基因總覽
UBA3 的正式名稱為 ubiquitin like modifier activating enzyme 3，屬於蛋白質編碼基因。其產物長 463 個胺基酸，屬 ubiquitin-activating E1 家族的 UBA3 次家族。UBA3 是由 UBA3 與 NAE1 組成的二聚體 E1 酵素之催化次單元，主要參與 NEDD8 活化，並與蛋白質 neddylation 相關。蛋白質序列註解標示了與 NAE1、NEDD8 及 UBE2M 相互作用的區域；這些特徵與其作為 E1 酵素催化次單元的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000361055 ★ | 69,054,730–69,080,365 | 18 |
| ENST00000415609 | 69,053,972–69,080,408 | 16 |
| ENST00000349511 | 69,053,972–69,080,408 | 17 |
| ENST00000854659 | 69,053,972–69,080,408 | 17 |
| ENST00000854660 | 69,053,972–69,080,408 | 17 |
| ENST00000854661 | 69,053,972–69,080,408 | 18 |
| ENST00000854662 | 69,053,972–69,080,408 | 18 |
| ENST00000854663 | 69,053,972–69,080,408 | 18 |
| ENST00000854664 | 69,053,972–69,080,408 | 12 |
| ENST00000854665 | 69,053,972–69,080,408 | 16 |
| ENST00000854666 | 69,053,972–69,080,408 | 17 |
| ENST00000854667 | 69,053,972–69,080,408 | 17 |
顯示 12/25 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
UBA3 是 UBA3-NAE1 二聚體 E1 酵素的催化次單元，參與 NEDD8 的活化與轉移。反應首先由 E1 使用 ATP，使 NEDD8 C 端的甘胺酸殘基腺苷酸化；接著，該殘基與 UBA3 催化半胱胺酸的側鏈形成硫酯鍵，產生 NEDD8-UBA3 硫酯並釋出 AMP。此活化過程使 NEDD8 得以進入後續轉移步驟。
完成與 UBA3 的連結後，E1 將 NEDD8 轉移至 UBE2M 的催化半胱胺酸。來源亦將此酵素反應描述為 ATP、NEDD8 與 E1 的反應，產物包括 AMP、焦磷酸，以及與 NEDD8 形成硫酯鍵的 E1。UBA3 因而參與蛋白質修飾中的 neddylation；來源未進一步列出此修飾作用於哪些特定蛋白質。
除 NEDD8 活化功能外，UBA3 被報告可下調類固醇受體活性，並且是細胞週期進程所必需。這些功能敘述未提供進一步的作用機制或條件，因此不能據此推定其如何影響受體活性或細胞週期。整體而言，來源支持 UBA3 兼具 NEDD8 活化與轉移相關功能，以及受體活性調節和細胞週期進程相關作用。
Promoter 與基因調控
>UBA3 ENST00000361055 GRCh38 chr3:69080265-69081365 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AACTGTATTTTGAGAGCCACTCTGGATTTTACTTAATTATCAGTCTTACAAGGTGAATAGTGTTATGCCC ACTTTATAAATGAAGAAATAGAAGTGTCTAAGGGTTTCGTAGCTCACAACTGAGAAGAATTTAAAATCAG TTACTTTTGATTCCAAATATCATTCTTGTCCCACTCCATAGAAGGAGATGTGTGTGTACGTGTATATACA TACATTTTTGAACATGATCATTTCCCTCTATCCAGCCATCCAGATTCACAGTGTATATTTGTATTTCTGA CTCTAGAAGAAAATAATTGAAACTTTTATCACAATTTATCTTTAGGTGATAGGATTATGGGTGTTCTCAG TTATTCTTTGATTTTTGTGATTGTTTTCCTTTATACTTTTTTCTTTGTATCTAAATATACACATTTATCT CAGGAAAAGTTTTAATCATTTTGTTTCCGCTGAACTTATCTAACAGAATGTGACATGAAAATATTAATGC TGATTTGTTCAAAGAAAATAATAATCTCCCACCCCACCAATGTAAACGGATTTAGATAAATTTATTATTC AAGTGAGTACTTATAAAGGCAAAGACTTTGGAACCATCCTGAAAAGCAGAAAGTGAAAATTTCCTTGATC TTTGCCCCCAGAGGAAAGCTCTGGCATACTGGGAGGGTTCTTCACGAATTTTTCATAGAATATACCAATA TTTTGTATAATTACGTATTAACATATAGTTTGTGTAAACGCATAATGTATTGTCTACATTTTCACGCTGC AGAGCAACATTATGCACGGTATAAGATTCACCTAATTAAGCGTAGGTAATTAAGATTATAATTACAGGGC AAGACTTTAAAGCCCATGGGAGCCCAGCCGCAGTCAACCTCGCACCTCCCTGCCGGTTGTGTTTCTGGCC