基因總覽
TRPV1 是蛋白質編碼基因,其產物 transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 屬於 transient receptor 家族的 TrpV 亞家族及 TRPV1 次亞家族。這是一種多次穿膜的陽離子通道,蛋白質全長 839 個胺基酸;N 端大部分位於細胞質,含有多個 ANK 重複序列,C 端也位於細胞質。膜內區域由 S1 至 S6 六段螺旋構成,並具有選擇性過濾區。其基本角色是感知有害化學與熱刺激,並將刺激轉換為離子通道活動;更具體的活化條件與生理作用見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000572705 ★ | 3,565,446–3,609,411 | 17 |
| ENST00000399759 | 3,565,444–3,595,831 | 16 |
| ENST00000571088 | 3,565,444–3,597,098 | 16 |
| ENST00000399756 | 3,565,444–3,592,877 | 15 |
| ENST00000425167 | 3,565,444–3,592,877 | 16 |
| ENST00000576351 | 3,565,444–3,592,877 | 15 |
| ENST00000891172 | 3,565,444–3,592,877 | 15 |
| ENST00000966581 | 3,565,444–3,592,877 | 15 |
| ENST00000983073 | 3,565,444–3,609,880 | 16 |
| ENST00001140827 | 3,565,444–3,609,411 | 17 |
| ENST00000310522 | 3,566,815–3,592,350 | 14 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRPV1 是可通透鈣離子的非選擇性陽離子通道,參與偵測有害化學與熱刺激。通道可由香草素類物質(包括 Capsaicin)以及高於 42°C 的溫度活化;內源性物質 12-hydroperoxytetraenoic acid 和 bradykinin 也能活化它。微酸性的細胞外環境(pH 6.5)會增強有害熱刺激與香草素類物質引發的通道活化,而更酸的條件(pH <6)則可直接活化通道。來源亦指出 TRPV1 似乎能介導質子流入,並可能參與傷害感受神經元內的酸化;此處的作用仍以「似乎」及「可能」描述。
通道活化後,會呈現依時間及 Ca(2+) 而變的向外整流,之後進入持續時間較長的不應狀態。TRPV1 的敏感性可受受體酪胺酸激酶活化的磷脂醯肌醇第二訊息系統調節,該系統涉及 PKC 同功酶與 PCL。這些刺激反應與調節特性,支持其參與有害刺激的感知;來源並指出 TRPV1 涉及發炎性疼痛與痛覺過敏的介導,但未將其描述為唯一原因。
除周邊刺激感知外,TRPV1 也可作為離子型內源性大麻素受體,具有中樞神經調節作用。在海馬與伏隔核,內源性大麻素 anandamine 可透過影響 AMPA 受體的內吞,引發一種長期抑制形式,稱為 TRPV1-LTD。此作用將通道活性與突觸訊號調節連結起來;來源所述的功能範圍限於上述腦區與機制。
Promoter 與基因調控
>TRPV1 ENST00000572705 GRCh38 chr17:3609311-3610411 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTTCAGAACATACTCTAATAATGCAGCCAGGAGCCGTCAGCCAGATCCCAAATGAGTGCCTTCCGAAAT TGACCCACCTGGGAGCTATTTACAAATGTCCATGTGGGAGAGAGAGAGCATGAGAGCACAGTAGCCCAGC CTGCTGGTCAGCAGGCTCATCTGTGGTTCACCTGTAGACAGAGAGCAGATCAATGTGTACTTCAGACACC AGAAAGTCTGGTGGCTTTGGTCCCAAGTGGGAAAAGAGAACTGCCCCATGCCCAGCTTGTGATTATCGTT TTTGGAGACCTGAAGCCCACACTCGGGTCGTATGGACTTCTGGAAAAGTTCTTGTCTCCTGGACTGAACC ATGTGACCGGAGGCCCCTTTCCTAGTCTCATCCTCCCCTGGCTGCAGATGCTTAGCTGGGCCAGGGATTG ACCCAAGCGCGATGCAGCAGGCAGGCTCAGAAGACGATGCGGGGCTGTGTGCCGGCCTTCTTGCTGCATG TACTCAGCCTCAGGAGAGCTTGCTGCACCCAGGCCGCCCAGGTCTTCACAGCACAACTGCCTGGAAGGCA GGTTGCGAGAAGGAGAGGCGGATGGCATGAGCAGCAAGGGGGACCGATGCTGTGCAGCTCACACCACTCC AGAACCTGACAAGGCACCAGCAGGACCCCTTGCCAGGAGCATGTCTGTGCAGCAGTGTTTTTGCCCCTGC ACATTCCAGAAGCCCTCATGGGAAGGGATGCAGCCAGGCAGACTCCTGCCAGATGGGGCAGGTAGTTTAT TCAAAGAGAACTCTGTATCCCATAGGCCCAGGCTCTCCTTTCGCTTGGCGTGGGCTTTGCTGGCCCAGTG TGTGCTCCTGGCTCAGCAGAAACATCCATTTGAGTTGGCATCCCTGTAGGGATCCCAGAGCGTTGTAAGC CTTCTTGTGATTGGTAGGGATGGCTGTGGGGTGGCTTCCAGGAGGGGGCCACCATTGCCGCATCTACTTC TAGACTCCCAAAGGAGCCCAGGCTCAGGCAGGCCTGGCCCAGAGTCACGCTGGCAACCACGAGTTTGGGA AGCAGTCGTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTATCCATGAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRPV1_1 ↗ | 17:3,593,170 | 負股 | 3,593,160–3,593,219 |
