基因總覽
UBE2F 的正式名稱為 ubiquitin conjugating enzyme E2 F (putative)，屬於蛋白質編碼基因，其產物歸入 ubiquitin-conjugating enzyme 家族中的 UBE2F subfamily。此蛋白質全長 185 個胺基酸，具有 UBC core，並在 N 端含有與 UBA3 互動的區域。其主要角色是作為 NEDD8-conjugating enzyme，參與將 NEDD8 接合至蛋白質的修飾反應；具體的受質選擇及生物學作用見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000272930 ★ | 237,967,014–238,042,782 | 10 |
| ENST00000414443 | 237,966,955–238,042,782 | 8 |
| ENST00000409953 | 237,966,955–238,041,770 | 9 |
| ENST00001124333 | 237,966,985–238,051,730 | 10 |
| ENST00000888988 | 237,967,000–238,045,486 | 10 |
| ENST00000888990 | 237,967,008–238,042,593 | 7 |
| ENST00000928512 | 237,967,011–238,042,595 | 10 |
| ENST00000448502 | 237,967,014–238,030,595 | 7 |
| ENST00000416292 | 237,967,014–238,041,293 | 8 |
| ENST00000409633 | 237,967,014–238,041,545 | 9 |
| ENST00000888989 | 237,967,014–238,044,469 | 7 |
| ENST00000888991 | 237,967,014–238,042,595 | 5 |
顯示 12/47 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBE2F 參與蛋白質 neddylation，也就是將 ubiquitin-like protein NEDD8 共價接合至其他蛋白質。反應中，UBE2F 從 UBA3-NAE1 E1 complex 接受 NEDD8，並催化其後續轉移與接合。這項 E2 酵素作用使 NEDD8 能被傳遞到特定受質，而不是廣泛修飾所有 cullin 蛋白。
在 E3 ubiquitin ligase RNF7/RBX2 共同參與時，UBE2F 可特異性地促進 cullin-5（CUL5）的 neddylation。來源指出，UBE2F 不會使 CUL1、CUL2、CUL3、CUL4A 或 CUL4B 發生 neddylation，顯示其已知 cullin 受質具有選擇性。此外，UBE2F 也介導 CUL9-RBX1 complex 的 neddylation；來源未進一步說明這項修飾的下游結果。
在 HIV-1 感染後，UBE2F 透過介導 CUL5 的 neddylation，參與 HIV-1 Vif protein 促成的 APOBEC3G ubiquitination 與降解。這項描述將 UBE2F 的作用置於病毒感染相關的蛋白質處理過程中，但並未表示 UBE2F 本身直接催化 APOBEC3G 的 ubiquitination 或降解。
Promoter 與基因調控
>UBE2F ENST00000272930 GRCh38 chr2:237966014-237967114 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CGCCACCACGCGGCTAATTTTTTTTTTCTTTTTTTGTAGCGATGGGGTCTTGCCACCATCAGGAGGCTGG TCTTAAACTCTTGGGCTCATGGGATCCTCCCACTTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGC CACCGGGCCCGCCAGCCTCCTTTAGGAAGAAAACCTGATAGTCACTCCACTGTTAGAAACCTCTCAGTGG GGTTTTTCGAAATGAAAGTCTAACTCCTTGTCTCTTTCTGACCGTTTCCATGCTGAACCTCATCTTTCTA ATGGCCCACTCCTCCAGGGGCCTGCCTGACGCCCAGGACGGCCCCTCGTCAATCACACAGGACGCTAATG GGCGCGGGATGAATCTGGGCGCCCAAAAGAGGACAAGTTGAAATGGATTTTTAAGGTACTTTAAACACAT TTAAGAGAGAAAAGAAGGAATAAAAGGGACATGACAAGAACAGTGGGGCCTGTGGGCGCAGCACACGGTT TGGGGTTGGTCGTGGCTTGCGTGTCTGACCGCCCGGTCTCCCTCACCGCCTGCACTGCAGGCTGCGGGGG CCTGTCCAGTCCTTTGCACTCCAGGTGCGGCGCTGGACAGCGGGAGCTCCAGCCACGGAGGCCGCTCCTT CAGGGAAGGATAGCCCGGGCTCCTCCGTGCCCCTAAACCCTGCAGACCACGAAGTGAACCCGTGTTGGAA CCAGGTGCAAAACCCCCAGCCCTCCGGCGCTCGGGCTCCAGAGCCAACTCGGAATCCCCGCCCCTAACGC TACTCGCCAATCAGCGGCGGTTGCGAAATCCGTGCCCGCCCCCTGGCCGCGCCCTCTGCCAATGAGCGAG GTCCGAGAGGCCCGTCGCCCAGCCCAGTCCCGATCGGCGCACGCCGCTGTTCGCGTGTCTGGTTCCAAAT AAAGTTTTTCGCGACTTTGAATTTTTTTTTTAAAGCGCCCGCTGCTGTCTCGGCTGCCGCGGGCGAGAGC GGCCGAGTCCCCGCCCCGCCACTTCCGGTCCCGCCGCCGGGAGCCGGTGCGGCTGTGAGGGGCCGCGTCT CGCAGCAGCCGCCCGGACCGGGCATGGTGTTGGGCGCCGGGCCCGCCTCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 7 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBE2F_1 ↗ | 2:237,967,014 | 正股 | 237,966,965–237,967,024 |
