基因總覽
TRIM49 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 tripartite motif containing 49。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 11q14.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000329758 ★ | 89,797,655–89,808,575 | 8 |
| ENST00000532501 | 89,797,655–89,807,220 | 6 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TRIM49 ENST00000329758 GRCh38 chr11:89808475-89809575 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TATTAAAAGGAGAAGCACTGGGAAATAAGGAAATATTCCAAATTGGCTGGAGTGTCCTTTATCCACATCA CGGATTGTTCTTGCCTATACCCACCTCTACTCTCTCTTCTGGATTGGGTAGGACTTTTGGAACCTACAAA ATGCCAACTCTAAAGAGAATTACTTTCTTATATTTGTTTCATGGTCTGAGACTCAAGTAGGAAAATAGGT TGTTTCCTTGATAATGCCACAGTAGACAGAGGTAGGTCTGTAATTGAAAGCTCCTAATTTCCAGTGCTCT AGGCTTCAACTGCCTAAAGCTGAGTGTTTGAATAAGTGAATGATGTGGTGCAAAAAGTGGTTGAAATAAA ATCAGAAGCTACCTACCTTCCTTTCTCTCCTTGCCCTAATTCCTTCCTGATACACAGCATCATCAGACCT TGTAATGGAGTACCAGGGCCCCGCCACGGAGCTCCAGAATTTAAGCAGAGAATGTCCACAGGATCAAGTC CATGACCCAGGGTTTCACAAGTTTCCCACTCTGGAGTCCAGGACTGAGCCAAGAGGGCCCCCACACACAA CCAGCGCAGATCTTACTTCTGTGTGGACACTTTGGTTAATTACTTAGATTTATTGAGGTACAGAATGTGC ATACAGGGTGGTCAGTCAGTTGGTGGTCTTGGATAGTAAACTGACAATAGAACAAGAAAATCTATTGTTC AATTCCTTGTATTTAATTAAATATAAACTCTGGATGATTTTATGATGTGTCAACTTGAGTACATGTATGT ACAAAGAGGGAAATGAGGGCAGTAGCCATTTTGTGGCATAGACATACCTTATTATTCTTCAATGAAACAC TTACTTAGGACCTGCTGGAAAGGCATTTTGCAGATGCGAGCAAAGGTCCTAATCCTGTAACTAGGAAGTG TACCCAAGTAAGCCTGACTTCATCAGTGAAAGTCCTTTAAAGAAACACATAGGCATTCCTTGAACAACAT TTTAAATGGCAAATGGGACTCTAATCTTCCAGTTGCCCCCTATTGACTTTAAACCAAAGCTTTGATTCAT GACCACTGGGATCCAGCCAGCGGGGGATTTCTTTTCCTGATGGACTGTACC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
· motif · 89813178–89813189 · motif
· motif · 89813182–89813196 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：452 aa
TRIM49 為 452 個胺基酸的 TRIM/RBCC family 蛋白，具有三個已註釋區域：第 15–56 位的 RING-type zinc finger、第 88–129 位的 B box-type zinc finger，以及第 269–452 位的 B30.2/SPRY domain。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CKS1BP61024 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- MINDY3Q9H8M7 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- POM121Q96HA1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
CTAATCTTCCAGTTGCCCCCTATTGACTTTAAACCAAAGC40TTTGATTCATGACCACTGGGATCCAGCCAGCGGGGGATTT80CTTTTCCTGATGGACTGTACCCAGGATCTCACATTTGCTT120AAGCAGCTCCCACAATTGGGTTCTTATAAAAGGACACGGA160AGAGACAAGCTCAGTTTTCTCTGAAGGAGAAGGACTGCAC200TTAGAACTGCATTTTGGCGACCTCTGAAATTCAGTACTGC240AGTGAATGAGCTTCTGATCTTGAGGTGAACTTAACAAAAT280TATTTTTGGAAAAATCGTTGTGGGAACCATTAAAAGAACT320CCAGGAAACATGAATTCTGGAATCTTACAGGTCTTTCAGG360GGGAACTCATCTGCCCCCTGTGCATGAACTACTTCATAGA400CCCGGTCACCATAGACTGTGGGCACAGCTTTTGCAGGCCT440TGTTTCTACCTCAACTGGCAAGACATCCCATTTCTTGTCC480AGTGCTCTGAATGCACAAAGTCAACCGAGCAGATAAACCT520CAAAACCAACATTCATTTGAAGAAGATGGCTTCTCTTGCC560AGAAAAGTCAGTCTCTGGCTATTCCTGAGCTCTGAGGAGC600AAATGTGTGGCACTCACAGGGAGACAAAGAAGATATTCTG640TGAAGTGGACAGGAGCCTGCTCTGTTTGCTGTGCTCCAGC680TCTCAGGAGCACCGGTATCACAGACACCGTCCCATTGAGT720GGGCTGCTGAGGAACACCGGGAGAAGCTTTTACAGAAAAT760GCAGTCTTTGTGGGAAAAAGCTTGTGAAAATCACAGAAAC800CTGAATGTGGAAACCACCAGAACCAGATGCTGGAAGGATT840ATGTGAATTTAAGGCTAGAAGCAATTAGAGCTGAGTATCA880GAAGATGCCTGCATTTCATCATGAAGAAGAAAAACATAAT920TTGGAGATGCTGAAAAAGAAGGGGAAAGAAATTTTTCATC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。