基因總覽
UBP1（upstream binding protein 1）是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質，屬於 grh/CP2 家族的 CP2 子家族。其主要特性是參與轉錄調控，但調節方向取決於啟動子情境：來源記載它可作為轉錄活化因子，也可在特定病毒啟動子上抑制轉錄。蛋白質序列長 540 個胺基酸，具有 Grh/CP2 DB 結構域，另有數段被註記為無序區域。這些家族與結構資訊提供 UBP1 的基本分子概況；其於不同基因啟動子上的具體作用，則取決於各自的調控情境。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000283629 ★ | 33,388,336–33,440,405 | 16 |
| ENST00000447368 | 33,388,336–33,440,409 | 15 |
| ENST00000283628 | 33,388,336–33,440,510 | 17 |
| ENST00000908179 | 33,388,336–33,440,620 | 17 |
| ENST00000964660 | 33,388,336–33,441,407 | 18 |
| ENST00000964661 | 33,388,336–33,440,409 | 16 |
| ENST00001139901 | 33,388,336–33,440,409 | 16 |
| ENST00001111674 | 33,405,251–33,440,409 | 8 |
| ENST00000456378 | 33,412,726–33,440,587 | 5 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBP1 的轉錄調控作用依啟動子情境而異。它可作為轉錄活化因子，並參與胎盤 CYP11A1 表現的調節；來源未進一步說明這項調節的具體分子步驟或方向，因此不宜將其概括為對所有目標基因皆具有相同效果。
在紅系細胞中，UBP1 參與 alpha-globin 基因的調控。資料指出，UBP1 與 TFCP2 協同作用，可活化 alpha-globin 啟動子；此協同活化的註記為 By similarity，表示該項機制具有相似性推論的性質，而非在此來源中以無保留的方式陳述。這項結果說明 UBP1 的轉錄作用可與其他因子共同形成，且其效果與特定細胞及啟動子背景相關。
對 HIV-1 調控序列，UBP1 的作用方向則為抑制轉錄。它會強烈結合 HIV-1 轉錄起始位點附近的序列，對 TATA-box 的結合較弱；來源進一步指出，UBP1 透過抑制 TFIID 與 TATA-box 結合來抑制 HIV-1 轉錄。這將其序列結合位置與轉錄抑制作用連結起來，也凸顯 UBP1 的功能不是單純促進轉錄，而會隨啟動子及結合情境改變。
Promoter 與基因調控
>UBP1 ENST00000283629 GRCh38 chr3:33440305-33441405 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAGCATTTGGGTCTTATTCTTAGGCAGTAAGTTCGATGCAGGGCGAAGCCCGGGCCTTGACGTTCTCTTC AGCAAGGATTCCGCCCGTCAAGCGCCAGCAGCCGCTCCTAAGGAACTCTGATCCGCACACTGGCTCTGTA AGTCAGCCTCTGGCTCCTGCTTTCTATTTCATCTCTTCCGGTAAAAAGATTTCTGTCTTTTGGCCGCAGT GGCGCGTGCCCACGCTAGGTCGCTGAGGAAGACCCTTCGGGCCTTCTGAGCAGCGTAGCTGTTACTGTGG CACGTCCTAATGGTTCGGTCCAACTTCAGGAGACCGCCTGCCCTTAGGATGACCAACAGCTAGTTCAACT CAGGATAGCCAAGCTGCTCTCGGCAATGCAACCAATAGGGGAAGTCTTTCCAGAGCTCTTTCTCAGGAGC GTTGATTGGCTTATTCTCACGCCAATCAAGGTTTTCTGCACAACTGGCTTTTCTGTCACCAGATGGGGTG CAAACCGCTCACTCCCTCGGTAGAGAGGGCATAAAGCAGAGACGACCGGGAAATACCACAGAGGAGCAAA TCACCTCCGGAAGTGGCGTTTTGGGTCGCTTTCTACCATGCAGTCCAATGAACTCTTTCTTTTGGCAACA AATTCCGTCTTCGAGCCCGCCCAAGGTGAAGAACATTTTGATTGGTTGTTTAGTCGGGGGACACAGAGAC TCACGGGAGCTTCGTCCAAGCCCTTGCAGGTATTGCTCAGTTGGCCTGTCAATCATCTCGCTCGCTAGAA GGGGCGGAAACTGGCAGCCCTTTTGGCACCGCCTCTTCCTGGGCTGCTGTGCGGGGACGCAGCGAGGCCA CCCCGGCTGGGAACAGCCGCGTGGGCGGGGCCGCATTGCACTCTCTGGACAGTTCCTGGGCCGCGAGGCG CGGGGAGTGGCCCTAAGCGCGGGGCTGTACGGGGAGGGCCGAGGCGTGGGGCGAACGCCGGGGCGGGGTC GGGGCGGGGCCGGGGGAGGCGGAAGCGGCGCGTGAACCTAAGTCGGAGTCGCGTTGAAGCCAGCGTCCGG CCGGCAGAGCGGCGTCGGCGGGGTTGGCCGGGGCGGTGTGGCGCTAGAGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBP1_1 ↗ | 3:33,440,378 | 負股 | 33,440,368–33,440,427 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_9H9C8 · enhancer · 33437451–33437891 · regulatory
ENSR3_C5BKW · enhancer · 33438142–33439999 · regulatory
ENSR3_B8M72 · promoter · 33440000–33441000 · regulatory
ENSR3_59TCWW · CTCF_binding_site · 33440228–33440249 · regulatory
ENSR3_59TD3J · CTCF_binding_site · 33441008–33441029 · regulatory
· motif · 33437403–33437415 · motif
· motif · 33439866–33439881 · motif
· motif · 33440119–33440132 · motif
· motif · 33440230–33440246 · motif
· motif · 33440263–33440273 · motif
· motif · 33440279–33440294 · motif
· motif · 33440334–33440347 · motif
· motif · 33440389–33440405 · motif
· motif · 33440399–33440410 · motif
· motif · 33440412–33440425 · motif
· motif · 33440416–33440426 · motif
· motif · 33440421–33440431 · motif
· motif · 33440427–33440437 · motif
· motif · 33440467–33440480 · motif
