基因總覽
TSPAN17(tetraspanin 17)是蛋白質編碼基因,產物屬於 tetraspanin(TM4SF)家族,並歸入由六個成員組成的 TspanC8 subgroup。此群成員與跨膜金屬蛋白酶 ADAM10 互動;TSPAN17 因此與 ADAM10 的細胞內成熟及細胞表面運送相關,也涉及其底物選擇性。這些特性概括了 TSPAN17 作為跨膜家族成員及 ADAM10 調節因子的基本角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000508164 ★ | 176,647,484–176,659,051 | 9 |
| ENST00000310032 | 176,647,387–176,659,058 | 9 |
| ENST00000298564 | 176,647,387–176,659,054 | 4 |
| ENST00000503045 | 176,647,387–176,659,058 | 9 |
| ENST00000515708 | 176,647,387–176,659,058 | 9 |
| ENST00000860608 | 176,647,387–176,659,058 | 7 |
| ENST00000860609 | 176,647,387–176,659,058 | 9 |
| ENST00000860610 | 176,647,387–176,659,058 | 8 |
| ENST00000860611 | 176,647,387–176,659,058 | 6 |
| ENST00000860612 | 176,647,387–176,659,058 | 8 |
| ENST00000860613 | 176,647,387–176,659,058 | 9 |
| ENST00000860614 | 176,647,387–176,659,058 | 7 |
顯示 12/33 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TSPAN17 屬於 TspanC8 subgroup;此群共有六個成員,均與跨膜金屬蛋白酶 ADAM10 互動。這種互動對 ADAM10 離開內質網、完成酵素成熟,以及運送至細胞表面皆有必要,並會影響 ADAM10 的底物選擇性。不同的 TspanC8/ADAM10 複合體具有不同底物,顯示 TspanC8 成員與 ADAM10 的配對組合,和其作用對象有所關聯。
在內皮細胞中,TSPAN17 似乎也會調節 VE-cadherin 的表現;來源指出這可能是透過與 ADAM10 互動而產生。這項調節與白血球穿越內皮的過程相關,並被描述為促進白血球穿越。此處的機制及調節關係帶有推測性,來源以「似乎」及「可能」表述,不能視為已確立的直接因果機制。
另有資料指出,TSPAN17 與 ADAM10 的互動會影響 ADAM10 的內吞作用及周轉。合併來看,來源支持 TSPAN17 參與調節 ADAM10 的成熟、細胞表面運送、底物選擇,以及細胞內處理;但並未提供足以進一步界定各作用間先後關係或分子細節的資訊。
Promoter 與基因調控
>TSPAN17 ENST00000508164 GRCh38 chr5:176646484-176647584 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCTGGGCCTTGCCTGCCTCAGGGCCAGACTGAAGTGGAGGTGGAGGGATGCTGGGCTAGGCCTCACCAAG GTTCTGGTAGAAGTGGTGGAAGTGGATAAACTTGATAATAAAAGCTTAAGCATCTTTCTGTTCCTGTTTT AAATAAATACTTCTGAACAAAGTTGGAATTATTTTTAAGAGGGCTTCAAACTGGAGTAAGATTCAGGTTC CCCCAAACTTTGATCTGCCTCTGTCCTGTCTTACAGGGGCTCATGTGAGATCACTGGGTACCAAGGAGCC TGACCGGGACCCTGGCCAGTATGGAGGACAGGGGGTGTGGCTGGGGAAACTCAGCCACCAAGGGGGCTTG AGCCAGGTTCCGGGGGGCATATGCCCCTGGCAGGGCGCAGCCGGCGTGGCACCAAGGCCCAGGCCCTCGT TTGGCCTGAGTTTGAGTCAGGATAAGTAGAGCTGGATTTCCGCTGGGTGAAGGTGAGCCTGATGCGACTC CACAATGACAAAACGTCCTGCACGTGTTAAAAACTCAATCCGGACCAGCTTCCCCATTCGCCTGCCAGAG CAGCAGTTAACCTTCCCCTGGGATGGGCTCCAACAGCAGGCTGGGGATTGGGATGGCGCTGGTACCCAGC AGGGGAAGCAAGGCTTCTACACCCCGGCGGCCTCCGGCGCCATCAGCCGGCGTCCCGGGCGGGTCTGCAG GACGCTGGGAAACGCGGCGGCGGCCTGCGCGGGGGCGGGGCCTGGCCGAAGGCGGGGCTGCGAGGAGGTC CGAATCAGGCTGTGGGGGCGGAGCTCGGGAAGCGGAGCCAGGTCCAGAGGCGGGGCTCAGGCGGGACTGA GTTGATCTATGGGGGCGGAGCCAGGTCAGGAGGCGGGACTCCAAAGGGACTGAGGGCTGTGGGGGCGGGG CCCGGTCCAGAGGCGGGGACAGCAGGGCTCCGGGCAAGGAGGTCTGGATGCTGAGGGCGGTCCCTGAGGG GCGGGCGGGGCCCGACCGGCGCTCTGTGTGGCCGAGGCCATGAAGCCGCAGCCGCCCGGCTAGGCCCCGG GCGGCTCTAGCCCAGGGCGGCCCGCGGGGCGCTGGGCCTGGCTCCCGGCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TSPAN17_1 ↗ | 5:176,647,484 | 正股 | 176,647,435–176,647,494 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:270 aa
