基因總覽
UBC（ubiquitin C）是蛋白質編碼基因，產物屬於 ubiquitin family。其蛋白質由多個串聯的 ubiquitin-like 區段組成；註解列出九個此類區段。這種多區段配置提供 ubiquitin 分子，可游離存在，也可接合至其他蛋白質。UBC 的產物因此不只是一種固定形式的蛋白質標記：其分子可形成單體接合，也可組成不同連結方式的聚合鏈，並依存在狀態與連結特徵參與不同細胞過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000339647 ★ | 124,911,646–124,914,650 | 2 |
| ENST00000874892 | 124,910,297–124,914,591 | 2 |
| ENST00000874893 | 124,910,297–124,914,587 | 2 |
| ENST00000964560 | 124,910,297–124,914,774 | 2 |
| ENST00000964562 | 124,910,297–124,914,206 | 2 |
| ENST00000964563 | 124,910,297–124,913,999 | 2 |
| ENST00001121202 | 124,910,297–124,939,924 | 2 |
| ENST00001121203 | 124,910,297–124,928,549 | 2 |
| ENST00001127421 | 124,910,297–124,939,897 | 2 |
| ENST00001134634 | 124,910,297–124,914,650 | 2 |
| ENST00000536769 | 124,911,604–124,915,348 | 1 |
| ENST00000538617 | 124,911,646–124,915,303 | 4 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ubiquitin 可游離存在，也可透過異肽鍵接合到目標蛋白質。接合形式包括單一 ubiquitin、以 ubiquitin 上不同 Lys 殘基連成的 polyubiquitin chains，以及由起始 Met 連成的線性鏈。接合位置和鏈的構型與其功能相關，因此不同 ubiquitin 鏈可將訊息導向不同細胞過程。
各種 Lys 連結的鏈具有不同關聯：Lys-6 連結可能參與 DNA 修復；Lys-11 連結參與內質網相關降解（ERAD）與細胞週期調控；Lys-29 連結與蛋白毒性壓力反應及細胞週期相關；Lys-33 連結參與 kinase 修飾；Lys-48 連結參與經由 proteasome 的蛋白質降解；Lys-63 連結則與內吞作用、DNA 損傷反應，以及促使轉錄因子 NF-kappa-B 活化的訊號過程有關。由起始 Met 連接形成的線性 polyubiquitin chains 則參與細胞訊號傳遞。
ubiquitin 通常接合至目標蛋白質的 Lys 殘基，但少數情況也觀察到接合於 Cys 或 Ser 殘基。未接合於目標蛋白質的游離 polyubiquitin 也有不同作用，包括活化 protein kinases 與參與訊號傳遞，顯示 ubiquitin 的功能不只取決於它是否接在目標蛋白質上。
在 ubiquitination 過程中，受體 ubiquitin 可透過與 E2 ubiquitin-conjugating enzymes（例如 UBE2R2）直接作用，定位於活性位點。若 ubiquitin 以單體形式存在，其 C-terminal glycine 可被 Cul2-RING（CRL2）E3 ubiquitin-protein ligase complexes 辨識為 C-degron。這些作用描述了 ubiquitin 在鏈形成及單體辨識中的分子角色。
Promoter 與基因調控
>UBC ENST00000339647 GRCh38 chr12:124914550-124915650 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATTCCTGTCTTTTAAAATCTCCGGTTTAAATGGGTCCGATTATTGAATGGATCCTGCTTACAATAATCGT ACCCATTGAAACCAGAGAAATTTCCATGCCTCCCTGTTGGCATCAAGTAGGACCTTTCCATACCTGGCCC TCAGAATGTACAGGAAGGTGGAAGAACAGTCTAGAAGGATGTCGTTCGCTCAGCCTTGCGTTCCAGCTAA AATAAAACTGTGTGGGGTTTCCGCCTCTTTTTTCCAAATTTAACCTGGACACCCAGCTCCTCTGCAGTGT CTCCCCTGGAAAGTTCTCGAGCGTTCCCCAGCTTTAGGGCCACGCCCGCCCTGAGATCTGCCGAGTCATT GTCCTTGTCCCGCGGCCCCGGGAGCCCCCCGCGACCGGCCTGGGAGGCTCAGGGAGGTTGAAGGGGGCTG AGCAAAGGAAGCCCCGTCATTACCTCAAATGTGACCCAAAAATAAAGACCCGTCCATCTCGCAGGGTGGG CCAGGGCGGGTCAGGAGGGAGGGGAGGGAGACCCCGACTCTGCAGAAGGCGCTCGCTGCGTGCCCCACGT CCGCCGAACGCGGGGTTCGCGACCCGAGGGGACCGCGGGGGCTGAGGGGAGGGGCCGCGGAGCCGCGGCT AAGGAACGCGGGCCGCCCACCCGCTCCCGGTGCAGCGGCCTCCGCGCCGGGTTTTGGCGCCTCCCGCGGG CGCCCCCCTCCTCACGGCGAGCGCTGCCACGTCAGACGAAGGGCGCAGCGAGCGTCCTGATCCTTCCGCC CGGACGCTCAGGACAGCGGCCCGCTGCTCATAAGACTCGGCCTTAGAACCCCAGTATCAGCAGAAGGACA TTTTAGGACGGGACTTGGGTGACTCTAGGGCACTGGTTTTCTTTCCAGAGAGCGGAACAGGCGAGGAAAA GTAGTCCCTTCTCGGCGATTCTGCGGAGGGATCTCCGTGGGGCGGTGAACGCCGATGATTATATAAGGAC GCGCCGGGTGTGGCACAGCTAGTTCCGTCGCAGCCGGGATTTGGGTCGCAGTTCTTGTTTGTGGATCGCT GTGATCGTCACTTGGTGAGTAGCGGGCTGCTGGGCTGGCCGGGGCTTTCGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBC_1 ↗ | 12:124,914,091 | 負股 | 124,914,081–124,914,140 |
