基因總覽
TRIM55（tripartite motif containing 55）是蛋白質編碼基因，產物為 Tripartite motif-containing protein 55，也稱 Muscle-specific RING finger protein 2 或 RING finger protein 29。其蛋白質屬於 tripartite motif 類蛋白，具有 E3 ubiquitin ligase 活性，並含有 RING-type zinc finger、B box-type zinc finger 與 COS domain。這些特徵構成其分子辨識與功能區域的基本架構；蛋白質另有一段被註記為無序的區域。來源所述的功能涵蓋心臟與肌肉相關調控，以及免疫訊號和蛋白質周轉。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000315962 ★ | 66,127,129–66,175,485 | 10 |
| ENST00000353317 | 66,126,896–66,175,489 | 9 |
| ENST00000276573 | 66,126,896–66,175,489 | 11 |
| ENST00000350034 | 66,126,896–66,175,489 | 5 |
| ENST00000857325 | 66,126,896–66,175,489 | 9 |
| ENST00000857326 | 66,126,896–66,175,489 | 8 |
| ENST00000857327 | 66,126,896–66,175,489 | 10 |
| ENST00000956548 | 66,126,896–66,175,489 | 9 |
| ENST00000956549 | 66,126,896–66,175,489 | 8 |
| ENST00000956550 | 66,126,896–66,175,489 | 9 |
| ENST00000956551 | 66,126,896–66,175,489 | 9 |
| ENST00000956552 | 66,126,896–66,175,489 | 8 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM55 是 E3 ubiquitin ligase，可促進受體蛋白的 ubiquitination。它參與心臟發育與收縮、肌肉生長、代謝及肌纖維類型分化等調控。來源指出，TRIM55 與 TRIM63 協同，藉由調節 E2F1 介導的基因表現，影響發育期間心肌細胞的大小；此項作用標示為依相似性推定。
在心肌細胞中，TRIM55 也可促進 DUSP1 phosphatase 的 ubiquitination，並參與凋亡誘導。這些資料將其作用連結到心肌細胞發育與存活相關的調節，但未提供足以進一步界定該過程的細節。
在免疫訊號方面，TRIM55 透過促進 NFKB2 的 Lys-48 連結型 ubiquitination 與加工，推動非典型 NF-κB 訊號及 B 細胞介導的免疫反應。其後，NFKB2 會再由 valosin-containing protein/VCP 加工；VCP 是一種 ATPase，能介導依賴 ubiquitin 的蛋白質降解並將其送往 proteasome。另有資料指出，TRIM55 可能藉由降低細胞核內 NF-κB subunit RELA 的量，抑制巨噬細胞產生發炎因子及遷移；此項作用以可能性表述。
TRIM55 也會使 PPARG 發生多聚 ubiquitination，加速其由 proteasome 降解，因而抑制 PPARG 活性。這些功能顯示，TRIM55 可透過對不同受體蛋白進行 ubiquitination，參與心肌與肌肉相關調控、免疫訊號，以及轉錄調控因子的穩定性控制。
Promoter 與基因調控
>TRIM55 ENST00000315962 GRCh38 chr8:66126129-66127229 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGGGAGAATAGGTATTTTGGAGGCAGATGAAATGCAGATATGGAAGTAGGACTCCATTTATACTTCAGTT GTCAATGGCACTGGTAACTGTCCCCCAAGGGATGACAAAATAAAATAATAGATCTGCCACCTCCAGGTGC CTGCCAGTTACTACCTCATTACAGATTATTGTTGCAAACTATTATATAATTTAAGAATTTAAATAATCAG TAAAAGACTATCAAATTTTCTTTGTGTTTTTGGGTGTATGTAGGAGGTGGGGCAGTATAGGATGAAAGAG GGCCAAGGAAGAGGAAAGCAATGTGGAAGAGCAAACAGCATACTAGAGTTGTTTTATAATGTAACTTTTT TCTCAAATAATTAGATCATCCACTGGTTTTGAATTTTTATTTATGCATGTATTTATTTATTTATTAGGTG GATACCTTTATGGTGAAGGGATTTGAATTTAGCTTTTAAATTGGAATTTTTCAAAGACCACAACCCCAGC TGACAAAGATGAAATACTTAACATTAAGAAAGTCTTTTTGATGATTGCCTTTGTGAAGCCAGGATAACAA TTTTCGAGACATGTTTTGTTCATTTTCACCTAAGAAGGTGCTATTAGGCTACTTTCCGTGACTCAATTCC TACACTCTCAAGACAGGGCTGGCATTAGTTACACAGACTCTGTGCTGCGTTCTGCCCCTTCCTGGAGAAG CCATCGCCAAGTTCTCAGTGAGTGCTCACAGAGGGCATGGTTCAGTGGCTAGGCATGCACATTTGCATTT GTTGTTGACAACTGTCAGCTTCGACCTCCTTCTCCTCACAACCCCGTCTAAATGGGGTTTGTAATCCTCC TTCCCACCCACTCTCTTCACTCCCTGGGGCAAGAATGTTGACTCCTGCTCTCCGTCACCTGTCAGGATCC ATCCTCCTGTCACTGGCTTATATGGACACGTCAGCCCACCGTCACGTGACCGCAGGCTGCTAAAAACAGC TCCAGCACCCACTCCAAACCAGGGCCTGAAACAATGTCCTCCACCGAGAGAAACGTAAAGGACACTTGAT CACACAATCCCTGGAATAATATCCAGGAAACACTTGCTGGAGCCACTCGCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM55_2 ↗ | 8:66,126,795 | 正股 | 66,126,746–66,126,805 |