| TRPV1_2 ↗ | 17:3,597,075 | 負股 | 3,597,065–3,597,124 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 3612455–3612470 · motif
· motif · 3612455–3612470 · motif
· motif · 3612457–3612470 · motif
· motif · 3612482–3612495 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:839 aa
transient receptor potential cation channel subfamily V member 1 長 839 個胺基酸,屬於 transient receptor 家族的 TrpV 亞家族。蛋白質具有六段跨膜螺旋 S1–S6、細胞質區域、多個 ANK 重複序列及選擇性過濾區。N 端 1–58 胺基酸區段被註記為無序區;C 端另有 AD 區域,以及與 calmodulin 互作、參與 PIP2 介導通道抑制的區域註記。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRPV1 是多次穿膜蛋白,位於細胞膜,亦見於突觸後細胞膜與樹突棘膜。 其分布主要但不限於突觸後樹突棘;來源未描述定位因條件改變或不同異構型而異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Cell projection, dendritic spine membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TRPV1 可形成同源四聚體,並與 PIRT、CALM、PRKCM、CSK、TMEM100 及 PACS2 互作;與 TRPV3 互作,且可能形成異源通道。來源另指出 TRPV1 可能與 PRKCG、NTRK1 形成三元複合體。它也與 Scolopendra mutilans 的 RhTx toxin 互作;標示為 By similarity 的關係保留其相似性推定性質。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRPV1 是可通透鈣離子的非選擇性陽離子通道,參與感知有害化學與熱刺激,並可能介導質子流入及傷害感受神經元內的酸化。它涉及發炎性疼痛與痛覺過敏;受體酪胺酸激酶啟動的磷脂醯肌醇第二訊息系統可使其敏感化。Capsaicin 等香草素類物質、超過 42°C 的高溫及若干內源性物質可活化通道;微酸環境會增強部分刺激的活化,pH <6 則可直接活化。活化後有依時間與 Ca(2+) 而變的向外整流,接著進入長時間不應狀態。TRPV1 亦作為離子型內源性大麻素受體,在海馬與伏隔核參與 anandamine 介導的 TRPV1-LTD,涉及 AMPA 受體內吞。 | 含實驗來源 | 證據與來源Non-selective calcium permeant cation channel involved in detection of noxious chemical and thermal stimuli. Seems to mediate proton influx and may be involved in intracellular acidosis in nociceptive neurons. Involved in mediation of inflammatory pain and hyperalgesia. Sensitized by a phosphatidylinositol second messenger system activated by receptor tyrosine kinases, which involves PKC isozymes and PCL. Activated by vanilloids, like capsaicin, and temperatures higher than 42 degrees Celsius. Upon activation, exhibits a time- and Ca(2+)-dependent outward rectification, followed by a long-lasting refractory state. Mild extracellular acidic pH (6.5) potentiates channel activation by noxious heat and vanilloids, whereas acidic conditions (pH <6) directly activate the channel. Can be activated by endogenous compounds, including 12-hydroperoxytetraenoic acid and bradykinin. Acts as ionotropic endocannabinoid receptor with central neuromodulatory effects. Triggers a form of long-term depression (TRPV1-LTD) mediated by the endocannabinoid anandamine in the hippocampus and nucleus accumbens by affecting AMPA receptors endocytosis PMID 11050376 ↗ · PMID 11226139 ↗ · PMID 11243859 ↗ · PMID 12077606 ↗ · PMID 37117175 ↗ |
