基因總覽
TULP3（TUB like protein 3）是蛋白質編碼基因，產生 442 個胺基酸的 Tubby-related protein 3，屬於 TUB family。其蛋白質具有與細胞內運輸及訊息調節相關的角色，已知功能包括協助特定 G 蛋白偶聯受體進入初級纖毛，以及參與熱量限制時的 AMPK 活性調節。蛋白質序列中包含與 intraflagellar transport complex A（IFT-A）結合所需的區域；另有一段被註記為無序區域。這些特徵與其參與蛋白質運輸及調節作用相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000448120 ★ | 2,890,891–2,941,138 | 11 |
| ENST00000397132 | 2,890,875–2,941,130 | 12 |
| ENST00000864013 | 2,890,875–2,941,138 | 10 |
| ENST00000864014 | 2,890,875–2,941,138 | 10 |
| ENST00000935913 | 2,890,875–2,941,138 | 9 |
| ENST00000935914 | 2,890,875–2,941,138 | 12 |
| ENST00000998153 | 2,890,875–2,937,799 | 9 |
| ENST00001108639 | 2,890,875–2,910,748 | 2 |
| ENST00001135842 | 2,890,875–2,941,138 | 11 |
| ENST00000544943 | 2,890,887–2,939,345 | 6 |
| ENST00000541678 | 2,937,678–2,940,338 | 5 |
| ENST00000538704 | 2,937,711–2,940,338 | 4 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TULP3 作為蛋白質間的接頭，促進 G 蛋白偶聯受體運送至初級纖毛。它介導 IFT-A 與 FFAR4、GPR45 及 GPR161 的關聯；其與磷酸化肌醇脂質的結合能力，也和此受體運輸功能有關。IFT-A 結合與磷酸肌醇脂質結合兩種性質，均是調節纖毛 G 蛋白偶聯受體運輸所需。
對 GPR161 而言，TULP3 促進其運送至纖毛，並因此對 Shh 訊息傳遞形成負向調節。在脂肪生成期間，TULP3 也調節前脂肪細胞中 FFAR4 的纖毛運輸。另據相似性推論，TULP3 促進 GPR45 進入下視丘室旁核神經元的初級纖毛；此項敘述為 By similarity 證據。
除纖毛運輸外，TULP3 也與熱量限制時的 AMPK 活性調節相關。依相似性推論，熱量限制產生的代謝物 lithocholic acid 可與 TULP3 結合，並促進 TULP3 活化 SIRT1 的能力。SIRT1 接著去乙醯化 V-ATPase 複合體的 ATP6V1E1 次單元，進而抑制溶酶體上的 V-ATPase 複合體，並經由 AXIN1-STK11/LKB1 軸活化 AMPK。這條調節路徑與纖毛受體運輸是來源所述的另一項功能。
Promoter 與基因調控
>TULP3 ENST00000448120 GRCh38 chr12:2889891-2890991 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CACGGTGGGCTATGGATGTTTGAGGAAGGCCCACAGGAGGTAGAAAGGTAGATGGAAAGAGTCTCCAGGA CGGGCCCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTCGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCATTTGAGGTCGGGAGTTAA GAGGCCAGTCTGGCCAACATGGTGAAACCCTATCTCTACTAAAAATACGAAAAATAGCCAGGCAGTAGTG GCCCCTGCCTGTAATCCCAGCTACTCCACAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAGCCTGGGAGGCGGAGG TTGCGGTGAGCTGAGACCGGGCCACTGCACTGCAGTCTGGGCGAGAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATTA AAGTCTCTGGATTCCCTCGTGTGCTTTAGGGGAGTCTGTAGAGCAGGTCTAGGAATGACCTAAAAGCTTG GGCTGGAGTAGGGGAAGCTTAAGTTCTGTGCAGTTGAAGTTCAAGGCCAGCCTATGGAAGATGCGTTTCA CTGGGAGTGACTGATGGAGTGGAGAGGGTACCAGAGGGGGTCCACGAAGGCCGCTGGTATCAGGGCAGGG GCCAGAATGGGAAGCGGCAGAGGTCTGTACATCCTCACAGGGCAGACCTCGGGAAGCGCTCTGGGTGGGC TCGGTAAAAATGGCGGGGGTGCGAGGAGCCGTTGCGTGCGTGGCGGTTGGTGCGGTATAGGAGACTCCTC TGACCGGACTCGCCTGCTGGCCGCGCGGCGGGCGAGGCCCAGGCAAAAACAAAGTCTTCCCGCTCAGTAC CGGCCCCGCGAGGCGCTCCAGAGGACCAAGCCTTAGCTCGCGTCACCCCACCCCCGCGCAGGCGCGTTTA ACTCCCGCTCGCCTCCCGCCCCTTAGCAACCCTCCCGCATCGTTGGGCCCCGGCAATAGCCAATGAGACA GGAGCCACGAGAACACGGACCAATCGGCGGCGGCGACAGTGTGGAACGCGGTTGCCAGGAGGCGGGACGC GGCGGCGTGCCAGCCTAGCCACTCTAGCGACGGCGGGGAAGAGTGTGTACGTGGTGGGGGCTTCCTCGGT GGCGGGCATGGAGGCTTCGCGCTGCCGGCTCAGTCCCAGCGGCGACAGGTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TULP3_1 ↗ | 12:2,890,891 | 正股 | 2,890,842–2,890,901 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_BKH7 · promoter · 2890401–2890917 · regulatory
ENSR12_5NCNG · CTCF_binding_site · 2890816–2890837 · regulatory
