基因總覽
USP6（ubiquitin specific peptidase 6）是位於人類第 17 號染色體的蛋白質編碼基因，產生的蛋白質屬於 peptidase C19 家族。USP6 蛋白長 1,406 個胺基酸，具有 Rab-GAP TBC 與 USP 結構域，並含有數段預測為無序的區域。這些結構特色與其作為去泛素化酵素、以及參與細胞內膜運輸的多重角色相符；具體分子作用及不同異構型的活性差異見功能段落。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000574788 ★ | 5,116,032–5,174,991 | 38 |
| ENST00001143297 | 5,116,032–5,175,034 | 38 |
| ENST00000250066 | 5,128,392–5,175,034 | 30 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
USP6 是去泛素化酵素，具有不依賴 ATP 的異肽酶活性，可在 ubiquitin 的羧基端切割相關鍵結。其催化範圍包括由 ubiquitin 羧基端 Gly 形成的酯、硫酯、醯胺、胜肽及異胜肽鍵；ubiquitin 是由 76 個胺基酸組成、可附加於蛋白質作為細胞內標的訊號的蛋白質。USP6 也能催化自身去泛素化。體外資料顯示，異構型 2 具有去泛素化活性，異構型 3 則未顯示此活性，這項差異不應延伸為所有細胞情境下的結論。
在膜運輸方面，USP6 促進 ARF6 定位於質膜，並選擇性調節依賴 ARF6 的內吞蛋白質運輸。這指出 USP6 的作用與 ARF6 相關運輸過程相連，但來源未提供更細的分子步驟。USP6 另可能作為 RAB3A 的 GTPase 活化蛋白；此作用以「可能」描述，不能視為已確立的普遍功能。
USP6 也與腫瘤形成相關的細胞反應相連：在 NF-kappa-B 活化後，它可藉由誘導基質金屬蛋白酶的產生而啟動腫瘤形成。這項敘述支持其在特定訊號條件下促進相關反應，但不代表 USP6 在所有情境中都會造成腫瘤。綜合而言，來源所述功能涵蓋 ubiquitin 修飾調控、ARF6 依賴的內吞運輸，以及 NF-kappa-B 活化後的基質金屬蛋白酶誘導；不同作用的條件與證據層次各有差異。
Promoter 與基因調控
>USP6 ENST00000574788 GRCh38 chr17:5115032-5116132 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCCCGAGCTAAGACAGAGGAAAACTGGGGGCTGATGTGACGGCGGGGACTTTAGGTAGAAGGACCCCAC GTCAAAAGTCAAAGCTAAAAATTCTGGAACGAGCCAGGAAGGCATCAGGACGTCTCATTTTATTTGCTAG AGGCATCTTTTGGGGGGTGGGGCGGTGGGTGGGTGGAAGGAGATGTGGCCAGTGAGCCTCTGACTTTTAA TTGAGTTATTTCGAAACAAGGAACAGAGGGCCGGATGTGGTGGGTCGTGCCTGTAATTCCAGCACTTTGC GAGGCCGAGGCCAGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTC TCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCTGGCGTGGTGGGGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCT GAGGCGGGACAACAGCTTTAACCCGGGAGGCGGAGGTTACAGTGAGCCGAGATGGCGCCACTGCACTCCG GCTTGGGCAACAGAGCAAGACTCCGTCTCCAAAAACACACACACACACACACACAAAACCCAAAACGGAA CAGAGGCAGTTCTGTATTCCAGAGGGATTGATTTGTGATGCCTGCTCAAAACTCAAGAAGCCACCACCCT GATACTCATCAAACCCCGGAGAAATTTCGTTTTTAGAGTGTCAGAAGGCCCCATGAATAACCTTCCAGTC ACTGAGGGAGGTCCCTACTCAGCACGCCCCGGTCTCCTTCACTCTCCTGCACTCGTGCCTCACAGATGGC CTCATGCGCGGACTGGCGGTCCAGCCTCCCGGGGACACAGCCCGGGCGCACCCCGCGCCGCCTTTGGCCA CTGAGGCGGTCCTCGAGGCGCCGGGCTAGGGAAAGCCTCCCCGGCCGTCAAGGCTGGGATAGCGCCGGGG GATCGGGGCGGGGTGCGTGCGCCGAAAGGGCCTCAAAGCTGTAGGGCTGGACGGCACAAAGGGGCGCAAG GCACGGAGGCCAGGCAGAGGGGACAGCTAGCGGCGCGGCGGGACGGGCGGGCCCCGACGCCCAGCTCCAA ATGCGTGGCCGCTGTGGGAGCTCGTCTCCAGGCGCCCATCAGTCTTCCCCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| USP6_1 ↗ | 17:5,128,809 | 正股 | 5,128,760–5,128,819 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_B32DH · enhancer · 5110875–5111830 · regulatory
ENSR17_537GDW · CTCF_binding_site · 5111181–5111202 · regulatory
ENSR17_863K9 · promoter · 5111831–5111962 · regulatory
