基因總覽
TUBG2(tubulin gamma 2)是蛋白質編碼基因,所產生的蛋白質 Tubulin gamma-2 chain 屬於 tubulin 家族。不同於構成微管主要骨架的 alpha-、beta-tubulin,gamma-tubulin 是 gamma-tubulin ring complex(gTuRC)的關鍵成員。此複合體包含 TUBG2 或 TUBG1 等 gamma-tubulin,並與多種 TUBGCP 蛋白共同組成。TUBG2 的基本特性因而與微管的起始形成及其組織有關;微管本身則由 alpha-、beta-tubulin 異源二聚體構成的蛋白質絲組成。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000251412 ★ | 42,659,284–42,667,006 | 11 |
| ENST00000854884 | 42,659,223–42,667,007 | 12 |
| ENST00000854885 | 42,659,223–42,667,007 | 13 |
| ENST00000854886 | 42,659,223–42,667,007 | 10 |
| ENST00000854887 | 42,659,223–42,667,007 | 12 |
| ENST00000854888 | 42,659,223–42,667,007 | 11 |
| ENST00000854889 | 42,659,223–42,667,007 | 11 |
| ENST00000854890 | 42,659,223–42,667,007 | 11 |
| ENST00000916762 | 42,659,223–42,667,007 | 10 |
| ENST00000916763 | 42,659,223–42,667,007 | 10 |
| ENST00000968232 | 42,659,223–42,667,007 | 11 |
| ENST00000968233 | 42,659,223–42,667,007 | 10 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
微管是由 alpha-、beta-tubulin 異源二聚體組成的蛋白質絲,而 gamma-tubulin 的主要功能與微管成核有關。TUBG2 是 gamma-tubulin ring complex(gTuRC)的成員;gTuRC 促進微管形成的起始,使 alpha-beta tubulin 異源二聚體得以開始組成微管原纖維。
在此過程中,gTuRC 調節微管負端的成核。由複合體所促進的微管原纖維後續生長,構成微管形成的重要步驟。這表示 TUBG2 參與的是微管組裝的起始階段,而非來源所述的 alpha-、beta-tubulin 異源二聚體構成的微管主要骨架。
微管成核與兩項細胞活動相關:中心體複製及紡錘體形成。由於 gTuRC 介導微管成核,TUBG2 作為其組成成員,與這些過程所需的微管形成相連。來源指出其功能脈絡涉及微管負端的成核,以及微管原纖維的生長;未進一步說明 TUBG2 在其他細胞過程中的作用。
Promoter 與基因調控
>TUBG2 ENST00000251412 GRCh38 chr17:42658284-42659384 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AACATTCACAATAGCCAAAAGGTGGAAGCAACCCAAATGTCCATGGAGGGATGAATGGTTATGCAAAATG TGGTACATCTATACAATGGAATATTATTCAGTTGTAAAAAGGAAGGAAATTCTGACACATGCTACGAAAT GGAAGGATCTTGAAGATATTATGTTAAGTGAAAGAAGCCAGACCCAAAAAGACAAATACTGTATAATTCC ACTCATATCAGGTGCCTAGAGTAGTCAAGGGGAAGTTACTGTTTAATCGCGATAGAGTTTCAGTTTGGGA AGATAAGAAAGTTCTAGAAAAGAATGGTGGTGGTGGTTACAGAACAATGTGAGTGTACTTGGTGCCACAG AACTGTATGCAGTACTTACAAATGGTTACAATGGTAAATTTAGGCCAGGAGTGGTGGCTCATGCCTGTAA TCCCAGCATTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGGATTGATTGAGGCCAGTAGTTTAAGACCATCTTGGGCAAC ACGGTGAGATCCCCATCTCTATAAAAATACATTTTAAAAATTTAAAAATTAGCTGGGCGTGGTAGCACAC GCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGACTGAAGTGGGAGGATCACTTAAGCCAGAAGTTCAAGGCTACAGT GAGCTATGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACCCTTCTAAAAAATAAAAAGGTA ACATACATGTGTATGTATTGTAACACCATTAAAAAACAGAAATTTAAACGAAGAAAAGTTGGCTTCTAGC CCTTTGATCTAGCAAAGCTGACAGTGTCCTCACCTACCAATATAGGTAGATGACTCCTTACACGTGGACA