ENSR12_BKHB · enhancer · 2890918–2891835 · regulatory
ENSR12_849ZT · enhancer · 2892317–2892552 · regulatory
ENSR12_93625 · enhancer · 2893021–2893331 · regulatory
ENSR12_9362Q · enhancer · 2895055–2895458 · regulatory
ENSR12_84B3P · enhancer · 2895571–2895755 · regulatory
· motif · 2887125–2887137 · motif
· motif · 2887127–2887134 · motif
· motif · 2887127–2887142 · motif
· motif · 2887260–2887272 · motif
· motif · 2887262–2887269 · motif
· motif · 2887262–2887277 · motif
· motif · 2890528–2890538 · motif
· motif · 2890561–2890578 · motif
· motif · 2890705–2890715 · motif
· motif · 2890715–2890726 · motif
· motif · 2890715–2890726 · motif
· motif · 2890743–2890753 · motif
· motif · 2890818–2890834 · motif
· motif · 2890858–2890868 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：442 aa
TULP3 蛋白質長 442 個胺基酸，屬於 TUB family。第 23–68 位胺基酸構成與 IFT-A 結合所需的區域；第 101–177 位則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TULP3 曾被報告位於纖毛、細胞膜、細胞質及細胞核，也有分泌的註記。 當 G(q) 蛋白 α 次單元活化時，TULP3 可由質膜移至細胞核。 依相似性推論，該蛋白沒有可切除的訊號胜肽，並可透過非典型途徑分泌。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
未繪示構造：Cell projection, cilium。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- ANKRD54Q6NXT1 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- BACH2Q9BYV9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HSF2BPO75031 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-5P60370 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAGEA6P43360 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- PSTPIP1O43586 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ROPN1Q9HAT0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SIRT1Q96EB6 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- vprP12520 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TULP3 與 IFT-A 有關聯，並與 SIRT1 互作。功能資料另指出 TULP3 介導 IFT-A 與特定 G 蛋白偶聯受體的關聯；此處描述的是受體運輸中的接頭作用，不等同於來源明確列出的直接互作對象。
疾病與遺傳關聯
TULP3 基因變異與 Hepatorenocardiac degenerative fibrosis 有關。此病為體染色體隱性疾病，特徵包括進行性退化性肝纖維化、纖維囊性腎病及伴有非典型組織病理纖維化型態的肥厚型心肌病；發病年齡可從兒童期至成年期不等。來源將病因歸於影響該基因的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TULP3 作為蛋白質接頭，連結 IFT-A 與 FFAR4、GPR45、GPR161，促進這些受體進入初級纖毛；其 IFT-A 與磷酸肌醇脂質結合能力均為調節此運輸所需。它藉由促進 GPR161 進入纖毛而負向調節 Shh 訊息傳遞，也調節脂肪生成期間前脂肪細胞的 FFAR4 纖毛運輸。GPR45 運輸至下視丘室旁核神經元纖毛，以及熱量限制下 lithocholic acid、SIRT1、V-ATPase 與 AMPK 路徑的描述，屬 By similarity。 | 含實驗來源 | 證據與來源Protein-protein adapter that drives transport of G protein-coupled receptors into primary cilia by mediating association between the intraflagellar transport complex A (IFT-A) and G protein-coupled receptors FFAR4, GPR45 and GPR161. Acts as a negative regulator of the Shh signaling by promoting trafficking of GPR161 to cilia. During adipogenesis, regulates ciliary trafficking of FFAR4 in preadipocytes. Promotes transport of GPR45 into primary cilia of neurons in paraventricular nucleus (PVN) of the hypothalamus (By similarity). Binds to phosphorylated inositide (phosphoinositide) lipids; both IFT-A- and phosphoinositide-binding properties are required to regulate ciliary G protein-coupled receptor trafficking. Besides