基因總覽
USP27X（ubiquitin specific peptidase 27 X-linked）是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因，其產物屬於 peptidase C19 家族。蛋白質長 438 個胺基酸，含有 USP domain。從已知功能來看，USP27X 是一種去泛素化酵素，能調節蛋白質上的泛素修飾，因此與免疫訊號及蛋白質穩定性的調控有關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000621775 ★ | 49,879,484–49,882,558 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
USP27X 是一種去泛素化酵素，可水解由泛素 C 端 Gly 形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、胜肽鍵及異胜肽鍵。泛素是一種 76 個胺基酸的蛋白質，可附加至其他蛋白質作為細胞內標的訊號；USP27X 移除泛素修飾，因而能調節特定蛋白質的修飾狀態與穩定性。
在先天抗病毒免疫中，USP27X 作用於 CGAS 與 RIGI。它可移除 RIGI 上以 Lys-63 連結的泛素，並因此抑制第一型干擾素訊號；對 MDA5/IFIH1 上 Lys-63 連結的泛素化程度也有調節作用。這些作用顯示，USP27X 對不同核酸感知相關蛋白的泛素修飾具有調節能力，但來源未進一步說明其對 MDA5/IFIH1 的調節方向。
另一方面，USP27X 可移除 CGAS 上以 Lys-48 連結的泛素，促進 CGAS 穩定，並正向調節 cGAS-STING 路徑。因此，USP27X 對免疫訊號的影響取決於其作用的蛋白質與泛素連結形式：對 RIGI 的作用會抑制第一型干擾素訊號，而對 CGAS 的作用則有助於維持其穩定並促進相關路徑。
依相似性推定，USP27X 也可能在 RAF-MAPK 降解訊號出現時，降低 BCL2L11/BIM 的泛素化並使其穩定。透過影響 BCL2L11 的量，它可能抵銷 MAPK 活性的抗凋亡效果；此項作用屬於相似性推定，並非來源所述的確證結論。
Promoter 與基因調控
>USP27X ENST00000621775 GRCh38 chrX:49878484-49879584 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAGAGAAGAGGTGGATTGTGCCATCGGGCTGCTCAGCGTCTGCTGGGCCAGGAGGCCGGCTGTCAAGCCA TTAACCCACCCGTGGCCTTGGGAGCCCAGGAGGACGCGAGCAGCAGGCCCAGACCCTGCAGAGCGCTGAT AAGATGGGCCAGGGACGCGCCTCTCCAGGCCCAGCGGCCTTGGTAGCCCGGCCCCCCCGGAGCTGGGGTC CAGGCCTCCCCAGAACTGCAGCTGGAGCTTCATCCTTTTCGGGAAGCGCAGGACCTGGCGTGGGAAGGGA GACAGGGACGAGGCTAGAGGCAGGCTCGGCCGCCGAAATGATGGCCTGTCACGGCTTCTGCCTGCGCTCC CTAGGACCCCCCTCAGAGGGGACATTTCACAGCCTCAGAAACATTTCTGGACTTGGCACCCGCTCGGCCC CCAGCCCCGCAGTGGCCGAGGGAAGCCTGCATAGACGAGGGGAAGGACGAGGAGAGGGGAGGAGACGATG AAGGGGGTCAGAGCAGCGATTGGAGCCGAGAGCTGGAAGCGCCTTAAAGAGACTGCGCGGTCCCCGCCCC CCTTCCCGCCAGCCTCAATGAATTAGAGCTGTGTTTCCCAAACTTGCCTGATCATAAGCAGCCTCTGGGG CCCTAGTTAGAGATACAGGTTCCGGAGTACCTCCCTTCGAGATTCTGATTCAGTAGGCCTGCGGGTGGAG CCAAGGAATCTGTAATTTTAACACGCTCCCCACGTGATTCTCGTGAACAAGCAAGTTTGGAAAATACTGA ATTAAAGGAAACGGGGCCTGGCTGCAGAAGCAGCCTCCACTAGGGGGCTTCGGCGGGAGGATTCCCGGGG GCGTCGCCTGCTTCCGCCGCCGCCTCCTTCAGTGAAAGTCCCTTTTGGGTCCAGCTGCCACAGCCACCGC GCTCCCTCAGGCCGGGCGGGGGACACCCCAGGTCTGCGTGGCCCCCGCGCCGCCACGCCCAGTGGCCGCC CGAGCCCTGCGAGCAGGGGGAGGAGCCGCCGCCAGTGGAGGCGGAGGAGGTAGAGGAGGCGGAGACGGCG GAGAAGGCGGAGAGGAAGGTGGAGGCGGAGGCGAAGGTGGAGGGGAAGGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_9PRJ2 · enhancer · 49876865–49877200 · regulatory
ENSRX_5FPQ9S · CTCF_binding_site · 49876943–49876964 · regulatory
ENSRX_C6XM5 · enhancer · 49878405–49879429 · regulatory