| TRIM55_1 ↗ | 8:66,127,129 | 正股 | 66,127,080–66,127,139 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_C8K69 · enhancer · 66123499–66124856 · regulatory
ENSR8_9Z8MX · promoter · 66126684–66127139 · regulatory
ENSR8_9Z8NG · enhancer · 66128446–66128848 · regulatory
ENSR8_C8K6P · enhancer · 66129559–66130686 · regulatory
· motif · 66123810–66123819 · motif
· motif · 66123843–66123858 · motif
· motif · 66123981–66123989 · motif
· motif · 66124170–66124183 · motif
· motif · 66124177–66124190 · motif
· motif · 66124289–66124300 · motif
· motif · 66124289–66124300 · motif
· motif · 66124291–66124300 · motif
· motif · 66124321–66124332 · motif
· motif · 66124343–66124355 · motif
· motif · 66124560–66124570 · motif
· motif · 66126886–66126899 · motif
· motif · 66126903–66126916 · motif
· motif · 66126903–66126916 · motif
· motif · 66127393–66127404 · motif
· motif · 66129115–66129129 · motif
· motif · 66129115–66129129 · motif
· motif · 66129122–66129133 · motif
· motif · 66130208–66130219 · motif
· motif · 66130239–66130248 · motif
· motif · 66130437–66130450 · motif
· motif · 66130437–66130450 · motif
· motif · 66130438–66130451 · motif
· motif · 66130438–66130451 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：548 aa
TRIM55 蛋白長 548 個胺基酸。序列含有位於第 10–66 位的 RING-type zinc finger、第 103–145 位的 B box-type zinc finger，以及第 269–327 位的 COS domain。第 326–532 位另被註記為無序區域；此區域與 COS domain 在第 326–327 位有重疊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TLR4 訊號途徑會促進其向細胞核轉位，顯示其核內定位可受訊號條件影響。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- TRIM23P36406 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- USP13Q92995 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BYSLQ13895 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAD23AP54725 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TRIM55 可形成同寡聚體與異寡聚體，此項註記為可能。其互作對象包括 titin/TTN、myosins、SQSTM1 與 NBR1；與 TRIM63 及 TRIM54 的互作則標示為可能。另有異構型差異：isoform 4 可能無法與 isoform 1、isoform 2 或 isoform 3 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM55 是 E3 ubiquitin ligase，參與心臟發育與收縮、肌肉生長、代謝及肌纖維分化；與 TRIM63 協同調節 E2F1 介導的基因表現，影響發育中的心肌細胞大小，此作用為依相似性推定。它也促進 DUSP1 ubiquitination 與心肌細胞凋亡，並透過 NFKB2 的 Lys-48 連結型 ubiquitination 及加工促進非典型 NF-κB 訊號和 B 細胞免疫反應。