基因總覽
TSBP1 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 testis expressed basic protein 1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 6p21.32。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000533191 ★ | 32,292,698–32,371,903 | 26 |
| ENST00000442822 | 32,288,526–32,371,907 | 26 |
| ENST00000447241 | 32,292,698–32,371,907 | 23 |
| ENST00000375015 | 32,292,698–32,371,907 | 26 |
| ENST00000527965 | 32,292,715–32,371,907 | 24 |
| ENST00000698834 | 32,293,697–32,367,954 | 23 |
| ENST00000532023 | 32,335,930–32,371,872 | 14 |
| ENST00000534588 | 32,336,630–32,371,879 | 11 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TSBP1 ENST00000533191 GRCh38 chr6:32371803-32372903 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATGTAATTGTTTGTTATATGGGTAAACTGTGTGTTGTGGGGGTTTGGTGTACAGATTCTTTAGTCACCTG GGTAATAAGCATAAAACCCAAGAGATATGCTGTCTCCCTCCTCCTAGCCTCCACCCTTAAGTAGGCCCCA GTGTCTGTTGTTCCCCTCTTAGTGTCCATGTGTTCTTGTTGTTTAGCTCCCACTTATAAGTGAGAACATA TGGTATTTGGTTTTCTGTTCCTGCTTTAGTTTGCTTAGAATAGTGGTCTCCACCTCCATCCATGTTGCTG CAAAGGACATCATCTCATTATTTTTTATGGTTGTGTAGTATTCCACGGTGTATATTTACCACATTTTCTT TATCCAGTCTGCCTCTTTTTAAATATAGTCATTTTTCTCATTTTTAATTATCAAACATTTATAAAATGCT TATTCTGTGGAAGGTTCTCTGCCTCAAGAGTTACAAACATTAGGCTGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAA TCCCAGCACTCTGGGAGGCCAAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTAGGGAGTTTGACACCAGCCTGACCGAC ATGGAGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAG CTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTAAACCCAGGAAGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAAATGGT GCCACTGCTCTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCTATCTTCAAAAAAAATTAAAAAAAAGAGTTAC AAAGATTAATGATGTACAATCTCTGGCCTTAAAAATCTCTGAAAAACTAGAAATAATTCTAAAGCCCAGA AAGAGTGAGTTCCCTTCCAGTATCCTATACAAGTTCAAGGTCCTCCAAAGCATTATTAAATCTTCCTAGC CTTTTGATCCTCTGCCTTTTCTCCTGCCTCACTAATGTTCTAAGTCTCTGTTATGACACAGATTCTAGAA CCTTCACAGGCCACACTCCCATCATTTGCTTAGGTCTGATCAATCTGCTCCACACAATTTCTCAGTGATC CTCTGCATCTCTGCCTACAAGGGCCTCCCTGACACCCAAGTTCATATTGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| C6orf10_1 ↗ | 6:32,371,903 | 負股 | 32,371,893–32,371,952 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_8XNS2 · enhancer · 32370590–32370778 · regulatory
ENSR6_8XNW4 · enhancer · 32374109–32374340 · regulatory
· motif · 32367821–32367832 · motif
· motif · 32367825–32367839 · motif
· motif · 32367825–32367839 · motif
· motif · 32373813–32373824 · motif
· motif · 32373817–32373831 · motif
· motif · 32373817–32373831 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:563 aa
TSBP1 蛋白質長 563 個胺基酸,序列註解包含兩段螺旋狀跨膜區,分別位於第 3–23 與第 99–119 個胺基酸。另有兩段被註記為無序區域,位於第 56–81 與第 311–563 個胺基酸;來源未提供特定結構域或功能區域的註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TSBP1 被註記為膜蛋白,並歸類為多次跨膜蛋白。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | TSBP1 被註記為膜蛋白,並歸類為多次跨膜蛋白。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATCATTTGCTTAGGTCTGATCAATCTGCTCCACACAATTT40CTCAGTGATCCTCTGCATCTCTGCCTACAAGGGCCTCCCT80GACACCCAAGTTCATATTGCTCAGAAACAGTGAACTTGAG120TTTTTCGTTTTACCTTGATCTCTCTCTGACAAAGAAATCC160AGATGATGCGAGACCTGATGAAGACAATACATGGAAAATG200ACAGTCTTGGAAATAACTTTGGCTGTCATCCTGACTCTAC240TGGGACTTGCCATCCTGGCTATTTTGTTAACAAGATGGGC280ACGATGTAAGCAAAGTGAAATGTATATCTCCAGATACAGT320TCAGAACAAAGTGCTAGACTTCTGGACTATGAGGATGGTA360GAGGATCCCGACATGCATATTCAACACAAAGTGACACTTC400ATATGATAACCGAGAGAGATCCAAAAGAGATTACACACCA440TCAACCAACTCTCTAGCACTGTCTCGATCAAGTATTGCTT480TACCTCAAGGATCCATGAGTAGTATAAAATGTTTACAAAC520AACTGAAGAACCTCCTTCCAGAACTGCAGGAGCCATGATG560CAATTCACAGCCCCTATTCCCGGAGCTACAGGACCTATCA600AGCTCTCTCAAAAAACCATTGTGCAAACTCCAGGACCTAT640TGTACAATATCCTGGATCCAATGCTGGTCCACCTTCAGCA680CCCCGCGGTCCACCCATGGCACCCATAATAATTTCACAGA720GAACCGCAAGTCAGCTGGCAGCACCTATAATAATTTCGCA760GAGAACTGCAAGAATACCTCAAGTTCACACTATGGACAGT800TCTGGAAAAATCACACTGACTCCTGTGGTTATATTAACAG840GTTACATGGATGAAGAACTTGCAAAAAAATCTTGTTCCAA880AATCCAGATTCTAAAATGTGGAGGCACTGCAAGGTCTCAG920AATAGCCGAGAAGAAAACAAGGAAGCACTAAAGAATGACA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。