ENSRX_74X76T · promoter · 49879430–49879494 · regulatory
ENSRX_BCW9F · enhancer · 49879495–49880226 · regulatory
ENSRX_5FPQQP · CTCF_binding_site · 49879733–49879754 · regulatory
ENSRX_9PRL6 · open_chromatin_region · 49884324–49884712 · regulatory
ENSRX_5FPRKH · CTCF_binding_site · 49884435–49884456 · regulatory
· motif · 49875400–49875413 · motif
· motif · 49875400–49875413 · motif
· motif · 49875490–49875503 · motif
· motif · 49875490–49875503 · motif
· motif · 49876945–49876961 · motif
· motif · 49877169–49877180 · motif
· motif · 49877169–49877180 · motif
· motif · 49877484–49877499 · motif
· motif · 49879203–49879219 · motif
· motif · 49879203–49879219 · motif
· motif · 49879212–49879221 · motif
· motif · 49879212–49879221 · motif
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· motif · 49879549–49879562 · motif
· motif · 49879555–49879568 · motif
· motif · 49879579–49879592 · motif
· motif · 49879597–49879610 · motif
· motif · 49879735–49879751 · motif
· motif · 49884437–49884453 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：438 aa
USP27X 蛋白質長 438 個胺基酸，屬於 peptidase C19 家族。其註解包含位於第 78 至 421 個胺基酸的 USP domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
USP27X 定位於細胞質的細胞質溶膠及細胞核；來源未提供定位隨條件改變或異構型間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
USP27X 與磷酸化的 BCL2L11 異構型 BIMEL 互作；此互作伴隨 BCL2L11 去泛素化及穩定化。
疾病與遺傳關聯
USP27X 的基因變異與 X-linked intellectual developmental disorder 105（XLID105）相關。此疾病屬智能障礙，特徵為整體智力功能顯著低於平均，並伴隨適應行為受損，且在發育期出現。非症候群型 X 連鎖病例以智力缺陷為主要症狀；症候群型則可能伴有身體、神經或精神方面的表現。來源將此疾病歸因於影響 USP27X 的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | USP27X 是參與先天抗病毒免疫的去泛素化酵素，可作用於 CGAS 與 RIGI。它移除 RIGI 上 Lys-63 連結的泛素並抑制第一型干擾素訊號，也調節 MDA5/IFIH1 的 Lys-63 泛素化程度；對 CGAS 則移除 Lys-48 連結的泛素，使其穩定並正向調節 cGAS-STING 路徑。依相似性推定，它也可能在 RAF-MAPK 降解訊號下穩定 BCL2L11/BIM，並可能抵銷 MAPK 活性的抗凋亡作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Deubiquitinase involved in innate antiviral immunity by mediating deubiquitination of CGAS and RIGI. Negatively regulates RIGI by mediating 'Lys-63'-linked deubiquitination of RIGI, inhibiting type I interferon signaling. Also regulates 'Lys-63'-linked ubiquitination level of MDA5/IFIH1. Acts as a positive regulator of the cGAS-STING pathway by catalyzing 'Lys-48'-linked deubiquitination of CGAS, thereby promoting its stabilization. Can reduce the levels of BCL2L11/BIM ubiquitination and stabilize BCL2L11 in response to the RAF-MAPK-degradation signal (By similarity). By acting on BCL2L11 levels, may counteract the anti-apoptotic effects of MAPK activity (By similarity) PMID 31534008 ↗ · PMID 32027733 ↗ |
