基因總覽
TSHZ2(teashirt zinc finger homeobox 2)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 teashirt C2H2-type zinc-finger protein family。蛋白質全長 1034 個胺基酸,具有多個 C2H2-type zinc finger,以及一段 homeobox DNA-binding 區域;部分 zinc finger 與 homeobox 區域被註記為 atypical。這些結構特徵構成其蛋白質的基本辨識與分類依據。來源將 TSHZ2 描述為可能參與發育過程的轉錄調節因子;更具體的作用方式仍應依其功能註記所列的可能性理解。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371497 ★ | 52,972,358–53,495,330 | 3 |
| ENST00000603338 | 53,185,283–53,495,330 | 3 |
| ENST00000626626 | 53,488,956–53,489,625 | 1 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TSHZ2 被描述為可能參與發育過程的轉錄調節因子。來源也指出,它可能具有轉錄抑制作用,但此作用標示為潛在可能性,並非確定的功能結論。
因此,現有資料支持的功能重點是其與轉錄調節及發育過程的關聯;來源未進一步說明受調控的基因、具體分子機制或特定發育階段,不能據此延伸推定。
Promoter 與基因調控
>TSHZ2 ENST00000371497 GRCh38 chr20:52971358-52972458 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTTGGGGATATAAGAGAACAAAGAGGCAAAAATCCTTCCTTCCATTGGAGCTTACATTCAAGAGGGGAAC TTGTACAATCAACAGAATAGAAAACTGTCTATAACCTGTGTGACACTCACTGATCAGCTCACTGGGGAAT AACAAAATGGAGAAATGGGGCAGGGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTAGGTGAGGTAGACCT TTGGGAAAAGGGGACATTTAAGCAAAGATTGGATAGCTGGGGGGCACTTGTCTGCACTCCCCCATTAGAA TATAAATACCAACATGGCCACCACCTTCCCTTTCTCTGTGGCCTCTGTGTCTCCAGAATAGGCACATAGT AGATGCTCAATAAACATTCTTCAAAGGAAACAAAAAGAGGAGTATATGATTAGACCTTAAAGTAGACAGA AGGGAGATTTTTGTTTTTGTGACCACCCATTGATTAGCGAGAAAGTGGGAGGGACAGGGGCACTAAATTG AAGGGGTCGTGGGGAGCACATTTTGGTGGGGGCAGGTTAAGACTTACAGGATGGAGATCCTCACTGGATA AGGTCCCCTCCCCCTTCCCAGCCCCGAGCAAACCTAAGTTCTCCCTCTCCTAAGATTGTGCATGGTCCCT GCTGGTCAGCCAACCTGGCCCCCCTGAATCTCCCTCCACAGCCTCCCAGCTTCAGAGTTCAGCCATCATC ACACTGCCTCCTTTTCTCCCGCACCCCTTCCCTCCTCACCTCCTTTCCTCCCGCCCCCGCCCCTTCCGCC TCCCGGAGGGGTGTCCCCGCGCCCGGTGGGCACGCCCTCGCCCCGGCGGAGAGGGCGCACAGAGGGGCCT GGGCCGGCGCGCCGGGGCCCCCGCCCCCAGCCCCTCTCCCCTGCGGGACGCTGTCCCTTTAATAGGCTCC CGCTGCCTGGCGCTCTGCGGCTGGGGAGTAAATTTCTCCCTGTCATCAGGTCGCGGGGAGAGGAGGAGGA GGAGGAGTTTGTTAATGTTCAGTTTGTTCAGCGGGATCGATGTTTGCTGGCATCGCCTCGCCCTGTCTTG TGTGTGTGTGCGAGGGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGCATATGTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TSHZ2_1 ↗ | 20:52,972,400 | 正股 | 52,972,351–52,972,410 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_9R2NK · promoter · 52971868–52972368 · regulatory
ENSR20_BDHST · enhancer · 52972369–52973143 · regulatory
ENSR20_9R2NX · promoter · 52973144–52973644 · regulatory
ENSR20_BDHT5 · enhancer · 52974175–52974810 · regulatory
ENSR20_BDHT9 · enhancer · 52974995–52975822 · regulatory
· motif · 52973531–52973546 · motif
· motif · 52973896–52973911 · motif
· motif · 52973896–52973911 · motif
· motif · 52973957–52973968 · motif
· motif · 52974286–52974299 · motif
· motif · 52974304–52974318 · motif
· motif · 52975757–52975772 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1034 aa
