基因總覽
USP21（ubiquitin specific peptidase 21）是蛋白質編碼基因，產物具有去泛素化功能。來源資料指出，它可作用於組蛋白 H2A、BAZ2A/TIP5，以及核糖體蛋白 RPS10/eS10 和 RPS20/uS10，並參與基因表現調控與核糖體品質控制。此外，USP21 也能移除 NEDD8，但對 Sentrin-1 conjugates 沒有作用。上述功能中，組蛋白 H2A 的相關描述標示為依相似性推定；其他作用則依來源所列研究證據描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000368002 ★ | 161,159,500–161,165,723 | 14 |
| ENST00000492950 | 161,159,450–161,162,368 | 5 |
| ENST00000289865 | 161,159,456–161,165,723 | 13 |
| ENST00000368001 | 161,159,456–161,165,723 | 13 |
| ENST00001145199 | 161,159,456–161,165,723 | 14 |
| ENST00000479344 | 161,159,521–161,160,992 | 3 |
| ENST00000696603 | 161,161,683–161,165,723 | 12 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
USP21 可去除組蛋白 H2A 上的泛素。來源將 H2A 泛素化描述為與表觀遺傳性轉錄抑制相關的標記，因此 USP21 去泛素化 H2A 後，可作為轉錄共活化因子。這項作用亦被描述為解除 H3 Lys-4 二甲基化與三甲基化所受的抑制，進而調節轉錄起始。這些組蛋白相關功能均標示為依相似性推定，並非在此來源中以確證語氣陳述。
在其他底物上，USP21 可去泛素化 BAZ2A/TIP5，並促進其穩定。它也能從 NEDD8 conjugates 移除 NEDD8；來源特別指出，USP21 對 Sentrin-1 conjugates 沒有效果，因此其去修飾作用並非對所有類似修飾物都相同。
USP21 亦參與核糖體品質控制（RQC）的負向調節。它透過去泛素化 40S 核糖體蛋白 RPS10/eS10 與 RPS20/uS10，拮抗 ZNF598 介導的 40S 泛素化。這項作用將 USP21 的去泛素化功能連結至核糖體品質控制過程；來源未進一步說明其影響範圍或其他下游結果。
在酵素反應方面，USP21 具有硫醇依賴性水解活性，可水解由 ubiquitin C 端 Gly 形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、胜肽鍵與異胜肽鍵。Ubiquitin 是一種 76 個胺基酸的蛋白質，可附著於蛋白質並作為細胞內標的訊號。上述反應性質說明 USP21 去除 ubiquitin 修飾的化學基礎；其對特定底物的作用則依各底物與生物過程而異。
Promoter 與基因調控
>USP21 ENST00000368002 GRCh38 chr1:161158500-161159600 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCCACTGAGGCAGGGCAGAGGGACCTTTGATAGGCTACGATACTATTTTCCTGTGCATCACACTTAACT CATCTAACTGCTTCCCCGGACACCCTCCACCTCTAGTTGTTACTAAGTAGCTGCAGTAGGCATTGCTGGG GAAGAAACAAACACACACCAAACAGTACTGCTACTTAGTTTCTAAGGCTGCACAGGGAAGGGAAAGACTG GGCTTTGGACAATCTAGAGGTAATTTATATCCGCCCCCAGGTGGAGCAACATGCGATTCTGGAGGCACGG GGGTAACTGAAAGTGAGTACATATAGTCTTTCTGGTTTCTGGAGATAACCCATCAATAAAAGCTGCTTCC TCTGGTAGCCTGTGGTTCTCATTGGGAGCTGTTAACAGAGGGCAAGTGGGCTGAAACCTGAGGCACATGA ACAGCTACGCCGGGTTGGGTTGGGAAAGAGTCGGAAATAGGGGATGCTCTGGTCAGGAGTGGGAATGAAA TGTTGACTGTTCCCCCTGCTGCTCAGATCTACCTTTGTCCTTTAGTGGTGAGCCATGCTTTGCCCTACCG TGTTAGCCTGCAAGAAGTGGTTTTGCCGGACCAGCACTTCCCGCCCTCCAGGGATCTTCCCAGCCCTCTG TGAAGTGCTAGATGCTTCTCCACTGGTCTGCGGGCTGGACCCAGGCCTGCAGTTTGCCATACTTGCGCCC CTGCTGTTTGGGAAGGATCTGTGCTGTAAGCCTCGCGGCCATACTACGACTGTCAGATCTCCATCCCTAT GGGCTATAGGATGGGGCGACGGCACCCTATACCTCAGGGACTTGCTTTGGAGTCATGGATTAAAGACCTC TCTGGGCAGCGTTGAGAACCAGCGACCCTAAACTTGGCTGCGTTTCCATGGTGTCGATCGCGGAGCCGTG