its role in cilium localization, acts as a regulator of AMP-activated protein kinase (AMPK) activity in response to calorie restriction: binds lithocholic acid, a metabolite generated in response to calorie restriction, promoting TULP3 ability to activate SIRT1, which then deacetylates the ATP6V1E1 subunit of the V-ATPase complex, leading to (1) V-ATPase complex inhibition on lysosomes and (2) AMPK activation via the AXIN1-STK11/LKB1 axis (By similarity) PMID 11375483 ↗ · PMID 20889716 ↗ · PMID 31761534 ↗ · PMID 36775821 ↗ |
| 交互作用 | TULP3 與 intraflagellar transport complex A（IFT-A）有關聯，也與 SIRT1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Associates with the intraflagellar transport complex A (IFT-A). Interacts with SIRT1 PMID 20889716 ↗ · PMID 27932497 ↗ · PMID 35397207 ↗ · PMID 36775821 ↗ |
| 細胞定位 | TULP3 的定位包括纖毛、細胞膜、細胞核與細胞質，並有分泌的註記。它沒有可切除的訊號胜肽，依相似性推論可經非典型途徑分泌；G(q) 蛋白 α 次單元活化時，TULP3 會由質膜移至細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell projection, cilium; Cell membrane; Nucleus; Cytoplasm; Secreted; Does not have a cleavable signal peptide and is secreted by a non-conventional pathway (By similarity). Translocates from the plasma membrane to the nucleus upon activation of guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha PMID 20889716 ↗ · PMID 27932497 ↗ · PMID 35397207 ↗ · PMID 11375483 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 TULP3 基因的變異可導致體染色體隱性疾病 Hepatorenocardiac degenerative fibrosis。其表徵包括進行性退化性肝纖維化、纖維囊性腎病，以及組織病理呈非典型纖維化型態的肥厚型心肌病；發病時間不一，可從兒童期延至成年期。 | 含實驗來源 | 證據與來源Hepatorenocardiac degenerative fibrosis HRCDF An autosomal recessive disorder characterized by progressive degenerative liver fibrosis, fibrocystic kidney disease, and hypertrophic cardiomyopathy with atypical fibrotic patterns on histopathology. Disease onset is variable, ranging from childhood to adulthood. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619902 PMID 35397207 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACTCTAGCGACGGCGGGGAAGAGTGTGTACGTGGTGGGGG40CTTCCTCGGTGGCGGGCATGGAGGCTTCGCGCTGCCGGCT80CAGTCCCAGCGGCGACAGTGTCTTCCATGAAGAAATGATG120AAGATGCGACAGGCTAAGCTGGATTATCAGAGGCTACTAC160TTGAGAAGAGGCAAAGGAAAAAGCGCCTTGAGCCATTTAT200GGTGCAGCCCAATCCAGAAGCCAGGCTACGTCGGGCAAAG240CCAAGGGCCAGTGATGAGCAGACTCCCTTGGTGAACTGTC280ATACTCCCCACAGCAATGTCATCTTACATGGTATTGATGG320TCCAGCTGCTGTCCTGAAACCAGACGAAGTTCATGCTCCA360TCAGTAAGCTCCTCTGTTGTGGAAGAAGATGCTGAAAACA400CCGTGGATACTGCTTCCAAGCCAGGACTTCAGGAGCGTCT440CCAAAAGCATGATATCTCTGAAAGTGTGAACTTCGATGAG480GAGACTGATGGAATATCCCAGTCAGCATGTTTAGAAAGAC520CCAATTCTGCATCAAGCCAGAATTCAACCGATACAGGCAC560TTCCGGTTCTGCTACTGCCGCCCAACCAGCTGATAACCTC600CTGGGAGACATAGACGACCTGGAGGACTTTGTGTATAGTC640CTGCCCCTCAAGGTGTCACAGTAAGATGTCGGATAATCCG680GGATAAAAGGGGAATGGATCGGGGTCTCTTCCCCACCTAC720TATATGTACTTGGAAAAAGAAGAAAATCAGAAGATATTTC760TTCTTGCAGCTAGAAAGCGGAAAAAGAGCAAAACAGCCAA800CTACCTTATCTCCATTGATCCAGTTGATTTATCTCGTGAA840GGAGAAAGTTATGTCGGCAAGCTTAGATCCAACCTCATGG880GGACCAAGTTTACAGTTTATGACCGTGGCATCTGCCCCAT920GAAGGGCCGGGGTTTGGTAGGAGCGGCCCACACCCGGCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。