· motif · 33440485–33440495 · motif
· motif · 33440535–33440545 · motif
· motif · 33440537–33440550 · motif
· motif · 33440575–33440588 · motif
· motif · 33440831–33440840 · motif
· motif · 33440831–33440842 · motif
· motif · 33440831–33440842 · motif
· motif · 33440861–33440872 · motif
· motif · 33441010–33441023 · motif
· motif · 33441010–33441026 · motif
· motif · 33441123–33441140 · motif
· motif · 33441224–33441233 · motif
· motif · 33441228–33441248 · motif
· motif · 33441761–33441769 · motif
資料將淋巴球受到 HIV-1 感染列為 UBP1 的調控相關條件；未提供調控方向、變化幅度或具體分子機制，因此無法據此判定感染使 UBP1 增加或降低。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：540 aa
UBP1 蛋白質長 540 個胺基酸，屬於 grh/CP2 家族的 CP2 子家族。其第 60–296 位胺基酸區段標註為 Grh/CP2 DB 結構域；第 236–270 位及第 285–368 位則分別被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MORF4L1Q9UBU8-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TFCP2Q12800 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
UBP1 與 TFCP2 及 PIAS1 有互作紀錄。資料並指出，UBP1 可能與 TFCP2、PIAS1 一同構成複合體；此複合體關係標註為 By similarity，屬相似性推論，不能視為已確定的複合體組成。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBP1 依啟動子情境調節轉錄，可調節胎盤 CYP11A1 表現，並參與紅系細胞 alpha-globin 基因調控；與 TFCP2 協同活化 alpha-globin 啟動子的敘述屬 By similarity。UBP1 強烈結合 HIV-1 起始位點附近序列、較弱結合 TATA-box，並藉抑制 TFIID 結合 TATA-box 來抑制 HIV-1 轉錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Functions as a transcriptional activator in a promoter context-dependent manner. Modulates the placental expression of CYP11A1. Involved in regulation of the alpha-globin gene in erythroid cells. Activation of the alpha-globin promoter in erythroid cells is via synergistic interaction with TFCP2 (By similarity). Involved in regulation of the alpha-globin gene in erythroid cells. Binds strongly to sequences around the HIV-1 initiation site and weakly over the TATA-box. Represses HIV-1 transcription by inhibiting the binding of TFIID to the TATA-box PMID 10644752 ↗ · PMID 2006421 ↗ · PMID 8114710 ↗ |
| 交互作用 | UBP1 與 TFCP2、PIAS1 有互作；資料並指出 UBP1 可能與 TFCP2 和 PIAS1 共同形成複合體。此複合體組成標註為 By similarity，應保留其相似性推論性質。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with TFCP2. Interacts with PIAS1, and is probably part of a complex containing TFCP2, UBP1 and PIAS1 (By similarity) |
| 細胞定位 | UBP1 定位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | 淋巴球受到 HIV-1 感染是 UBP1 的調控相關條件；這筆資料未說明調控方向或變化程度。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GGAAGCGGCGCGTGAACCTAAGTCGGAGTCGCGTTGAAGC40CAGCGTCCGGCCGGCAGAGCGGCGTCGGCGGGGTTGGCCG80GGGCGGTGTGGCGCTAGAGCCTGGGCGGGCCGGGGGCAAG120GAGTCAAGGCTTGGGGGCGGGTGACGGGCGGGCGGAGGGC160TTGCCCCCGTGTGGTCCTCGGAGCGGCCCGAGGTCCAGCC200TCCCAGCGGTCCCGGAGGAGGATGCGACCGGGGGGCCCCG240GGCGGGGCGGTCGGCGGCGGCTGCAGCGCTAGCGGCGCGG280GGGCTGGGCGGCGGCGCCGGCATGAGGCGCAGGGCCGGTG320TCCGCGGGAGGGTGGCGCTGCCGGCGGCCCGGCCGCTCCC360GCTGCAATTGCTCGCTGGGCTCGTCGTGCCCTGCCAGTGG400GGCCCCCGCAGCTCTCGTCCCGGCCGCCGCTGGTGACCAC440TCGCCGCCCCTCCGGAGGCTTCACCCGCGCCCTCCCCCAG480GACGCGCCAGCGGAGCTCCGGCTCCTTCGCCCTGGACGCG520GAGGCCGCGGTGTGCGGGGCGACGGCGAGGCCGGAAGATG560GCCTGGGTGCTCAAGATGGACGAGGTGATCGAGTCCGGGC600TGGTGCACGACTTCGACGCCAGCCTCTCGGGCATCGGGCA640GGAACTGGGCGCCGGCGCTTACAGCATGAGTGATGTCTTG680GCATTGCCCATTTTCAAGCAGGAAGATTCCAGCCTTCCAT720TGGATGGTGAAACAGAGCACCCACCCTTTCAGTATGTGAT760GTGTGCTGCAACGTCACCAGCAGTAAAACTGCATGATGAA800ACGCTTACTTATTTGAACCAAGGTCAGTCATATGAAATTC840GGATGCTGGATAATCGGAAAATGGGTGATATGCCTGAGAT880CAATGGAAAATTAGTAAAGAGCATCATAAGGGTTGTATTC920CATGACAGACGGCTACAATACACAGAGCATCAGCAACTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。