基因總覽
ubiquitin specific peptidase 11（USP11）是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因，產物屬於 peptidase C19 家族。USP11 蛋白長 963 個胺基酸，具有 DUSP 與 USP 結構域，並含有數段預測為無序的區域。作為去泛素化蛋白酶，它能處理與蛋白質相連的泛素；這項基本性質使 USP11 得以參與多種細胞調控過程。其作用涵蓋蛋白質降解調節、DNA 修復、染色質調控與細胞增殖，具體分子作用及不同生物學情境見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000377107 ★ | 47,233,009–47,248,328 | 21 |
| ENST00000218348 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
| ENST00000866792 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
| ENST00000866793 | 47,232,866–47,248,328 | 20 |
| ENST00000866794 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
| ENST00000866795 | 47,232,866–47,248,328 | 20 |
| ENST00000866796 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
| ENST00000866797 | 47,232,866–47,248,328 | 20 |
| ENST00000866798 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
| ENST00000866799 | 47,232,866–47,248,328 | 19 |
| ENST00000866800 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
| ENST00000866801 | 47,232,866–47,248,328 | 21 |
顯示 12/27 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
USP11 是一種去泛素化蛋白酶，能從目標蛋白及多聚泛素鏈上切除泛素。其反應仰賴硫醇，水解泛素 C 端 Gly 所形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、肽鍵與異肽鍵。泛素可作為細胞內標記連接至蛋白質；USP11 移除這些連接，因而能調節目標蛋白的命運。來源指出，USP11 可抑制目標蛋白被蛋白酶體降解，但未將此效應限定為所有目標蛋白或所有情境皆適用。
在體外，USP11 對不同連接方式的泛素鏈呈現不同切割偏好：較偏好切割 Lys-6 與 Lys-63 連接的鏈；對 Lys-11 與 Lys-33 連接鏈的活性較低，對 Lys-27、Lys-29 與 Lys-48 連接鏈則極低。這些差異說明 USP11 的去泛素化作用受泛素鏈型態影響，並非對各類鏈具有相同活性；上述活性比較的證據限於體外實驗。
USP11 也參與通往 NF-kappa-B 活化的路徑調控，以及雙股 DNA 斷裂後的 DNA 修復調控。來源支持其在這些過程中具有調節角色，但未進一步界定其在所有相關步驟中的作用方式。USP11 與 Polycomb group（PcG）多蛋白 PRC1-like 複合體相關，並作為染色質調節因子；它可能藉由去泛素化該複合體的組成成分發揮作用，此機制仍以可能性表述。
此外，USP11 可去泛素化經磷酸化的 E2F1，並藉此促進細胞增殖。這項結果將 USP11 的蛋白質修飾作用連結至細胞增殖，但來源未提供可概括至其他目標或生物過程的更廣泛結論。整體來看，USP11 的功能特色在於移除泛素標記，並依目標、泛素鏈型態及細胞調控情境，參與蛋白質穩定性、DNA 損傷修復、染色質調控與增殖相關作用。
Promoter 與基因調控
>USP11 ENST00000377107 GRCh38 chrX:47232009-47233109 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGCCAGGGATGCTGCTACATATCCTGCAATGCCCACAACAAAGAAATGACAGTGCTGAGGTTGAGAGACC CTGGCCTAGTCCAAGGGTTCTCAAACTTTGGGTCTCGGGATTCCTTTATGTTCTTAAAAGTTTAAGATAT TCAAAAGAGTTTTTGCTTATGTCATATAGCCTCTGGATTCAGAAGCCTCTGGATAATCACACTGTACACC CCTGAGAGAATGAGAGTGAAAAAGTATTGTGAAAATAGTTTTCATTTTGTGAAACCCCAAGAGGATTTTT GGACCGGTAGACAGGCTGGGACCACTGGGACCACACGGTTGGAGAATGTTTGGCCTGGTGTTTAAGGTCA CAGCTCTGAAACCAGATTTCTCAAGTCTAAACTGCAGCTCCACCACTAATTAGCTGAGGGACGTTTCTGG TACTCAGCGTCCCCATTGTTACCCATGGGTGACAAGGACAGTACCTGCTGCCTGAGGCTACTATTTTAGT CCAATAAAGCACTTAAACTGGGCGGACAGCTAGTTTAGTTATGATTGCTATGACTCCAACAAACATAGGG CCTGGGGCTAACTTGTCTTCAACACCTTGTCTAGTGAATAAATCTAGTTCAGGAAGAGAAACAACAGCCC GCAGGCCTCGGTGGGTCTCTGGAGGTGGAAACCTCTTTTGCATTGGGTTTTGATGGTACAATGAAGGGCA TTCTGATCAGGCTAACAAAAACACTGCTCCCAGGGTAGGAGTCCTAGCCCACCTCGGGAACCTCAGCCTC CACTTTCCATGCCACCTGTGCCCTAAGTCTACAGGGCGTTAGGACCCCACAAGGCACTTTTGTCTTTCTT GGTTCCCACTGAAGATTTTACCCCACCTAGCCCTTCGACGCGTCTGTGCACGGGGCCATTTCCAATATGG CAGTAGCCCCGCGACTGTTTGGGGGGCTCTGCTTCCGTTTCCGGGACCAGAATCCGGAAGTGGCTGTTGA GGGGCGTCTTCCAATCTCGCACAGCTGCGTTGGCTGTAGAAGAGAACGGACGGCGATGGCGACGGTCGCA GCAAATCCAGCTGCTGCTGCGGCGGCTGTGGCGGCGGCAGCGGCGGTGACT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| USP11_1 ↗ | X:47,233,024 | 正股 | 47,232,975–47,233,034 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_BCD4F · promoter · 47232376–47233019 · regulatory
