基因總覽
ubiquitin specific peptidase 1（USP1）是由 USP1 基因編碼的蛋白質，屬於 peptidase C19 家族。其蛋白質全長 785 個胺基酸，含有涵蓋第 81 至 785 個胺基酸的 USP domain。序列中另有數段被註記為無序區域，分布於蛋白質的 N 端及中、後段。USP1 的主要角色與細胞內泛素修飾的去除有關，並涉及 DNA 損傷修復及 PCNA 介導的跨損傷合成。它本身的去泛素化活性很低，與 WDR48 互作後活性較高。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000339950 ★ | 62,437,049–62,451,804 | 9 |
| ENST00000899247 | 62,436,041–62,454,457 | 9 |
| ENST00000956646 | 62,436,041–62,454,457 | 9 |
| ENST00001144957 | 62,436,041–62,454,457 | 9 |
| ENST00000452143 | 62,436,297–62,443,320 | 5 |
| ENST00000442679 | 62,436,298–62,441,580 | 3 |
| ENST00000371146 | 62,436,304–62,454,457 | 9 |
| ENST00000956643 | 62,436,304–62,454,457 | 9 |
| ENST00000956645 | 62,436,325–62,454,457 | 11 |
| ENST00000956644 | 62,436,327–62,454,457 | 8 |
| ENST00000924083 | 62,436,594–62,454,457 | 9 |
| ENST00000956647 | 62,437,434–62,454,457 | 9 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
USP1 是去泛素化酵素，可移除底物上的泛素修飾。其酵素反應依賴硫醇，能水解泛素 C 端 Gly 所形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、肽鍵及異肽鍵。泛素是一種 76 個胺基酸的蛋白質，可附著於其他蛋白質，作為細胞內的標的訊號；USP1 對相關鍵結的水解，因而能調整底物的泛素化狀態。
在 DNA 損傷修復中，USP1 可特異性去除單泛素化 FANCD2 上的泛素，因此被描述為 DNA 損傷修復的負向調節因子。這項作用與 FANCD2 的單泛素化狀態相關，來源並未將其描述為促進修復，而是指出 USP1 對修復過程具有負向調節作用。
USP1 也參與 PCNA 介導的跨損傷合成（TLS）：它去除單泛素化 PCNA 上的泛素，調節這種 DNA 損傷相關合成過程中的 PCNA 修飾。此功能與其對 FANCD2 的作用同樣涉及底物去泛素化，但對應的底物及生物學情境不同。
USP1 單獨存在時幾乎沒有去泛素化活性；與 WDR48 互作後，才具有較高活性。因此，USP1 的功能表現不只取決於其辨識並水解泛素鍵結的能力，也與 WDR48 的協助有關。這項條件限制了對 USP1 酵素作用的理解：不能將其描述為單獨即可充分執行高活性的去泛素化反應。
Promoter 與基因調控
>USP1 ENST00000339950 GRCh38 chr1:62436049-62437149 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGGCCGAGAAAGGGAAGAGGTAAACAGGCGAAAATGAGGCGAGCAGGGGCTGAGGACCGGGCCTCAGCTC TACAGCATTCGCCTGAGCATGTATTGTTATCCGTGGCAGCGCCTTGTCTCATTGGATGGCCCTAGGCCTA GTGTGGCCGCGACTCCGAACTGAAAGCCCAAGCGCGGCGGCGTCCAGCCGGGCAGCCATTTTCCGAAGCT GCTCTCTTGGTAACCCCGCCCGGGCGCGTACGCACGAACGGAGGCGGGGCTTACCGCGAGGGCCTCGCTC CGGAAGCCGCACCCTCCGCGGCGTCCCACCGTCGAGGATTAACAAAACGCCAAACAAGATTTTAACAGTC GGCAGCGAAAGCGCGCACTCGAGCGCCAATGAGAGCGGAAGGAGGGGCACCGCGCCTGAGGAACACTCCG TATGTCGAACAATGATTGGCTGGAGCCCACCTTTCTTCTTTTTTGCTATTAGATGGGCTTGCTGCTCCCG CCCATCTAATTGGCTTTGGTCTAGGTACTTCTGATTGGCTTCCCCCGGGCGGTGGGAGGCGCGGTTTTGG GGATTGTTCATCATGGATTGGTGAATTTGGGCTCCTTCTCGAGGTGGTGGCCCATCCCGTCTGCTCTCTG TCCCGTCTCCCGACCCGTACGCTTTTCCCTCAACTCGCGCGCACGAATGGTTAAAAAAAGGGTGTGAGGC TCGAGCCCGCCAGCCAGGCCGCTAGCACCTCGCGCGCGCCCTCAGCGAGGACCCGCACGAGCTGCCCGGC