基因總覽
USH1C 是一個蛋白質編碼基因，其產物英文名稱為 USH1 protein network component harmonin。harmonin 是支架蛋白，可參與由 USH1C、USH1G、CDH23 與 MYO7A 組成的功能網絡，也存在於腸道微絨毛的細胞間黏附複合體中。其結構包含三個 PDZ 結構域，並有一段可與 MYO7B 互動的區域；這些結構特色與其組織蛋白互作網絡的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000005226 ★ | 17,493,900–17,544,416 | 27 |
| ENST00000527720 | 17,493,895–17,533,510 | 20 |
| ENST00000527020 | 17,493,895–17,544,435 | 20 |
| ENST00000957656 | 17,493,895–17,544,435 | 20 |
| ENST00000976219 | 17,493,895–17,544,435 | 22 |
| ENST00000976220 | 17,493,895–17,544,435 | 22 |
| ENST00000976221 | 17,493,895–17,544,435 | 22 |
| ENST00001047961 | 17,493,895–17,544,435 | 23 |
| ENST00001047962 | 17,493,895–17,544,435 | 19 |
| ENST00001047964 | 17,493,895–17,544,435 | 20 |
| ENST00001047965 | 17,493,895–17,544,435 | 21 |
| ENST00001047967 | 17,493,895–17,544,435 | 20 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
在耳蝸毛細胞中，USH1C 是由 USH1C、USH1G、CDH23 與 MYO7A 組成之功能網絡的一員，該網絡參與機械轉導。資料指出，USH1C 對耳蝸毛細胞束的正常發育與維持是必要的；此項描述標註為依相似性推定，應視為相似性證據，而非在此處直接證實的機制。
在腸道刷狀緣，USH1C 是微絨毛間黏附複合體（IMAC）的一部分，參與刷狀緣分化，並協助調控微絨毛的組織排列與長度。這些作用將其複合體角色連結至微絨毛結構的形成與維持。
USH1C 可能在 IMAC 組裝中具有核心調控作用，並招募 CDHR2、CDHR5 與 MYO7B 至微絨毛頂端。來源以「可能」描述這項調控角色，因此不宜視為確定無疑的結論。整體而言，來源支持 USH1C 在耳蝸毛細胞束與腸道微絨毛兩種細胞結構中參與不同的功能網絡，但未提供更詳細的分子機制。
Promoter 與基因調控
>USH1C ENST00000005226 GRCh38 chr11:17544316-17545416 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGGCCCTGGGTGAAGGTCAGCCATAGATCAAAATGTCACTGCCAGGCTCTGCCAGGCTTCGATGGATATG TGAGTGTGTTGGGTTTGGGTTTTGTTTTGTCTTGTTTTGTTGGGGGTGGAGGTGTTAGGGAAGGTGGGAG GGGAAATCAGTTGAGGGGGGCACTCTCACACACACTGATTCAGACCCCTGCGGCCCACAGTAAAACCCAG CCCTGTCCCCAAGGAATTCACAGAACAAGGATTGATTTCTCCCTGGTGGAAAAGTGCAGGAGGAAGCCAG GACTGAAGGTACGCTGGAGGTGAGGGCGTAGCAAGGGCTGACAGTCCAGGAGGGCCATGAACCTCGACAA GAGTATCCAGAGAAGGCCGGGCGCGGTGGCCCGCGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGG CAGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCTTCCTGGCGAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATAC AAAAAAAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGG AGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCATGCCACTGCACTGTAGCCTGGGC GACAGAGCGAGACTCCGTCTCGGGGGGGAAAAAAAAAGAATATCCAGAGAAAACGGACTAGATTGCCCCG CCCCCCGCCCGTGTAAATAGTTTCCGTATCTCTCTATTCCGGTCCCCACAAAAAAGTCCCAAACCTCCTC CCTACGTCTCCACGATCTTCTTCCTCAAACGCATGTGTTCAGGTACCACTTCCAGAGAAATACCAGCTTG AAGCCCAGCTACTGCCACCTCAGGCCCATAGGCACACTGGGGCCCATTTGCTCCCAGGCTTCAGTGGGAG GCGACGACTCAGCACCTTCGACTCCAGCCTCGCAGCGGCCCCGCCCCACAGAGGCCTGGCCCCGCCCCTC CGCGCTCAGGCCCCGCCCCCAGCTCCGAGGGCGGCTGGCCCGGTCGCGGTCGCGGCTCTTTCCAGCTCCT GGCAGCCGGGCACCCGAAGGAACGGGTCGTGCAACGACGCAGCTGGACCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| USH1C_1 ↗ | 11:17,544,416 | 負股 | 17,544,406–17,544,465 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_B5H27 · enhancer · 17543652–17544389 · regulatory
ENSR11_98Z2J · promoter · 17544390–17544737 · regulatory
ENSR11_98Z3B · promoter · 17546992–17547383 · regulatory
ENSR11_565FXH · CTCF_binding_site · 17548154–17548175 · regulatory
ENSR11_8HX5G · enhancer · 17548545–17548742 · regulatory
· motif · 17541511–17541525 · motif
· motif · 17541511–17541525 · motif
· motif · 17542418–17542432 · motif
· motif · 17542418–17542433 · motif
· motif · 17542418–17542433 · motif
· motif · 17544492–17544506 · motif
· motif · 17544492–17544506 · motif
· motif · 17548156–17548172 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：552 aa
