基因總覽
UBE2D3 是蛋白質編碼基因，其產物 ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族。蛋白質全長 147 個胺基酸，整段序列皆標註為 UBC core。作為 E2 泛素結合酶，它在泛素轉移系統中承接 ubiquitin，並與不同 E3 ligase 合作，使特定蛋白質成為泛素化作用的對象。這項基本性質使 UBE2D3 能參與多種細胞內蛋白質調控情境；其具體底物與作用結果，則依合作的 E3 ligase 與細胞條件而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000453744 ★ | 102,794,383–102,827,551 | 8 |
| ENST00000394804 | 102,793,516–102,827,948 | 8 |
| ENST00000394801 | 102,793,516–102,827,948 | 8 |
| ENST00000394803 | 102,793,516–102,828,159 | 8 |
| ENST00000321805 | 102,793,516–102,827,553 | 8 |
| ENST00000350435 | 102,793,516–102,825,860 | 7 |
| ENST00000338145 | 102,793,516–102,868,875 | 8 |
| ENST00000349311 | 102,793,516–102,827,849 | 8 |
| ENST00000504211 | 102,793,516–102,825,542 | 7 |
| ENST00000357194 | 102,793,516–102,868,915 | 7 |
| ENST00000505207 | 102,793,516–102,825,780 | 7 |
| ENST00000507845 | 102,793,516–102,825,785 | 8 |
顯示 12/111 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBE2D3 從 E1 complex 接收 ubiquitin，並催化 ubiquitin 以共價方式接到其他蛋白質上。體外實驗顯示，它可形成以 Lys-11 或 Lys-48 相連的多聚泛素鏈；其催化反應也包括將 ubiquitin 由 E1 轉移至 E2，或轉接到受體蛋白質的 lysine 上。實際標記的底物與鏈型，會隨合作的 E3 ligase 及細胞情境而改變。
在 NFKBIA 的泛素化中，UBE2D3 可與 E2 CDC34 及 SCF(FBXW11) E3 ligase complex 合作。對磷酸化的 NFKBIA，UBE2D3 先在 Lys-21 和／或 Lys-22 加上一個 ubiquitin；之後由 CDC34 延長泛素鏈，促進 NFKBIA 的蛋白酶體降解。這種先起始、再延長的分工，說明 UBE2D3 可為後續鏈形成建立起點。
UBE2D3 也與 RNF8 一同起始 PCNA 的泛素化。PCNA 的單泛素化及其後續多聚泛素化，是 DNA 損傷耐受（DDT）路徑的重要事件；該路徑會在 S 期遭遇紫外線或化學物質造成的 DNA 損傷後啟動。受到游離輻射後，UBE2D3 亦與 BRCA1/BARD1 E3 ligase complex 相關，在 DNA 損傷位置進行泛素化，並與 DNA 修復相連。
在其他底物調控中，UBE2D3 與 MDM2、TOPORS E3 ligases 合作，使 p53/TP53 發生泛素化；與 CBL E3 ligase 合作時，則促進 EGFR 在質膜及其內化、經胞內體運送過程中的多聚泛素化。它也可與 STUB1 E3 quality control ligase 一同泛素化未摺疊蛋白質，促使其迅速被破壞；對 DAPK3 的泛素化則會影響細胞核內 PML-NB 的形成。
UBE2D3 還參與免疫訊號與翻譯相關調控：與 RNF135 合作時，可依賴病毒 RNA 促進 RIGI 的 Lys-63 連結多聚泛素化，啟動導向 interferon beta 生成的下游訊號；與 ZNF598 合作時，會在核糖體碰撞後促進 40S 核糖體蛋白質泛素化。此外，它與 GATOR2 complex 合作催化 NPRL2 的 Lys-6 連結泛素化。
Promoter 與基因調控
>UBE2D3 ENST00000453744 GRCh38 chr4:102827451-102828551 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGCCCCTAACTCTCTCTGTCCTAGCCCCATCCACTCAATTGAGCTTGACTCAGCCTGCTCCCTGCTGTTC TCAGTATTGCTCCCTTAGGGTCAGACGTGCACTAGACTTCAGCACGTGGGAGCGCTGATGAGCGGCCAAC CTGGGTCTATTTAAAACTACTATTCCCATCTCGAGGGGCGCCTCCTCCCACAGCATAACCAGCCCAGGAG GGCAGGCGAGTAAATACTGCTCACCTGCTCCACCGGAAACCTCAAAATCCCGGCCCGAGCTAGACTAAAG GTATCTGGTAATTAATCCTTGGCACCTCCCACCACACGCTCCTGATTGGGCGCGTGAGACAAGGCTGTGT CTGCGCGCGCTCTTACCAGTCTGGGGAATTCCATTTCCTCTACCAACCACCGGCATAAGCATTCAGGGGC GTTGCTTTCCTGGCAGTGGCCCGCCCCAGTTCGAGCCGGTGCCTTACTGCGTCTCGCGAGAACTTATGCA TTTTGGAGGCGGAACCCCGTCAGGAAAAGCGCACAAAACTGCTCTTAAGTCATTGCAGAGCTACCGCTTC GGTTAGCCAGCCACGAAGTTCTCGCGAGAGTCGTCTCCTCGATACCAAGTGAGGAAACTGGGGGACGCTG TGGGGAGGGGCGTGGGGCTGGATCGCGCAGCGGCTGCTTCCTTTACCTTCCTCCCATGGTCTCCTTCCGG TTCTCGATGCTTCTCTGAGCCTAAGGGTTTCCGCCACTCGTTCACCCTCCCCCCAGCTCATGATCCTCCT CCCTCCCCCGCCCTCCTGGTCCAATCTCCGATCTGTTTAGTAAGAAGGTGCTGTTCCGAGAAGAAGGAAA AGGGCTTGACACGTATTCACTCGGCCCCGGACGTGGGAAGCAAGCCGTCTGGCTTCGGCCTCACATCGGT CTTGTGCTCGGGACGGCGGCGTTGGCGGACTGATCCGCGGCGGTGAAGAGGCAGGAGGAGGGGGAGGGGC GGAGCGTGGCAGCTGGCAGTAGTTCCGTCAGAGCGGACATCTTGTGGCTGTGTCGTGCGCGTGAGCCCCG TAGGGCCGGGGAGGCACCAGCTGCCGCGCGGGGAGGAGGCCGAGGCCGCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 5 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBE2D3_4 ↗ | 4:102,827,124 | 負股 | 102,827,114–102,827,173 |
