基因總覽
UBTFL1(upstream binding transcription factor like 1)是位於人類第 11 號染色體的蛋白質編碼基因,其產物為 Upstream-binding factor 1-like protein 1。蛋白質長 393 個胺基酸,具有兩個 DNA 結合區域,分別標註為 HMG box 1 與 HMG box 2;其 C 端部分則被註解為無序區。這些是目前資料所列的主要序列與結構特徵。來源將此基因產物與胚胎發育相關細胞的增殖連結,但未提供更細的分子作用機制或其他生物學角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000530464 ★ | 90,085,950–90,087,131 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBTFL1 的產物與胚胎著床前後的發育有關。來源指出,它對內細胞團(inner cell mass)及滋養外胚層細胞(trophectodermal cells)的增殖至關重要,描述的功能重點是這兩類細胞在該發育時期的細胞數量增加。
這項功能主張的範圍限於上述細胞與 peri-implantation development,來源未進一步說明 UBTFL1 如何促進增殖,也沒有指出涉及的分子途徑、下游靶點或調控方式。因此,不能據此推定其直接作用於細胞週期、DNA 合成或其他特定增殖機制。
就生物學意義而言,來源將 UBTFL1 與胚胎早期兩種細胞群的增殖需求相連結,並以「至關重要」描述其角色;但未提供實驗條件、物種細節或功能效應的量化資訊。可支持的結論因此限於其與這些細胞在著床前後發育期間增殖的重要關聯。
Promoter 與基因調控
>UBTFL1 ENST00000530464 GRCh38 chr11:90084950-90086050 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTGTAATCCTAGCGCTCTGGGAAGCCGAGGCAGGCGGATCACCTGAGGTTGGGAATTCGAGACCAGCCT GGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAAATACAGAAAAATTAGCCAGTCGTGGTGGCACATGCC TGTAATCTCAGCTGCTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAAGCTGAAAAACAGAGGTTGCAGTGA GCCCAGATTGCCCCACTGCACTCTAACCCGGGCGACAAGAGTGAAACTCCGTCTCAATTAAAAAAAAAAA AAAGAAATAAAAGAAAGCAAGAAAGCATTAATTCCCATGCACTGGTCCTGGAGAATCTATAATTCAGTCT TTTATCACAGGTTCACATTCCCTTATAAAAAGGTAACAGTTGGATGCATGTCTGGAGGAGCTCTTGGGCT TGTCCGATTGTATCTTTAACTTCTCATCTGCACCTTTAGCTATGGCTATTTGGGCTGTGCTTAGAAAATG GCCATACTCAGGGCACTGTAGAATGAACAGTCCTTCCTGTTTAGGCATTTCTCCTTCCACTTTAACTTCT GACTCTGTCTTCAGGGCATTTCTGTTATATTAAGCTTCTTAAGTGATGAGTGGTCTGGTGTTTGTGTTAT GCAACTCAATTTAAGATAGGTTCATGTGAGATCTGGCAGAAAGCAGGCTGGGGTGGGGTGTGGAGATACT GAATATTGTGCATGTAGCATATGAAAGGCAAACATAAATTTAATTCAGAAACAGGCAATGTTTATTTATA GTTAAGGGTCAAATGAATTATACAAGGGACATATGACAAATAGGATGTAATTTGCTTCATTAATCCAAAT GAAGGAGAGTAACTTTCTTTCTCCTCAGAAATACAGAATCACACATACTGCAATACTTCCAGAAATAAAT CATCCACTGAGTCTTAAAAGTAAAGAACTCTGTGTTCTTGCTCTGGTGTCTACATAACCGGGATCTTATA AGTAAGCCAAAGACATCTAAATGGCTTTGCCTAGAAGCCAAGGCCATTGGTCCAACAAAGACATCTTGAG GTTACTGGAATGCATGGAGAATAATCGCCCATCTGATGACAACAGCACGTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:393 aa
Upstream-binding factor 1-like protein 1 長 393 個胺基酸。序列包含兩個 DNA 結合區域:HMG box 1 位於第 100–168 位胺基酸,HMG box 2 位於第 222–288 位胺基酸。第 308–393 位胺基酸區段則註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
UBTFL1 的定位會隨胚胎發育階段改變:從四細胞期到桑椹胚期主要位於細胞質,至囊胚期則轉為位於細胞核。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 26 個夥伴
- BEND3Q5T5X7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C3orf36Q3SXR2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2Q01850 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- PBX4Q9BYU1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PUF60Q9UHX1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RABEP1Q15276 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RUNDC3AQ59EK9-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STX1AQ16623 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TAX1BP1Q86VP1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TFIP11Q9UBB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZBTB7BO15156-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBTFL1 對著床前後發育期間內細胞團與滋養外胚層細胞的增殖至關重要;此主張指出其在這兩類細胞增殖中的重要性,但未說明具體分子機制。 | 推論支持 | 證據與來源Essential for proliferation of the inner cell mass and trophectodermal cells in peri-implantation development |
| 細胞定位 | UBTFL1 位於細胞質與細胞核;在四細胞期至桑椹胚期主要分布於細胞質,到了囊胚期則轉為位於細胞核。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Mainly cytoplasmic from the 4-cell stage to the morula stage. Becomes nuclear at the blastocyst stage |
核酸與蛋白質序列
ATGGCTTTGCCTAGAAGCCAAGGCCATTGGTCCAACAAAG40ACATCTTGAGGTTACTGGAATGCATGGAGAATAATCGCCC80ATCTGATGACAACAGCACGTTTAGCTCAACTCAGTCACAC120ATGGACTGGGGAAAAGTAGCTTTTAAAAACTTTTCTGGTG160AAATGTGCAGACTCAAATGGTTAGAGATTTCTTGCAACTT200GAGAAAATTCGGCACTTTGAAAGAATTAGTCCTGGAAGCT240AAGAAATGTGTTAAAAAGATGAACAAAAGCCAAAAATACA280GGAACGGTCCAGACTTTCCAAAGAGGCCCCTTACTGCTTA320CAATCGCTTCTTCAAGGAGAGTTGGCCCCAGTACTCCCAA360ATGTACCCTGGGATGAGAAGCCAGGAACTGACCAAAATCC400TGTCAAAGAAATACAGGGAACTCCCAGAGCAGATGAAACA440GAAATATATTCAGGATTTCCGGAAGGAAAAGCAAGAATTT480GAGGAAAAACTTGCTCGATTCAGGGAAGAACACCCTGATT520TAGTCCAGAAGGCCAAGAAATCTAGTGTCTCCAAGAGGAC560TCAAAACAAAGTGCAAAAGAAGTTTCAGAAAAATATTGAA600GAAGTGAGGTCTCTTCCAAAAACGGATCGATTTTTCAAGA640AGGTAAAATTTCATGGAGAGCCTCAGAAACCCCCCATGAA680TGGATACCACAAGTTTCACCAAGATTCCTGGTCAAGTAAA720GAGATGCAACATTTGTCAGTGAGGGAGCGCATGGTAGAGA760TTGGCAGACGCTGGCAGCGCATCCCGCAGAGCCAGAAGGA800TCATTTTAAGAGCCAGGCTGAGGAGCTGCAGAAGCAATAC840AAGGTGAAATTGGATCTCTGGCTCAAGACTTTGTCACCTG880AAAATTATGCTGCATACAAAGAATCGACCTATGCTAAGGG920TAAGAATATGGCCATGACAGGAGGCCCGGACCCCAGGTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。