| 分子活性 | USP27X 具有硫醇依賴性水解活性，可切斷泛素 C 端 Gly 所形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、胜肽鍵及異胜肽鍵。泛素是由 76 個胺基酸構成的蛋白質，附加到其他蛋白質上時可作為細胞內標的訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). PMID 31534008 ↗ · PMID 32027733 ↗ |
| 交互作用 | USP27X 與經磷酸化的 BCL2L11 異構型 BIMEL 互作；此互作會促使 BCL2L11 去泛素化，並使 BCL2L11 穩定。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with phosphorylated BCL2L11 isoform BIMEL; this interaction leads to BCL2L11 deubiquitination and stabilization |
| 細胞定位 | USP27X 的細胞定位包括細胞質中的細胞質溶膠，以及細胞核。 | 推論支持 | |
| 疾病關聯 | USP27X 的基因變異與 X-linked intellectual developmental disorder 105（XLID105）相關。此病為發育期出現的智能障礙，伴隨整體智力功能顯著低於平均及適應行為受損；非症候群型以智力缺陷為主要症狀，症候群型則可伴隨身體、神經或精神表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder, X-linked 105 XLID105 A form of intellectual disability, a disorder characterized by significantly below average general intellectual functioning associated with impairments in adaptive behavior and manifested during the developmental period. Intellectual deficiency is the only primary symptom of non-syndromic X-linked forms, while syndromic forms present with associated physical, neurological and/or psychiatric manifestations. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300984 PMID 25644381 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGGAGCCGCCGCCAGTGGAGGCGGAGGAGGTAGAGGAGGC40GGAGACGGCGGAGAAGGCGGAGAGGAAGGTGGAGGCGGAG80GCGAAGGTGGAGGGGAAGGCGGAGGCGGCGGGGAAGGCGG120AGGCGGCGGGGAAGGTGGACGCCACCGAGAAGGTGGAGAC160GGCGGGGAAGGTGGACGCCGCTGGGAAGGTGGAGACGGCG200GAGGGTCCGGGCCGCCGGGCTGAGCTCAAGCTGGAGCCCG240AACCCGAGCCGGTCCGGGAGGCGGAGCAGGAGCCGAAGCA280GGAGCTGGAGGATGAGAACCCAGCGCGGAGCGGCGGTGGC320GGCAACAGCGACGAGGTTCCTCCCCCCACCCTTCCCTCCG360ATCCACCGCGGCCCCCCGATCCCTCTCCGCGTCGCAGTCG400TGCGCCGCGCCGCCGACCCCGGCCCCGGCCCCAGACCCGG440CTCCGTACCCCGCCGCAGCCTAGGCCCCGGCCCCCGCCCC480GGCCCCGGCCCCGGCGCGGCCCTGGGGGCGGATGCCTGGA520TGTGGATTTTGCCGTGGGGCCACCAGGCTGTTCTCACGTG560AACAGCTTTAAGGTGGGAGAGAACTGGAGGCAGGAACTGC600GGGTTATCTACCAGTGCTTCGTGTGGTGTGGAACCCCAGA640GACCAGGAAAAGCAAGGCAAAGTCCTGCATCTGCCATGTG680TGTGGCACCCATCTGAACAGACTCCACTCTTGCCTTTCCT720GTGTCTTCTTTGGCTGCTTCACGGAGAAACACATTCACGA760GCACGCAGAGACGAAACAACACAACTTAGCAGTAGACCTG800TATTACGGAGGTATATACTGCTTTATGTGTAAGGACTATG840TATATGACAAAGACATTGAGCAAATTGCCAAAGAAGAGCA880AGGAGAAGCTTTGAAATTACAAGCCTCCACCTCAACAGAG920GTTTCTCACCAGCAGTGTTCAGTGCCAGGCCTTGGTGAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。