TCGCCCCTCCCCGCTTCGCCAGCCCCGCCCCTCCCCGCTTTGCCAGTCCCGCTCCTCCCCGCCCTGCCGC GCGTGGGCACCTGGGAAGAGGCGGAGAACAATATGGCGGATGGCGAGGAGCCGTAAGTACCGGGGCTCTG CAGACGCGCCGGGCTGGGCTGGGTTGTGAGAGAGCGCGGCGGTGGGCGGTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| UBA3_1 ↗ | 3:69,080,363 | 負股 | 69,080,353–69,080,412 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_C8T44 · enhancer · 69079085–69080342 · regulatory
ENSR3_932FBK · promoter · 69080343–69080763 · regulatory
ENSR3_BHP6H · enhancer · 69081521–69082392 · regulatory
ENSR3_BHP6M · enhancer · 69082745–69083317 · regulatory
ENSR3_BHP6W · promoter · 69084447–69085031 · regulatory
ENSR3_C8T4J · enhancer · 69085032–69087006 · regulatory
· motif · 69078434–69078446 · motif
· motif · 69080345–69080355 · motif
· motif · 69080375–69080388 · motif
· motif · 69080503–69080516 · motif
· motif · 69081178–69081193 · motif
· motif · 69082457–69082468 · motif
· motif · 69083020–69083033 · motif
· motif · 69083020–69083033 · motif
· motif · 69083049–69083058 · motif
· motif · 69083134–69083147 · motif
· motif · 69083634–69083649 · motif
· motif · 69083639–69083651 · motif
· motif · 69084490–69084502 · motif
· motif · 69084641–69084654 · motif
· motif · 69084834–69084847 · motif
· motif · 69084865–69084878 · motif
· motif · 69084932–69084940 · motif
· motif · 69084932–69084947 · motif
· motif · 69084932–69084949 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：463 aa
UBA3 蛋白長 463 個胺基酸，屬於 ubiquitin-activating E1 家族的 UBA3 次家族。序列註解指出多處與 UBE2M N 端互作的區域，以及與 UBE2M 核心結構域互作的區域；另有與 NEDD8 和 NAE1 互作的區域。這些註解描述序列上的互作區域，未提供其結構或作用機制細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- APOEP02649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APPP05067 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CPNE2Q96FN4 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- DUSP23Q9BVJ7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IMPA2O14732 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NAE1Q13564 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAD23BP54727 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- UBE2MP61081 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
