基因總覽
TSPEAR-AS1 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 TSPEAR antisense RNA 1。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 21q22.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000451035 ★ | 44,506,807–44,516,575 | 6 |
| ENST00000430181 | 44,510,686–44,515,623 | 3 |
| ENST00000715809 | 44,510,724–44,518,754 | 3 |
| ENST00000330490 | 44,517,216–44,518,756 | 3 |
| ENST00000354333 | 44,517,571–44,520,830 | 2 |
| ENST00000465978 | 44,517,620–44,525,952 | 2 |
| ENST00000789496 | 44,517,637–44,518,754 | 3 |
| ENST00000789497 | 44,517,647–44,518,754 | 3 |
顯示 8/8 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TSPEAR-AS1 ENST00000451035 GRCh38 chr21:44505807-44506907 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCTGACAGACACTTGGGGAATTTCCTCCATGTGGCTACTGTGAATGCTGCTGCTATGAACACCGGGGTAC AAAAGTCCACTTTTAAGAGGTTGAAACAATCAGAGAAAAAGTCTCAGGCTGCTGGTGCCTGCTGGAGGCA GGAGCTTGGTTTCCCGCTCTGGACACTGTGCAGAAATGGCGTCACAGTGCTGTGGCCTCTGTGCCTGGTT TCTTCTCTCAGCATTGTGTCTTCAGCTGTGAGGTCAGCGGCCGTGAGGTCACTCCAGGAGGTGCCTACAG GACCTGCAGGACCTGCTCGTTCACAGATGTTCTCCTAGAAGCAGAAGCTGTTTCTTGTTGCAAACAAATT TGCTGTGTCCTGTCTTAGGAGTCTCACCTGAATTTACCAAGGATGCATCTGTGCTTGGGGATGGCTCGGT TTGAGGGGTCTGAGGAGCGGCTCCCCTGGATCCTTTCCTCCCCAGGAGCCCACCTGCCGAGCTGTCAGCG TCAGCCCCACATCTCAAGATGAGGAAATGGAGGTCGAAGCCATGCACACGCAGGCGTCCTGCTGACATGC AGGCCAGGCGGGTGCCTCTGTATTCAGCAGCCTCAGGGCTGTGGCCAGTTCAGGCAGCAGAGGGGCCTCA TCCCGGTGCTTCCCTGCAGGCAGTTGTGGGGCCGGCCTGCAGCAGGGGCTCAGACAGGGCCTTGGGAGAG GGAGGGATCACAGAGGTGTCCAGTGACAGGCAGGGCGGGCAGAGCCCATGGGGCCTTGGGCTCCTCACTC CTTCGGTCAGTCAGGGTGACATCTGGAGCCACCTCCATTAATGGTGGGTTATGATTTGGTTCCCATGCAG CCCGTGCCAGCTCGCTGGGAGGAGGACGAGGACGCCTGTGATCACATGCTCTGGTCTGGAGGCACGGCCG CGGGCCCCGGGTCAGTGTGAATCCGCGGGGTTACTCCTCAGTCGGATCTGAGCTCTGAAACCCAGACCCG AGGAAGACAAGCGGCCACGTCGGATGTACCAGTGGTGGAAGATCCTGTCCGGCTGCACCGAGGCTCACAT CAGAAGCCGGCTTCGGTTTCACCACAAAATAAGGCATCTAGTGCCCGATTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TSPEAR-AS2_1 ↗ | 21:44,517,599 | 正股 | 44,517,550–44,517,609 |
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR21_9MMZZ · enhancer · 44509627–44509936 · regulatory
ENSR21_5DGN25 · CTCF_binding_site · 44509844–44509865 · regulatory
ENSR21_BBSHL · promoter · 44510196–44510734 · regulatory
ENSR21_5DGN5W · CTCF_binding_site · 44510657–44510678 · regulatory
ENSR21_BBSHN · enhancer · 44510735–44511306 · regulatory
ENSR21_5DGN6R · CTCF_binding_site · 44510848–44510869 · regulatory
· motif · 44509846–44509862 · motif
· motif · 44510659–44510675 · motif
· motif · 44510850–44510866 · motif
· motif · 44511067–44511076 · motif
· motif · 44511105–44511119 · motif
· motif · 44511105–44511119 · motif
RNA 轉錄本與序列
TSPEAR-AS1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000451035 ★ | lncRNA | 2,108 nt | 6 |
| ENST00000430181 | lncRNA | 374 nt | 3 |
| ENST00000715809 | lncRNA | 560 nt | 3 |
| ENST00000330490 | lncRNA | 823 nt | 3 |
| ENST00000354333 | lncRNA | 2,468 nt | 2 |
| ENST00000465978 | lncRNA | 345 nt | 2 |
| ENST00000789496 | lncRNA | 414 nt | 3 |
| ENST00000789497 | lncRNA | 438 nt | 3 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
CGGATGTACCAGTGGTGGAAGATCCTGTCCGGCTGCACCG40AGGCTCACATCAGAAGCCGGCTTCGGTTTCACCACAAAAT80AAGGCATCTAGTGCCCGATTCTGCCTCCAAAGCAGCCCTG120GGTCACACTCGCTGTAGGACAGATGTTATTCTTCAGAATC160ACGCCCTCTGGCAAATGCCCATCATCGGACAAATGGACGG200ATGAAGTGTGACTCAGCCATGAGAAGGGGGATGCTCTGAG240CCGCGCGGCCACACCACCAACCCGGAGGACACGGTGCTGC280GAGAAAAAGCCAGCCAGGAGTTCAGAAGTAACAGGGCAAA320TAGGGAAAGTCCTTCCTGGCCTGTCTACATACCCCTGCAG360CCCTCCCGGTCCTAGGGTGACTGCTGACGGAGAGGGCACT400CCCTTCCCGAGTCTTCTCTGCACGTCCGTGGGCACGCACA440GCTGAGCGGCACACAGCAGCCCGGCTCGCTCCTCCGCACT480GGGGACACAAGATTTCACTGCACCTCACCCAGCCCTTTCC520ACAGAGCAGTTCATCTTGGAGACTCTTCCCCTCGAAGGGT560CTAAAGGCCAGTCTCCGTGTCCTGGTGTTTGTTGTCGGGG600AGGATGCAACATCGGGGGAAGGAAGTAATCATGTCTGGTG640GCAGCTGGCACTGGCAGGCAGCGGGCACTCGAAGCCTGCA680CCTCGCACCTGTCCCTCTGGGGCCTCGGCTATCCCTCCGC720ACGACGGGCATGAAGCCCCCTCCTGCCTCCACTGCTCGGA760TGAAAGGAGCTCGTAGATGACGGAGTTGATGACATAGGAA800TCATTCTGGACTTGCATCTCCACATCGTAGCTGTGACTGT840TTGCCACAGCGAGGAAGATCCTCTCCCCGATCTGGAAGAC880CTCCCAGTCTGCAGCACCGAACGTCTAGGACCAAAGGAGA920GCAGGCCCCAGTGCTGTGCGTCCTACGAGCACCACCTGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。