基因總覽
UBE2L5 是蛋白質編碼基因,產物為 ubiquitin conjugating enzyme E2 L5。此蛋白質屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族,具有 UBC core 結構域;來源註記的蛋白質長度為 154 個胺基酸。其基本角色是參與 ubiquitin 修飾相關反應,將 ubiquitin 共價連接至其他蛋白質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000635918 ★ | 30,422,493–30,429,758 | 4 |
| ENST00000638137 | 30,422,488–30,428,616 | 3 |
| ENST00001131517 | 30,422,488–30,429,758 | 4 |
| ENST00000436446 | 30,427,991–30,428,455 | 1 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBE2L5 的蛋白質產物參與蛋白質 ubiquitination,能催化 ubiquitin 與其他蛋白質形成共價連接。此功能使其參與蛋白質修飾過程;來源將其活動歸類為蛋白質修飾及蛋白質 ubiquitination。
在反應步驟上,ubiquitin 由 E1 ubiquitin-activating enzyme 的半胱胺酸硫醇基轉移至 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 的半胱胺酸硫醇基。反應前後,E1 的半胱胺酸恢復未連接 ubiquitin 的狀態,而 ubiquitin 則與 E2 的半胱胺酸形成硫酯連結。這描述的是 ubiquitin 在 E1 與 E2 間的轉移,以及 E2 所參與的接合反應。
Promoter 與基因調控
>UBE2L5 ENST00000635918 GRCh38 chr13:30421493-30422593 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTATCTGTACTAAGTTTCAGGAGCAGAATCTTCGTTAAACTGAGCAGAGCAAGAGCGCGCTGCCCACAG GGCTGGGGCGGGCGCACGGGCCCTTATGTAAGGCCGGGCCTTCCCGGGGAAGAGCGAAGGCTCCGGGAAG GGAAGCACGGGCGGCGGGGCCCGGCCTCGAGGACCGCCCCCAGGGCGGGGAGTGGTGTGAGCCGCGGCGC CGCCAGCAAACTTTCCTCCTCCGAATTCTTGACCGAGAGCCTTGGAACCACATTCTGCCCAAATCTGTAC ACGCCGGAGCCAGGGAGCCGCCCGCCGCCCGGGGAGCGGAGTGGGGAAAGAGGGGGTGGAGAAGGGACCG GGGAGGAGGTGGGGGAGGGCGGAGGAGGTGGTAAGGAGAGGAGCGGGGGGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGA GGGAGAGGTGGGGCGGGGAGGAGGGAGAGGTGGGGCGGGGAGGAGGGAGAGGTGGGTCGGGAAGGAGGGG GAAGTGGGAGACCGGGGATGTGGGAGGGGAGAGAAGGAGGAGGTGGGAGAGGGGAAAGCGGGGAAAGGGG AAGGTGGGGCGGGCGGAGGTGGGGGTAGAAAGTGGGGAAGAGCGGGGATGGCAAGTTCCGCGGGTGGCGA GCGGCCCCAGGGAGCGGCGGGGGGGCGAAGCAAGTTCCTTAGTTTCTCCCAAGCCAGCCCGGGAGCTGTT GGACGAGTGGGAGCGCCTGGCTACCTGCAAGTCTTCGGGTTTCGCGAGCGCCGCAGAGCTTTTCTGCAGC CGCTAAATAAATAAATAACTACGGACGCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCCTCCCAGCCCAGCCCA GCCCAGCCCAGCCCAGCCCAGCCCCGCCCAGCGCAGCTCCCTGGCCGCGGCGGCGGTGGTGGCAGCGGTG GTGGCGGCTGCGGCGCAGGCAGGGCTGGGCGCTTGGGGAGCTCCGCGCGCGGGGCACTTCCCCGTGACCG GCGGCCGCGCAGCTCAGGGAACTCCGCTCCGTGAGGCTTCCGGGAGAGGGAAAGCTGTTCTCCTTTGATG CTCTTTGGTTTTACAGTGGAAAACTACAATTAAAAAAACATAGCCGTGAAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR13_5966NQ · CTCF_binding_site · 30417923–30417944 · regulatory
ENSR13_8W5ZB · enhancer · 30418420–30418636 · regulatory
ENSR13_9G3ZR · enhancer · 30418781–30419163 · regulatory