| UBE2D3_1 ↗ | 4:102,827,551 | 負股 | 102,827,541–102,827,600 |
| UBE2D3_3 ↗ | 4:102,827,763 | 負股 | 102,827,753–102,827,812 |
| UBE2D3_2 ↗ | 4:102,828,010 | 負股 | 102,828,000–102,828,059 |
| UBE2D3_5 ↗ | 4:102,868,895 | 負股 | 102,868,885–102,868,944 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR4_852LTM · enhancer · 102823936–102824172 · regulatory
ENSR4_93HRXH · enhancer · 102824386–102824889 · regulatory
ENSR4_BQDZC · enhancer · 102825005–102825531 · regulatory
ENSR4_BQDZF · promoter · 102825532–102826350 · regulatory
ENSR4_5W72CX · CTCF_binding_site · 102826131–102826152 · regulatory
ENSR4_93HRZ9 · promoter · 102827112–102827602 · regulatory
ENSR4_852LXR · enhancer · 102827603–102827838 · regulatory
ENSR4_93HRZG · promoter · 102827839–102828131 · regulatory
ENSR4_5W72N8 · CTCF_binding_site · 102827921–102827942 · regulatory
ENSR4_852LZ3 · promoter · 102828149–102828298 · regulatory
ENSR4_CD7HF · enhancer · 102828299–102829668 · regulatory
· motif · 102823631–102823644 · motif
· motif · 102823631–102823644 · motif
· motif · 102824025–102824038 · motif
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· motif · 102825864–102825877 · motif
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· motif · 102826782–102826795 · motif
· motif · 102826806–102826819 · motif
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· motif · 102827799–102827809 · motif
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· motif · 102827851–102827860 · motif
· motif · 102827906–102827916 · motif
· motif · 102827911–102827921 · motif
· motif · 102827923–102827939 · motif
· motif · 102828127–102828137 · motif
· motif · 102828189–102828200 · motif
· motif · 102828240–102828250 · motif
· motif · 102828297–102828312 · motif
· motif · 102828301–102828310 · motif
· motif · 102828432–102828441 · motif
· motif · 102828432–102828441 · motif
· motif · 102828432–102828441 · motif
· motif · 102829994–102830003 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：147 aa
ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 全長 147 個胺基酸，蛋白質註解將第 1 至 147 位皆列為 UBC core，並歸屬於 ubiquitin-conjugating enzyme 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
UBE2D3 被註記為周邊膜蛋白，定位於細胞膜與胞內體膜；來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 24 個夥伴
- DTX2Q86UW9 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- DTX3Q8N9I9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- GNB2P62879 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID1O15344 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OTUB1Q96FW1 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF111Q6ZNA4 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- RNF115Q9Y4L5 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- RNF126Q9BV68 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RNF2Q99496 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- RNF25Q96BH1 