基因總覽
TRIM38（tripartite motif containing 38）是蛋白質編碼基因，其產物具有 E3 ubiquitin-protein ligase 與 E3 SUMO-protein ligase 活性，參與先天免疫調節。這兩類酵素活性分別涉及蛋白質泛素化與 SUMO 化；TRIM38 的作用方向則依所參與的免疫訊號路徑而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000357085 ★ | 25,962,802–25,991,231 | 8 |
| ENST00000859133 | 25,962,693–25,991,231 | 8 |
| ENST00000859135 | 25,962,693–25,991,231 | 8 |
| ENST00000859136 | 25,962,693–25,991,231 | 8 |
| ENST00000859137 | 25,962,693–25,991,231 | 8 |
| ENST00000859138 | 25,962,693–25,991,231 | 8 |
| ENST00000961974 | 25,962,693–25,991,231 | 8 |
| ENST00000961975 | 25,962,693–25,991,231 | 7 |
| ENST00001098351 | 25,962,693–25,991,231 | 9 |
| ENST00001117501 | 25,962,693–25,991,231 | 9 |
| ENST00001122943 | 25,962,693–25,984,400 | 8 |
| ENST00001122944 | 25,962,693–25,991,231 | 9 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM38 參與先天免疫調節，對不同訊號路徑可產生不同方向的調控。在 TLR3 介導的第一型干擾素訊號中，它促進關鍵接頭蛋白 TICAM1 的 Lys-48 連結多聚泛素化，並使 TICAM1 經蛋白酶體降解，因而抑制該訊號。此處的泛素化與降解關係有研究支持。
TRIM38 也可透過促進 AZI2/NAP1 的 Lys-48 連結多聚泛素化，使其降解，負向調節第一型干擾素 IFN-β 的生成；這項作用標示為依相似性推論。相較之下，在 cGAS-STING 路徑中，TRIM38 作為 E3 SUMO-protein ligase，促進 CGAS 與 STING 的 SUMO 化，避免兩者降解，進而活化對 DNA 病毒的先天免疫反應；此項作用同樣屬依相似性推論。
此外，TRIM38 不依賴其 E3 蛋白質連接酶活性，也能負向調節 NF-κB 訊號：它促進接頭蛋白 TAB2 與 TAB3 經溶酶體依賴途徑降解。這些作用顯示，TRIM38 可藉由促進特定接頭蛋白降解抑制部分免疫訊號，也能透過 SUMO 化維持 CGAS 與 STING，支持另一條先天免疫路徑。
Promoter 與基因調控
>TRIM38 ENST00000357085 GRCh38 chr6:25961802-25962902 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGGGCCAAACTCCATGTTCCATTGGCTATCAGGGTCAGCAGGCAGGCCAGGGGCCCAGACAGGCCAGTG GCTCCCAGAATTCAAGTTTAATTTCTCCTCCCACCTGTGTCCTGAGCTCCCCTTACTGGTTCCCTTGGAC CACTGCATCTACTTAAGCCAGCATTTATTATGTTGTTATCATAAATGCCTCTTACACCTGAGACTTATAA ATGTGACAAGCTCTTATTGTGAGATAGTAATCCATCTTTTTTCCCCATGAAATAATAATTCTAACGGGTG GTGATAGTACTTTTCCTTTCATTTTGAAGTGGAGAAGCTGGAGCTAAGTCATTAAGGACTTGACCCTGGA CCCCACAGCCTTTTCTCCACAAAGCACAAAGCAGAGTGATGGTCCCAGGGATCCCACACAGCTCTAAGCT GGGGGCACTCACTGCTGGGCCACTAGTGACTCCCATTTTCTATCCTGGCTGACCCTCGCTATTGAAGAAG ATCTGAGTCCTGCAGAAGGACAGCAAGGAGAAAAACAAGACACAGAACGGGACAGAGAAGAATAGAAAGC TGACTCAGATGAATTTTGTGATGCCAATGAGTCCTACTGCTGTTACCACCCCTTTTTCCACCACACCCTT CAGAGCAGTTATAGAACCACAAGCAACCCATAAATAGCAAAAGAAGTAACATCAGCTAGGAAGGCTTAAG GACTCCCAAGGGAGTTGGTGGCAAAAGTAGAAAGATCTCAAATCAGAGTCTGTGAACTGAACCTCTGCAG GCTTCCTGTTTTTAGATACTCTGTGTTGGGGTCACATGATAGTTTACAGGGTTATTAATTGGTTCCTTCT TTTTATTGCTGTAAAAGAAGGATATTTTCTTCCTACGTTTCCCCCTCCTTTACCGGAGAGGCGGAGTGCA AATGATATGAACAACGTCACTAGTTTTCTCCTAAATCTTATGAGCCCCGCCTCCCACAGTAGTTTCACTT CTCAGTTTAATCCGGTCTGAGTTAACTTCCTGACCCAGGAAGTGGCAGCAACAGAGGGGACTAGCAGCGA ATATGTAAGTGTCTGAGCAGTGAAGGTTACGGAAAAGGTCCAGGCTAAGGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM38_1 ↗ | 6:25,962,802 | 正股 | 25,962,753–25,962,812 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_8QLDH · enhancer · 25958794–25959024 · regulatory
