基因總覽
UVRAG（UV radiation resistance associated）是位於人類第 11 號染色體 11q13.5 的蛋白質編碼基因，其產物為 699 個胺基酸的蛋白質。來源描述 UVRAG 參與多種與膜運輸相關的細胞路徑調控，並涉及染色體穩定。蛋白質具有 C2 domain，另有多段被註解為無序區域；其不同區段亦與多種蛋白質互作相關。這些特徵反映 UVRAG 可參與不同蛋白質複合體，而其作用會隨細胞過程及互作對象而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000356136 ★ | 75,815,210–76,144,232 | 15 |
| ENST00000876952 | 75,815,174–76,144,259 | 16 |
| ENST00000969466 | 75,815,174–76,144,259 | 15 |
| ENST00001009344 | 75,815,174–76,144,259 | 14 |
| ENST00001009349 | 75,815,174–76,144,259 | 13 |
| ENST00001111022 | 75,815,174–75,862,110 | 3 |
| ENST00001117763 | 75,815,174–76,066,182 | 14 |
| ENST00001117764 | 75,815,174–76,031,973 | 13 |
| ENST00001117766 | 75,815,174–75,873,190 | 4 |
| ENST00001122106 | 75,815,174–76,071,059 | 14 |
| ENST00001122107 | 75,815,174–75,961,549 | 8 |
| ENST00001138124 | 75,815,174–76,144,259 | 15 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UVRAG 參與多種膜運輸路徑的調控。在自噬過程中，它是替代型 PI3K complex II（PI3KC3-C2）的調節次單元，可促進 PIK3C3 的脂質激酶活性；該複合體生成 phosphatidylinositol 3-phosphate，並被認為參與自噬體成熟與內吞作用。UVRAG 也涉及 ATG9A 由 Golgi 運送至自噬體，以及降解性內吞運輸和細胞質分裂的調控，這些作用似乎與其和 PI3KC3-C2 的關聯有關。
UVRAG 也參與不依賴 BECN1、但取決於與 class C Vps 複合體（可能為 HOPS complex）結合的自噬體成熟及降解性內吞運輸。此關聯被提出可能促進自噬體募集、Rab7 活化及胞內體彼此融合。於晚期內吞膜融合時，UVRAG 可增強 class C Vps 複合體（可能為 HOPS complex）與 SNARE 複合體的關聯，並促進具融合能力的 SNARE 複合體形成。
在 COPI 依賴的 Golgi 至內質網逆向運輸中，UVRAG 透過與 NRZ complex 結合參與調控；此功能取決於 UVRAG 對 phosphatidylinositol 3-phosphate（PtdIns(3)P）的結合。基礎狀態下，UVRAG 與 NRZ complex 結合；自噬條件下則會與之分離並轉而關聯 PI3KC3-C2，兩種複合體關聯似乎互斥。
在負股 RNA 病毒感染情況下，UVRAG 是病毒有效進入所需的因子，並促進病毒顆粒的內吞運輸；來源亦指出它涉及 VAMP8 特異性的融合型 SNARE 複合體組裝。另一方面，UVRAG 與 DNA-dependent protein kinase complex（DNA-PK）結合並使其活化，促進非同源末端連接（NHEJ）修復 DNA 雙股斷裂，並參與維持中心體穩定及正確的染色體分離。
Promoter 與基因調控
>UVRAG ENST00000356136 GRCh38 chr11:75814210-75815310 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGATCACTTGAGCCCAGGAGGTCGAGGCTGCAATGAGCCGTGATTTTGCCACTGCACTCCAGCCCGGGCG AAAGAATGAGGCACTGTTAAAAAAAATTAATAGAATAATCCAGACCCACGGTAGGGTCAAAATTCCTAAC TCAAGGTCCCAGAGAGGCTCAGAGAAGCCTTTTGGAAGAAGGGACTCCTGCCCCAGCTAAGACTGATGGA TAAGTAGCAAAGGCTTTCTGGGGACACAGCACAAACAGCCCACCTGAAGCGGTGAATCGGCGTCCTGGGT GCCTGGCACACCTTGTAGCTCAGCTTACTAGCTAGTGGAGTGCGAAGGGGCGTGTACTTGTCGGTTGGAG CTGGTCATGAAAGAGCTCGTGGGACTGCCCGACGGTTCTCAGGTCCCAGTGCATCCTGCGTGGTGGCTCT CTGCTGAACCATAAAGCATTCCTTTTCAATCCCTGCACGCTCACGCCGGGAAAAGACTGCACAAGGGGCC TGCCAAGGCAGACAAGCGATCGCCACCCAGCTGGCTTCCGAGGGTCCCCGCCCTCCACCGGAGGCCTGTT ACCACGGCAACCAGTGAGGGCGGAAGTGGCTCAGAAGACCGGTTCTCCCTAATCAGGTGACTCTCCCGCC TCCTGCACGTGACACCGGAGCCCAGAAGCGCGCTCTACCTAATCAAGACCCCACCCCTCTTTCCCTTTAC TGACAATTGACAGCGACCTCTTGCAATGGCCCTTCCGCCTCCACCAGGAGACTCTGCCCGTTGGTAGTAA AAGAACCAATTAGACTGGGAAAAAAAGAAGCAACGCCCCAGGTTTCACCCCGGCTTGACAGACGCAATTG AGGCCATCCTTGAGTCCCTCCGCCCCCAAGTCCAGTAATGCCAGCGATGGACAGACCTTCTACCCAATAG CACGCCCCTTTTCTGCCGTTGGGTCCCGCCCCCTTGAGGGCTAAGCCAATGAGCGCTCCGGGTCTCAGCG GGGTGGAGGGGTTGCACTGCGGTAATATGGCTCTTCCTTAGCCAGCGGCGGCAACGGCGGCAGCGGCGGC AGCGGCGGCGGCTACTGTCTGGGCTGAGCAGTAGTGCCTCTCGGGTGGCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UVRAG_1 ↗ | 11:75,815,210 | 正股 | 75,815,161–75,815,220 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_9354G2 · enhancer · 75810714–75811129 · regulatory
ENSR11_9354GK · enhancer · 75812625–75812978 · regulatory