TCTGTGCCTGCGTTGTTTGAAACTGTGGAACCCGTTAGGCTTTTGGGGAACTACAGTCCCAGCTGGCTCC GGAGCCCGTGCGTGCCAGGGGCGAGTGGCCGTCGCGAGACGGCTCCTGCCTTTCGTGTCTCTGCAGCGTG GAGACTGGAACCGGCAATTTCAAAGGACGCCACGTTCAATCGCAGCGCTGGCGCGGGCGGAGGCTAAAAC ACGGGGGTCCTGAGACTGAGGAAAACGCGCCAAGTTCCCCTCGGTGGCGGAGTGCTAAAGACCCTAGCGG TTCAGGCGTTCGGCGAGCGGGGCCGCTGCTTGTTGCGCTCCTGGCTCTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| USP1_1 ↗ | 1:62,436,671 | 正股 | 62,436,622–62,436,681 |
| USP1_2 ↗ | 1:62,437,050 | 正股 | 62,437,001–62,437,060 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_83SK6R · enhancer · 62433962–62434134 · regulatory
ENSR1_BGDJX · enhancer · 62435339–62436247 · regulatory
ENSR1_75N5G7 · promoter · 62436248–62436314 · regulatory
ENSR1_9WR57 · promoter · 62436559–62437059 · regulatory
ENSR1_C879M · enhancer · 62437060–62438739 · regulatory
ENSR1_75N5KG · enhancer · 62439042–62439166 · regulatory
ENSR1_83SKBC · enhancer · 62440062–62440295 · regulatory
· motif · 62436298–62436308 · motif
· motif · 62436588–62436605 · motif
· motif · 62436649–62436662 · motif
· motif · 62436797–62436813 · motif
· motif · 62437002–62437013 · motif
· motif · 62437633–62437646 · motif
· motif · 62437654–62437667 · motif
· motif · 62437785–62437794 · motif
· motif · 62437785–62437794 · motif
· motif · 62438954–62438969 · motif
· motif · 62438954–62438969 · motif
· motif · 62439086–62439106 · motif
· motif · 62440734–62440756 · motif
· motif · 62440734–62440756 · motif
DNA 損傷發生後，USP1 會下調。此處來源支持的是損傷後的表現變化，未提供更具體的調控機制或條件。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：785 aa
USP1 全長 785 個胺基酸，屬於 peptidase C19 家族，並含有第 81 至 785 個胺基酸構成的 USP domain。序列註解另指出四段無序區域，分別位於第 1–21、33–52、258–336 及 693–723 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
USP1 位於細胞核；來源未提供其定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- WDR48Q8TAF3 · UniProt INTERACTION · 8 experiments · 2 筆來源紀錄
USP1 與 FANCD2、PCNA 及 WDR48 互作；其中，與 WDR48 的互作和 USP1 較高的去泛素化活性相關。USP1 也與 ATAD5 互作，該互作會調節 USP1 介導的 PCNA 去泛素化。來源未將這些互作一概描述為同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | USP1 是 DNA 損傷修復的負向調節因子，能特異性移除單泛素化 FANCD2 上的泛素；也會去除單泛素化 PCNA 上的泛素，參與 PCNA 介導的跨損傷合成。USP1 本身的去泛素化活性幾乎不存在，需與 WDR48 互作才具有較高活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Negative regulator of DNA damage repair which specifically deubiquitinates monoubiquitinated FANCD2. Also involved in PCNA-mediated translesion synthesis (TLS) by deubiquitinating monoubiquitinated PCNA. Has almost no deubiquitinating activity by itself and requires the interaction with WDR48 to have a high activity PMID 15694335 ↗ · PMID 16531995 ↗ · PMID 18082604 ↗ · PMID 20147293 ↗ · PMID 26388029 ↗ |