| UBC_3 ↗ | 12:124,915,117 | 負股 | 124,915,107–124,915,166 |
| UBC_2 ↗ | 12:124,939,919 | 負股 | 124,939,909–124,939,968 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_534D9DJ · CTCF_binding_site · 124912043–124912064 · regulatory
ENSR12_534D9FL · CTCF_binding_site · 124912271–124912292 · regulatory
ENSR12_534D9GM · CTCF_binding_site · 124912499–124912520 · regulatory
ENSR12_534D9HP · CTCF_binding_site · 124912727–124912748 · regulatory
ENSR12_534D9JQ · CTCF_binding_site · 124912955–124912976 · regulatory
ENSR12_534D9LT · CTCF_binding_site · 124913411–124913432 · regulatory
ENSR12_93SKNC · promoter · 124914640–124915140 · regulatory
ENSR12_6JNMGR · promoter · 124915293–124915328 · regulatory
ENSR12_93SKNK · promoter · 124915338–124915838 · regulatory
ENSR12_534DBBS · CTCF_binding_site · 124917508–124917529 · regulatory
ENSR12_534DBML · CTCF_binding_site · 124919401–124919422 · regulatory
· motif · 124910791–124910803 · motif
· motif · 124910852–124910864 · motif
· motif · 124910854–124910861 · motif
· motif · 124910996–124911008 · motif
· motif · 124911197–124911212 · motif
· motif · 124911238–124911251 · motif
· motif · 124911238–124911251 · motif
· motif · 124911242–124911255 · motif
· motif · 124911804–124911815 · motif
· motif · 124912032–124912043 · motif
· motif · 124912045–124912061 · motif
· motif · 124912260–124912271 · motif
· motif · 124912273–124912289 · motif
· motif · 124912488–124912499 · motif
· motif · 124912501–124912517 · motif
· motif · 124912717–124912728 · motif
· motif · 124912729–124912745 · motif
· motif · 124912945–124912956 · motif
· motif · 124912957–124912973 · motif
· motif · 124913173–124913184 · motif
· motif · 124913401–124913412 · motif
· motif · 124913413–124913429 · motif
· motif · 124914133–124914146 · motif
· motif · 124914133–124914146 · motif
· motif · 124914137–124914150 · motif
· motif · 124914194–124914211 · motif
· motif · 124914195–124914205 · motif
· motif · 124914208–124914221 · motif
· motif · 124914222–124914237 · motif
· motif · 124914380–124914397 · motif
· motif · 124914429–124914439 · motif
· motif · 124914446–124914457 · motif
· motif · 124914515–124914525 · motif
· motif · 124914996–124915009 · motif
· motif · 124915036–124915046 · motif
· motif · 124915046–124915059 · motif
· motif · 124915322–124915332 · motif
· motif · 124915680–124915692 · motif
· motif · 124916222–124916237 · motif
· motif · 124916525–124916533 · motif
· motif · 124916668–124916681 · motif
· motif · 124916668–124916682 · motif
· motif · 124917252–124917260 · motif
· motif · 124917447–124917457 · motif
· motif · 124917490–124917500 · motif
· motif · 124917509–124917522 · motif
· motif · 124917510–124917526 · motif
· motif · 124917585–124917592 · motif
· motif · 124917652–124917666 · motif
· motif · 124917652–124917666 · motif
· motif · 124917716–124917729 · motif
· motif · 124917718–124917729 · motif
· motif · 124917718–124917729 · motif
· motif · 124917720–124917729 · motif
· motif · 124917757–124917768 · motif