| 分子活性 | Ca(2+)(in) = Ca(2+)(out) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | Mg(2+)(in) = Mg(2+)(out) | 推論支持 | |
| 分子活性 | Na(+)(in) = Na(+)(out) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | K(+)(in) = K(+)(out) | 推論支持 | |
| 交互作用 | TRPV1 形成同源四聚體,並與 PIRT、TRPV3、CALM、PRKCM、CSK、TMEM100 及 PACS2 互作;與 TRPV3 也可能形成異源通道。來源指出 TRPV1 可能藉由形成三元複合體與 PRKCG、NTRK1 互作,並可與 Scolopendra mutilans 的 RhTx toxin 互作。以 By similarity 標示的關係屬相似性推定,不能視為在此處已明確證實的結合或複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homotetramer. Interacts with PIRT (By similarity). Interacts with TRPV3 and may also form a heteromeric channel with TRPV3. Interacts with CALM, PRKCM and CSK. Interacts with PRKCG and NTRK1, probably by forming a trimeric complex (By similarity). Interacts with the Scolopendra mutilans RhTx toxin (By similarity). Interacts with TMEM100 (By similarity). Interacts with PACS2 PMID 12077606 ↗ · PMID 29656858 ↗ · PMID 37117175 ↗ |
| 細胞定位 | TRPV1 是多次穿膜蛋白,可定位於細胞膜、突觸後細胞膜及樹突棘膜。其分布主要位於突觸後樹突棘,但並非僅限於該處;來源未提供定位改變的條件或異構型差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Postsynaptic cell membrane / Multi-pass membrane protein; Cell projection, dendritic spine membrane / Multi-pass membrane protein; Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Mostly, but not exclusively expressed in postsynaptic dendritic spines PMID 37117175 ↗ · PMID 11050376 ↗ · PMID 11243859 ↗ · PMID 12077606 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGCTCAGGCAGGCCTGGCCCAGAGTCACGCTGGCAACCAC40GAGTTTGGGAAGCAGTCGTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCT80CTCTCTCTCAGTATCCATGACAGTGTGATGGAGAGTCTCT120GCCGTGCCATCTGGGATGCAAACCGTCCCTGTGTTCCCCA160CGTCCAGGCCGTAGATGCTCCCCGCCGGTCAGTCACTTAG200TCGTCAGATCGCCCGTCCTGGTATCACAGTGCTTCTGTTC240AGGTTGCACACTGGGCCACAGAGGATCCAGCAAGGATGAA280GAAATGGAGCAGCACAGACTTGGGGGCAGCTGCGGACCCA320CTCCAAAAGGACACCTGCCCAGACCCCCTGGATGGAGACC360CTAACTCCAGGCCACCTCCAGCCAAGCCCCAGCTCTCCAC400GGCCAAGAGCCGCACCCGGCTCTTTGGGAAGGGTGACTCG440GAGGAGGCTTTCCCGGTGGATTGCCCTCACGAGGAAGGTG480AGCTGGACTCCTGCCCGACCATCACAGTCAGCCCTGTTAT520CACCATCCAGAGGCCAGGAGACGGCCCCACCGGTGCCAGG560CTGCTGTCCCAGGACTCTGTCGCCGCCAGCACCGAGAAGA600CCCTCAGGCTCTATGATCGCAGGAGTATCTTTGAAGCCGT640TGCTCAGAATAACTGCCAGGATCTGGAGAGCCTGCTGCTC680TTCCTGCAGAAGAGCAAGAAGCACCTCACAGACAACGAGT720TCAAAGACCCTGAGACAGGGAAGACCTGTCTGCTGAAAGC760CATGCTCAACCTGCACGACGGACAGAACACCACCATCCCC800CTGCTCCTGGAGATCGCGCGGCAAACGGACAGCCTGAAGG840AGCTTGTCAACGCCAGCTACACGGACAGCTACTACAAGGG880CCAGACAGCACTGCACATCGCCATCGAGAGACGCAACATG920GCCCTGGTGACCCTCCTGGTGGAGAACGGAGCAGACGTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。