Tetraspanin-17 長 270 個胺基酸,屬於 tetraspanin(TM4SF)家族。序列註解預測其具有四段螺旋型跨膜區:第 20–40、64–84、95–115 及 235–255 個胺基酸。其間包含位於細胞外的區段(41–63、116–234),以及細胞質區段(1–19、85–94、256–270)。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TSPAN17 被註記為細胞膜上的多次跨膜蛋白。 來源未提供其在不同條件下的定位變化或異構型差異資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TSPAN17 與 ADAM10 互動。此互動會影響 ADAM10 的底物選擇性、內吞作用及周轉;另有資料指出 TspanC8/ADAM10 複合體的不同組合對應不同底物。來源支持互動及其功能關係,但未明確將該互動描述為直接實體結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TSPAN17 屬於由六個成員構成的 TspanC8 subgroup,並與跨膜金屬蛋白酶 ADAM10 互動;此互動是 ADAM10 離開內質網、完成酵素成熟並運送至細胞表面的必要條件,也影響其底物選擇性,不同 TspanC8/ADAM10 複合體具有不同底物。在內皮細胞中,TSPAN17 似乎可能透過 ADAM10 調節 VE-cadherin 表現,並促進白血球穿越。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of TspanC8 subgroup, composed of 6 members that interact with the transmembrane metalloprotease ADAM10. This interaction is required for ADAM10 exit from the endoplasmic reticulum and for enzymatic maturation and trafficking to the cell surface as well as substrate specificity. Different TspanC8/ADAM10 complexes have distinct substrates. Seems to regulate VE-cadherin expression in endothelial cells probably through interaction with ADAM10, promoting leukocyte transmigration PMID 28600292 ↗ · PMID 37516108 ↗ |
| 交互作用 | TSPAN17 與 ADAM10 互動;這項互動會影響 ADAM10 的底物選擇性、內吞作用及周轉。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with ADAM10; the interaction influences ADAM10 substrate specificity, endocytosis and turnover |
| 細胞定位 | TSPAN17 是位於細胞膜的多次跨膜蛋白。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCTCTGTGTGGCCGAGGCCATGAAGCCGCAGCCGCCCGGC40TAGGCCCCGGGCGGCTCTAGCCCAGGGCGGCCCGCGGGGC80GCTGGGCCTGGCTCCCGGCTCCGGTTTCCGGGCCGGCGGG120TGGCCGCTCACCATGCCCGGCAAGCACCAGCATTTCCAGG160AACCTGAGGTCGGCTGCTGCGGGAAATACTTCCTGTTTGG200CTTCAACATTGTCTTCTGGGTGCTGGGAGCCCTGTTCCTG240GCTATCGGCCTCTGGGCCTGGGGTGAGAAGGGCGTTCTCT280CGAACATCTCAGCGCTGACAGATCTGGGAGGCCTTGACCC320CGTGTGGCTGTTTGTGGTAGTTGGAGGCGTCATGTCGGTG360CTGGGCTTTGCTGGCTGCATTGGGGCCCTCCGGGAGAACA400CCTTCCTGCTCAAGTTTTTCTCCGTGTTCCTCGGTCTCAT440CTTCTTCCTGGAGCTGGCAACAGGGATCCTGGCCTTTGTC480TTCAAGGACTGGATTCGAGACCAGCTCAACCTCTTCATCA520ACAACAACGTCAAGGCCTACCGGGACGACATTGACCTCCA560GAACCTCATTGACTTTGCTCAGGAATACTGGTCTTGCTGC600GGAGCCCGAGGCCCCAATGACTGGAACCTCAATATCTACT640TCAACTGCACTGACTTGAACCCCAGCCGGGAGCGCTGCGG680GGTGCCCTTCTCCTGCTGCGTCAGGGACCCTGCGGAGGAT720GTCCTCAACACCCAGTGTGGCTACGACGTCCGGCTCAAAC760TGGAGCTGGAGCAGCAGGGCTTCATCCACACCAAAGGCTG800CGTGGGCCAGTTTGAGAAGTGGCTGCAGGACAACCTGATT840GTGGTGGCGGGAGTCTTCATGGGCATCGCCCTCCTCCAGA880TCTTTGGCATCTGCCTGGCCCAGAACCTCGTGAGTGACAT920CAAGGCAGTGAAAGCCAACTGGAGCAAATGGAATGATGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。