· motif · 124917757–124917770 · motif
· motif · 124917795–124917810 · motif
· motif · 124917832–124917845 · motif
· motif · 124918526–124918538 · motif
· motif · 124918528–124918550 · motif
· motif · 124918528–124918550 · motif
· motif · 124918638–124918653 · motif
· motif · 124919392–124919399 · motif
· motif · 124919403–124919419 · motif
· motif · 124919479–124919492 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：685 aa
UBC 編碼的蛋白質全長為 685 個胺基酸，屬於 ubiquitin family。序列註解將其劃分為九個連續的 Ubiquitin-like 區域，各區段長度均為 76 個胺基酸，分布於第 1–684 位；此註解未描述第 685 位的特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ubiquitin 註記位於細胞質、細胞核及粒線體外膜；在粒線體外膜的定位類型為周邊膜蛋白。 資料未提供不同異構型或定位變化條件的區別。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 79 個夥伴
- ABCG2Q9UNQ0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ADRM1Q16186 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- ASAP1Q9ULH1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ASAP2O43150 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ATXN3P54252-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BCL2L12Q9HB09-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BMI1P35226 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BUB1BO60566 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDIP1Q9H305 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDK1P06493 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CSF3RQ99062 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DAXXQ9UER7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DAZAP2Q15038 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- DENRO43583 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DESI1Q6ICB0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DTX1Q86Y01 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ELAVL1Q15717 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- EPN2O95208-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM168AQ92567-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRK2P25098 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IKBKGQ9Y6K9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- KLF5Q13887 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LCKP06239 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LEPRP48357-3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ubiquitin 可游離存在，也能透過異肽鍵接合到目標蛋白質，形式包括單體、由不同 Lys 殘基連接的 polyubiquitin chains，或經起始 Met 形成的線性鏈。不同連結具有不同關聯：Lys-6 可能參與 DNA 修復；Lys-11 與 ERAD 及細胞週期調控相關；Lys-29 與蛋白毒性壓力反應及細胞週期相關；Lys-33 參與 kinase 修飾；Lys-48 連結蛋白質經 proteasome 降解；Lys-63 與內吞、DNA 損傷反應及 NF-kappa-B 活化訊號有關；線性鏈參與細胞訊號傳遞。目標蛋白質通常以 Lys 殘基接受接合，少數情況可接於 Cys 或 Ser。游離 polyubiquitin 亦可活化 protein kinases 並參與訊號傳遞。ubiquitination 時，受體 ubiquitin 可直接與 E2 ubiquitin-conjugating enzymes（如 UBE2R2）作用而定位於活性位點；單體 ubiquitin 的 C-terminal glycine 則可被 Cul2-RING（CRL2）E3 ubiquitin-protein ligase complexes 辨識為 C-degron。 | 含實驗來源 | 證據與來源Exists either covalently attached to another protein, or free (unanchored). When covalently bound, it is conjugated to target proteins via an isopeptide bond either as a monomer (monoubiquitin), a polymer linked via different Lys residues of the ubiquitin (polyubiquitin chains) or a linear polymer linked via the initiator Met of the ubiquitin (linear polyubiquitin chains). Polyubiquitin chains, when attached to a target protein, have different functions depending on the Lys residue of the ubiquitin that is linked: Lys-6-linked may be involved in DNA repair; Lys-11-linked is involved in ERAD (endoplasmic reticulum-associated degradation) and in cell-cycle regulation; Lys-29-linked is involved in proteotoxic stress response and cell cycle; Lys-33-linked is involved in kinase modification; Lys-48-linked is involved in protein degradation via the proteasome; Lys-63-linked is involved in endocytosis, DNA-damage responses as well as in signaling processes leading to activation of the transcription factor NF-kappa-B. Linear polymer chains formed via attachment by the initiator Met lead to cell signaling. Ubiquitin is usually conjugated to Lys residues of target proteins, however, in rare cases, conjugation to Cys or Ser residues has been observed. When polyubiquitin is free (unanchored-polyubiquitin), it also has distinct roles, such as in activation of protein kinases, and in signaling. During ubiquitination, the acceptor ubiquitin is positioned in the active site via direct interaction with the E2 ubiquitin-conjugating enzymes such as UBE2R2. As a monoubiquitin, its C-terminal glycine is recognized as a C-degron by Cul2-RING (CRL2) E3 ubiquitin-protein ligase complexes PMID 16543144 ↗ · PMID 34239127 ↗ · PMID 38326650 ↗ · PMID 39548056 ↗ · PMID 19754430 ↗ |
| 細胞定位 | ubiquitin 的定位註記包括細胞質、細胞核及粒線體外膜；在粒線體外膜的定位類型為周邊膜蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源Ubiquitin; Cytoplasm; Nucleus; Mitochondrion outer membrane / Peripheral membrane protein PMID 24751536 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTTCCGTCGCAGCCGGGATTTGGGTCGCAGTTCTTGTTT40GTGGATCGCTGTGATCGTCACTTGACAATGCAGATCTTCG80TGAAGACTCTGACTGGTAAGACCATCACCCTCGAGGTTGA120GCCCAGTGACACCATCGAGAATGTCAAGGCAAAGATCCAA160GATAAGGAAGGCATCCCTCCTGACCAGCAGAGGCTGATCT200TTGCTGGAAAACAGCTGGAAGATGGGCGCACCCTGTCTGA240CTACAACATCCAGAAAGAGTCCACCCTGCACCTGGTGCTC280CGTCTCAGAGGTGGGATGCAAATCTTCGTGAAGACACTCA320CTGGCAAGACCATCACCCTTGAGGTCGAGCCCAGTGACAC360CATCGAGAACGTCAAAGCAAAGATCCAGGACAAGGAAGGC400ATTCCTCCTGACCAGCAGAGGTTGATCTTTGCCGGAAAGC440AGCTGGAAGATGGGCGCACCCTGTCTGACTACAACATCCA480GAAAGAGTCTACCCTGCACCTGGTGCTCCGTCTCAGAGGT520GGGATGCAGATCTTCGTGAAGACCCTGACTGGTAAGACCA560TCACCCTCGAGGTGGAGCCCAGTGACACCATCGAGAATGT600CAAGGCAAAGATCCAAGATAAGGAAGGCATTCCTCCTGAT640CAGCAGAGGTTGATCTTTGCCGGAAAACAGCTGGAAGATG680GTCGTACCCTGTCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCCAC720CTTGCACCTGGTACTCCGTCTCAGAGGTGGGATGCAAATC760TTCGTGAAGACACTCACTGGCAAGACCATCACCCTTGAGG800TCGAGCCCAGTGACACTATCGAGAACGTCAAAGCAAAGAT840CCAAGACAAGGAAGGCATTCCTCCTGACCAGCAGAGGTTG880ATCTTTGCCGGAAAGCAGCTGGAAGATGGGCGCACCCTGT920CTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCTACCCTGCACCTGGT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。