· motif · 47232271–47232284 · motif
· motif · 47232271–47232284 · motif
· motif · 47232948–47232959 · motif
· motif · 47232954–47232963 · motif
· motif · 47232967–47232980 · motif
· motif · 47232969–47232980 · motif
· motif · 47232969–47232980 · motif
· motif · 47232971–47232980 · motif
· motif · 47233075–47233092 · motif
· motif · 47233090–47233107 · motif
· motif · 47233099–47233116 · motif
· motif · 47233178–47233191 · motif
· motif · 47233314–47233329 · motif
· motif · 47233320–47233333 · motif
· motif · 47233326–47233339 · motif
· motif · 47233493–47233504 · motif
· motif · 47233493–47233504 · motif
· motif · 47233550–47233563 · motif
· motif · 47233585–47233596 · motif
· motif · 47233643–47233656 · motif
· motif · 47233643–47233656 · motif
· motif · 47233826–47233836 · motif
· motif · 47234092–47234103 · motif
· motif · 47234767–47234780 · motif
· motif · 47234767–47234780 · motif
· motif · 47237955–47237966 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：963 aa
USP11 蛋白長 963 個胺基酸，屬於 peptidase C19 家族。序列註解包含位於第 76–184 位的 DUSP 結構域，以及第 309–930 位的 USP 結構域。另有四段被註解為無序區：第 64–93 位、第 644–691 位、第 716–735 位及第 938–963 位；部分無序區與 DUSP 結構域範圍重疊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
USP11 主要位於細胞核，也見於細胞質與染色體，並與染色質相關。 來源未指出不同位置之間轉換的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- BMI1P35226 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- CBX8Q9HC52 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- DECR2Q9NUI1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ORAI1Q96D31 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PALB2Q86YC2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PCGF2P35227 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RING1Q06587 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RNF2Q99496 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- E7P03129 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NPQ9DLK6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAP15659 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- tatP04608 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
USP11 以單體形式存在，並是 Polycomb group（PcG）多蛋白 PRC1-like 複合體的相關組成成分。另有互作記錄涉及 RANBP9/RANBPM、BRCA2、CHUK/IKKA、NFKBIA、SPRY3、RAE1、MYCBP2/PAM 與 KCTD6。微生物感染情境下，USP11 亦與 papilloma virus protein 16E7 互作；來源未提供此互作的功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | USP11 可從目標蛋白與多聚泛素鏈移除泛素，並抑制目標蛋白遭蛋白酶體降解。體外實驗顯示，它偏好切割 Lys-6 與 Lys-63 連接鏈，對 Lys-11、Lys-33 的活性較低，對 Lys-27、Lys-29、Lys-48 則極低。它也參與 NF-kappa-B 活化路徑及雙股 DNA 斷裂後的修復調控，並與 PRC1-like 複合體相關，可能藉由去泛素化其組成成分調節染色質；此外，去泛素化磷酸化 E2F1 可促進細胞增殖。 | 含實驗來源 | 證據與來源Protease that can remove conjugated ubiquitin from target proteins and polyubiquitin chains. Inhibits the degradation of target proteins by the proteasome. Cleaves preferentially 'Lys-6' and 'Lys-63'-linked ubiquitin chains. Has lower activity with 'Lys-11' and 'Lys-33'-linked ubiquitin chains, and extremely low activity with 'Lys-27', 'Lys-29' and 'Lys-48'-linked ubiquitin chains (in vitro). Plays a role in the regulation of pathways leading to NF-kappa-B activation. Plays a role in the regulation of DNA repair after double-stranded DNA breaks. Acts as a chromatin regulator via its association with the Polycomb group (PcG) multiprotein PRC1-like complex; may act by deubiquitinating components of the PRC1-like complex. Promotes cell proliferation by deubiquitinating phosphorylated E2F1 PMID 15314155 ↗ · PMID 17897950 ↗ · PMID 18408009 ↗ · PMID 19874889 ↗ · PMID 20233726 ↗ · PMID 24724799 ↗ · PMID 28992046 ↗ |
| 分子活性 | USP11 以硫醇依賴方式水解泛素 C 端 Gly 所形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、肽鍵及異肽鍵。泛素是一種長 76 個胺基酸的蛋白質，可連接至蛋白質，作為細胞內的標記訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). PMID 12084015 ↗ · PMID 24724799 ↗ · PMID 28992046 ↗ |
| 交互作用 | USP11 可呈單體形式，並是 Polycomb group（PcG）多蛋白 PRC1-like 複合體的相關組成成分。記錄的互作對象包括 RANBP9/RANBPM、BRCA2、CHUK/IKKA、NFKBIA、SPRY3、RAE1、MYCBP2/PAM 與 KCTD6。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Associated component of the Polycomb group (PcG) multiprotein PRC1-like complex. Interacts with RANBP9/RANBPM. Interacts with BRCA2. Interacts with CHUK/IKKA. Interacts with NFKBIA. Interacts with SPRY3, RAE1, MYCBP2/PAM, and KCTD6 PMID 12084015 ↗ · PMID 15314155 ↗ · PMID 17897950 ↗ · PMID 19874889 ↗ · PMID 20601937 ↗ · PMID 24724799 ↗ · PMID 29293652 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，USP11 與 papilloma virus protein 16E7 互作；來源未提供這項互作的功能後果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | USP11 主要位於細胞核，也可見於細胞質與染色體，並與染色質相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Chromosome; Predominantly nuclear. Associates with chromatin PMID 12084015 ↗ · PMID 15314155 ↗ · PMID 20233726 ↗ · PMID 28992046 ↗ · PMID 20601937 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACAGCTGCGTTGGCTGTAGAAGAGAACGGACGGCGATGGC40GACGGTCGCAGCAAATCCAGCTGCTGCTGCGGCGGCTGTG80GCGGCGGCAGCGGCGGTGACTGAGGATAGAGAGCCACAGC120ACGAGGAGCTGCCAGGCCTGGACAGCCAGTGGCGCCAGAT160AGAAAACGGCGAGAGTGGGCGAGAACGTCCACTGCGGGCC200GGCGAAAGCTGGTTCCTTGTGGAGAAGCACTGGTATAAGC240AGTGGGAGGCATACGTGCAGGGAGGGGACCAGGACTCCAG280CACCTTCCCTGGCTGCATCAACAATGCCACACTCTTTCAA320GATGAGATAAACTGGCGCCTCAAGGAGGGACTGGTGGAAG360GCGAGGATTATGTGCTGCTCCCAGCAGCTGCTTGGCATTA400CCTGGTCAGCTGGTATGGTCTAGAGCATGGCCAGCCACCC440ATTGAACGCAAGGTCATAGAGCTGCCCAACATCCAGAAGG480TCGAAGTGTACCCAGTAGAACTGCTGCTTGTCCGGCACAA520TGATTTGGGCAAATCTCACACTGTTCAGTTCAGCCATACC560GATTCTATTGGCCTAGTATTGCGCACAGCTCGGGAGCGGT600TTCTGGTGGAGCCCCAGGAAGACACTCGGCTTTGGGCCAA640GAACTCAGAAGGCTCTTTGGATAGGTTGTATGACACACAC680ATCACGGTTCTCGATGCGGCCCTTGAGACTGGGCAGTTGA720TCATCATGGAGACCCGCAAGAAAGATGGCACTTGGCCCAG760CGCACAGCTGCATGTCATGAACAACAACATGTCGGAAGAG800GATGAGGACTTCAAGGGTCAGCCAGGCATCTGTGGCCTCA840CCAATCTGGGCAACACGTGCTTCATGAACTCGGCCCTGCA880GTGCCTCAGCAATGTGCCACAGCTCACCGAGTACTTCCTC920AACAACTGCTACCTGGAGGAGCTCAACTTCCGCAACCCAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。