| UBE2F_3 ↗ | 2:237,967,408 | 正股 | 237,967,359–237,967,418 |
| UBE2F_4 ↗ | 2:237,968,812 | 正股 | 237,968,763–237,968,822 |
| UBE2F_7 ↗ | 2:238,025,284 | 正股 | 238,025,235–238,025,294 |
| UBE2F_5 ↗ | 2:238,041,348 | 正股 | 238,041,299–238,041,358 |
| UBE2F_2 ↗ | 2:238,041,514 | 正股 | 238,041,465–238,041,524 |
| UBE2F_6 ↗ | 2:238,042,245 | 正股 | 238,042,196–238,042,255 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_B3Q84R · enhancer · 237964498–237965484 · regulatory
ENSR2_543Z8D2 · CTCF_binding_site · 237965252–237965273 · regulatory
ENSR2_B3Q853 · promoter · 237966465–237967092 · regulatory
ENSR2_B3Q856 · enhancer · 237967093–237967832 · regulatory
ENSR2_95HG8H · promoter · 237967833–237968333 · regulatory
ENSR2_543Z8WX · CTCF_binding_site · 237968473–237968494 · regulatory
ENSR2_543Z8XD · CTCF_binding_site · 237968572–237968593 · regulatory
ENSR2_88ZWHD · promoter · 237968642–237968803 · regulatory
ENSR2_543Z8XP · CTCF_binding_site · 237968643–237968664 · regulatory
ENSR2_88ZWHH · enhancer · 237968804–237969004 · regulatory
ENSR2_543Z95X · CTCF_binding_site · 237969769–237969790 · regulatory
ENSR2_543Z9HG · CTCF_binding_site · 237971825–237971846 · regulatory
· motif · 237965156–237965162 · motif
· motif · 237965254–237965270 · motif
· motif · 237966593–237966602 · motif
· motif · 237966700–237966709 · motif
· motif · 237966713–237966722 · motif
· motif · 237966768–237966778 · motif
· motif · 237966803–237966812 · motif
· motif · 237966803–237966812 · motif
· motif · 237966816–237966826 · motif
· motif · 237966829–237966839 · motif
· motif · 237967006–237967016 · motif
· motif · 237967013–237967022 · motif
· motif · 237967013–237967024 · motif
· motif · 237967013–237967024 · motif
· motif · 237967433–237967442 · motif
· motif · 237967552–237967564 · motif
· motif · 237968475–237968491 · motif
· motif · 237968574–237968590 · motif
· motif · 237968645–237968661 · motif
· motif · 237969030–237969042 · motif
· motif · 237969771–237969787 · motif
· motif · 237971827–237971843 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：185 aa
UBE2F 蛋白質長 185 個胺基酸，屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族的 UBE2F subfamily。其第 32 至 185 位胺基酸構成 UBC core；第 1 至 29 位胺基酸則是與 UBA3 互動的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- GNB2P62879 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCN2P80188 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAX6P26367 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
