基因總覽
TULP2 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 TUB like protein 2。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 19q13.33。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000221399 ★ | 48,880,967–48,898,744 | 13 |
| ENST00000522945 | 48,880,965–48,898,382 | 13 |
| ENST00000518572 | 48,880,965–48,898,733 | 12 |
| ENST00000520977 | 48,880,965–48,897,459 | 11 |
| ENST00000706742 | 48,880,965–48,897,414 | 11 |
| ENST00000706743 | 48,880,965–48,897,469 | 11 |
| ENST00001136641 | 48,880,965–48,898,744 | 13 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TULP2 ENST00000221399 GRCh38 chr19:48898644-48899744 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AATACAAATATTTAAATCTTTAATTCTTTTTTAGCCTTTTTTTTTTTTTAACGTTCTGTCTTTCACACTT CTCACACTTTGTTGTTGTTGTTTTTTAAAGAGACGGATGTCAAGCCGGGCTTGGGGGTTCACTCCTGTAA TCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCAAGGGTTTGAGACCAGCCTGGCCAAC ATGGAGAAACCTCGCCTCCACTAAAAATACAAATTAGCCAGGCGTGGTTGCGCATGCCTGTAATCCCAGC TACTCAGGAAGCTGAGGCAGGACAATCTCTTAAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTACGTCTCAAAAAAAAAAAAAAATCTCTGTGTTGCT GGTCTGGATCTGGATCTCCTGGACTCAAGCAATCTTGCCTCCCCGTCTCCGCCTCCCAAAGTGCTGGGAT TACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCCGCCTCTTTTAAGTTTCTTGTAAGCGAGATGTGTACAGTGAGGCCGC GAGGTCTCTGGTCTCCCGCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGTGTCTACCTCTGTCA CACAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAGCTCACTGCGAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTC CTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCCGCCACAACGCCCGGCTAATTTTTTTGT GTATATATATATATTTTTTTTTAGTAGAGACGGGGATTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTAGATCTCCT GACCCCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCGGGCC GGTCTCTGGTCTCTTTAAGGAACCCCCACACGGCATTCGTGTTCAGAACCCCCGGAGCAGGGTTGCCTGG CTGCATCAGTGACCGAGTTCGTTACTTTGTTGGAAGTGGAGAGTGGAGGGTCAGAAGGGAGTGGACCAGT TCAGGTCCCAGAGGGAATCCTCCCTCCCTCTGAGCCGTCTTTCTTCTCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TULP2_1 ↗ | 19:48,898,712 | 負股 | 48,898,702–48,898,761 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_83FS36 · promoter · 48897404–48897559 · regulatory
ENSR19_83FS46 · enhancer · 48899160–48899355 · regulatory
ENSR19_BCP2N · promoter · 48899639–48900576 · regulatory
· motif · 48896181–48896191 · motif
· motif · 48896305–48896315 · motif
· motif · 48896464–48896481 · motif
· motif · 48896724–48896738 · motif
· motif · 48899665–48899677 · motif
· motif · 48899674–48899686 · motif
· motif · 48899865–48899874 · motif
· motif · 48900044–48900055 · motif
· motif · 48900047–48900058 · motif
· motif · 48900120–48900131 · motif
· motif · 48900201–48900211 · motif
· motif · 48900264–48900274 · motif
· motif · 48900287–48900297 · motif
· motif · 48900370–48900383 · motif
· motif · 48900485–48900498 · motif
· motif · 48900777–48900792 · motif
· motif · 48901021–48901036 · motif
· motif · 48901119–48901131 · motif
· motif · 48901181–48901201 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:520 aa
TULP2 是 TUB family 成員,蛋白質長度為 520 個胺基酸。其第 141 至 236 位胺基酸區段註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TULP2 位於細胞質,也可分泌至細胞外。 它沒有可切割的訊號胜肽,分泌途徑屬於非傳統型。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | TULP2 可位於細胞質,也有分泌至細胞外的註解。其蛋白質不具有可切割的訊號胜肽,分泌被描述為經由非傳統途徑進行。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Secreted; Does not have a cleavable signal peptide and is secreted by a non-conventional pathway |
核酸與蛋白質序列
GTTACTTTGTTGGAAGTGGAGAGTGGAGGGTCAGAAGGGA40GTGGACCAGTTCAGGTCCCAGAGGGAATCCTCCCTCCCTC80TGAGCCGTCTTTCTTCTCCTCCCTATTTCGCAGATATCCC120GAGATTAGGTCCCCAGCTTCCAAAGAGAGGATCAGAATGT160CTCAGGATAATGACACATTGATGAGAGACATCCTGGGGCA200TGAGCTCGCTGCTATGAGGCTGCAGAAGCTGGAACAGCAG240CGGCGGCTGTTTGAAAAGAAGCAGCGACAGAAGCGCCAGG280AGCTCCTCATGGTTCAGGCCAATCCTGACGCTTCCCCGTG320GCTTTGGCGCTCTTGTCTGCGGGAGGAGCGCCTTTTAGGT360GACAGAGGCCTTGGGAACCCTTTCCTCCGGAAGAAAGTGT400CAGAGGCACATCTGCCCTCTGGCATCCACAGTGCCCTGGG440CACCGTGAGCTGTGGTGGAGACGGCAGGGGCGAGCGCGGC480CTCCCGACACCGCGGACAGAAGCAGTGTTCAGGAATCTCG520GTCTCCAGTCCCCTTTCTTATCCTGGCTCCCAGACAATTC560CGATGCAGAATTGGAGGAAGTCTCCGTGGAGAATGGTTCC600GTCTCTCCCCCACCTTTTAAACAGTCTCCGAGAATCCGAC640GCAAGGGTTGGCAAGCCCACCAACGACCTGGGACCCGTGC680AGAGGGTGAGAGTGACTCCCAGGATATGGGAGATGCACAC720AAGTCACCCAATATGGGACCAAACCCTGGAATGGATGGTG760ACTGTGTATATGAAAACTTGGCCTTCCAAAAGGAAGAAGA800CTTGGAAAAGAAGAGAGAGGCCTCTGAGTCTACAGGGACG840AACTCCTCAGCAGCACACAACGAAGAGTTGTCCAAGGCCC880TGAAAGGCGAGGGTGGCACGGACAGCGACCATATGAGGCA920CGAAGCCTCCTTGGCAATCCGCTCCCCCTGCCCTGGGCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。