基因總覽
UBE2E1 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 ubiquitin conjugating enzyme E2 E1。其產物 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族,長 193 個胺基酸。蛋白質序列包含位於第 47 至 193 個胺基酸的 UBC core;N 端第 1 至 45 個胺基酸則被註記為無序區。這些特徵描繪其家族歸屬與基本結構;其分子作用方式與相關功能見下方說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000306627 ★ | 23,805,955–23,891,640 | 6 |
| ENST00000346855 | 23,805,907–23,892,208 | 5 |
| ENST00001119106 | 23,805,907–23,892,208 | 4 |
| ENST00001119107 | 23,805,907–23,892,208 | 5 |
| ENST00001144332 | 23,805,907–23,892,208 | 6 |
| ENST00000913090 | 23,806,512–23,892,208 | 6 |
| ENST00000856464 | 23,806,749–23,892,208 | 4 |
| ENST00000442670 | 23,807,089–23,889,216 | 4 |
| ENST00000467766 | 23,810,443–23,889,426 | 4 |
| ENST00000424381 | 23,810,443–23,892,208 | 5 |
| ENST00000452012 | 23,811,458–23,891,316 | 5 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBE2E1 的蛋白質產物參與蛋白質修飾,主要涉及 ubiquitin 接合。它從 E1 複合體接受 ubiquitin,先形成與自身半胱胺酸相連的中間狀態,再催化 ubiquitin 共價接合至其他蛋白質。這個轉移過程使 ubiquitin 從 E1 轉交至 E2,也使 UBE2E1 能進一步將其接到受體蛋白上。
UBE2E1 可催化受體蛋白的單泛素化;此反應既可依賴 E3,也可不依賴 E3。因此,其催化受體蛋白接合 ubiquitin 的能力,不限於 E3 參與的情況。來源亦指出,在體外,UBE2E1 可催化以 Lys-48 相連的多聚泛素化;此項結果限定於體外,不應視為已確認的細胞內作用。
除 ubiquitin 外,UBE2E1 也能催化 ISG15 與其他蛋白質形成共價接合。來源並將 UBE2E1 的功能與短壽命及異常蛋白質的選擇性降解相連結,說明其蛋白質修飾作用涉及蛋白質周轉。不過,資料未進一步界定哪些特定受體蛋白或降解途徑參與其中,因此不宜據此推定更細的機制。
Promoter 與基因調控
>UBE2E1 ENST00000306627 GRCh38 chr3:23804955-23806055 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGATCATTTCAAAAATATTATTTGCATAGCATTTATAGGTAGCTAAAGAAAGAGAAAAATGGCTTAATAT TTTAAAAATAATTTGGTCAATTTAGCGATCTGGGGATTCTGCGATCCCCAGAACTTTGCATCCAATTTCC AAAAACCAAACCTTACATCTAATGTAAAATGACACAAAAAATTCTAAATCCAGTCTAATTCAGTAGTATA TAGCTTATTCCCAGTGATGTCTCACATTCGCAAGCCCGTTACACGTTGGTTTTACCTGTCACCAAAACCT TTGTATCACTCTTATAAAAAACCACATCACTTTCTATAAAAAGTGAGTGGAAGAATCTAATATTGTAAAA CTGCACGTGCCTCGCGTGACCTGAGCAGAAAATTCCTAGTTTGGGATTTTCTCACAGGCATACCTAAACT GACCTCTGCTCCTAGCAGGTAAATTGCTAGAAGGAGAAGCAAGTGTCAGTCCAAAGAAAACCCTTGTTGT GTGATTTTTTTTTTCTCTTTAATCGCTTTTTAGGTGGAGTACCCGCTGCATTCTCTAAAGTCTTTGCCAC CACCAGATTACCAACGTTTTCACCAATTTGCCACCTCCCTACTCCTCTCCTTTCCAAAAGCCCTCATTGG AAAGAACTTTCTCTCGTGACCCCCCTATTCCATCTAGTTCCAATCACTCCCAGCGCCCCCCATCTCCATC GGCTTCCCCTCTCCCGCCCAGAATCCAGGTTCCCAAACCACTTAAGAGAAAATTCACAACCCTCGCCCCC TTCCCGGGCGTCCGGAGGAGGCGCTGGGGTGGGGGTGTCTGTGGGGGACAGGGTTTCCTGGGGTCTCCTG GGTCTTCCTCGCGCACCCCCAGGAGGTGTTGCAGGGGGAGGGGAGCGCGGGTGGGTGGGACCGGGCCGGG TGGGGGAGGGGTGAGGGCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGCGGCGGAGGAGTGGTGTGTGTGCGAGC GTGTGTGGCTGGGGGAAGCCATTGCCTGTTTAATAGTTGCTGTTGCTGCACTTCCGCTTCTCTCCCAGCG AGAGAGAGACACGAGTGGCCAGGCCCAGCCGCAGCCGCAGCAGCAGCCGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBE2E1_1 ↗ | 3:23,805,994 | 正股 | 23,805,945–23,806,004 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:193 aa
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 E1 長 193 個胺基酸,屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族。其第 47 至 193 個胺基酸構成 UBC core;第 1 至 45 個胺基酸則註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