GGGGCGGGCTCACGCAAGCGCCAAGGGACCGGTGGGAGGAGTTCGGGTGTGGATGCGCAGGCGCTTTGAG AGACGGTGAAGCCGGTGGCCGGTGGCCGGGCGGGACCAACAAAGATGGCGGCGGCCCCTGCGGCGGGAGC GATCTGGGCAACGGCTGCGGCTAAAGCTGCAGCCGGGCCCACGGGGGGGCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| USP21_1 ↗ | 1:161,159,500 | 正股 | 161,159,451–161,159,510 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_CKZQW · enhancer · 161158365–161159407 · regulatory
ENSR1_53DWGJB · CTCF_binding_site · 161158737–161158758 · regulatory
ENSR1_53DWGKH · CTCF_binding_site · 161158995–161159016 · regulatory
ENSR1_86PX7K · promoter · 161159408–161159547 · regulatory
ENSR1_B36ZJZ · enhancer · 161159548–161160465 · regulatory
· motif · 161154833–161154845 · motif
· motif · 161154911–161154923 · motif
· motif · 161158739–161158755 · motif
· motif · 161158997–161159013 · motif
· motif · 161159150–161159165 · motif
· motif · 161159420–161159431 · motif
· motif · 161159420–161159431 · motif
· motif · 161159463–161159474 · motif
· motif · 161159463–161159474 · motif
· motif · 161159522–161159532 · motif
· motif · 161159528–161159545 · motif
· motif · 161159931–161159944 · motif
· motif · 161159936–161159948 · motif
· motif · 161159938–161159945 · motif
· motif · 161159938–161159953 · motif
· motif · 161159982–161159995 · motif
· motif · 161160002–161160015 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：565 aa
USP21 蛋白長 565 個胺基酸，屬於 peptidase C19 family 的 USP21 subfamily。其 USP domain 位於第 212 至 558 個胺基酸；第 1 至 103 位被註記為無序區域。第 134 至 152 位含有 Nuclear export signal。
蛋白質三維結構
細胞內定位
USP21 被標示位於細胞質與細胞核。 來源未提供其定位改變的條件、動態或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- ADAMTSL4Q6UY14-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CPSF6Q16630-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EFEMP2O95967 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXC10Q9NYD6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KCTD9Q7L273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT40Q6A162 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UCHL1P09936 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
