基因總覽
UHRF2（ubiquitin like with PHD and ring finger domains 2）是蛋白質編碼基因，其產物為具 E3 ubiquitin ligase 活性的蛋白質。蛋白質包含 Ubiquitin-like、YDG、PHD-type zinc finger 與 RING-type zinc finger 等結構特徵，並具有與組蛋白 H3 及 PCNP 互作相關的區域。這些特性與其參與 DNA 甲基化、組蛋白修飾、細胞週期及 DNA 修復等角色相符；其具體作用方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000276893 ★ | 6,413,199–6,507,054 | 16 |
| ENST00000381373 | 6,413,153–6,422,979 | 3 |
| ENST00000875266 | 6,413,153–6,507,054 | 15 |
| ENST00000875267 | 6,413,153–6,507,054 | 15 |
| ENST00000875268 | 6,413,153–6,507,054 | 15 |
| ENST00000934278 | 6,413,153–6,507,054 | 16 |
| ENST00001099263 | 6,413,153–6,422,979 | 3 |
| ENST00001107736 | 6,413,153–6,498,684 | 12 |
| ENST00001136987 | 6,413,153–6,507,054 | 16 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UHRF2 是 E3 ubiquitin ligase，可促進受質蛋白的 ubiquitination，並參與 DNA 甲基化、組蛋白修飾、細胞週期調控及 DNA 損傷修復。它能辨識 5-hydroxymethylcytosine（5hmC），並將多種受質帶到富含 5hmC 的基因組位置進行 ubiquitination。依相似性推定，這項作用也有助於維持特定基因組位點的 5-methylcytosine（5mC）水平，並調節神經元相關基因表現。
在細胞週期調控中，UHRF2 會 ubiquitinate cyclins CCND1 與 CCNE1，並因此誘導 G1 arrest。它也能 ubiquitinate PCNP，使其經 proteasome 降解。這些作用將 UHRF2 的 ubiquitin ligase 活性連結至細胞週期相關蛋白質的調節。
UHRF2 亦參與 DNA 損傷修復：它會 ubiquitinate p21/CDKN1A，促使該蛋白經 proteasome 降解。面對 interstrand cross-links（ICLs）時，UHRF2 可作為損傷感測因子，並與 UHRF1 協同，確保 FANCD2 被募集至 ICLs；接著 FANCD2 發生 monoubiquitination 並活化。紫外線照射時，UHRF2 會與 ATR 發生實體互作，促進 ATR 活化，參與紫外線誘發的 DNA 損傷反應。
Promoter 與基因調控
>UHRF2 ENST00000276893 GRCh38 chr9:6412199-6413299 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAAATAAACCCACTCACCCCCACCCCGACTCCCCAGCTGTAGCAGGGAAGGATTAAGAAGGCGGGGTGGG GGGTGGGGGAAGCCCTGTTAGGTAGTGCTGCGTTGGGCCCACTTCTGAGGGTTTAATCCTAGTAGGGTCT TTGGAGTTCTTTCTTCGGAGGCGCGTAGCTCTGCATTATTTAAAACTGTTTCCCGCAAACCCGCAATCCC TTAGGCCAAAGGCACCCCTAACGCGGAAAGTCTACGAACGGAAATGTCCGGAGTTAGAGAGCGGCCTTTC GGGCAGCTGCCCCGACTTCTCCAAGGCCGGAGGGCCGGCTGGGAGCGCTGCAAGCCAGAGAGGGCGATCC CAGCGGGACCCGCGGCCTGAGGATAGGCCTGGAGCTGCCGCCTCCGCCAGGCGACGGGAAACCCTCGGAA GTGGGTTTCCGCGCGAAAGTAGCATTGCGGCCAGGCGGGAAACGTGTTCGCGAAGCAGGAGGGCCCCCGG GGCCTTTCCCGGGCGACCCGACCCGCCAGGCCGCGTGGCGGGAGCTTTCCTGTTGAGCGCGGTGGAGCGC ACACATTTCCTTCAGTTCTTTCTCGGAAGTTTAGGCCGCACCCACCCGCGCCCCCTTTCCAGGATTATAC AAGTGCACGCCAGGGTTTCTTATTTTTGGTGTGTTTTTGAGACCAAAGAACCATATCCGCTAAGCCTGAG GAGGCACCCGCCCCCTCAGCTCTGAAACGAGGCCTCAAAACGGCAACCGATGTGGTAGCCGCGCAATCTT CCGAAACCCAAAGGCTAGAGGGCGTGCCCAGTGGCCAGGTGCAGGCGGTGGGGCAAGTAACGGCTTTTGG TAGCCCCGCCCCTCCGACCCGCCCTCTCCGCGCCTGCCCATTTTCGTTCCCTCGGGTCTGTAACCCTCTC CCGGGCCGCTTCCTCTTTAAGGCGGAGCCCGGCGTGGATCTCGCGAGATCCGGCTTGGCGCCGTGACCTC CATGTGGGAGCTCCAGCTCTATAAGTAAACACTCTGCGCGGCGCAGACATGGCCTCTTCCTATCTTTGAG GCGGTGTCTGCGGCAGCGCCTCAGAGTGGTTCCGGTCGTCTCTCCTCAAGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UHRF2_1 ↗ | 9:6,413,205 | 正股 | 6,413,156–6,413,215 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_B39CS · promoter · 6412709–6413428 · regulatory