ENSR11_C9J58 · enhancer · 75813172–75814788 · regulatory
ENSR11_5MSGR8 · CTCF_binding_site · 75814744–75814765 · regulatory
ENSR11_9354H7 · promoter · 75814789–75815220 · regulatory
ENSR11_5MSGT4 · CTCF_binding_site · 75815142–75815163 · regulatory
ENSR11_D5QK7 · enhancer · 75815221–75817531 · regulatory
· motif · 75813323–75813338 · motif
· motif · 75813341–75813357 · motif
· motif · 75814744–75814754 · motif
· motif · 75814746–75814762 · motif
· motif · 75814786–75814797 · motif
· motif · 75814786–75814797 · motif
· motif · 75814788–75814797 · motif
· motif · 75814843–75814852 · motif
· motif · 75814843–75814852 · motif
· motif · 75814887–75814897 · motif
· motif · 75814939–75814950 · motif
· motif · 75815066–75815076 · motif
· motif · 75815118–75815128 · motif
· motif · 75815139–75815152 · motif
· motif · 75815142–75815152 · motif
· motif · 75815144–75815160 · motif
· motif · 75815324–75815334 · motif
· motif · 75815473–75815487 · motif
· motif · 75815490–75815506 · motif
· motif · 75815490–75815506 · motif
· motif · 75815597–75815604 · motif
· motif · 75815664–75815681 · motif
· motif · 75815719–75815732 · motif
· motif · 75815782–75815795 · motif
· motif · 75815782–75815795 · motif
· motif · 75816537–75816549 · motif
· motif · 75816672–75816681 · motif
· motif · 75816672–75816681 · motif
· motif · 75816674–75816690 · motif
· motif · 75816674–75816690 · motif
· motif · 75818725–75818747 · motif
· motif · 75818725–75818747 · motif
· motif · 75819224–75819246 · motif
· motif · 75819224–75819246 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：699 aa
UVRAG 蛋白質長 699 個胺基酸，含有位於第 23–149 位胺基酸的 C2 domain。第 1–24 位及第 486–591 位被註解為無序區域。第 200–269 位足以與 STX7、VTI1B 及 STX8 互作；第 270–442 位足以與 VPS16 互作，且為與 CEP63 互作所需；第 443–699 位則是與 PRKDC、XRCC6 及 XRCC5 互作所需區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
UVRAG 可定位於多種膜性區室及細胞結構。 它與參與晚期內體至 trans-Golgi network 逆向運輸的 RAB9 陽性區室共定位；與早期內體則僅部分共定位。 與 RUBCNL/PACER 互作後，UVRAG 會被募集至自噬體。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Midbody；Chromosome, centromere。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- BAXQ07812 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- BECN1Q14457 · UniProt INTERACTION · 47 experiments
- NEDD4P46934 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PIK3C3Q8NEB9 · UniProt INTERACTION · 25 experiments
- RINT1Q6NUQ1 · UniProt INTERACTION · 18 experiments
- RUBCNQ92622 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- SH3GLB1Q9Y371 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- VPS33AQ96AX1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- YAP1P46937 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- 3aP0DTC3 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- Slamf1Q9QUM4 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
UVRAG 是 PI3KC3-C2 的組成部分，並在其中直接與 BECN1 互作；它也可與 SH3GLB1、RINT1 及多種 class C Vps 複合體成員互作。基礎狀態下 UVRAG 與 NRZ complex 關聯，自噬條件下則轉與 PI3KC3-C2 關聯，兩種複合體關聯似乎互斥。UVRAG 亦與 STX7、VTI1B、STX8、PRKDC、XRCC6、XRCC5、CEP63 等蛋白質互作。它直接與 FEZ1、SCOC 互作；胺基酸飢餓會降低其與 SCOC 的互作，而 FEZ1 存在時該複合體較穩定。與 RUBCNL/PACER 的互作則促進 UVRAG 導向自噬體。
疾病與遺傳關聯