ENSR6_9DB7M · enhancer · 25959971–25960419 · regulatory
ENSR6_9DB8B · promoter · 25962312–25962812 · regulatory
ENSR6_C4KK5 · enhancer · 25962813–25964106 · regulatory
· motif · 25958822–25958837 · motif
· motif · 25960342–25960351 · motif
· motif · 25961831–25961843 · motif
· motif · 25962138–25962150 · motif
· motif · 25962141–25962148 · motif
· motif · 25962142–25962155 · motif
· motif · 25962165–25962180 · motif
· motif · 25962421–25962431 · motif
· motif · 25962503–25962516 · motif
· motif · 25962503–25962516 · motif
· motif · 25962571–25962584 · motif
· motif · 25962597–25962609 · motif
· motif · 25962599–25962606 · motif
· motif · 25962755–25962765 · motif
· motif · 25962803–25962818 · motif
· motif · 25962814–25962825 · motif
· motif · 25962816–25962825 · motif
· motif · 25963985–25963995 · motif
· motif · 25963990–25964000 · motif
· motif · 25964050–25964063 · motif
· motif · 25967215–25967230 · motif
· motif · 25967220–25967232 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：465 aa
TRIM38 蛋白質長 465 個胺基酸，含有 RING-type 鋅指（第 16–63 位）、B box-type 鋅指（第 88–129 位），以及位於 C 端的 B30.2/SPRY domain（第 274–465 位）。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- BYSLQ13895 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FLJ13057Q53SE7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GC20Q6FG85 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GORASP2Q9H8Y8 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- HSPA1LP34931 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPA2P54652 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- HSPA8P11142 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MTURNQ8N3F0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PIAS4Q8N2W9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSMA4P25789 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RFC5P40937 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- RNF4P78317 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SDCBPO00560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STXBP1P61764 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- TCEA2Q15560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TSPYL4Q9UJ04 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- UBE2IQ7KZS0 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ZNF764Q96H86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TRIM38 透過 B30.2/SPRY domain 與 TAB2、TAB3 互相作用；資料未進一步說明此關係是否構成複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM38 具有 E3 ubiquitin-protein ligase 與 E3 SUMO-protein ligase 活性，參與先天免疫調節。