ENSR17_B32DM · enhancer · 5111963–5112825 · regulatory
ENSR17_B32F7 · enhancer · 5116085–5116725 · regulatory
ENSR17_863QK · enhancer · 5120969–5121103 · regulatory
· motif · 5111183–5111199 · motif
· motif · 5111395–5111417 · motif
· motif · 5111395–5111417 · motif
· motif · 5111617–5111626 · motif
· motif · 5111617–5111626 · motif
· motif · 5111876–5111887 · motif
· motif · 5111876–5111887 · motif
· motif · 5111942–5111957 · motif
· motif · 5111943–5111957 · motif
· motif · 5111958–5111971 · motif
· motif · 5112072–5112085 · motif
· motif · 5112072–5112085 · motif
· motif · 5112125–5112138 · motif
· motif · 5112125–5112138 · motif
· motif · 5117596–5117611 · motif
· motif · 5117596–5117611 · motif
· motif · 5117597–5117611 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1406 aa
USP6 蛋白長 1,406 個胺基酸，屬於 peptidase C19 家族。其 Rab-GAP TBC 結構域位於第 100–292 個胺基酸，USP 結構域位於第 532–1369 個胺基酸。另有三段註解為無序區域，分別位於第 348–380、第 1120–1231 及第 1384–1406 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
USP6 可位於細胞膜、細胞質與胞內體；具體而言，它定位於質膜，以及與 ARF6 調控之管狀胞內體相對應的細胞內絲狀結構。 RAC1 或 CDC42 活化可引導 USP6 移至質膜，此重新定位依賴肌動蛋白細胞骨架的完整性。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- ANKRD44Q8N8A2 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- MYL2P10916 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
USP6 與 RAC1、CDC42 及 calmodulin（CALM1、CALM2 和／或 CALM3）有交互作用；與 calmodulin 的交互作用依賴鈣離子。USP6 也透過 Rab-GAP TBC 結構域與 ARF6 交互作用。來源描述的是分子交互作用，未指出這些蛋白共同形成何種複合體。
疾病與遺傳關聯
USP6 相關染色體異常是良性骨性腫瘤動脈瘤性骨囊腫的常見遺傳特徵之一。相關的 t(16;17)(q22;p13) 易位涉及 CDH11，會形成融合基因：強 CDH11 啟動子與完整的 USP6 編碼序列相連，並導致 USP6 轉錄上調。這項資料描述疾病關聯及轉錄變化，並不表示 USP6 單獨造成所有動脈瘤性骨囊腫。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | USP6 是不依賴 ATP 的去泛素化異肽酶，可在 ubiquitin 羧基端切割，並催化自身去泛素化。體外實驗中，異構型 2 有去泛素化活性，異構型 3 則沒有。USP6 促進 ARF6 定位於質膜，並選擇性調節 ARF6 依賴的內吞蛋白質運輸；NF-kappa-B 活化後，它也可藉由誘導基質金屬蛋白酶產生而啟動腫瘤形成。此外，它可能作為 RAB3A 的 GTPase 活化蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源Deubiquitinase with an ATP-independent isopeptidase activity, cleaving at the C-terminus of the ubiquitin moiety. Catalyzes its own deubiquitination. In vitro, isoform 2, but not isoform 3, shows deubiquitinating activity. Promotes plasma membrane localization of ARF6 and selectively regulates ARF6-dependent endocytic protein trafficking. Is able to initiate tumorigenesis by inducing the production of matrix metalloproteinases following NF-kappa-B activation. May act as a GTPase-activating protein for RAB3A PMID 15509780 ↗ · PMID 16127172 ↗ · PMID 19077034 ↗ · PMID 20418905 ↗ |
| 分子活性 | USP6 具有硫醇依賴的水解活性，可切割由 ubiquitin 羧基端 Gly 形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、胜肽鍵及異胜肽鍵。ubiquitin 是由 76 個胺基酸組成的蛋白質，可附加於蛋白質，作為細胞內標的訊號。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). |