AGCACATCCACCTGGCCGCTTCTCCCCTTTCCTCCCCTCCCCCGTTCCTCTCCTCCCCAACACATCCAGG TTCCGACCCTGCCACCCCCAACGAGTCTCACTGCGCAGGCGCGGAGCGGTGGGCAGGAGCGGGCGTGGCC TGACTCTGCGCCTGTGCGGAATTCCAGCTGCGACTGCTGAGGGAGAAAATGATGCCCAGGTTGGGCTCCC CGGCCCACCGGCCGAGGAGAGGCCTGCGCTGCACACGCGCAGACCGAGCAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TUBG2_1 ↗ | 17:42,659,284 | 正股 | 42,659,235–42,659,294 |
| TUBG2_2 ↗ | 17:42,660,283 | 正股 | 42,660,234–42,660,293 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_C689H · enhancer · 42653271–42654456 · regulatory
ENSR17_9LX5H · enhancer · 42655525–42655872 · regulatory
ENSR17_9LX5M · enhancer · 42655981–42656486 · regulatory
ENSR17_9LX6H · promoter · 42658859–42659294 · regulatory
ENSR17_9LX6W · promoter · 42660282–42660782 · regulatory
· motif · 42655788–42655800 · motif
· motif · 42655790–42655805 · motif
· motif · 42656107–42656115 · motif
· motif · 42656364–42656377 · motif
· motif · 42656364–42656377 · motif
· motif · 42656478–42656490 · motif
· motif · 42656480–42656487 · motif
· motif · 42656480–42656495 · motif
· motif · 42656531–42656542 · motif
· motif · 42658829–42658844 · motif
· motif · 42659225–42659236 · motif
· motif · 42659225–42659236 · motif
· motif · 42659270–42659281 · motif
· motif · 42659270–42659281 · motif
· motif · 42659363–42659374 · motif
· motif · 42659363–42659374 · motif
· motif · 42659912–42659927 · motif
· motif · 42659919–42659927 · motif
· motif · 42659919–42659936 · motif
· motif · 42660087–42660102 · motif
· motif · 42660087–42660102 · motif
· motif · 42660184–42660199 · motif
· motif · 42660185–42660199 · motif
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源將 TUBG2 記錄於細胞質、細胞骨架、微管組織中心及中心體;未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TUBG2 可作為 gamma-tubulin ring complex(gTuRC)的組成成員;該複合體也包含 TUBGCP2、TUBGCP3、TUBGCP4、TUBGCP5、TUBGCP6,並可含 TUBG1 或 TUBG2。複合體中的 TUBGCP 蛋白以 5:5:2:1:1 的化學計量組裝,各自與 gamma-tubulin 相連,使 14 個 gamma-tubulin 呈螺旋排列。首位 gamma-tubulin 受末位 TUBGCP3 阻擋,讓 13 條原纖維得以生長形成微管。TUBG2 所在的 gTuRC 也與 alpha-beta tubulin 異源二聚體互作,這項互作可使微管自 gTuRC 成核。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 微管是由 alpha-、beta-tubulin 異源二聚體構成的主要蛋白質絲;gamma-tubulin 則是促進微管成核的 gamma-tubulin ring complex(gTuRC)關鍵成員。gTuRC 調節 alpha-beta tubulin 異源二聚體在微管負端的成核,並促使其生長形成微管原纖維。這項成核步驟與中心體複製及紡錘體形成相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Tubulin is the major constituent of microtubules, protein filaments consisting of alpha- and beta-tubulin heterodimers. Gamma-tubulin is a key component of the gamma-tubulin ring complex (gTuRC) which mediates microtubule nucleation. The gTuRC regulates the minus-end nucleation of alpha-beta tubulin heterodimers that grow into microtubule protafilaments, a critical step in centrosome duplication and spindle formation PMID 38305685 ↗ |