曾在一名患有 heterotaxy（左右軸畸形）的患者中觀察到涉及 UVRAG 的染色體異常，記載為倒位 Inv(11)(q13.5;q25)。此資料呈現的是病例中的染色體異常觀察，未據此證明 UVRAG 導致該疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UVRAG 調控多種膜運輸路徑，參與 COPI 依賴的 Golgi 至內質網逆向運輸，且此作用取決於其結合 PtdIns(3)P。自噬時它作為 PI3KC3-C2 調節次單元並活化 PIK3C3，亦涉及自噬體成熟、內吞運輸、ATG9A 運送、細胞質分裂及晚期膜融合；部分功能可能經 class C Vps（可能為 HOPS）複合體實現。負股 RNA 病毒感染時，UVRAG 有助病毒進入及內吞運輸。 | 含實驗來源 | 證據與來源Versatile protein that is involved in regulation of different cellular pathways implicated in membrane trafficking. Involved in regulation of the COPI-dependent retrograde transport from Golgi and the endoplasmic reticulum by associating with the NRZ complex; the function is dependent on its binding to phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns(3)P). During autophagy acts as a regulatory subunit of the alternative PI3K complex II (PI3KC3-C2) that mediates formation of phosphatidylinositol 3-phosphate and is believed to be involved in maturation of autophagosomes and endocytosis. Activates lipid kinase activity of PIK3C3. Involved in the regulation of degradative endocytic trafficking and cytokinesis, and in regulation of ATG9A transport from the Golgi to the autophagosome; the functions seems to implicate its association with PI3KC3-C2. Involved in maturation of autophagosomes and degradative endocytic trafficking independently of BECN1 but depending on its association with a class C Vps complex (possibly the HOPS complex); the association is also proposed to promote autophagosome recruitment and activation of Rab7 and endosome-endosome fusion events. Enhances class C Vps complex (possibly HOPS complex) association with a SNARE complex and promotes fusogenic SNARE complex formation during late endocytic membrane fusion. In case of negative-strand RNA virus infection is required for efficient virus entry, promotes endocytic transport of virions and is implicated in a VAMP8-specific fusogenic SNARE complex assembly PMID 18552835 ↗ · PMID 20643123 ↗ · PMID 24056303 ↗ · PMID 28306502 ↗ |
| 功能 | UVRAG 參與維持染色體穩定。它與 DNA-dependent protein kinase complex DNA-PK 結合並使其活化，促進非同源末端連接（NHEJ）途徑修復 DNA 雙股斷裂；此外，UVRAG 對中心體穩定及正確的染色體分離亦屬必要。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in maintaining chromosomal stability. Promotes DNA double-strand break (DSB) repair by association with DNA-dependent protein kinase complex DNA-PK and activating it in non-homologous end joining (NHEJ). Required for centrosome stability and proper chromosome segregation PMID 22542840 ↗ |
| 交互作用 | UVRAG 是 PI3KC3-C2 的組成部分，並直接與 BECN1 互作；它亦可與 SH3GLB1、RINT1、class C Vps 複合體成員及多種其他蛋白質互作。基礎狀態下與 NRZ complex 關聯，自噬條件下轉與 PI3KC3-C2 關聯，兩者似乎互斥。UVRAG 與 SCOC 的互作會因胺基酸飢餓而減少，FEZ1 存在時複合體較穩定；RUBCNL/PACER 互作則促進其導向自噬體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the PI3K (PI3KC3/PI3K-III/class III phosphatidylinositol 3-kinase) complex II (PI3KC3-C2) in which the core composed of the catalytic subunit PIK3C3, the regulatory subunit PIK3R4 and BECN1 is associated with UVRAG; in the complex interacts directly with BECN1. PI3KC3-C2 can associate with further regulatory subunits such as RUBCN and probably SH3GLB1/Bif-1. Interacts with SH3GLB1; UVRAG bridges the interaction to BECN1 indicative for an association with the PI3K complex PI3KC3-C2. Interacts with RINT1. Associates with the NRZ complex under basal conditions and dissociates from it under