ENSR9_53HPLM · CTCF_binding_site · 6412956–6412977 · regulatory
ENSR9_53HPND · CTCF_binding_site · 6413327–6413348 · regulatory
ENSR9_B39CZ · promoter · 6413714–6414516 · regulatory
ENSR9_874HM · enhancer · 6415326–6415570 · regulatory
· motif · 6408517–6408526 · motif
· motif · 6410850–6410863 · motif
· motif · 6412387–6412398 · motif
· motif · 6412549–6412566 · motif
· motif · 6412585–6412598 · motif
· motif · 6412657–6412666 · motif
· motif · 6412793–6412803 · motif
· motif · 6412803–6412813 · motif
· motif · 6412903–6412913 · motif
· motif · 6412905–6412918 · motif
· motif · 6412958–6412974 · motif
· motif · 6412967–6412977 · motif
· motif · 6412969–6412983 · motif
· motif · 6412986–6412996 · motif
· motif · 6413002–6413011 · motif
· motif · 6413041–6413051 · motif
· motif · 6413054–6413064 · motif
· motif · 6413067–6413078 · motif
· motif · 6413067–6413078 · motif
· motif · 6413084–6413097 · motif
· motif · 6413084–6413097 · motif
· motif · 6413115–6413128 · motif
· motif · 6413163–6413178 · motif
· motif · 6413247–6413264 · motif
· motif · 6413275–6413284 · motif
· motif · 6413329–6413345 · motif
· motif · 6413844–6413853 · motif
· motif · 6413858–6413870 · motif
· motif · 6413860–6413867 · motif
· motif · 6413860–6413873 · motif
· motif · 6414082–6414093 · motif
· motif · 6414082–6414093 · motif
· motif · 6414844–6414856 · motif
· motif · 6414846–6414868 · motif
· motif · 6417214–6417227 · motif
· motif · 6417338–6417351 · motif
· motif · 6417427–6417440 · motif
· motif · 6418179–6418191 · motif
在增殖中的胎兒肺纖維母細胞與 U-937 髓系白血病細胞中，UHRF2 表現量上升；這些細胞生長停滯或分化時，表現量則下降。相較之下，在無法退出細胞週期的 HT-1080 與 Hep-G2 腫瘤細胞中，UHRF2 水平持續偏高。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：802 aa
UHRF2 蛋白長 802 個胺基酸，含有 N 端 Ubiquitin-like 結構域、YDG 結構域，以及 PHD-type 和 RING-type zinc finger。其序列另有與 histone H3 結合、與 PCNP 互作，以及參與 methyl-CpG 結合和 HDAC1 互作的區域；部分區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
UHRF2 位於細胞核與染色體，並富集於 5-hydroxymethylcytosine（5hmC）豐富的基因組位點。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 9 個夥伴
- CCNA2P20248 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCNB1P14635 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CCND1P24385 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CCNE1P24864 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CDK2P24941 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RB1P06400 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DESI1Q6ICB0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF410Q86VK4-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
