959 · regulatory
ENSR17_B3LQ2 · promoter · 8162922–8163465 · regulatory
ENSR17_B3LQ5 · promoter · 8163536–8164458 · regulatory
ENSR17_B3LQ8 · enhancer · 8164459–8165094 · regulatory
· motif · 8158408–8158423 · motif
· motif · 8158413–8158425 · motif
· motif · 8158416–8158423 · motif
· motif · 8158416–8158431 · motif
· motif · 8158672–8158680 · motif
· motif · 8158875–8158890 · motif
· motif · 8158940–8158956 · motif
· motif · 8158963–8158975 · motif
· motif · 8158966–8158981 · motif
· motif · 8158966–8158981 · motif
· motif · 8158983–8158995 · motif
· motif · 8158985–8158998 · motif
· motif · 8158985–8158998 · motif
· motif · 8158997–8159012 · motif
· motif · 8159035–8159046 · motif
· motif · 8159092–8159103 · motif
· motif · 8162151–8162164 · motif
· motif · 8162656–8162671 · motif
· motif · 8162876–8162886 · motif
· motif · 8162878–8162891 · motif
· motif · 8162916–8162926 · motif
· motif · 8162918–8162931 · motif
· motif · 8162972–8162982 · motif
· motif · 8162993–8163002 · motif
· motif · 8163008–8163021 · motif
· motif · 8163050–8163063 · motif
· motif · 8163210–8163227 · motif
· motif · 8164225–8164240 · motif
· motif · 8164233–8164240 · motif
· motif · 8164475–8164488 · motif
· motif · 8164481–8164496 · motif
· motif · 8164973–8164986 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：116 aa
VAMP2 長 116 個胺基酸；第 2–94 位為細胞質側區域，第 95–114 位是作為 type IV 膜蛋白錨定區的螺旋跨膜段，第 115–116 位位於囊泡側。第 31–91 位註記為 v-SNARE coiled-coil homology 區域；第 1–33 位為無序區域。第 92–116 位則被註記為與 SEPT8 互作所需。
蛋白質三維結構
細胞內定位
VAMP2 位於細胞質囊泡、分泌囊泡及突觸囊泡膜，也可位於細胞膜。 它是單次跨膜的 type IV 膜蛋白。 在細胞內囊泡中，VAMP2 與 PRKCZ、WDFY2 共定位；此描述為共定位資訊，並不表示這些夥伴的定位可直接套用於 VAMP2。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 29 個夥伴
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CERS4Q9HA82 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB3L1Q96BA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EBPQ15125 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERGIC3Q9Y282 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HIBADHP31937 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B13Q7Z5P4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAGN1Q8N5M9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KASH5Q8N6L0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MARCHF8Q5T0T0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKD3O94806 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- SCN3BQ9NY72 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A8Q8IWU4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC7A14Q8TBB6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNAP29O95721 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SNCAP37840 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- STX1AQ16623 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- STX1BP61266 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- STX2P32856-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX4Q12846 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TMEM101Q96IK0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM86BQ8N661 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VCPP55072 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- VMA21Q3ZAQ7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
VAMP2 與 SNAP25、STX1A 構成 SNARE 核心複合體；該複合體也可結合 CPLX1。STX1A 與 STXBP1 結合後，VAMP2 會被招募至 SNARE 複合體。另有互作報告涉及 POPDC1、STX4、VAPA、VAPB、WDFY2、PRKCZ、PRKCI、PICALM、SNCA 與 STX3；VAMP2 也與 WDFY2、PRKCZ 形成複合體，並可在體外與 STX11 形成 SNARE 複合體。VAMP2 與 KCNB1 的互作可提高該通道失活速率。SEPT8 與 VAMP2 互作時會抑制 VAMP2 和 SYP 的互作，而 SYP 的結合也受 SEPT8 互作抑制。
疾病與遺傳關聯