| 交互作用 | TUBG2 或 TUBG1 可作為 gamma-tubulin,與 TUBGCP2、TUBGCP3、TUBGCP4、TUBGCP5、TUBGCP6 組成 gamma-tubulin ring complex(gTuRC)。五種 TUBGCP 蛋白按 5:5:2:1:1 組裝,各自連接 gamma-tubulin,排列成螺旋狀的 14 個 gamma-tubulin;首位 gamma-tubulin 受末位 TUBGCP3 阻擋,使 13 條原纖維得以生長形成微管。gTuRC 與 alpha-beta tubulin 異源二聚體互作,並藉此促進微管成核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the gamma-tubulin ring complex (gTuRC) consisting of TUBGCP2, TUBGCP3, TUBGCP4, TUBGCP5 and TUBGCP6 and gamma-tubulin TUBG1 or TUBG2. TUBGCP2, TUBGCP3, TUBGCP4, TUBGCP5 and TUBGCP6 assemble in a 5:5:2:1:1 stoichiometry; each is associated with a gamma-tubulin, thereby arranging 14 gamma-tubulins in a helical manner. Gamma-tubulin at the first position is blocked by TUBGCP3 at the last position, allowing 13 protafilaments to grow into a microtubule. Interacts with alpha-beta tubulin heterodimers; the interaction allows microtubules to nucleate from the gTuRC PMID 38305685 ↗ |
| 細胞定位 | TUBG2 的記錄定位包括細胞質、細胞骨架、微管組織中心及中心體。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATTCCAGCTGCGACTGCTGAGGGAGAAAATGATGCCCAGG40TTGGGCTCCCCGGCCCACCGGCCGAGGAGAGGCCTGCGCT80GCACACGCGCAGACCGAGCATCCGCGTCAAGAGGCGAAGA120GAGCGCGCGCTCCCCACGTCCTGCGCTCCTGGCTGCCGGG160CATTCGTCTCAGCCGTGACTCTCGCCAGGCCGGGGCTGGC200GCGCCCACGTCTGAAGAGCGATGCCCCGGGAGATCATCAC240CCTGCAGCTGGGCCAGTGCGGCAACCAGATTGGGTTCGAG280TTCTGGAAACAGCTGTGCGCCGAGCATGGTATCAGCCCCG320AGGGCATCGTGGAGGAATTCGCCACCGAGGGCACTGACCG360CAAGGACGTCTTTTTCTACCAGGCAGACGATGAGCACTAC400ATCCCCCGGGCCGTGCTGCTGGACTTGGAACCCCGGGTGA440TCCACTCCATCCTCAACTCCCCCTATGCCAAGCTCTACAA480CCCAGAGAACATCTACCTGTCGGAACATGGAGGAGGAGCT520GGCAACAACTGGGCCAGCGGATTCTCCCAGGGTGAGAAAA560TTCATGAAGACATCTTTGACATCATAGACCGAGAAGCAGA600TGGAAGTGACAGTTTGGAGGGCTTCGTGCTGTGTCACTCC640ATCGCTGGGGGTACGGGTTCTGGCCTGGGCTCCTACCTCC680TGGAGCGACTGAATGACAGGTACCCCAAGAAGCTAGTGCA720GACTTATTCAGTGTTTCCCTACCAGGACGAGATGAGCGAC760GTAGTGGTTCAGCCCTACAATTCACTCCTGACACTCAAGA800GGCTGACGCAGAACGCAGATTGTGTGGTGGTGCTGGACAA840CACAGCCCTGAACCGGATTGCCACAGACCGCCTGCACATC880CAGAACCCGTCCTTCTCCCAGATCAACCAGCTGGTGTCCA920CCATCATGTCGGCCAGCACCACCACCCTGCGCTACCCCGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。