harmonin 長 552 個胺基酸，含有三個 PDZ 結構域，分別位於第 87–169、211–293 與 452–537 個胺基酸。第 194–552 位胺基酸區域被註記為介導與 MYO7B 的互動；第 401–427 位則預測為無序區域。N 端區域位於第 1–86 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
harmonin 位於細胞質與細胞骨架相關區域，也見於微絨毛。 依相似性資料，它與 F-actin 共定位，並可在耳蝸毛細胞靜纖毛頂端檢出；在腸道刷狀緣則富集於微絨毛。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, microvillus。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 60 個夥伴
- ABCC4O15439 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APBA1Q02410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- CYSLTR2Q9NS75 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- DGKZQ13574 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG1Q12959 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG2Q15700 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG3Q92796 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG4P78352 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DOCK4Q8N1I0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD2Q68DX3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD4Q14CM0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- FZD7O75084 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRID2IPA4D2P6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GRIP1Q9Y3R0 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GRIP2Q9C0E4 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- IL16Q14005 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KCNA5P22460 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIR3DL3Q8N743 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
USH1C 是由 ANKS4B、MYO7B、USH1C、CDHR2 與 CDHR5 組成的 IMAC 複合體成員，也參與由 USH1C、USH1G 與 MYO7A 組成的複合體。另有資料記載其與 F-actin、USH2A、SLC4A7、USHBP1、CDH23、USH1G、MYO7B、CDHR2、CDHR5、ANKS4B 及 DOCK4 互動；其中 USH1C 可能介導 CDHR2、CDHR5 與 MYO7B 在微絨毛頂端的互動。
疾病與遺傳關聯
影響 USH1C 的變異與 Usher syndrome 1C 及 Deafness, autosomal recessive, 18A 有關。Usher syndrome 是具遺傳異質性的疾病，結合視網膜色素變性與感音神經性聽力損失；USH1 的特徵包括先天性重度感音神經性耳聾、前庭功能缺失，以及青春期前開始、逐漸進展並可能導致失明的視網膜色素變性。Deafness, autosomal recessive, 18A 則屬非症候群型感音神經性聽力損失。此處來源將兩種疾病歸因於影響該基因的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | USH1C 是支架蛋白，參與由 USH1C、USH1G、CDH23 與 MYO7A 組成、介導耳蝸毛細胞機械轉導的功能網絡；依相似性資料，它對毛細胞束正常發育與維持是必要的。在腸道刷狀緣，USH1C 參與 IMAC 功能、微絨毛組織與長度的調控，並可能協助招募 CDHR2、CDHR5 和 MYO7B 至微絨毛頂端。 | 含實驗來源 | 證據與來源Anchoring/scaffolding protein that is a part of the functional network formed by USH1C, USH1G, CDH23 and MYO7A that mediates mechanotransduction in cochlear hair cells. Required for normal development and maintenance of cochlear hair cell bundles (By similarity). As part of the intermicrovillar adhesion complex/IMAC plays a role in brush border differentiation, controlling microvilli organization and length. Probably plays a central regulatory role in the assembly of the complex, recruiting CDHR2, CDHR5 and MYO7B to the microvilli tips PMID 24725409 ↗ · PMID 26812018 ↗ |
| 交互作用 | USH1C 是由 ANKS4B、MYO7B、CDHR2 與 CDHR5 組成的 IMAC 成員，也與 USH1G、MYO7A 組成複合體。另有互動對象包括 F-actin、USH2A、SLC4A7、USHBP1、CDH23、USH1G、MYO7B、CDHR2、CDHR5、ANKS4B 和 DOCK4；USH1C 可能協助 CDHR2、CDHR5 與 MYO7B 在微絨毛頂端互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the IMAC/intermicrovillar adhesion complex/intermicrovillar tip-link complex composed of ANKS4B, MYO7B, USH1C, CDHR2 and CDHR5. Part of a complex composed of USH1C, USH1G and MYO7A. Interacts with F-actin (By similarity). Interacts with USH2A. Interacts with SLC4A7. Interacts (via PDZ1 domain) with the C-terminus of USHBP1. Interacts (via N-terminus and PDZ 2 domain) with CDH23. Interacts with USH1G. Interacts with MYO7B. Interacts with CDHR2 and CDHR5; may mediate their interaction with MYO7B at the microvilli tip. Interacts (via PDZ 1 domain) with ANKS4B. Interacts (via PDZ 1 domain) with DOCK4 PMID 11311560 ↗ · PMID 12588794 ↗ · PMID 16301216 ↗ · PMID 16464467 ↗ · PMID 19297620 ↗ · PMID 20142502 ↗ · PMID 21709241 ↗ · PMID 24725409 ↗ · PMID 26812017 ↗ · PMID 26812018 ↗ · PMID 32209652 ↗ |
