01 / GENE OVERVIEW
基因總覽
UBQLN3 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 ubiquilin 3。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 11p15.4。
Official symbol
UBQLN3
Gene name
ubiquilin 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12510
UniProt
Q9H347
02 / NOMENCLATURE
基因異名與舊稱
Alternative gene names & synonyms
TUP-1
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
03 / GENOMIC CONTEXT
染色體位置與基因結構
Chromosome 1111p15.4
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr11:5,507,300–5,509,958
Gene span
2,659 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000311659 ★ | 5,507,300–5,509,957 | 2 |
| ENST00000445998 | 5,508,896–5,509,958 | 2 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
04 / BIOLOGICAL FUNCTION
分子功能與生物學過程
目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用；有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION
Promoter 與基因調控
依所選 TSS 來源，取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算；調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>UBQLN3 ENST00000311659 GRCh38 chr11:5509857-5510957 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AACCATTTGCTTTTAAACACACTCTGATTAGGCTTCCTGCCTCTACTATCCTTCCAAAGCTAGTCTCATC ATGGTCTCCAATTCTTTATTTTTTCAAATCCAGTGGCCAATTCTCAATCCTCATCCTCCTGACCTAGCAG CATCATTTCACATGATTGGTTACTCTCTCCTTTTTGAAACTCTTCTTCCTTTGGCCTTTCTCTTTTCTCT CTCTTTTTTTCTACCTTACTCTTTTATTTTTTCTCCGTTTCCTTTGCCAAATTCTTCTGATCTTCCAGAT TTCTAAATGTTATACAGCCACAAAACTCAGATTTTAAAATCTCTATCATTTTGCCTGTATGCACTAACTA GCTAATCTAAACCAGTCCATGATGTTAAGTACCCTTTGAATGCTAATAAACTCTGGACTTATAATATTAA ACTACAATACTACATCTCCATTTGTATGTAAAATAGACATCTCAAATGTATGTAAAACTGTTTAACAACC TGCTAATTTAGACAAAGTGCTTATTCCCAATCTTTGTCTTAGTAAATATTCAATCCTTTGAGTTCCTTTG GGGATAACAATTTCTTTTAAAGTAAAAAAAAAGTTATCTCATGCTTGACTCCTCCCTTATACCCCAAATC CTATCCATCAGCGAATCAATACTTTGAAAATACGTAAAGAATTCATGGTTAATGTTGAATAAGACAGAAA ACTGGGACATAGGATACCAGGAAGAAGACCCTGGACCAGGAAGTAGCTGAATGTGGGTCTGAATGGAGAC AGAGAGGACTGAGAGATGTTTTATAACATTCCAATCCCAGTCTGAGCCTCCACAGAAGTCTCCACAGGAA GGCACTTGAGGTGGAGGAAGTAGAAGTGGTAAAAGATGGGAGAGCAAGAGTTCCCAGGGATCCCGAGCTC CTTAGAGAAGTCTCAAGAATCTTCTCTGTGTGAGGCTGTGACGTCAGCACTGAGGTCACAGAAGGGACCT GATAGTGCGGGTTCTGGCCCAGAAGGCCTCAGGGGTGGCTGTGTAGCAAGATGAGGGAGGTTTGGAGCCC TGCATAAAGAGAAGGACGGGACCACAGCTGACTGGTATGTACACCCCAGCT
UBQLN3 位於負股。上下游依轉錄方向計算，序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示；負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBQLN3_1 ↗ | 11:5,509,601 | 負股 | 5,509,591–5,509,650 |
| UBQLN3_2 ↗ | 11:5,509,947 | 負股 | 5,509,937–5,509,996 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算；該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：655 aa
ubiquilin 3 長 655 個胺基酸，含有位於第 22–98 位的 Ubiquitin-like 結構域、第 194–233 位的 STI1 結構域，以及第 609–655 位的 UBA 結構域。序列註解另標示四段預測為無序的區域，分別位於第 102–124、277–330、364–399 與 412–447 位胺基酸。
結構域Ubiquitin-like22–98 aa
結構域STI1194–233 aa
結構域UBA609–655 aa
功能區域Disordered102–124 aa
功能區域Disordered277–330 aa
功能區域Disordered364–399 aa
功能區域Disordered412–447 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY
蛋白質三維結構
自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1WX7…
09 / PROTEIN NETWORK
交互作用與訊號網絡
圖中 6 個夥伴 · 最多顯示 50 個
來源支持的結構／直接結合關係其他來源關係紀錄
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
6 個夥伴
- ASPAP45381 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN10Q9UBB4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HEXBP07686 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLF11O14901 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NOS3P29474 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUP58Q9BVL2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
第 1 頁
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX
Contextual Functional Evidence Matrix
功能證據與細胞情境矩陣
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
0 筆功能證據／註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預／量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」，空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀，不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識；未逐篇核對原始方法的紀錄，不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER
核酸與蛋白質序列
完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列，保留非編碼區。
1
AGAAGGCCTCAGGGGTGGCTGTGTAGCAAGATGAGGGAGG4041
TTTGGAGCCCTGCATAAAGAGAAGGACGGGACCACAGCTG8081
ACTGCTGTGTCCCCACAGATCTGGGCCTCCTGCTGCCACC120121
ATGGCCAAAGGTGGAGAAGCCCTGCCACAGGGCAGCCCAG160161
CACCAGTCCAGGATCCCCACCTCATCAAGGTGACAGTGAA200201
GACGCCCAAAGACAAGGAGGATTTCTCAGTTACAGACACA240241
TGCACTATCCAGCAGCTGAAGGAAGAGATATCTCAGCGCT280281
TTAAGGCCCACCCCGATCAGCTTGTTCTAATCTTTGCTGG320321
CAAAATCCTCAAGGATCCTGACTCACTGGCACAGTGTGGA360361
GTGCGAGATGGCCTCACTGTCCACCTGGTCATCAAGAGGC400401
AGCACCGTGCCATGGGCAATGAGTGCCCAGCTGCCTCTGT440441
CCCTACCCAGGGCCCAAGTCCTGGATCACTCCCTCAGCCA480481
AGCTCCATTTACCCAGCAGATGGGCCCCCTGCCTTTAGCT520521
TAGGTCTCCTCACAGGCCTCAGTAGGCTGGGCTTGGCCTA560561
TCGTGGCTTCCCTGACCAGCCAAGCTCCCTGATGCGGCAG600601
CATGTGTCTGTGCCTGAGTTTGTGACTCAGCTCATTGATG640641
ACCCCTTCATCCCGGGTCTGCTGTCCAACACAGGCCTAGT680681
ACGCCAGCTGGTTCTTGACAACCCCCATATGCAGCAGCTG720721
ATCCAGCACAACCCTGAGATTGGGCATATTCTTAACAACC760761
CGGAAATTATGCGGCAGACACTGGAGTTTTTACGTAACCC800801
TGCCATGATGCAGGAGATGATACGTAGCCAGGACCGGGTG840841
CTCAGTAACTTGGAGAGCATTCCTGGTGGCTACAATGTGC880881
TTTGCACTATGTACACAGATATTATGGACCCAATGCTTAA920921
CGCAGTCCAGGAGCAGTTTGGCGGCAATCCCTTTGCCACT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。
13 / DATA PROVENANCE