| 交互作用 | USP6 與 RAC1、CDC42 及 calmodulin 有交互作用；calmodulin 可能為 CALM1、CALM2 和／或 CALM3，且此交互作用依賴鈣離子。USP6 也透過 Rab-GAP TBC 結構域與 ARF6 交互作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with RAC1 and CDC42. Interacts (via Rab-GAP TBC domain) with ARF6. Interacts with calmodulin (CALM1, CALM2 and/or CALM3); the interaction is calcium-dependent PMID 12612085 ↗ · PMID 15509780 ↗ · PMID 16127172 ↗ |
| 細胞定位 | USP6 可位於細胞膜、細胞質與胞內體，並定位於質膜及與 ARF6 調控之管狀胞內體相對應的細胞內絲狀結構。RAC1 或 CDC42 活化可引導 USP6 移至質膜；此重新定位需要完整的肌動蛋白細胞骨架。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane; Cytoplasm; Endosome; Localizes to the plasma membrane and to filamentous structures within the cell corresponding to ARF6 regulated tubular endosomes. Activation of RAC1 and CDC42 can direct the relocalization of USP6 to the plasma membrane in a manner that depends on the integrity of the actin cytoskeleton PMID 19077034 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 USP6 的染色體異常是良性骨性腫瘤動脈瘤性骨囊腫的常見遺傳特徵。t(16;17)(q22;p13) 易位涉及 CDH11，形成由強 CDH11 啟動子與完整 USP6 編碼序列相連的融合基因，並使 USP6 轉錄上調；此描述的是疾病關聯及轉錄變化。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving USP6 is a common genetic feature of aneurysmal bone cyst, a benign osseous neoplasm. Translocation t(16;17)(q22;p13) with CDH11. The translocation generates a fusion gene in which the strong CDH11 promoter is fused to the entire USP6 coding sequence, resulting in USP6 transcriptional up-regulation PMID 15026324 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGACAGCTAGCGGCGCGGCGGGACGGGCGGGCCCCGACGC40CCAGCTCCAAATGCGTGGCCGCTGTGGGAGCTCGTCTCCA80GGCGCCCATCAGTCTTCCCCTCACTCGACGCTACCTTGGC120GGCCGCGCCCATGCTGTCCCCGCTCCAACTAGCAGTCAGG160AGGGGCCGCGGGCAGCGCTCGAGACGCTCATTGAGAGGAC200TTCCCGCCTGCGGGCTCTCTGCTCGACGCCACTCCCGGCC240CCGCTCCGGGCGGCCCCCCTCACCACTCCCGGCCCCGCTC280CCGGCGGCCCGCCTCACCACTCCCGGCTTCCCGGGGCTTA320GGCCCGCACCATCGAGTCGAACCGAGTCCTCATGTTTTCC360TAGACAAGCCGCTGGGGGAGAGGGGAAACACTTCTGGCCC400ATGTGAGCCGCCGTCTCGTGTGGTGTCTGAGGGGCGTCTA440CCTGGAGTCACTGAGCCGACGAAAGGGAAAAGGCCAGTGC480CTGTCCGGGAAGAGCTCAGCCTAGTGGGGCGGGCGACAAG520TTACAGTTGCTGCCTTACGATGGCCGTGGCCCGTGGAGGC560ACTAGACCCTCACCAGGGGTCTGTCAGGAAAGGCGGGCAG600ATACGTGAGGCCTGAACAGGAAGGAACTGGGAGACCCAAG640ACTGTACCGCCAAGACCGCTTTCGAGTCGGGCCGACCGGA680ATTTGAATTCGTTTCTTCACTTACTAGTTGATTTTTTTCC720TTGATTCCTTCGTGGGACTCAAGACAGGGGTGCCCTGTTT760ACTCAGCCCACTGTGCTCAACCTCTTGCAGGAGTGTGCAG800GAAATGAAGGCCCTTTGAGGTCAGGTGGATGAGGATGTCA840GTGTGAAGATGGACACTGTGCCTGGAGTGAACCTGAGCTG880GATCCTGAATGAGATGCATGACCAGGACAAGAAATTGGTG920GAGAAGAGCTACAAGGATGCCAAGGGCTGTTTCTTCAGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。