| 細胞定位 | USH1C 位於細胞質、細胞骨架相關區域及微絨毛；依相似性資料，它與 F-actin 共定位，並可在耳蝸毛細胞靜纖毛頂端檢出。研究亦記錄其在腸道刷狀緣微絨毛中富集。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytosol; Cytoplasm, cytoskeleton; Cell projection, microvillus; Colocalizes with F-actin (By similarity). Detected at the tip of cochlear hair cell stereocilia (By similarity). Enriched in microvilli of the intestinal brush border PMID 20142502 ↗ · PMID 19297620 ↗ · PMID 21709241 ↗ · PMID 24725409 ↗ · PMID 32209652 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 USH1C 的變異與 Usher syndrome 1C 有關。Usher syndrome 具有遺傳異質性，特徵為視網膜色素變性合併感音神經性耳聾；不同類型可依發病年齡及聽覺、前庭功能差異區分。USH1 的表現包括先天性重度感音神經性耳聾、前庭功能缺失，以及青春期前發病並逐漸進展、可導致失明的視網膜色素變性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Usher syndrome 1C USH1C USH is a genetically heterogeneous condition characterized by the association of retinitis pigmentosa with sensorineural deafness. Age at onset and differences in auditory and vestibular function distinguish Usher syndrome type 1 (USH1), Usher syndrome type 2 (USH2) and Usher syndrome type 3 (USH3). USH1 is characterized by profound congenital sensorineural deafness, absent vestibular function and prepubertal onset of progressive retinitis pigmentosa leading to blindness. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 276904 PMID 10973247 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 USH1C 的變異與 Deafness, autosomal recessive, 18A 有關；這是一種非症候群型感音神經性聽力損失。來源將感音神經性耳聾描述為可能涉及內耳神經受器、通往腦部的神經路徑，或接收聲音資訊的腦部區域受損。 | 含實驗來源 | 證據與來源Deafness, autosomal recessive, 18A DFNB18A A form of non-syndromic sensorineural hearing loss. Sensorineural deafness results from damage to the neural receptors of the inner ear, the nerve pathways to the brain, or the area of the brain that receives sound information. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 602092 PMID 12107438 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGCTCCGAGGGCGGCTGGCCCGGTCGCGGTCGCGGCTCTT40TCCAGCTCCTGGCAGCCGGGCACCCGAAGGAACGGGTCGT80GCAACGACGCAGCTGGACCTGGCCCAGCCATGGACCGAAA120AGTGGCCCGAGAATTCCGGCATAAGGTGGATTTTCTGATT160GAAAATGATGCAGAGAAGGACTATCTCTATGATGTGCTGC200GAATGTACCACCAGACCATGGACGTGGCCGTGCTCGTGGG240AGACCTGAAGCTGGTCATCAATGAACCCAGCCGTCTGCCT280CTGTTTGATGCCATTCGGCCGCTGATCCCACTGAAGCACC320AGGTGGAATATGATCAGCTGACCCCCCGGCGCTCCAGGAA360GCTGAAGGAGGTGCGTCTGGACCGTCTGCACCCCGAAGGC400CTCGGCCTGAGTGTGCGTGGTGGCCTGGAGTTTGGCTGTG440GGCTCTTCATCTCCCACCTCATCAAAGGCGGTCAGGCAGA480CAGCGTCGGGCTCCAGGTAGGGGACGAGATCGTCCGGATC520AATGGATATTCCATCTCCTCCTGTACCCATGAGGAGGTCA560TCAACCTCATTCGAACCAAGAAAACTGTGTCCATCAAAGT600GAGACACATCGGCCTGATCCCCGTGAAAAGCTCTCCTGAT640GAGCCCCTCACTTGGCAGTATGTGGATCAGTTTGTGTCGG680AATCTGGGGGCGTGCGAGGCAGCCTGGGCTCCCCTGGAAA720TCGGGAAAACAAGGAGAAGAAGGTCTTCATCAGCCTGGTA760GGCTCCCGAGGCCTTGGCTGCAGCATTTCCAGCGGCCCCA800TCCAGAAGCCTGGCATCTTTATCAGCCATGTGAAACCTGG840CTCCCTGTCTGCTGAGGTGGGATTGGAGATAGGGGACCAG880ATTGTCGAAGTCAATGGCGTCGACTTCTCTAACCTGGATC920ACAAGGAGGCTGTAAATGTGCTGAAGAGTAGCCGCAGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。