UBE2F 與 UBA3 及 RBX2 互動。N-terminally acetylated form 的 UBE2F 可透過 DCUN1 domain 與 DCUN1D1、DCUN1D2、DCUN1D3、DCUN1D4 及 DCUN1D5 互動；來源未將這些互動描述為同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBE2F 從 UBA3-NAE1 E1 complex 接受 NEDD8，並催化其共價接合至其他蛋白質。與 E3 ubiquitin ligase RNF7/RBX2 一同作用時，UBE2F 特異性促進 CUL5 neddylation；來源指出它不修飾 CUL1、CUL2、CUL3、CUL4A 或 CUL4B，並可介導 CUL9-RBX1 complex 的 neddylation。 | 含實驗來源 | 證據與來源Accepts the ubiquitin-like protein NEDD8 from the UBA3-NAE1 E1 complex and catalyzes its covalent attachment to other proteins. Together with the E3 ubiquitin ligase RNF7/RBX2, specifically neddylates cullin-5 (CUL5). Does not neddylate CUL1, CUL2, CUL3, CUL4A or CUL4B. Mediates neddylation of the CUL9-RBX1 complex PMID 19250909 ↗ · PMID 23201271 ↗ · PMID 23300442 ↗ · PMID 38605244 ↗ |
| 功能 | HIV-1 感染後，UBE2F 透過介導 CUL5 的 neddylation，參與 HIV-1 Vif protein 所介導的 APOBEC3G ubiquitination 與降解；此敘述限定於感染後的相關過程。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Following infection by HIV-1 virus, participates to HIV-1 Vif protein-mediated ubiquitination and degradation of APOBEC3G by mediating neddylation of cullin-5 (CUL5) PMID 23300442 ↗ |
| 分子活性 | [E1 NEDD8-activating enzyme]-S-[NEDD8 protein]-yl-L-cysteine + [E2 NEDD8-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 NEDD8-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 NEDD8-conjugating enzyme]-S-[NEDD8-protein]-yl-L-cysteine. | 含實驗來源 | 證據與來源[E1 NEDD8-activating enzyme]-S-[NEDD8 protein]-yl-L-cysteine + [E2 NEDD8-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 NEDD8-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 NEDD8-conjugating enzyme]-S-[NEDD8-protein]-yl-L-cysteine. PMID 23201271 ↗ · PMID 23300442 ↗ · PMID 38605244 ↗ |
| 分子活性 | UBE2F 參與蛋白質修飾，具體類型為 protein neddylation，即涉及 NEDD8 的蛋白質修飾。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | UBE2F 與 UBA3 及 RBX2 互動。其 N-terminally acetylated form 可透過 DCUN1 domain 與 DCUN1D1、DCUN1D2、DCUN1D3、DCUN1D4 及 DCUN1D5 互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with UBA3 and RBX2. Interacts (N-terminally acetylated form) with (via DCUN1 domain) DCUN1D1, DCUN1D2, DCUN1D3, DCUN1D4 and DCUN1D5 PMID 19250909 ↗ · PMID 23201271 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACTTCCGGTCCCGCCGCCGGGAGCCGGTGCGGCTGTGAGG40GGCCGCGTCTCGCAGCAGCCGCCCGGACCGGGCATGGTGT80TGGGCGCCGGGCCCGCCTCGCCTGTCTCGGGGAGCCCAGG120GTAAAGGCAGCAGTAATGCTAACGCTAGCAAGTAAACTGA160AGCGTGACGATGGTCTCAAAGGGTCCCGGACGGCAGCCAC200AGCGTCCGACTCGACTCGGAGGGTTTCTGTGAGAGACAAA240TTGCTTGTTAAAGAGGTTGCAGAACTTGAAGCTAATTTAC280CTTGTACATGTAAAGTGCATTTTCCTGATCCAAACAAGCT320TCATTGTTTTCAGCTAACAGTAACCCCAGATGAGGGTTAC360TACCAGGGTGGAAAATTTCAGTTTGAAACTGAAGTTCCCG400ATGCGTACAACATGGTGCCTCCCAAAGTGAAATGCCTGAC440CAAGATCTGGCACCCCAACATCACAGAGACAGGGGAAATA480TGTCTGAGTTTATTGAGAGAACATTCAATTGATGGCACTG520GCTGGGCTCCCACAAGAACATTAAAGGATGTCGTTTGGGG560ATTAAACTCTTTGTTTACTGATCTTTTGAATTTTGATGAT600CCACTGAATATTGAAGCTGCAGAACATCATTTGCGGGACA640AGGAGGACTTCCGGAATAAAGTGGATGACTACATCAAACG680TTATGCCAGATGATAAAAGGGGACGATTGCAGGCCCATGG720ACTGTGTTACAGTTTGTCTCTAACATGAAACAGCAAGAGG760TAGCCCCCTCTCCCGTCCTCATGCTCCCTCTCAGTCCCCT800GGATTGCCCCAGTCCTGTGACCATGTTGCCCTGAAGAAGA840CCATCTTCATGACTGCTCATTGTAGATGGAGAATTCAACA880TAAATACAGCAAGAAAATGTGTTTGGGCTTCTGAAGAGTT920GTCTGCTTACCTTAACATGTTTACTTTTTTGAACTTGTAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。