autophagy conditions to associate with the PI3K complex; these complex associations seem to be mutually exclusive. Interacts with VPS16; VPS11; VPS18; VPS33 (VPS33A or VPS33B) and VPS39; indicative for an association with a class C Vps tethering complex (possibly the HOPS complex). Interacts with RAB7A; RAB7A competes with UVRAG for RUBCN binding. Interacts with STX7, VTI1B, STX8. Interacts with PRKDC, XRCC6 and XRCC5; indicative for an association with the DNA-dependent protein kinase complex DNA-PK. Interacts with CEP63. Directly interacts with FEZ1 and SCOC; the interaction with SCOC is reduced by amino acid starvation, but the complex is stabilized in the presence of FEZ1. Interacts with BECN1P1/BECN2. Interacts with SLAMF1. Interacts with RUBCNL/PACER; promoting targeting of UVRAG to autophagosome. Interacts with WNK1 PMID 16799551 ↗ · PMID 17891140 ↗ · PMID 18552835 ↗ · PMID 18843052 ↗ · PMID 19050071 ↗ · PMID 19270696 ↗ · PMID 20643123 ↗ · PMID 20974968 ↗ · PMID 22354037 ↗ · PMID 22493499 ↗ · PMID 22542840 ↗ · PMID 23878393 ↗ · PMID 23954414 ↗ · PMID 24056303 ↗ · PMID 24550300 ↗ · PMID 25533187 ↗ · PMID 27911840 ↗ · PMID 28306502 ↗ |
| 細胞定位 | UVRAG 與參與晚期內體至 trans-Golgi network 逆向運輸的 RAB9 陽性區室共定位，但與早期內體僅部分共定位。它在與 RUBCNL/PACER 互作後會被募集至自噬體；來源亦列出其位於多種細胞區室及結構。 | 含實驗來源 | 證據與來源Late endosome; Lysosome; Cytoplasmic vesicle, autophagosome; Early endosome; Endoplasmic reticulum; Midbody; Chromosome, centromere; Colocalizes with RAB9-positive compartments involved in retrograde transport from late endosomes to trans-Golgi network. Colocalization with early endosomes is only partial. Recruited to autophagosome following interaction with RUBCNL/PACER PMID 18843052 ↗ · PMID 28306502 ↗ · PMID 18552835 ↗ · PMID 24056303 ↗ · PMID 20643123 ↗ · PMID 22542840 ↗ |
| 疾病關聯 | 一名患有 heterotaxy（左右軸畸形）的患者被觀察到涉及 UVRAG 的染色體異常，型式記載為倒位 Inv(11)(q13.5;q25)。此為患者中的異常觀察，並未提供足以判定 UVRAG 與疾病因果關係的證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving UVRAG has been observed in a patient with heterotaxy (left-right axis malformation). Inversion Inv(11)(q13.5;q25) PMID 10798355 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGTAATATGGCTCTTCCTTAGCCAGCGGCGGCAACGGCGG40CAGCGGCGGCAGCGGCGGCGGCTACTGTCTGGGCTGAGCA80GTAGTGCCTCTCGGGTGGCGGGTTTCTAGGCTGCAGGGGC120TTGGTAGGTGGTGGCAAGGGGGCGGCGGCGGATGCCGGAA160GAGTGCCCGCCCCGCCGCTTGGCGGCCCCTGGATCGAGAT200GAGCGCCTCCGCGTCGGTCGGGGGCCCCGTCCCCCAGCCA240CCCCCGGGCCCGGCCGCTGCTCTGCCTCCCGGTTCTGCCG280CGCGGGCCCTGCATGTGGAGCTGCCGTCTCAGCAGCGGCG320TCTTCGACATCTTCGGAACATTGCTGCCCGGAACATTGTT360AATAGAAATGGCCATCAGCTCCTTGATACCTACTTTACAC400TTCACTTGTGTAGTACTGAAAAGATATATAAAGAATTTTA440TAGAAGTGAAGTGATTAAGAATTCCTTGAATCCCACGTGG480CGAAGTCTCGATTTTGGAATTATGCCAGACCGTCTTGATA520CATCTGTGTCTTGTTTCGTGGTGAAGATATGGGGTGGAAA560GGAGAACATCTACCAGCTGTTGATTGAATGGAAAGTCTGT600TTGGATGGGCTGAAATACTTGGGTCAGCAGATTCATGCCC640GAAACCAAAATGAAATAATTTTTGGGCTGAATGATGGATA680CTATGGTGCTCCATTTGAACATAAGGGTTATTCAAATGCT720CAGAAGACTATTCTTCTGCAGGTGGATCAGAACTGTGTTC760GCAATTCTTACGATGTCTTCTCTTTGCTACGGCTTCATAG800AGCCCAGTGTGCAATTAAACAGACTCAGGTAACTGTTCAG840AAAATTGGAAAGGAAATTGAAGAAAAACTAAGACTCACAT880CTACAAGCAATGAACTGAAAAAAAAAAGTGAATGCCTGCA920GTTAAAAATTTTGGTGCTTCAGAATGAACTGGAACGGCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。