基因總覽
UTF1 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 undifferentiated embryonic cell transcription factor 1。其蛋白質產物長 341 個胺基酸,序列中包含數段特徵不同的區域:N 端與中段有預測為無序的區域,靠近 C 端則有 leucine-zipper 區域。已知的功能描述指出,UTF1 可協助 ATF2 的轉錄活性;與 ATF2 的結合及和 TFIID 複合體的關聯,提供了認識其分子角色的線索。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000304477 ★ | 133,230,217–133,231,558 | 2 |
| ENST00001135696 | 133,229,352–133,231,558 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UTF1 的已知功能之一,是作為 ATF2 的轉錄共活化因子。這表示 UTF1 與 ATF2 的關係涉及轉錄調控中的協同作用,UTF1 扮演協助 ATF2 的角色;現有資料未進一步說明其作用於哪些特定基因、如何改變轉錄量,或此作用發生的細胞條件,因此不宜延伸推定其調控範圍或結果。
UTF1 會結合 ATF2 的 N 端區域,這項結合關係與其作為 ATF2 共活化因子的功能相呼應。不過,資料僅指出結合區域與功能角色,並未提供更詳細的分子機制,也未說明結合是否需要特定刺激或其他分子參與。
UTF1 也透過與 TBP 的交互作用,與 TFIID 複合體建立關聯。這項資訊顯示 UTF1 除了與 ATF2 互動,也能與轉錄相關複合體建立聯繫;但現有描述未明確交代此關聯如何影響 ATF2 的共活化作用,亦未指出 UTF1 是否直接成為 TFIID 複合體的組成部分。就目前資料而言,可確認的是其共活化角色、對 ATF2 N 端的結合,以及透過 TBP 與 TFIID 的關聯,尚不足以推論更廣泛的生物學作用。
Promoter 與基因調控
>UTF1 ENST00000304477 GRCh38 chr10:133229217-133230317 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAGAAGAATCCCAGAAAATACAGACACCCCTCCAGGAGGTGGGGCCTAATTACTCTCCCCATGAGTTGGG GATGGGCTGAGGGGCCGGATTCCAGTGACCAGAGCAGGGATGGAAAGGCGATACCTGAAGACTGCAAGAG TGGCAGACAGTCCGCACCCCAGCACGGAGCAGACCTCACCGGTGCTGAGCCACAAGACAGGAGGGGCGAG ACTCCACCCCTGCGCCTTCCTTCCTAAAACCCACCACCCTAGTCGGATCACAGGAAGACACCAGGCAAAC CCAAGTCGAGGAACATTCAACAAAACACCTGGCCCGTCCTCAACCGTGTCGAGGACGCGAGAAGCTGCCA CGGCCCAGAGGAGACCCAGGAGACAGAAGGACTCGGCGCCGTGCGGCAAGGAGGAAGAGCATTTAATAGG AAGAGAATTTCCTCCTCCCAGGGATGCTGGCTGCAGACGCGCTGCAGATGGAAGAAGTTCAGATTTTAAA AGCTACTTCTGCGAGCGCGTGAATTCCGACACCCATTCCCGCGGCTGGCGTGGCTTCTCCTCGGACCCAT CCCCTGGCCTGGCGACTCCCCCTGGGACCCGGGTCGGTCCTCCGGACCCCTCGCGTGCAGGTGCTGAGCC CGGGCGGGGGCGGCGGGGGCGGGGGCAGCACTGGGGGCCGGACAAGGGGGCGCCAGCGCCTTCCGGAGCG GGAGGGGCTCCGCACACACCTCGACGGGGGCGGGGGTAGGCTCGGCACAGGCTAAAAACGAGCGGAGCCG CCGGGGCTTAGGCATCGCGGCACCTCCGTTGAACGGGTCTAAGAACAGAACTCCTGAGGACCCTCCGTTT CCAACCGAAGCCAGTCTTTGCTCTGCGTCTTCCCGGCCGCAGCGCCAGGACCGACCCCTTAGGACCCGGC GGGCGGGGCGGGGCGCGCGGGGCGGGGCGGGGATGGTGGGAGGGTCGCGTAGACCCGGCTGGGACGGAGG GACGGCGGCGCGGGATGCTCAGAACGCGTGTGGGCGGCCCGGGCGGCGTCTGGCCCTCTCCCCATCCTCG CGCGCCGCGCCCCAGCCCCGGGATGCTGCTCCGGCCCCGCAGGCCGCCCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UTF1_1 ↗ | 10:133,230,217 | 正股 | 133,230,168–133,230,227 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_536C435 · CTCF_binding_site · 133226443–133226464 · regulatory
ENSR10_93XTQC · enhancer · 133226487–133226753 · regulatory
ENSR10_536C43P · CTCF_binding_site · 133226570–133226591 · regulatory
