基因總覽
TRRAP（transformation/transcription domain associated protein）是蛋白質編碼基因，產物屬於 PI3/PI4-kinase family 的 TRA1 subfamily。此蛋白長 3859 個胺基酸，常見於多種參與染色質調控的多蛋白複合體；其特點是能連結轉錄調控因子與相關複合體，並參與轉錄活化。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000456197 ★ | 98,878,532–99,013,241 | 73 |
| ENST00000417523 | 98,877,933–98,890,399 | 5 |
| ENST00000446306 | 98,878,473–99,013,243 | 71 |
| ENST00000355540 | 98,878,473–99,013,243 | 71 |
| ENST00000359863 | 98,878,473–99,013,243 | 72 |
| ENST00001134977 | 98,878,532–99,013,243 | 73 |
| ENST00000704587 | 98,878,556–98,953,433 | 37 |
| ENST00000704590 | 98,981,769–99,013,241 | 13 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRRAP 是多種染色質複合體的組成蛋白，這些複合體具有組蛋白乙醯轉移酶（HAT）活性。組蛋白乙醯化可形成與表觀遺傳轉錄活化相關的標記；在 NuA4 複合體中，TRRAP 所屬的複合體負責乙醯化核小體中的組蛋白 H4 與 H2A。
TRRAP 在 MYC 介導的轉錄活化中扮演核心角色，也參與 MYC 促進的細胞轉化。它亦是 p53/TP53、E2F1 與 E2F4 介導轉錄活化所需的因子，並參與腺病毒致癌蛋白 E1A 介導的轉錄活化。可能的作用方式是將 E1A、MYC 或 E2F1 等轉錄因子連結至 STAGA 等 HAT 複合體，從而促進轉錄；但在組蛋白乙醯化之後的轉錄活化步驟中，TRRAP 可能不是必需的。
TRRAP 也是 SWR1-like 複合體的成員；該複合體可特異性地促進核小體移除組蛋白 H2A.Z/H2AZ1。此外，TRRAP 可能參與有絲分裂檢查點與正常細胞週期進程；依相似性推斷，它也可能參與聽覺系統的形成與維持。
Promoter 與基因調控
>TRRAP ENST00000456197 GRCh38 chr7:98877532-98878632 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CACAATCCCAGCATTTCAGCTGTGGCCTTGTTCTCGAGTGGCAACATTAAACGAGCAAGGAGCTTGTTTC AGAAAAGAGCACCTCCCCTCCAGGGTATCCACGGGCACTGAAACATTTATTTATTGCAGGGTGTGAAATG TGTCTAGGAAGGGAACATAATGATCTTGGTGGGTTAGTGATAAATGGGGTGAGGGTGGGGGGTAGGTGAA GGAAGGTGTAGGAGGTGGAACCAGGGCCTGGAGGTGGCCAAGTTCATGTCATGCTTCCACACTCTGTCCC TGTAACATGGTAACCATGGCGCCTGACTGTACCTTTCCCTTGGAGACACCTTTTGGTCCGGCCCATGCCA CCTCCCCTGGCTCCATCCCACTCTATCCCTTCATTGCTCTGGCCTGGCCTGAGGCCTCTCTCCATCCAGT TTTGATGGAGGTAGCTCTGCCTGCCATGTGGATCCAGCCTCGGAGGTAAAGCAGCTGCAGAATCAATGGG GCCTTTCTGCACCTGGGCGGCCACTTCCAGAAAGCCCACCCGGACTTTCTTTTACTAACAGGGTCTCGGT CCATCTCCAGCCGTCACCTTCCCAAAGACCCTCCTGGCCTCCTCTCCATTCTGCGGGCCGAGAAGAACCC CAGGAGAGCAGCGGGGACCGGGAGCGAGGAGTGGGGGTGGCAAACCCTACCCTGCCTGCCACCTTCAGTC CAGTGGTGGACAATACCTGGACCCCATAGCTGCCAACTCGGGAAGCCGCGCCCCCCCCCAGGTGCCCACC GCCCCCAGGGTACCCGGGCATTCCCCGAGGCCTGGCTCCTGGGAGGAGACTCAGGGAAAAAGGAGCTCCT AGAACCTGGGCGCCGGCCCGGCCCCGTCAAGGCTGTCGGGGATTTAAAGGGCCGGGACCCACCCGGACGG CGGACGCCCCTCCCCGTGCCCGCGCAGGCCGCACCCACTTGGGGGCGGCGCGCCGGGGCCTGGTGCTCGG TCGGCGGGTGCTGCCGCTTTAAGCGGGGGCGGGACTGCGCGCGGCCGAGCGGTTGCGACGAGGGCTCGGC TGGGGGTCGCCGGGGTCGCGGGCCGGGCCTGCAGGAGCCGGGCCGCCGAGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRRAP_1 ↗ | 7:98,878,532 | 正股 | 98,878,483–98,878,542 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_BPLSB · promoter · 98878000–98878542 · regulatory
ENSR7_5T8XGQ · CTCF_binding_site · 98878472–98878493 · regulatory