TSHZ2 蛋白長 1034 個胺基酸,屬於 teashirt C2H2-type zinc-finger protein family。序列註記包含五個 C2H2-type zinc finger,其中第三個標為 atypical;另有一段標為 atypical 的 homeobox DNA-binding 區域。資料亦預測多段序列為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TSHZ2 的定位註記為細胞核;來源未提供定位隨條件改變或異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- BACH2Q9BYV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC57Q2TAC2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC88BA6NC98 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNTROBQ8N137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COG3Q96JB2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRACR2BQ8N4Y2-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GIGYF1O75420 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIPAP1Q4V328 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCCP23508 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PHAF1Q9BSU1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIBF1Q4G0R1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PNMA1Q8ND90 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RABEP1Q15276 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RINT1Q6NUQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPTA1P02549 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TFIP11Q9UBB9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF1Q13077 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TSHZ2 透過 homeobox domain 與 APBB1 的 PID domain 1 互作。來源描述的是兩者間的互作,未指出它們所屬的複合體或更廣泛的功能關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TSHZ2 被描述為可能參與發育過程的轉錄調節因子,並可能具有轉錄抑制作用。轉錄抑制僅屬潛在可能性,來源沒有提供更具體的作用機制或相關發育情境。 | 推論支持 | 證據與來源Probable transcriptional regulator involved in developmental processes. May act as a transcriptional repressor (Potential) |
| 交互作用 | TSHZ2 與 APBB1 有互作;TSHZ2 參與互作的區域為 homeobox domain,APBB1 參與的區域則為 PID domain 1。來源未進一步指出此互作所屬的複合體或其功能結果。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | TSHZ2 的細胞內定位記錄為細胞核。此項資料未提供定位改變的條件、異構型差異或其他動態資訊。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGTTTGTTCAGCGGGATCGATGTTTGCTGGCATCGCCTCG40CCCTGTCTTGTGTGTGTGTGCGAGGGTGTGTGTGTGTGTT80TGTGTGTGTGTGCATATGTGGGGGGTGTGAGTGTGTGTGT120GCGAGGAAGCGGGGGTGCGTGCGCGTGTGAGTGCGTGTGT160GAGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGAGTGAGT200GAATTCCAGATTTTCTGTCTTTCCAAAACCCGCTCCTGTC240CTCTCGCATATCACTCACAGACGGGGATCTGACAGCAGCC280ACAAACCTACAGTGAGTGATCGCTCTCCCCCCGGCACGAA320TCCGCCATAGAGATCGGCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGG360AAGAAAAGAAGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGTGGAGGAGGA400GGAGGAGGAGGGAAAGAGGAGAAGGAAGAAGAAGAAAAAG440AAGAAACCCACTACCTTCCCAGGATTGCCTTTTTTTTTTC480CTTATCTTTACGCGCGAGTGTGCCTGTGGCGCGTGTGCGC520CCCTCGTCCCTTCCATCCGAACCCGGGCTTGGATGTTTAA560TAAAGAAATCAAGTGTCTCAACAGTCACCAAAAAAAAAAA600AAACCGCAAAAACAAAACCAAAAAAATTCCAAAAGCAAAA640ACAAAAAAGAGAGAGGAAAAAAAATTCAAAATAAACAAAC680AAACAAACAAGGCAGAACCAACCTCTACTTCAAAGCAGCC720GGCACAAGCCACCCGTGTCTGCCACCCAGAGAGGGGGGTC760TCTGGCCCGTGGTGGAGGAGTTGCAGGGGGGATCGTCAGG800GGGACAGAGGCCGAGTGACGTCCTAGGAGCCACCGGGCAA840GAGGCGGAGGAGACCCAGAGAGGCCAGAGAGACAGCGGGC880CCCAGCGCGCGGCTCGGGGCTGGGGCGCCAGAAGTGGGAC920TGGAGCGAAGTAGAGGATGCCGAGGAGAAAACAGCAGGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。