它可能降低核內 RELA，以抑制巨噬細胞發炎因子產生及遷移；亦可促進 PPARG 多聚 ubiquitination 與 proteasomal degradation，抑制其活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin ligase that plays an important role in regulating cardiac development and contractility, muscle growth, metabolism, and fiber-type differentiation. Acts as a critical factor that regulates cardiomyocyte size during development in concert with TRIM63 by regulating E2F1-mediated gene expression (By similarity). Plays a role in apoptosis induction in cardiomyocytes by promoting ubiquitination of the DUSP1 phosphatase. Promotes non-canonical NF-kappa-B signaling and B-cell-mediated immune responses by mediating NFKB2 'Lys-48'-linked ubiquitination and processing. In turn, NFKB2 is further processed by valosin-containing protein/VCP, an ATPase that mediates ubiquitin-dependent protein degradation by the proteasome. May play a role in preventing macrophages from producing inflammatory factors and migrating by down-regulating the level of nuclear NF-kappa-B subunit RELA. Also modifies PPARG via polyubiquitination and accelerates PPARG proteasomal degradation to inhibit its activity PMID 36737649 ↗ · PMID 37816088 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 36737649 ↗ · PMID 37816088 ↗ |
| 交互作用 | TRIM55 可能形成同寡聚體或異寡聚體，並與 titin/TTN、myosins、SQSTM1 及 NBR1 互作；與 TRIM63 和 TRIM54 的互作亦屬可能。互作能力可能因異構型而異：isoform 4 可能無法與 isoform 1、isoform 2 及 isoform 3 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homooligomer and heterooligomer (Probable). Interacts with titin/TTN. Interacts with myosins. Interacts with SQSTM1 and NBR1. Isoform 4 may not able to interact with isoform 1, isoform 2 and isoform 3. Probably interacts with TRIM63 and TRIM54 PMID 11243782 ↗ · PMID 12414993 ↗ · PMID 15802564 ↗ |
| 細胞定位 | TRIM55 位於細胞核與細胞質；在 TLR4 訊號途徑作用下，TRIM55 會向細胞核轉位，顯示其核內定位與此訊號條件相關。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGGGCCTGAAACAATGTCCTCCACCGAGAGAAACGTAAAG40GACACTTGATCACACAATCCCTGGAATAATATCCAGGAAA80CACTTGCTGGAGCCACTCGCAGCACCCTTCCCTGGCAGCA120CACTTGGGGACAGCGAGGAGATGAGCGCATCTCTGAATTA160CAAATCTTTTTCCAAAGAGCAGCAGACCATGGATAACTTA200GAGAAGCAACTCATCTGTCCCATCTGCTTAGAGATGTTCA240CGAAACCTGTGGTGATTCTCCCTTGTCAGCACAACCTGTG280TAGGAAATGTGCCAGTGATATTTTCCAGGCCTCTAACCCG320TATTTGCCCACAAGAGGAGGTACCACCATGGCATCAGGGG360GCCGATTCCGCTGCCCATCCTGTAGACATGAAGTGGTTTT400GGATAGACATGGGGTATATGGACTTCAGAGGAACCTGCTG440GTGGAAAATATCATTGACATCTACAAGCAGGAGTCCACCA480GGCCAGAAAAGAAATCCGACCAGCCCATGTGCGAGGAACA520TGAAGAGGAGCGCATCAACATCTACTGTCTGAACTGCGAA560GTACCCACCTGCTCTCTGTGCAAGGTGTTTGGTGCACACA600AAGACTGCCAGGTGGCTCCCCTCACTCATGTGTTCCAGAG640ACAGAAGTCTGAGCTCAGTGATGGCATCGCCATCCTCGTG680GGCAGCAACGATCGAGTCCAGGGAGTGATCAGCCAGCTGG720AAGACACCTGCAAAACTATCGAGGAATGTTGCAGAAAACA760GAAACAAGAGCTTTGTGAGAAGTTTGATTACCTGTATGGC800ATTTTGGAGGAGAGGAAGAATGAAATGACCCAAGTCATTA840CCCGAACCCAAGAGGAGAAACTGGAACATGTCCGTGCTCT880GATCAAAAAGTATTCTGATCATTTGGAGAACGTCTCAAAG920TTGGTTGAGTCAGGAATTCAGTTTATGGATGAGCCAGAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。