ENSR7_CCRWP · enhancer · 98878543–98880264 · regulatory
· motif · 98878458–98878475 · motif
· motif · 98878474–98878490 · motif
· motif · 98878531–98878544 · motif
· motif · 98878783–98878792 · motif
· motif · 98878793–98878806 · motif
· motif · 98878805–98878820 · motif
· motif · 98879024–98879033 · motif
· motif · 98879253–98879266 · motif
· motif · 98879386–98879393 · motif
· motif · 98879402–98879415 · motif
· motif · 98879402–98879415 · motif
· motif · 98879587–98879594 · motif
· motif · 98879754–98879763 · motif
· motif · 98879813–98879822 · motif
· motif · 98879831–98879844 · motif
· motif · 98879858–98879867 · motif
· motif · 98879921–98879930 · motif
· motif · 98880001–98880014 · motif
· motif · 98880001–98880014 · motif
· motif · 98880003–98880012 · motif
· motif · 98880118–98880126 · motif
· motif · 98881707–98881715 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：3859 aa
TRRAP 蛋白長 3859 個胺基酸，屬於 PI3/PI4-kinase family 的 TRA1 subfamily。序列註解包含 FAT domain、PI3K/PI4K catalytic domain 與末端 FATC domain；另有雙分段核定位訊號，以及與 TP53 互作的區域。其餘註解包括數段預測為無序的區域，以及 G-loop、catalytic loop 和 activation loop。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- ATXN7O15265 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- MYCP01106 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
TRRAP 與 MYC、E2F1、E2F4 及 NPAT 有互作，並與 p53/TP53 直接互作；來源亦記載其與 GCN5L2、TELO2 和 TTI1 的互作。它是 PCAF、TFTC-HAT、NuA4、STAGA、BAF53 與 SWR1-like 複合體的組成部分。這些複合體各自包含不同亞基；其中 NuA4 含催化亞基 KAT5/TIP60，BAF53 複合體則偏好乙醯化核小體中的組蛋白 H4（及 H2A）。
疾病與遺傳關聯
TRRAP 的 Phe-722 突變曾頻繁見於皮膚惡性黑色素瘤，這項觀察提示 TRRAP 可能與黑色素瘤病程有關，但不能據此視為已證實的因果關係。TRRAP 基因變異可造成常染色體顯性神經發育疾病 DEDDFA，患者可能有發展遲緩、智力障礙、自閉症或不同程度的畸形特徵，部分病例伴隨癲癇或其他器官與腦部異常。DFNA75 則可能由影響 TRRAP 的變異所致，特徵為晚發、先影響中高頻且逐漸擴及各頻率的聽力損失。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRRAP 是多種具有組蛋白乙醯轉移酶活性的染色質複合體成員；在 NuA4 中，相關複合體乙醯化核小體的 H4 與 H2A。它參與 MYC、p53/TP53、E2F1、E2F4 與腺病毒 E1A 介導的轉錄活化，可能連結轉錄因子與 HAT 複合體；其在乙醯化後步驟的必要性不確定。它也參與 H2A.Z 移除，並可能影響細胞週期及聽覺系統。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter protein, which is found in various multiprotein chromatin complexes with histone acetyltransferase activity (HAT), which gives a specific tag for epigenetic transcription activation. Component of the NuA4 histone acetyltransferase complex which is responsible for acetylation of nucleosomal histones H4 and H2A. Plays a central role in MYC transcription activation, and also participates in cell transformation by MYC. Required for p53/TP53-, E2F1- and E2F4-mediated transcription activation. Also involved in transcription activation mediated by the adenovirus