ENSR10_93XTR8 · enhancer · 133229369–133229799 · regulatory
ENSR10_93XTRC · promoter · 133229903–133230227 · regulatory
· motif · 133225211–133225217 · motif
· motif · 133226445–133226461 · motif
· motif · 133226572–133226588 · motif
· motif · 133230577–133230593 · motif
· motif · 133230577–133230593 · motif
· motif · 133231330–133231339 · motif
· motif · 133231330–133231339 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:341 aa
UTF1 蛋白質長 341 個胺基酸。第 1–62 位及第 146–273 位各有一段註記為無序的區域;第 279–310 位則是 leucine-zipper 區域。這些序列特徵描述其蛋白質區段,資料未提供更進一步的結構或功能細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
UTF1 的定位註記為細胞核。 來源未提供定位變化的條件、不同異構型之間的差異,或定位動態的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- TRIP10Q15642-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
UTF1 會結合 ATF2 的 N 端區域;此外,它透過與 TBP 交互作用而與 TFIID 複合體相關聯。資料指出的是前者的區域性結合,以及後者經由 TBP 建立的複合體關聯,未說明 UTF1 是否為 TFIID 的直接組成亞基。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UTF1 可作為 ATF2 的轉錄共活化因子,協助其參與轉錄調控。此描述支持 UTF1 與 ATF2 之間具有共活化功能關係,但未提供作用條件、特定靶基因或轉錄結果的細節。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | UTF1 會結合 ATF2 的 N 端區域,並透過與 TBP 交互作用而與 TFIID 複合體相關聯。這筆資料分別指出 UTF1 與 ATF2 的結合位置,以及經 TBP 建立的複合體關聯,未說明 UTF1 是否為 TFIID 的直接組成部分。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to the N-terminal region of ATF2. Associates with the TFIID complex through interaction with TBP PMID 9748258 ↗ |
| 細胞定位 | UTF1 的細胞內定位註記為細胞核;此資料未提供定位變化條件或其他定位細節。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGAACGCGTGTGGGCGGCCCGGGCGGCGTCTGGCCCTCTC40CCCATCCTCGCGCGCCGCGCCCCAGCCCCGGGATGCTGCT80CCGGCCCCGCAGGCCGCCCCCGCTCGCGCCCCCCGCGCCG120CCCTCGCCCGCCAGCCCCGACCCCGAGCCGCGGACACCCG160GAGACGCCCCGGGGACCCCGCCCCGGAGGCCCGCCTCGCC200CAGCGCGCTGGGGGAACTCGGGTTGCCGGTGTCCCCGGGC240TCGGCGCAGCGCACGCCCTGGAGCGCCCGGGAGACGGAGC280TGCTGCTGGGGACGCTGCTGCAACCGGCCGTGTGGCGCGC320GCTGCTCCTGGACCGCCGCCAGGCCCTGCCCACCTACCGC360CGCGTGTCGGCCGCGCTGGCCCAGCAGCAGGTGCGCCGCA400CCCCCGCGCAGTGCCGCCGCCGCTACAAGTTCCTTAAAGA440CAAGTTTCGCGAGGCGCACGGCCAGCCGCCCGGGCCCTTC480GACGAGCAGATCCGGAAGCTCATGGGGCTGCTGGGCGACA520ACGGGCGCAAACGGCCTCGCCGCCGCTCCCCGGGGTCCGG560GCGCCCCCAGCGCGCCCGCCGCCCGGTCCCCAACGCGCAC600GCGCCGGCTCCCAGCGAACCAGACGCCACCCCGCTGCCCA640CCGCCCGCGACCGCGACGCGGACCCCACCTGGACGCTCCG680CTTCAGCCCGTCCCCACCGAAGTCTGCGGACGCCTCCCCC720GCCCCCGGCTCCCCGCCAGCTCCCGCCCCGACCGCCCTCG760CCACCTGCATCCCCGAGGACCGCGCGCCCGTCCGCGGCCC800CGGGTCCCCGCCGCCACCCCCGGCCCGCGAAGACCCCGAC840TCGCCGCCCGGCCGCCCCGAGGACTGCGCGCCCCCTCCGG880CCGCGCCCCCGTCGCTGAACACCGCCCTGCTGCAGACCCT920GGGGCACCTGGGCGACATCGCGAACATCCTGGGCCCGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。