UBA3 與 NAE1 組成異源二聚體，並與 NEDD8、UBE2F 及 UBE2M 互作。來源另指出，UBA3 可與帶有類固醇配體的 ESR1 和 ESR2 結合，並與 TBATA 互作；這些關係標示為 By similarity。來源未將這些互作一概描述為同一複合體或相同功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | UBA3 是 UBA3-NAE1 二聚體 E1 酵素的催化次單元。E1 先以 ATP 使 NEDD8 C 端甘胺酸腺苷酸化，再使其與 UBA3 催化半胱胺酸形成硫酯鍵，產生 NEDD8-UBA3 硫酯並釋出 AMP，之後將 NEDD8 轉移至 UBE2M 的催化半胱胺酸。UBA3 也可下調類固醇受體活性，且是細胞週期進程所必需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalytic subunit of the dimeric UBA3-NAE1 E1 enzyme. E1 activates NEDD8 by first adenylating its C-terminal glycine residue with ATP, thereafter linking this residue to the side chain of the catalytic cysteine, yielding a NEDD8-UBA3 thioester and free AMP. E1 finally transfers NEDD8 to the catalytic cysteine of UBE2M. Down-regulates steroid receptor activity. Necessary for cell cycle progression PMID 10207026 ↗ · PMID 12740388 ↗ · PMID 9694792 ↗ |
| 分子活性 | ATP + [NEDD8 protein] + [E1 NEDD8-activating enzyme]-L-cysteine = AMP + diphosphate + [E1 NEDD8-activating enzyme]-S-[NEDD8 protein]-yl-L-cysteine. | 含實驗來源 | 證據與來源ATP + [NEDD8 protein] + [E1 NEDD8-activating enzyme]-L-cysteine = AMP + diphosphate + [E1 NEDD8-activating enzyme]-S-[NEDD8 protein]-yl-L-cysteine. PMID 9694792 ↗ |
| 分子活性 | UBA3 參與蛋白質修飾中的 neddylation；此敘述指出其與蛋白質 NEDD8 化相關，但未提供特定受質、條件或作用機制。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | UBA3 與 NAE1 組成異源二聚體，並與 NEDD8、UBE2F 和 UBE2M 互作。來源另指出其會與帶有類固醇配體的 ESR1、ESR2 結合，也會與 TBATA 互作；後述關係標示為 By similarity。 | 推論支持 | 證據與來源Heterodimer of UBA3 and NAE1. Interacts with NEDD8, UBE2F and UBE2M. Binds ESR1 and ESR2 with bound steroid ligand (By similarity). Interacts with TBATA (By similarity) |
核酸與蛋白質序列
GCGGAGAACAATATGGCGGATGGCGAGGAGCCGGAGAAGA40AAAGAAGGAGAATAGAGGAGCTGCTGGCTGAGAAAATGGC80TGTTGATGGTGGGTGTGGGGACACTGGAGACTGGGAAGGT120CGCTGGAACCATGTAAAGAAGTTCCTCGAGCGATCTGGAC160CCTTCACACACCCTGATTTCGAACCGAGCACTGAATCTCT200CCAGTTCTTGTTAGATACATGTAAAGTTCTAGTCATTGGA240GCTGGCGGCTTAGGATGTGAGCTCCTGAAAAATCTGGCCT280TGTCTGGTTTTAGACAGATTCATGTTATAGATATGGACAC320TATAGATGTTTCCAATCTAAATAGGCAGTTTTTATTTAGG360CCTAAAGATATTGGAAGACCTAAGGCTGAAGTTGCTGCAG400AATTTCTAAATGACAGAGTTCCTAATTGCAATGTAGTTCC440ACATTTCAACAAGATTCAAGATTTTAACGACACTTTCTAT480CGACAATTTCATATTATTGTATGTGGACTGGACTCTATCA520TCGCCAGAAGATGGATAAATGGCATGCTGATATCTCTTCT560AAATTATGAAGATGGTGTCTTAGATCCAAGCTCCATTGTC600CCTTTGATAGATGGGGGGACAGAAGGTTTTAAAGGAAATG640CCCGGGTGATTCTGCCTGGAATGACTGCTTGTATCGAATG680CACGCTGGAACTTTATCCACCACAGGTTAATTTTCCCATG720TGCACCATTGCATCTATGCCCAGGCTACCAGAACACTGTA760TTGAGTATGTAAGGATGTTGCAGTGGCCTAAGGAGCAGCC800TTTTGGAGAAGGGGTTCCATTAGATGGAGATGATCCTGAA840CATATACAATGGATTTTCCAAAAATCCCTAGAGAGAGCAT880CACAATATAATATTAGGGGTGTTACGTATAGGCTCACTCA920AGGGGTAGTAAAAAGAATCATTCCTGCAGTAGCTTCCACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。