E1A, a viral oncoprotein that deregulates transcription of key genes. Probably acts by linking transcription factors such as E1A, MYC or E2F1 to HAT complexes such as STAGA thereby allowing transcription activation. Probably not required in the steps following histone acetylation in processes of transcription activation. May be required for the mitotic checkpoint and normal cell cycle progression. Component of a SWR1-like complex that specifically mediates the removal of histone H2A.Z/H2AZ1 from the nucleosome. May play a role in the formation and maintenance of the auditory system (By similarity) PMID 11418595 ↗ · PMID 12138177 ↗ · PMID 12660246 ↗ · PMID 12743606 ↗ · PMID 14966270 ↗ · PMID 17967892 ↗ · PMID 24463511 ↗ · PMID 9708738 ↗ |
| 交互作用 | TRRAP 與 MYC、E2F1、E2F4、p53/TP53、GCN5L2、NPAT、TELO2 及 TTI1 有互作，並是 PCAF、TFTC-HAT、NuA4、STAGA、BAF53 與 SWR1-like 複合體成員。來源列出各複合體的部分亞基；NuA4 含 KAT5/TIP60，BAF53 複合體偏好乙醯化核小體中的 H4（及 H2A）。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with MYC, E2F1 and E2F4 transcription factors. Interacts directly with p53/TP53. Interacts with GCN5L2. Component of various HAT complexes. Component of the PCAF complex, at least composed of TADA2L/ADA2, SUPT3H, TADA3L/ADA3, TAF5L/PAF65-beta, TAF6L/PAF65-alpha, TAF10/TAFII30, TAF12/TAFII20, TAF9/TAFII31 and TRRAP. Component of the TFTC-HAT complex, at least composed of TAF5L, TAF6L, TADA3L, SUPT3H/SPT3, TAF2/TAFII150, TAF4/TAFII135, TAF5/TAFII100, GCN5L2/GCN5, TAF10 and TRRAP. Component of the NuA4 histone acetyltransferase complex which contains the catalytic subunit KAT5/TIP60 and the subunits EP400, TRRAP/PAF400, BRD8/SMAP, EPC1, DMAP1/DNMAP1, RUVBL1/TIP49, RUVBL2, ING3, actin, ACTL6A/BAF53A, MORF4L1/MRG15, MORF4L2/MRGX, MRGBP, YEATS4/GAS41, VPS72/YL1 and MEAF6. Component of the STAGA complex, at least composed of SUPT3H, GCN5L2, SUPT7L, TAF5L, TAF6L, TADA3L, TAD1L, TAF10, TAF12, TRRAP and TAF9. The STAGA core complex is associated with a subcomplex required for histone deubiquitination composed of ATXN7L3, ENY2 and USP22. Component of the BAF53 complex, at least composed of BAF53A, RUVBL1, SMARCA4/BRG1, and TRRAP, which preferentially acetylates histone H4 (and H2A) within nucleosomes. Interacts with NPAT. Interaction with TELO2 and TTI1. Component of a SWR1-like complex PMID 10373431 ↗ · PMID 10611234 ↗ · PMID 10966108 ↗ · PMID 11418595 ↗ · PMID 11564863 ↗ · PMID 11839798 ↗ · PMID 12138177 ↗ · PMID 14966270 ↗ · PMID 17967892 ↗ · PMID 18206972 ↗ · PMID 20427287 ↗ · PMID 24463511 ↗ · PMID 9708738 ↗ · PMID 9885574 ↗ |
