基因總覽
TXNL1(thioredoxin like 1)是人類的蛋白質編碼基因,其產物名稱為 Thioredoxin-like protein 1。現有資料將此蛋白質描述為具有氧化還原活性的 thioredoxin,並提供約 −250 mV 的氧化還原電位。其蛋白質序列長 289 個胺基酸,包含 Thioredoxin 與 PITH 兩個結構域;這些特徵構成此蛋白質的基本分子身分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000217515 ★ | 56,597,209–56,638,592 | 8 |
| ENST00000590954 | 56,597,209–56,651,233 | 10 |
| ENST00000857333 | 56,597,209–56,651,233 | 9 |
| ENST00000857334 | 56,597,209–56,651,233 | 10 |
| ENST00000857335 | 56,597,209–56,651,233 | 11 |
| ENST00000857336 | 56,597,209–56,638,723 | 8 |
| ENST00000857338 | 56,597,209–56,638,723 | 8 |
| ENST00000939690 | 56,597,209–56,651,233 | 11 |
| ENST00000939692 | 56,597,209–56,638,723 | 8 |
| ENST00000939693 | 56,597,209–56,638,723 | 5 |
| ENST00000939694 | 56,597,209–56,638,723 | 9 |
| ENST00001022387 | 56,597,209–56,638,723 | 9 |
顯示 12/24 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TXNL1 是具氧化還原活性的 thioredoxin,資料所列氧化還原電位約為 −250 mV。這項資料支持其具有氧化還原性質,但未提供更詳細的反應機制或其他生物學過程,因此不宜據此推定特定底物或更廣泛的作用範圍。
TXNL1 也是 26S proteasome 的 19S regulatory cap 組成部分,並與 PSMD14/RPN11 互作。這些資料指出它與蛋白酶體調控端存在組成及互作關係,但未說明其在該複合體中的具體位置、互作方式或對蛋白酶體活性的影響。
此外,TXNL1 與 EEF1A1 互作並可還原 EEF1A1。這是來源明確描述的氧化還原作用對象;現有資料未進一步交代該還原作用發生的條件、後續分子效應或生理結果。綜合而言,來源支持 TXNL1 具有 thioredoxin 氧化還原活性,並涉及蛋白酶體組成及與 EEF1A1 的還原關係;更細緻的機制與功能意義則無法由這些資料確定。
Promoter 與基因調控
>TXNL1 ENST00000217515 GRCh38 chr18:56638492-56639592 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATTTCATCTCCCCAGCTAAATCCAAAGACAGATAATTTGCCACCTAGCCTAATATTTAAAAGAGTACACT GGCGTTAGCCTGCCTTGACTTGAAATCACAGAACCTACTTCACAGGGATTAAATGAACTAGTACACATAT AAAGAACTTATGTCTTGCCTGGTACATCATGTGGTAAATATTAGCTATTCTTCTTATCCACCCTCTCAAC TCATGCATTTGCACCTGGTGGTCCCCTTGCCTGGAATATTACCTCTCACCATCCATCTAACCCCTGCTTC TCTTTAAAGATTCAATCCAGGAGTCAGATTCCTAGCAAGTTTACCCTGCCCCACCCTTCCATCTCGTTAG TCTCCACCGCTTCCTATTCAAATTATTGTTTGCGTCGGTCACTAGACCGTGAACTTCCTAAAGGAGGGAT AGTGTCTTCATCTTTTTGGTCAAAACCTAAAGACAGGTGCACGATACTTTCTGAATGACTGCACAGAAAG CGCCCCATATGTAATTAAGTCTGTTAATAAATATTCCTAAACGTTATTTTGTCTTGTATGTAGACCTGCC CCGAATACAGTACAGGAGCATCTTCAAAGTACTTCCAGTGGGTGCCCTGGACAGCAGCTAAGAACCCCGG GGTAAAACGAGTTTCCTCTCTACTGTTACAAATCAGAAACCTCCTCCGTAAAAGCCTCAGATCTGGGAAA CGCGGATGCATATGCCAACTTTTGAGTCTCAGTCTGCGCCTGCGCACGTGACCTCTACACGTCTCCTCTG CGCCTGCGCCGCTCAAGTTAGCGCGAGGCTACTCAGTCGAGGGTGGGACTACGCTTCGCGTTTTGGGATT GGGCGCTGAAGGCCAAACCGGACGACGCGGAAATGACGTCACGCCGGGGGCCCTGCCGCGCGGTGGCTGC TGGGTGCCGCACGCCTTCCCATCCTCCTCCTCTCCCCTCCCCCATCCCTCCCCGCCCCCTCGGCCGCTCC GCTCCCTGGCGTGACTCGGCACTGAGAGTCCCGGGAGAAGACTCGGCGGTCGCCACCTCTTCTGTCCAGG CCTCGGCCTTCCTGAGCATCTCTCCTTCCTCTCCCAGATCGTCTTCTCCTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TXNL1_1 ↗ | 18:56,638,592 | 負股 | 56,638,582–56,638,641 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR18_C7LQ3 · enhancer · 56637049–56638581 · regulatory
ENSR18_9SGZJ · promoter · 56638582–56639082 · regulatory