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- RNF43Q68DV7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RNF5Q99942 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- TRAF6Q9Y4K3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRIM39Q9HCM9 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- TRIM62Q9BVG3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBTD1Q9HAC8 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- XIAPP98170 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ZNRF1Q8ND25 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Dapk3O54784 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ospGQ99PZ6 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- sspH2P0CE12 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- UBE4BO95155-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
UBE2D3 與 SCF E3 ubiquitin ligase complex 的交互作用會在 Cullin neddylation 時增強；游離輻射後，DNA damage checkpoint 會促進其與 BRCA1 的關聯。它也與 DAPK3、ubiquitin、E3 ubiquitin-protein ligase CBLC、UBTD1、RIGI、RNF135 及 E3 ubiquitin-protein ligase UBE4B 有交互作用。來源另指出，UBE2D3 與 RIGI、RNF135 的交互作用參與 RIGI 泛素化與活化。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBE2D3 從 E1 complex 接收 ubiquitin，並將其共價接到其他蛋白質；體外可形成 Lys-11 與 Lys-48 連結的多聚泛素鏈。它可與多種 E3 ligase 或其他 E2 合作，調控 NFKBIA、PCNA、DNA 損傷位置的蛋白質、p53/TP53、EGFR、未摺疊蛋白質、RIGI、40S 核糖體蛋白質及 NPRL2 的泛素化；各作用依特定合作因子與條件而異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Accepts ubiquitin from the E1 complex and catalyzes its covalent attachment to other proteins. In vitro catalyzes 'Lys-11'-, as well as 'Lys-48'-linked polyubiquitination. Cooperates with the E2 CDC34 and the SCF(FBXW11) E3 ligase complex for the polyubiquitination of NFKBIA leading to its subsequent proteasomal degradation. Acts as an initiator E2, priming the phosphorylated NFKBIA target at positions 'Lys-21' and/or 'Lys-22' with a monoubiquitin. Ubiquitin chain elongation is then performed by CDC34, building ubiquitin chains from the UBE2D3-primed NFKBIA-linked ubiquitin. Also acts as an initiator E2, in conjunction with RNF8, for the priming of PCNA. Monoubiquitination of PCNA, and its subsequent polyubiquitination, are essential events in the operation of the DNA damage tolerance (DDT) pathway that is activated after DNA damage caused by UV or chemical agents during S-phase. Associates with the BRCA1/BARD1 E3 ligase complex to perform ubiquitination at DNA damage sites following ionizing radiation leading to DNA repair. Targets DAPK3 for ubiquitination which influences promyelocytic leukemia protein nuclear body (PML-NB) formation in the nucleus. In conjunction with the MDM2 and TOPORS E3 ligases, functions ubiquitination of p53/TP53. In conjunction with the CBL E3 ligase, targets EGFR for polyubiquitination at the plasma membrane as well as during its internalization and transport on endosomes. In conjunction with the STUB1 E3 quality control E3 ligase, ubiquitinates unfolded proteins to catalyze their immediate destruction. Together with RNF135, catalyzes the viral RNA-dependent 'Lys-63'-linked polyubiquitination of RIGI to activate the downstream signaling pathway that leads to interferon beta production. Together with