ENSR13_C52HL · enhancer · 30420599–30422217 · regulatory
ENSR13_9G42Q · promoter · 30422218–30422503 · regulatory
ENSR13_9G42T · enhancer · 30422504–30422934 · regulatory
· motif · 30417925–30417941 · motif
· motif · 30421819–30421832 · motif
· motif · 30421858–30421871 · motif
· motif · 30421884–30421897 · motif
· motif · 30422062–30422075 · motif
· motif · 30422091–30422104 · motif
· motif · 30422138–30422151 · motif
· motif · 30422386–30422403 · motif
· motif · 30422395–30422412 · motif
· motif · 30422457–30422468 · motif
· motif · 30422507–30422516 · motif
· motif · 30422507–30422518 · motif
· motif · 30422621–30422630 · motif
· motif · 30422621–30422632 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:154 aa
Ubiquitin conjugating enzyme E2 L5 長 154 個胺基酸,屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族。其 UBC core 結構域位於第 2 至第 149 個胺基酸,涵蓋蛋白質序列的大部分區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBE2L5 的蛋白質產物可催化 ubiquitin 與其他蛋白質形成共價連接,參與蛋白質的 ubiquitin 修飾。 | 推論支持 | |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine. | 推論支持 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine. |
| 分子活性 | UBE2L5 相關活動包括蛋白質修飾,具體分類為蛋白質 ubiquitination;此註記未提供其他作用條件或實驗情境。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCCGCTCCGTGAGGCTTCCGGGAGAGGGAAAGCTGTTC40TCCTTTGATGCTCTTTGGTTTTACAGTGGAAAACTACAAT80TAAAAAAACATAGCCGTGAAAATAAATGAGATTAGAACCT120GCTGGCTTCACTTCCTGGAGGCTTTTTGTTGTGTCTTGAA160ACTAGGATCTTTGCGGGTCATCCCTTTTCTGAGTGCAGTC200AATCATAGCTCACTGCAGCCTCGACCTCCTGGGCTCAGTG240ATCTTCCCGGTCCAGCCTCCTGAGCAGCTAGGATTACAGG280CTTTGATCAAAATCAACCATTCCTTTCCAAAATTCAGAAG320CTTCCACAACAAGAACATGAACTGGATTAATAGAAATTTC360TCAGAAAAAAATATTCAAACACCAAGGATCTCACTTTGTG400CTGTGAAATGCAAGATGAGCAATCTGATCTGGACATACCA440GCCTTCAGTCAGGCAACAGGTGAATATGCAGGTAGAATTA480TAATGTGTAAAGCCGGGTGCAGTGGCTCACGTCTATAATC520TGAGCACTTTGGGAGACTAACGCGGGCGGATCACTTGAGG560TCAGGAGTTCGAGACTAGCCAGGCCAACATGGTGAAACCT600CGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAGTTAGCTGTGCATG640GTGGCACGTGCCTGTAATCACAGCCACTTGGGAGGCCGAG680GCGAGAGGATGGCTTGAACCCGGGAGGCTGAGGTTGCAAT720GAGCAGAGATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAG760AGAGAGACTCTGGCTAAAAAAAAAAAAAATTATAATGTAT800AGGATTGTGGATGATCACTCTAACCAACCAGTGGGCAAGT840TGCTTTGCTCAGCGTAAGTTCAAACTGCCACATCAGAACG880TTATTTGAGTGTATACATACACAACCATTAAAAGTGGCCG920TTACCACGATGCATTCTGGGAAAGAAGCAGCACCAAATCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。