來源記載 USP21 與 BEND3 互作，但未進一步說明此關係是否涉及特定複合體，或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | USP21 可去除組蛋白 H2A 上與表觀遺傳性轉錄抑制相關的泛素標記，並作為轉錄共活化因子；這些作用及其對 H3 Lys-4 二甲基化、三甲基化抑制的解除均為依相似性推定。它也可去泛素化 BAZ2A/TIP5 並促進其穩定、移除 NEDD8（但不作用於 Sentrin-1 conjugates），以及去泛素化 RPS10/eS10 和 RPS20/uS10，拮抗 ZNF598 介導的 40S 泛素化，負向調節 RQC。 | 含實驗來源 | 證據與來源Deubiquitinates histone H2A, a specific tag for epigenetic transcriptional repression, thereby acting as a coactivator (By similarity). Deubiquitination of histone H2A releaves the repression of di- and trimethylation of histone H3 at 'Lys-4', resulting in regulation of transcriptional initiation (By similarity). Regulates gene expression via histone H2A deubiquitination (By similarity). Deubiquitinates BAZ2A/TIP5 leading to its stabilization. Also capable of removing NEDD8 from NEDD8 conjugates but has no effect on Sentrin-1 conjugates. Also acts as a negative regulator of the ribosome quality control (RQC) by mediating deubiquitination of 40S ribosomal proteins RPS10/eS10 and RPS20/uS10, thereby antagonizing ZNF598-mediated 40S ubiquitination PMID 10799498 ↗ · PMID 26100909 ↗ · PMID 32011234 ↗ |
| 分子活性 | USP21 具有硫醇依賴性水解活性，可水解由 ubiquitin C 端 Gly 形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、胜肽鍵及異胜肽鍵。Ubiquitin 是 76 個胺基酸的蛋白質，附著於蛋白質時可作為細胞內標的訊號；來源未進一步限定各類鍵結的底物或反應條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). PMID 10799498 ↗ · PMID 32011234 ↗ |
| 交互作用 | USP21 與 BEND3 有互作關係。這筆資料未說明互作發生的條件、涉及的複合體或其功能結果，因此不能據此推定兩者的作用機制或生物學後果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | USP21 的細胞內定位記載為細胞質與細胞核。這筆資料沒有提供定位隨條件變化的資訊，也未區分不同異構型的定位差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GGTGGCCGGGCGGGACCAACAAAGATGGCGGCGGCCCCTG40CGGCGGGAGCGATCTGGGCAACGGCTGCGGCTAAAGCTGC80AGCCGGGCCCACGGGGGGGCTGCACGGGGGTAGTAGGGGG120TGGCCCTGAACTGGGGCCTGGCCCTGGCTGGCCTCTCCCG160CCGCCTCACTGGGGGACAGGTACTGGGGATACGATGGCTG200ATTCGATAGATCTGGTTCCTGCCCTCAGTGCGTATACTGC240TCCCCACTTTCGTTGATGTGGTAGTGGTGATGACTGAGCC280AACCACCTAATGTGGAAATGAGAGGACAGCAAGATTGTGG320GTCCAGCCTGTGGTGTCCACAATGCCCCAGGCCTCTGAGC360ACCGCCTGGGCCGTACCCGAGAGCCACCTGTTAATATCCA400GCCCCGAGTGGGATCCAAGCTACCATTTGCCCCCAGGGCC440CGCAGCAAGGAGCGCAGAAACCCAGCCTCTGGGCCAAACC480CCATGTTACGACCTCTGCCTCCCCGGCCAGGTCTGCCTGA520TGAACGGCTCAAGAAACTGGAGCTGGGACGGGGACGGACC560TCAGGCCCTCGTCCCAGAGGCCCCCTTCGAGCAGATCATG600GGGTTCCCCTGCCTGGCTCACCACCCCCAACAGTGGCTTT640GCCTCTCCCATCTCGGACCAACTTAGCCCGTTCCAAGTCT680GTGAGCAGTGGGGACTTGCGTCCAATGGGGATTGCCTTGG720GAGGGCACCGTGGCACCGGAGAGCTTGGGGCTGCACTGAG760CCGCTTGGCCCTCCGGCCTGAGCCACCCACTTTGAGACGT800AGCACTTCTCTCCGCCGCCTAGGGGGCTTTCCTGGACCCC840CTACCCTGTTCAGCATACGGACAGAGCCCCCTGCTTCCCA880TGGCTCCTTCCACATGATATCCGCCCGGTCCTCTGAGCCT920TTCTACTCTGATGACAAGATGGCTCATCACACACTCCTTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。