ENSR18_9SH2G · enhancer · 56641795–56642057 · regulatory
· motif · 56637012–56637025 · motif
· motif · 56637012–56637025 · motif
· motif · 56638573–56638586 · motif
· motif · 56638573–56638586 · motif
· motif · 56638709–56638722 · motif
· motif · 56638709–56638722 · motif
· motif · 56638718–56638729 · motif
· motif · 56638718–56638729 · motif
· motif · 56638813–56638824 · motif
· motif · 56638813–56638824 · motif
· motif · 56638832–56638848 · motif
· motif · 56638832–56638848 · motif
· motif · 56638841–56638850 · motif
· motif · 56638841–56638850 · motif
· motif · 56638847–56638858 · motif
· motif · 56638847–56638858 · motif
· motif · 56639189–56639205 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:289 aa
TXNL1 蛋白質長 289 個胺基酸。序列包含位於第 2 至 109 位的 Thioredoxin 結構域,以及位於第 115 至 285 位的 PITH 結構域;來源未提供其他結構或序列特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TXNL1 位於細胞質與細胞核;至少 85% 的細胞 TXNL1 與蛋白酶體相關。 資料未描述定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TXNL1 是 26S proteasome 的 19S regulatory cap 組成部分,並與 PSMD14/RPN11 互作。另有資料指出 TXNL1 與 EEF1A1 互作並還原 EEF1A1;來源未說明這些關係是否涉及同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TXNL1 是具有氧化還原活性的 thioredoxin,氧化還原電位約為 −250 mV。這項資料描述其氧化還原性質,但未指出特定底物、反應條件或下游效應。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | TXNL1 是 26S proteasome 的 19S regulatory cap 組成部分,並與 PSMD14/RPN11 互作;此外,TXNL1 也與 EEF1A1 互作並可將其還原。資料未說明這些關係是否發生於同一複合體或其具體作用條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the 19S regulatory cap of the 26S proteasome. Interacts with PSMD14/RPN11. Interacts with, and reduces EEF1A1 PMID 19349277 ↗ |
| 細胞定位 | TXNL1 位於細胞質與細胞核,且至少 85% 的細胞 TXNL1 與蛋白酶體相關。此比例描述其蛋白酶體相關情形;資料未交代定位改變條件或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACTGAGAGTCCCGGGAGAAGACTCGGCGGTCGCCACCTCT40TCTGTCCAGGCCTCGGCCTTCCTGAGCATCTCTCCTTCCT80CTCCCAGATCGTCTTCTCCTTCAGTTTCAAAGCCAGTGGC120GTCGCGGCCACCCTGCCGGGCTCTCTGTGAGGATGGTGGG160GGTGAAGCCCGTCGGGAGCGACCCGGATTTCCAGCCAGAG200CTGAGCGGCGCGGGCTCCAGACTCGCCGTGGTCAAGTTCA240CCATGAGAGGGTGTGGGCCATGTTTGAGGATTGCCCCAGC280ATTCAGTTCTATGAGTAATAAATATCCACAGGCTGTTTTC320TTGGAAGTCGATGTACATCAGTGTCAGGGAACAGCTGCCA360CCAACAATATATCAGCAACACCTACATTTTTGTTTTTTCG400AAACAAAGTGAGAATTGATCAATATCAAGGAGCAGATGCT440GTGGGATTAGAAGAAAAAATCAAGCAGCACTTAGAAAATG480ACCCTGGAAGCAATGAGGACACAGATATTCCAAAAGGCTA520TATGGATTTAATGCCTTTTATTAACAAAGCTGGTTGTGAA560TGTCTTAATGAAAGTGATGAGCATGGATTTGACAACTGTT600TACGAAAAGACACAACCTTCTTGGAATCTGACTGTGATGA640ACAGCTGCTTATTACTGTGGCATTCAATCAACCTGTTAAG680CTTTATTCCATGAAATTTCAAGGGCCAGATAATGGTCAGG720GCCCTAAATATGTAAAAATTTTTATCAACCTACCCCGATC760TATGGATTTTGAAGAGGCAGAAAGAAGTGAACCAACTCAA800GCTCTGGAACTGACAGAGGATGATATTAAAGAAGATGGCA840TTGTTCCACTTCGTTATGTTAAGTTTCAGAATGTTAACAG880TGTAACTATATTTGTTCAGTCGAATCAAGGTGAAGAGGAA920ACAACAAGAATTTCATATTTTACTTTTATTGGTACTCCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。