ZNF598, catalyzes ubiquitination of 40S ribosomal proteins in response to ribosome collisions. In cooperation with the GATOR2 complex, catalyzes 'Lys-6'-linked ubiquitination of NPRL2 PMID 10329681 ↗ · PMID 11743028 ↗ · PMID 12646252 ↗ · PMID 15247280 ↗ · PMID 15280377 ↗ · PMID 15496420 ↗ · PMID 16628214 ↗ · PMID 18284575 ↗ · PMID 18508924 ↗ · PMID 18515077 ↗ · PMID 18948756 ↗ · PMID 20061386 ↗ · PMID 20347421 ↗ · PMID 21532592 ↗ · PMID 28322253 ↗ · PMID 28469175 ↗ · PMID 28685749 ↗ · PMID 36528027 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine. PMID 20061386 ↗ · PMID 28685749 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + N(6)-monoubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E1 ubiquitin-activating enzyme]-L-cysteine + N(6)-monoubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 17588522 ↗ |
| 分子活性 | UBE2D3 參與蛋白質修飾，具體類別為蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | UBE2D3 與 SCF E3 ubiquitin ligase complex 的交互作用會在 Cullin neddylation 時增強；游離輻射後，DNA damage checkpoint 促進其與 BRCA1 的關聯。它也與 DAPK3、ubiquitin、CBLC、UBTD1、RIGI、RNF135 及 UBE4B 交互作用，其中與 RIGI、RNF135 的交互作用涉及 RIGI 泛素化與活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin ligase complex; when Cullin is neddylated, the interaction between the E2 and the SCF complex is strengthened. Interacts with DAPK3. Interacts with BRCA1; the DNA damage checkpoint promotes the association with BRCA1 after ionizing radiation. Interacts non-covalently with ubiquitin. Interacts with E3 ubiquitin-protein ligase CBLC. Interacts with UBTD1. Interacts with RIGI and RNF135; involved in RIGI ubiquitination and activation. Interacts with E3 ubiquitin-protein ligase UBE4B PMID 16543155 ↗ · PMID 16628214 ↗ · PMID 18515077 ↗ · PMID 18851830 ↗ · PMID 20525694 ↗ · PMID 20696396 ↗ · PMID 24211586 ↗ · PMID 28469175 ↗ |
| 細胞定位 | UBE2D3 被註記為周邊膜蛋白，位於細胞膜與胞內體膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Peripheral membrane protein; Endosome membrane / Peripheral membrane protein PMID 18508924 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTTCCGTCAGAGCGGACATCTTGTGGCTGTGTCGTGCGC40GTGAGCCCCGTAGGGCCGGGGAGGCACCAGCTGCCGCGCG80GGGAGGAGGCCGAGGCCGCAGCTTGAGGGAGGCCCCGGCC120CCTCTGCGCCTGTGTCTGGCAGAGCTGGTGTGAGACGAGA160CAATCCTGCCCCGCCGCCGGGATAATCAAGAGTTTTGGCC200GGACCTTTGAGCATACACCGAGAGAGTGAGGAGCCAGACG240ACAAGCACACACTATGGCGCTGAAACGGATTAATAAGGAA280CTTAGTGATTTGGCCCGTGACCCTCCAGCACAATGTTCTG320CAGGTCCAGTTGGGGATGATATGTTTCATTGGCAAGCCAC360AATTATGGGACCTAATGACAGCCCATATCAAGGCGGTGTA400TTCTTTTTGACAATTCATTTTCCTACAGACTACCCCTTCA440AACCACCTAAGGTTGCATTTACAACAAGAATTTATCATCC480AAATATTAACAGTAATGGCAGCATTTGTCTCGATATTCTA520AGATCACAGTGGTCGCCTGCTTTAACAATTTCTAAAGTTC560TTTTATCCATTTGTTCACTGCTATGTGATCCAAACCCAGA600TGACCCCCTAGTGCCAGAGATTGCACGGATCTATAAAACA640GACAGAGATAAGTACAACAGAATATCTCGGGAATGGACTC680AGAAGTATGCCATGTGATGCTACCTTAAAGTCAGAATAAC720CTGCATTATAGCTGGAATAAACTTTAAATTACTGTTCCTT760TTTTGATTTTCTTATCCGGCTGCTCCCCTATCAGACCTCA800TCTTTTTTAATTTTATTTTTTGTTTACCTCCCTCCATTCA840TTCACATGCTCATCTGAGAAGACTTAAGTTCTTCCAGCTT880TGGACAATAACTGCTTTTAGAAACTGTAAAGTAGTTACAA920GAGAACAGTTGCCCAAGACTCAGAATTTTTAAAAAAAAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。