| 細胞定位 | TRRAP 的細胞內定位為細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | TRRAP 的 Phe-722 突變曾頻繁出現在皮膚惡性黑色素瘤中；此觀察提示 TRRAP 可能參與黑色素瘤的病程，但來源未將此關聯表述為已證實的因果關係。 | 含實驗來源 | 證據與來源TRRAP mutation Phe-722 has been frequently found in cutaneous malignant melanoma, suggesting that TRRAP may play a role in the pathogenesis of melanoma PMID 21499247 ↗ |
| 疾病關聯 | DEDDFA 是自嬰兒期或幼兒期出現的常染色體顯性神經發育疾病，由影響 TRRAP 的變異造成。表現可包括發展遲緩、智力障礙、不同程度的畸形特徵、自閉症或癲癇；部分患者另有腎臟、心臟、生殖泌尿系統或腦部結構異常，嚴重程度不一。 | 含實驗來源 | 證據與來源Developmental delay with or without dysmorphic facies and autism DEDDFA An autosomal dominant neurodevelopmental disorder apparent from infancy or early childhood. Some patients present with intellectual disability and renal, cardiac, genitourinary systems, as well as structural brain abnormalities. In some cases, the phenotype is less severe, has no systemic involvement and is characterized by autism spectrum disorder and/or intellectual disability, sometimes associated with epilepsy. Affected individuals manifest variable dysmorphic features. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618454 PMID 30424743 ↗ · PMID 30827496 ↗ |
| 疾病關聯 | DFNA75 是可能由影響 TRRAP 的變異造成的常染色體顯性非症候群性耳聾。其聽力損失通常晚發，先影響中頻與高頻，之後逐步擴及所有頻率。 | 含實驗來源 | 證據與來源Deafness, autosomal dominant, 75 DFNA75 A form of non-syndromic deafness characterized by late-onset hearing loss that involves mid and high frequencies, and progresses to encompass all frequencies. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618778 PMID 31231791 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AAGCGGGGGCGGGACTGCGCGCGGCCGAGCGGTTGCGACG40AGGGCTCGGCTGGGGGTCGCCGGGGTCGCGGGCCGGGCCT80GCAGGAGCCGGGCCGCCGAGGTCGGGGCTGGTTGAACTCA120TGGACCTGATACTTTTCTCTTGAGAAGCAAACCAGCCCAA160AAGAAAAATGGCGTTTGTTGCAACACAGGGGGCCACGGTG200GTTGACCAGACCACTTTGATGAAAAAGTACCTTCAGTTTG240TGGCAGCTCTCACAGATGTGAATACACCTGATGAAACAAA280GTTGAAAATGATGCAAGAAGTTAGTGAAAATTTTGAGAAT320GTCACGTCATCTCCTCAGTATTCTACATTCCTAGAACATA360TCATCCCTCGATTCCTTACATTTCTCCAAGATGGAGAAGT400TCAGTTTCTTCAGGAGAAACCAGCACAGCAACTGCGGAAG440CTCGTACTTGAAATAATTCATAGAATACCAACCAACGAAC480ATCTTCGTCCTCACACAAAAAATGTTTTGTCTGTGATGTT520TCGCTTTTTAGAGACGGAAAATGAAGAAAATGTTCTTATT560TGTCTAAGAATAATTATTGAGCTACACAAACAGTTCAGGC600CACCGATCACACAAGAAATTCATCATTTTCTGGATTTTGT640GAAACAGATTTACAAGGAGCTTCCAAAAGTAGTGAACCGC680TACTTTGAGAACCCTCAAGTGATCCCCGAGAACACAGTGC720CTCCCCCAGAAATGGTTGGTATGATAACAACGATTGCTGT760GAAAGTCAACCCGGAGCGTGAGGACAGTGAGACTCGAACA800CATTCCATCATTCCGAGGGGATCACTTTCTCTGAAAGTGT840TGGCAGAATTGCCCATTATTGTTGTTTTAATGTATCAGCT880CTACAAACTGAACATCCACAATGTTGTTGCTGAGTTTGTG920CCCTTGATCATGAACACCATTGCCATTCAGGTGTCTGCAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。