| 分子活性 | USP1 的酵素反應依賴硫醇，可水解由泛素 C 端 Gly 形成的酯鍵、硫酯鍵、醯胺鍵、肽鍵及異肽鍵。泛素是由 76 個胺基酸構成的蛋白質，附著於其他蛋白質時可作為細胞內標的訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Thiol-dependent hydrolysis of ester, thioester, amide, peptide and isopeptide bonds formed by the C-terminal Gly of ubiquitin (a 76-residue protein attached to proteins as an intracellular targeting signal). PMID 15694335 ↗ · PMID 16531995 ↗ · PMID 18082604 ↗ · PMID 26388029 ↗ · PMID 9806842 ↗ |
| 交互作用 | USP1 與 FANCD2、PCNA 及 WDR48 互作，也會與 ATAD5 互作。ATAD5 與 USP1 的互作會調節 USP1 介導的 PCNA 去泛素化；來源未將這些互作全部界定為同一複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with FANCD2 and PCNA. Interacts with WDR48. Interacts with ATAD5; the interaction regulates USP1-mediated PCNA deubiquitination PMID 15694335 ↗ · PMID 16531995 ↗ · PMID 18082604 ↗ · PMID 20147293 ↗ · PMID 26388029 ↗ |
| 細胞定位 | USP1 位於細胞核。此定位資訊未指出特定異構型或條件差異。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | DNA 損傷後，USP1 會下調。來源未進一步說明造成此變化的調控機制或其他適用條件。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAAAACGCGCCAAGTTCCCCTCGGTGGCGGAGTGCTAAAG40ACCCTAGCGGTTCAGGCGTTCGGCGAGCGGGGCCGCTGCT80TGTTGCGCTCCTGGCTCTCCCGGGGCGGGCGCAGATGGGC120GCCGCTCCCGGGATGTAGTTGGTGTTGGTGCAAGACGGGA160GCGAGCGGCGGTCGGGGTTCCCGCTCTTGGGAGCGGATGG200TCACTCCCCCGCGGGGAGGGCGAGCCGACCAGATTTTCCT240GGGGCCGGGGACCCGGCGGGCTCGGGGCAGGGACTCACCT280GTCGCACCCACACTCATTCGGGTTGGACTTGCCGGCGTCA320CCGCCGCGGACTTCGCTTTGGGCCATGACCAGATATAATT360GGTGATTACAACTTTCCTCTATAAATTAACTCTTGACACT400CCTTGGGATTTGAAGAAAAAAATGCCTGGTGTCATACCTA440GTGAAAGTAATGGACTTTCAAGAGGTAGCCCTTCAAAGAA480AAACAGACTTTCCTTAAAGTTTTTTCAGAAAAAGGAAACT520AAGAGAGCTTTGGATTTCACAGATTCTCAAGAAAATGAAG560AAAAAGCTTCTGAATATAGAGCATCTGAAATTGATCAAGT600TGTTCCTGCAGCACAGTCTTCACCTATAAACTGTGAGAAG640AGAGAAAACTTGTTACCATTTGTGGGACTGAATAATCTCG680GCAATACTTGCTATCTTAATAGTATACTTCAGGTATTATA720TTTTTGTCCCGGTTTTAAATCTGGAGTAAAGCACTTATTT760AATATTATTTCAAGGAAGAAAGAAGCTCTAAAGGATGAAG800CCAATCAAAAAGACAAGGGAAATTGCAAAGAAGATTCTTT840GGCAAGTTATGAATTGATATGCAGTTTACAGTCCTTAATC880ATTTCGGTTGAACAGCTCCAGGCTAGTTTTCTCTTAAATC920CAGAGAAATATACTGATGAACTTGCCACTCAGCCAAGGCG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。