VAMP2 相關變異被列為可能造成常染色體顯性神經發育障礙的原因；該疾病可伴隨肌張力低下與自閉特徵，也可能有或沒有過度動作。其描述包括出生時可見的軀幹肌張力低下、全面性發展遲緩、智能障礙、癲癇及自閉特徵；部分患者有不自主的過度動作。此來源將疾病與影響 VAMP2 基因的變異相連結，未在此提供個別變異細節。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | VAMP2 是囊泡 SNARE，與 SNAP25、STX1A 組成複合體，促進突觸囊泡和突觸前細胞膜融合及神經傳遞物質釋放。它也依相似性資料參與突觸囊泡回收、脂肪細胞中胰島素依賴的 GLUT4 囊泡胞吐，並可能不依賴 SNARE 活性調節 KCNB1 閘控。 | 含實驗來源 | 證據與來源SNAREs (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor-attachment protein receptors) are essential proteins for intracellular membrane fusion. SNAREs localized on opposing membranes assemble to form a trans-SNARE complex, an extended, parallel four-helix bundle whose assembly releases energy that drives membrane fusion. The core SNARE complex typically consists of four alpha-helical domains, three from target membrane SNAREs (t-SNAREs) and one from a vesicle SNARE (v-SNARE). VAMP2 is a v-SNARE assembling into a SNARE complex with the t-SNAREs SNAP25 and STX1A to mediate the fusion of synaptic vesicles with the presynaptic plasma membrane in neurotransmitter release. Also functions in compensatory endocytosis for synaptic vesicle recycling (By similarity). In adipocytes, it is involved in the insulin-dependent exocytosis of GLUT4 storage vesicles (By similarity). Independently of its SNARE activity, it could modulate the gating characteristics of the delayed rectifier voltage-dependent potassium channel KCNB1 (By similarity) PMID 10036234 ↗ · PMID 30929742 ↗ |
| 交互作用 | VAMP2 與 SNAP25、STX1A 組成 SNARE 核心複合體，並有多種蛋白質互作及複合體關係。它與 KCNB1 互作可提高通道失活速率；SEPT8 會抑制 VAMP2 與 SYP 的互作，而 SYP 結合也受 SEPT8 互作抑制。部分關係依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the SNARE core complex containing SNAP25, VAMP2 and STX1A; this complex constitutes the basic catalytic machinery of the complex neurotransmitter release apparatus (By similarity). Recruited to the SNARE complex following binding of the SNARE complex component STX1A to STXBP1 (By similarity). This complex binds to CPLX1. Interacts with POPDC1 and STX4 (By similarity). Interacts with VAPA and VAPB. Interacts with WDFY2, PRKCZ and PRKCI. Forms a complex with WDFY2 and PRKCZ. Interacts (via N-terminus) with KCNB1 (via N-terminus and C-terminus); stimulates the channel inactivation rate of KCNB1 (By similarity). Interacts with SEPT8; the interaction inhibits interaction of VAMP2 with SYP. Interacts with SYP; the interaction is inhibited by interaction with SEPT8 (By similarity). Interacts with PICALM. Interacts with alpha-synuclein/SNCA. Interacts with STX3 (By similarity). In vitro, forms a SNARE complex with the t-SNARE STX11 PMID 10036234 ↗ · PMID 17313651 ↗ · PMID 20798282 ↗ · PMID 21808019 ↗ · PMID 22118466 ↗ |
| 細胞定位 | VAMP2 被註記位於細胞質囊泡、分泌囊泡及突觸囊泡膜，也位於細胞膜，並屬單次跨膜 type IV 膜蛋白。它在細胞內囊泡中與 PRKCZ、WDFY2 共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasmic vesicle, secretory vesicle, synaptic vesicle membrane / Single-pass type IV membrane protein; Cell membrane; Colocalizes with PRKCZ and WDFY2 in intracellular vesicles PMID 17313651 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 VAMP2 的變異與常染色體顯性神經發育障礙相關，患者可有出生時出現的軀幹肌張力低下、發展遲緩、智能障礙、癲癇及自閉特徵；部分患者另有不自主過度動作。來源將變異列為疾病成因，但未提供個別變異細節。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder with hypotonia and autistic features with or without hyperkinetic movements NEDHAHM An autosomal dominant disorder characterized by axial hypotonia apparent at birth, global developmental delay, intellectual disability, seizures, and autistic features. Involuntary hyperkinetic movements are present in some patients. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618760 PMID 30929742 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCGGAGCCAGCGCGAGCCGCCGCCGCCATCACTGCCGC40TGCCAAGTCCTCCACCCGCTGCCCCCGCCATGTCTGCTAC80CGCTGCCACGGCCCCCCCTGCTGCCCCGGCTGGGGAGGGT120GGTCCCCCTGCACCCCCTCCAAACCTCACCAGTAACAGGA160GACTGCAGCAGACCCAGGCCCAGGTGGATGAGGTGGTGGA200CATCATGAGGGTGAACGTGGACAAGGTCCTGGAGCGAGAC240CAGAAGCTGTCGGAGCTGGACGACCGTGCAGATGCACTCC280AGGCGGGGGCCTCCCAGTTTGAAACAAGCGCAGCCAAGCT320CAAGCGCAAATACTGGTGGAAAAACCTCAAGATGATGATC360ATCTTGGGAGTGATTTGCGCCATCATCCTCATCATCATCA400TAGTTTACTTCAGCACTTAAATCCCCGAGGAGTCTGCCCT440GCCTAGAGAAGGGCCTCTCCCCCAACCCTCAGCCGTTCCT480CCACCTCTCAGCCATATCTTTCAGCCCCCACTCCCCTGGA520TCCGTGTGTGTGTGTGTCCGTGTGTGTGTCCCCCTGTAAA560TAGCCAGCTGTTATTTATACATATATAATATTATATATAT600TTGGTCTGTTTGTAGTTTTATTACTAGATGATTTTTCCGG640TTGTCCTTAACACCCCTTCCTGAGGTTCCCTTCACCCCTC680TCTCTTGCCTTCCTTCCCTTTCCCTTTCTTCCTGACTAGC720CCCAAGTCCCTTCATTTGCATCTGCTATGCAATAGTCCCT760CTCCTTTCCTTCTTCTTCCCTCAGATTTAGCTGATCCTTC800CTCCCACCCTGGCCTTCCTTTCCTCTTTCCTCCTCACTCT840CCCCGTCATGCTCCCTCTGCCCCGCCCTCAAAAAAAAAAA880AAAAAAAAAAAAAACAACAGCACCTGTCCAGGCTTCCTTA920GGTACATCTTCTTTGTATCCATTGGGAGGCTCTGAGACTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。