基因總覽
TSIX transcript, XIST antisense RNA 是位於 X 染色體的非編碼 RNA，名稱反映其與 XIST 的反義轉錄關係。此基因的轉錄本橫跨 XIST 基因座的 3′ 端；在人類中，TSIX 與 XIST 僅在失活 X 染色體上共同表現。該轉錄本被認為未經剪接、長度超過 30 kb，但其確切性質尚未確定。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000604411 ★ | 73,792,205–73,829,231 | 1 |
| ENST00000706914 | 73,809,317–73,820,983 | 5 |
顯示 2/2 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
哺乳類 X 染色體上的基因劑量補償是透過 X 染色體失活達成；此過程受 X 染色體失活中心（XIC）的順式調控，以及非編碼 RNA XIST 的表現所調節。TSIX 轉錄本位於 XIST 基因座 3′ 端，並在人類中僅與 XIST 一同由失活 X 染色體表現。
TSIX 在不同物種與發育情境中的作用並不相同。小鼠同源基因是胚外組織中印記式 X 染色體失活所必需；在小鼠中，TSIX 會藉由改變 Xist 啟動子區域的染色質結構，使 Xist 沉默。
人類胚外組織不會發生印記式 X 染色體失活。現有資料也指出，人類 TSIX 轉錄本不會抑制 XIST 表現，也不影響胚胎細胞中的隨機 X 染色體失活。因此，小鼠中的沉默作用不能直接套用到人類；TSIX 在人類 X 染色體失活中的功能，依目前資料僅能描述為上述表現關係與作用限制。
Promoter 與基因調控
>TSIX ENST00000604411 GRCh38 chrX:73791205-73792305 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CACCATGCCTGGCCTCAAGTTATGATTTTTTAGTTTATCGGTATTTTTCTTATTGTTATGTGGAGGACAC TGCGTTTGCCAGGTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGAGATGGAGTATTGCTCTGTCGCCCA GGCTGGAGGACAGTGATGCGATCTTGGCTCGCTGCAATCTCTGCCTCCCAGGTTCAAATGATTCTCCTGC CTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGTTGCATGACACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTA GAGTCAGAGTTTCACCGTGTTGGTCAGGCTGATCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCACCTTGG CCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCCGGCTGCCTTTGCCAGTTTTCTACATCCT ATGTGGAACCCAGAAATCCCTGATGTCCATTTGTGTTGTAGTTATCTAGTTTTTTTTCTAGTTGTTACAG TGGGAATAATGGTCTTTCACTATCTTCTACATTCTGACCCAAAGCCAAATGTCATAATAACCTTTCTGAA ACATAAATTGGATCATAACACTCCTTTGCTTTCTATCCTTCAGTGGTTTCTAATCATACATCAAACTTTA AAAATAATAAAATTCAAAATTTTTCTTTTGCTTGTAATATCCTGCATGATCTTGGGTCTTTTTGCTGTCT TTTTTTTCTATCTTTTCAAACACATCTCATGCCATTCTCCTTATTTTCTATACTCCAGCCAAGGAGTTGG CAATCTTTTCTTATAAAGGGCCTGATACTCATTATTTTAGGCTTTTGGGCCACATGGTCTCTGTTGCAAC TACAACTCTTCTGTTGAAGCACGAAGCAGCTATAGACAATATATAAATGCATTAGCTTTGCTGTATTCCA ATAAAACTTTATTAATGGACATTGAAATTTGAATTTAATATATTTTTTGTTTGTCATGAAATATTCTATA ATTTTTTTCTTCCAACCATTTAAAAATGTAAAAGATCAGCTGGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCA GCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCACGAGATCAGGAATTCAAGACC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
RNA 轉錄本與序列
TSIX 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000604411 ★ | lncRNA | 37,027 nt | 1 |
| ENST00000706914 | lncRNA | 1,011 nt | 5 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 哺乳類透過 X 染色體失活補償 X 染色體基因劑量，此過程由 XIC 順式調控並涉及 XIST 非編碼 RNA。TSIX 是跨越 XIST 基因座 3′ 端的反義非編碼轉錄本；在人類中僅於失活 X 染色體與 XIST 共同表現。小鼠同源基因對胚外組織的印記式 X 染色體失活必不可少，並可藉改變 Xist 啟動子染色質結構使其沉默；但在人類胚外組織不發生印記式失活，且 TSIX 不抑制 XIST，也不影響胚胎細胞的隨機 X 染色體失活。轉錄本被認為未剪接且長逾 30 kb，但確切性質尚未確定。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源In mammals, dosage compensation of genes on the X chromosome occurs by X inactivation, which is regulated in cis by the X-inactivation center (XIC) and expression of the XIST non-coding RNA. This gene expresses a non-coding antisense transcript across the 3' end of the XIST locus, and is coexpressed with XIST only from the inactive X chromosome. The mouse ortholog of this locus is required for imprinted X inactivation in extraembryonic tissues and silences Xist through modification of the chromatin structure in the Xist promoter region. In contrast, imprinted X inactivation does not occur in human extraembryonic tissues and transcripts from this locus do not repress XIST expression or affect random X chromosome inactivation in embryonic cells. This transcript is thought to be unspliced and extend over more than 30 kb, but its exact nature has not been determined. |
DNA 與 RNA 序列
TAAAAATGTAAAAGATCAGCTGGGTGTGGTGGCTCACACC40TGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATCA80CGAGATCAGGAATTCAAGACCAGCGTGGCCAACATGGTGA120AACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGAGCAT160GATGGTGCACACTGTAATCCCAGCTACTCAGCAGGCTGTG200GCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGTAGAGGTTGCAGT240GAGCCGAGATCGCGCCAGTGCACTCCATCCTGGGCAACAG280AACAAGACTCCAACTCGAAAAAAAAATCAATAAAAATGTA320AAAGATCATTCTTAGCTTGGAGGCTATAAAAAAGGATGCA360GCATGTCAGATTTGGCCCATTAGCTGCAGTTTCCTGACCT400CTATCTACCTCAATTGGTTCTTTACTTACATTACATGGAA440AGTGCAAACTTGGATGGCTTCAATGTCTGGCTTCTTTTAT480TTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTT520TGAGACGGGGTCTCGCTGTGGCCCGGGCTGGAGTGCAGTG560GCACGATCTCTGCTCACTGCAAGCTCCACCTCCTGGGTTC600ACACCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAATAGCTGGAACT640ACAGGTGCACGCCACCACGCTTGGCTAATTTTTTATATTT680TTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGTTAGCCAGGAT720GGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCGCCCATCTCGGCC760TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCC800GGCTGGCTGGCTTCTTTTTACCCTTCACATCTGGCTTTAA840ATACTACCTTTTCACAGATTTCTTCTCTAATCACTCTTTC880TAAAGTAAATATGCTGTTTTTCATTATTAGTCATTGCATC920CTATTTCTTTCCCTTTAATTTTCTTATCACAATGTATAAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。