UHRF2 可形成以雙硫鍵連結的同源二聚體，也會結合含甲基化 CpG 的寡核苷酸。它與 histone H3 的互作偏好 H3K9me3；此外，來源列出其與 PCNP、HDAC1、CCNE1、CCND1、p53/TP53、RB1、UBE2I、ZNF618、UHRF1、FANCD2、ATR 及 PCNA 的互作。與 CCNE1 和 CCND1 的直接互作伴隨其 ubiquitination，且似乎不依賴這兩者的磷酸化狀態。
疾病與遺傳關聯
UHRF2 與多種癌症相關。在來源所列的腦部、乳房、胃、腎臟、造血組織及肺部惡性腫瘤中，可見 DNA 拷貝數缺失；這項關聯本身不表示 UHRF2 缺失會直接造成癌症。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UHRF2 是 E3 ubiquitin ligase，參與 DNA 甲基化、組蛋白修飾、細胞週期與 DNA 修復。它辨識 5hmC 並募集受質進行 ubiquitination；依相似性推定，此作用也可能維持特定位點的 5mC 水平並調節神經元相關基因。它還能 ubiquitinate CCND1、CCNE1、PCNP 與 p21/CDKN1A，並參與 ICL 修復及紫外線誘發的 ATR 活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin ligase that plays important roles in DNA methylation, histone modifications, cell cycle and DNA repair. Acts as a specific reader for 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) and thereby recruits various substrates to these sites to ubiquitinate them. This activity also allows the maintenance of 5mC levels at specific genomic loci and regulates neuron-related gene expression (By similarity). Participates in cell cycle regulation by ubiquitinating cyclins CCND1 and CCNE1 and thereby inducing G1 arrest. Also ubiquitinates PCNP leading to its degradation by the proteasome. Plays an active role in DNA damage repair by ubiquitinating p21/CDKN1A leading to its proteasomal degradation. Also promotes DNA repair by acting as an interstrand cross-links (ICLs) sensor. Mechanistically, cooperates with UHRF1 to ensure recruitment of FANCD2 to ICLs, leading to FANCD2 monoubiquitination and subsequent activation. Contributes to UV-induced DNA damage response by physically interacting with ATR in response to irradiation, thereby promoting ATR activation PMID 12176013 ↗ · PMID 14741369 ↗ · PMID 15178429 ↗ · PMID 15361834 ↗ · PMID 21952639 ↗ · PMID 23404503 ↗ · PMID 24813944 ↗ · PMID 27129234 ↗ · PMID 27743347 ↗ · PMID 29506131 ↗ · PMID 29923055 ↗ · PMID 30335751 ↗ · PMID 33848395 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 29923055 ↗ |
| 分子活性 | UHRF2 參與蛋白質修飾，具體類別為蛋白質 ubiquitination；此敘述未提供受質、細胞情境或更詳細的反應條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | UHRF2 可形成雙硫鍵連結的同源二聚體，結合甲基化 CpG 寡核苷酸，並與 H3、PCNP、HDAC1、CCNE1、CCND1、p53/TP53、RB1、UBE2I、ZNF618、UHRF1、FANCD2、ATR 及 PCNA 互作。H3 互作偏好 H3K9me3；與 CCNE1、CCND1 的直接互作伴隨 ubiquitination，且似乎不依賴其磷酸化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; disulfide-linked. Binds methylated CpG containing oligonucleotides. Interacts with H3; the interaction has a preference for the 'Lys-9' trimethylated form of H3 (H3K9me3) (By similarity). Interacts with PCNP. Interacts with HDAC1. Interacts directly with CCNE1; the interaction ubiquitinates CCNE1 and appears independent of