基因總覽
TSGA13 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 testis specific 13。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 7q32.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000356588 ★ | 130,668,643–130,686,545 | 8 |
| ENST00000456951 | 130,668,643–130,687,432 | 9 |
| ENST00000443954 | 130,679,313–130,686,565 | 6 |
| ENST00000438346 | 130,680,946–130,686,574 | 5 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TSGA13 ENST00000356588 GRCh38 chr7:130686445-130687545 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAAAGGAGCTCAAGAATTACATCTGATTTATGCTTTGTTCTCATCACCTAGGAGAGTGTCTAATATGTCA TAAATGTTCAGCAAATATATTGAAATAAGCAAACACTAGTTTTGAATGCATAAGATACAAAGCACTGGGA GGGGGGCACAAATATGTTTAAAATTTACATTTCCACTTTTAAGGGACTCACAGCTTAAGAGGCAGACAAG ACCCGCACATAAGAAAAGTGAAAACAGAACTACAAGACACTATACAATGACATGCACAAAACCCAGTGAC TATAGTCTAGAGTTTGGGATTGCATTAATCTAGAAAATCTTCTCTTTAAAGGAATGACCTGAGTAGTAAC ATAAAGAAAGAAGATTCAGGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAG GTGGGTGGATCACAAGGTCAAGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAA AATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAA AATCACTTGAACCAGGGAGACAGAGGTTGCAGTGAACTGAGACTGTGCCACTGCACTCCAGCCTTGTGAC AGTGTGAGGCTCCGTCAGAAGAAAGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGATTCAAATGGCTGAAGAGATTG GGGACAGCATTTTAAGTATGGGGAATAAGAAAAAATGCTCACTGTATTTGAAGAATGCAGTGAAAACATT GGCTTAGGTAGAGGTAGATTAAGAGATGGTGAAGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTAGAGAAGTCATAGGCTGGCAAAATAAGAGATTGGCAGATTTTGTTTAAATATGCCTTT AAGTTTTGGCCTTTTCATTCTCTGTCTCCAACACAGAACACCTCAGCATTCTAGATTGCCTATTCATCAC AAATTCCCTCTGTCTCCTCCAGAATCCAGAAAAGAATAATTACGATATTTTCAAAATGGAAAGTTCCCAT GCCAAAGACTTTGCCTTCTTCACCAAACTATGATTTCGTGATGTTCTTAAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TSGA13_1 ↗ | 7:130,686,545 | 負股 | 130,686,535–130,686,594 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:275 aa
Testis-specific gene 13 protein 長 275 個胺基酸。序列註解指出,其第 1 至 28 位胺基酸區段為無序區域;此註解由 MobiDB-lite 提供。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- MLH1P40692 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AGAATCCAGAAAAGAATAATTACGATATTTTCAAAATGGA40AAGTTCCCATGCCAAAGACTTTGCCTTCTTCACCAAACTA80TGATTTCGTGATGTTCTTAAAGGTAGTGTACACCAGGTTT120TTACATTCTTATTTTGAATGTAGTTTTAGTGTTTGTGTGA160TTTGTTTTTCAGCCTGGCCTGCAGACTAGCAACCCAAGAC200TTATACTGCCCAATTTGACAGCTCATTTTTATTTTAGTTT240CACCATATACATGAATTGGACTTACAATTCCAGAAAAATT280AAAGGCTCAAGAATGGGGCATGAGTACACACTGTGTGCTA320AGGAAAGAATATTTGGATTGAATTGAACCCCTGCAGAACG360TGGACTATTTAGAGACCTGAATTTGGCCTTGGGTGAATAC400CTGCCTTGGGTTGGCCAACTAGCAGTCAACAGCAATGAGC440CAAAAGAGACAAACCAAGTTTCAAAATGGCAAATCAAAGA480CTTCAGAAAATAGCTCAGCTAAACGTGAGAAAGGAATGGT520TGTCAATAGCAAAGAGATTTCTGATGCAGTCGGGCAATCA560AAATTTGTTCTAGAGAACCTTCGGCATTACACAGTCCATC600CAAATTTGGCCCAGTACTATAAGCCTTTGAAGGCCACTGC640CCTGCAGAAATTCCTGGCTCAAAACAGGAAAAACACCAGC680TTCATGTTAAAAGTAACACAGTATGACCAGGATAAGACGT720TACTGATTATGACCAACAACCCACCTCCCTGCTCAATCAC760CCAGCAAGACAAGGAGAGTGCATCAAAATATTTTTCCAAG800GAGTTACTGCTCAAGGTCATGGAAAGTCATCATCAGCACA840AACCCACTGAGAACCTCTGGCTGCCCCGCATGCCTCAGAA880AAAAAAGTTAAGATCTAAGCTGAAACCAATCTTCCCTTTG920ATACTGTCGGATGATCCCACATCCAAGCGAGAACAATGGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。