UBE2E1 的細胞內定位註記為細胞核。 來源未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- OTUB1Q96FW1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PAF1Q8N7H5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RNF20Q5VTR2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RNF25Q96BH1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ZNRF1Q8ND25 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ospGQ99PZ6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
UBE2E1 與 RNF14 有交互作用;來源未說明這是直接實體結合,亦未提供兩者形成複合體或其功能關係的細節。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBE2E1 可從 E1 複合體接受 ubiquitin,並催化其共價接合至其他蛋白質;也能催化 ISG15 與其他蛋白質共價接合。其作用與短壽命及異常蛋白質的選擇性降解相關。在體外,UBE2E1 可催化 Lys-48 相連的多聚泛素化;另可透過依賴或不依賴 E3 的方式催化其他蛋白質單泛素化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Accepts ubiquitin from the E1 complex and catalyzes its covalent attachment to other proteins. Catalyzes the covalent attachment of ISG15 to other proteins. Mediates the selective degradation of short-lived and abnormal proteins. In vitro also catalyzes 'Lys-48'-linked polyubiquitination. Catalyzes monoubiquitination of other proteins in both an E3-dependent and E3-independent manner PMID 16428300 ↗ · PMID 20061386 ↗ · PMID 27237050 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine. PMID 20061386 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + N(6)-monoubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + N(6)-monoubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 17588522 ↗ |
| 分子活性 | UBE2E1 的功能註記包括蛋白質修飾,以及蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | UBE2E1 與 RNF14 有交互作用;此註記未進一步界定交互作用的性質。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | UBE2E1 的定位註記為細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ATTGCCTGTTTAATAGTTGCTGTTGCTGCACTTCCGCTTC40TCTCCCAGCGAGAGAGAGACACGAGTGGCCAGGCCCAGCC80GCAGCCGCAGCAGCAGCCGCCGCGGCGGCACGGAGGAGCC120AGACACAAAGAGAGGGGCTGTTTGCGGGGTGGGGTGGGGG160GTTCGCTATGTCGGATGACGATTCGAGGGCCAGCACCAGC200TCCTCCTCATCTTCGTCTTCCAACCAGCAAACCGAGAAAG240AAACAAACACCCCCAAGAAGAAGGAGAGTAAAGTCAGCAT280GAGCAAAAACTCCAAACTCCTCTCCACCAGCGCCAAGAGA320ATTCAGAAGGAGCTGGCGGACATCACTTTAGACCCTCCAC360CTAATTGCAGTGCTGGTCCCAAAGGCGATAACATCTATGA400ATGGAGATCAACCATTCTAGGGCCTCCAGGATCCGTGTAT440GAGGGTGGTGTATTCTTTCTCGATATCACTTTTACACCAG480AATATCCCTTCAAGCCTCCAAAGGTTACATTTCGGACAAG520AATCTATCATTGTAATATTAACAGTCAAGGTGTTATTTGC560TTGGACATATTGAAAGATAATTGGAGTCCAGCACTAACCA600TTTCTAAAGTCCTCCTTTCTATCTGCTCACTTCTTACAGA640CTGTAATCCTGCCGACCCCTTGGTGGGAAGTATTGCCACT680CAGTATATGACCAACAGAGCAGAACATGACAGAATGGCCA720GACAGTGGACCAAGAGATACGCTACATAAATTGGGGTTTC760ACAATTCTTACATTATTTGTCTGTCACAGAAGAGAGCTGC800TTATGATTTTGAAGGGGTCAGGGAGGGTGGGAGTTGGTAA840AGAGTAGGGTATTTCTATAACAGATATTATTCAGTCTTAT880TTCCTAAGATTTTGTTGTAACTTAAGGTATCTTGCTACAG920TAGACAGAATTGGTAATAGCAACTTTTAAAATTGTCATTA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。