CCNE1 phosphorylation. Interacts with CCND1; the interaction ubiquitinates CCND1 and appears independent of CCND1 phosphorylation. Interacts with p53/TP53 and RB1. Interacts with UBE2I. Interacts with ZNF618. Interacts with UHRF1. Interacts with FANCD2. Interacts with ATR. Interacts with PCNA PMID 12176013 ↗ · PMID 14741369 ↗ · PMID 15361834 ↗ · PMID 21952639 ↗ · PMID 23404503 ↗ · PMID 27129234 ↗ · PMID 28951215 ↗ · PMID 30335751 ↗ · PMID 33848395 ↗ |
| 細胞定位 | UHRF2 位於細胞核及染色體，並富集於 5-hydroxymethylcytosine（5hmC）較豐富的基因組位點；來源未提供其他定位條件或異構型差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome; Enriched at genomic loci that are enriched for 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) PMID 12176013 ↗ · PMID 23404503 ↗ · PMID 27129234 ↗ · PMID 27743347 ↗ · PMID 29923055 ↗ · PMID 30335751 ↗ |
| 調控 | UHRF2 在增殖中的胎兒肺纖維母細胞及 U-937 髓系白血病細胞中上調，這些細胞生長停滯或分化時則下調。對於無法退出細胞週期的 HT-1080 與 Hep-G2 腫瘤細胞，UHRF2 水平持續上調。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated in proliferating fetal lung fibroblasts and in U-937 myeloid leukemia cells. Down-regulated in these cells by growth arrest and differentiation. In other cell types which cannot leave the cell cycle, such as tumoral HT-1080 and Hep-G2, levels are consistently up-regulated PMID 12176013 ↗ |
| 疾病關聯 | UHRF2 與多種癌症相關；腦部、乳房、胃、腎臟、造血組織及肺部來源的多種惡性腫瘤中，均有 DNA 拷貝數缺失的報告。此資訊描述的是疾病關聯與拷貝數變化，未指出因果關係。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Associated with various cancers. DNA copy number loss is found in multiple kinds of malignancies originating from the brain, breast, stomach, kidney, hematopoietic tissue and lung |
核酸與蛋白質序列
ATAAGTAAACACTCTGCGCGGCGCAGACATGGCCTCTTCC40TATCTTTGAGGCGGTGTCTGCGGCAGCGCCTCAGAGTGGT80TCCGGTCGTCTCTCCTCAAGTCGGCTAGTCGGGCGCGCGC120GCTGAGAGTCGTCGCCGCCTGTCGGGCCCGGCGTCCGGTC160GGTCCGGTGGGCGCGCTCGCCCGCCTGCCGCTGAGGGCCC200GAGCCGCAGGGAAAGCGGCGCGGGCCGGGCGGGGCGCGGC240GCCCAGAGCTCAGGGGGAGACAAAGGGGACCGGTTCCTCT280CTAGGCGCCAAGATGTGGATACAGGTTCGCACCATTGATG320GCTCCAAGACGTGCACCATTGAGGACGTGTCTCGCAAAGC360CACGATTGAGGAGCTGCGCGAGCGGGTGTGGGCGCTGTTC400GACGTGCGGCCCGAATGCCAGCGCCTCTTCTACCGGGGCA440AGCAGTTGGAAAATGGATATACCTTATTTGATTATGATGT480TGGACTGAATGATATAATTCAGCTGCTAGTTCGCCCAGAC520CCTGATCATCTTCCTGGCACATCTACACAGATTGAGGCTA560AACCCTGTTCTAATAGTCCACCTAAAGTAAAGAAAGCTCC600GAGGGTAGGACCTTCCAATCAGCCATCTACATCAGCTCGT640GCCCGTCTTATTGATCCTGGCTTTGGAATATATAAGGTAA680ATGAATTGGTGGATGCCAGAGATGTCGGCCTTGGTGCTTG720GTTTGAAGCACACATACATAGTGTTACTAGAGCTTCTGAT760GGACAGTCACGTGGCAAAACTCCACTGAAGAATGGCAGTT800CTTGTAAAAGGACTAATGGAAATATAAAGCATAAATCCAA840AGAGAACACAAATAAATTGGACAGTGTACCCTCTACGTCT880AATTCAGACTGTGTTGCTGCTGATGAAGACGTTATTTACC920ATATCCAGTATGATGAATACCCAGAAAGCGGTACTCTAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。