它促進 AZI2/NAP1 的 Lys-48 連結多聚泛素化並使其降解，以負向調節 IFN-β 生成；此作用為依相似性推論。它也促進 TICAM1 泛素化及蛋白酶體降解，抑制 TLR3 介導的第一型干擾素訊號。相對地，透過 SUMO 化 CGAS、STING 並避免其降解，可正向調節 cGAS-STING 路徑及對 DNA 病毒的先天免疫反應，此作用亦為依相似性推論。此外，TRIM38 不依賴 E3 蛋白質連接酶活性，促進 TAB2、TAB3 經溶酶體依賴途徑降解，負向調節 NF-κB 訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein and E3 SUMO-protein ligase that acts as a regulator of innate immunity. Acts as a negative regulator of type I interferon IFN-beta production by catalyzing 'Lys-48'-linked polyubiquitination of AZI2/NAP1, leading to its degradation (By similarity). Mediates 'Lys-48'-linked polyubiquitination and proteasomal degradation of the critical TLR adapter TICAM1, inhibiting TLR3-mediated type I interferon signaling. Acts as positive regulator of the cGAS-STING pathway by acting as a E3 SUMO-protein ligase: mediates sumoylation of CGAS and STING, preventing their degradation and thereby activating the innate immune response to DNA virus (By similarity). Also acts as a negative regulator of NF-kappa-B signaling independently of its E3 protein ligase activity by promoting lysosome-dependent degradation of TAB2 and TAB3 adapters PMID 23056470 ↗ · PMID 24434549 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 推論支持 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 23056470 ↗ |
| 分子活性 | 此註記將 TRIM38 的相關活性歸為蛋白質修飾，具體類別為蛋白質泛素化；未提供進一步的作用對象或條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | 此註記將 TRIM38 的相關活性歸為蛋白質修飾，具體類別為蛋白質 SUMO 化；未提供進一步的作用對象或條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | TRIM38 透過其 B30.2/SPRY domain 與 TAB2、TAB3 互相作用；此項註記未提供其他互作條件或複合體資訊。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | 此項定位註記將 TRIM38 記錄於細胞質，未提供其他定位資訊或定位改變條件。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GTTAACTTCCTGACCCAGGAAGTGGCAGCAACAGAGGGGA40CTAGCAGCGAATATACTTTACACCAAATCTCAGAAGATTC80AGAACTTAGATGAGTGGGGCCCAGGACAGGAACCCTGGAG120CCTTGGAAGGAGGGGAGCCCCATCTCCCCAGAAGAGCAGT160GACCCCAGCAGAGAGGGGCCTGGTGTATCACTGGAGGAAA200TAGCCTGCCAAGGAATACACGTCTTCAGAAGAAATTCTGT240GTGGCTTCAAGAGACTGATCAAATTGTGAGAGGAAAACAG280CCTACCCGGTCCTCTTTTCTTCAATACAAAATGAGATAAT320AGGGGTTGGAAGGAAAACCTTCAAGACCTATGGAAGTCAG360TTGCAGCCAGCTCATCACATAGAGGTGCAGGTGAGGTGTA400TTTTCATCACGGTGGAAAATTCTGGCTGCTTCATCTCCAT440CTCTAGAGCCAATATTGGAGCTTTTCAATAAAAGCTATGG480CCTCAACCACCAGCACCAAGAAGATGATGGAGGAAGCCAC520CTGCTCCATCTGCCTGAGCCTGATGACGAACCCAGTAAGC560ATCAACTGTGGACACAGCTACTGCCACTTGTGTATAACAG600ACTTCTTTAAAAACCCAAGCCAAAAGCAACTGAGGCAGGA640GACATTCTGCTGTCCCCAGTGTCGGGCTCCATTTCATATG680GATAGCCTCCGACCCAACAAGCAGCTGGGAAGCCTCATTG720AAGCCCTCAAAGAGACGGATCAAGAAATGTCATGTGAGGA760ACACGGAGAGCAGTTCCACCTGTTCTGCGAAGACGAGGGG800CAGCTCATCTGCTGGCGCTGTGAGCGGGCACCACAGCACA840AAGGGCACACCACAGCTCTTGTTGAAGACGTATGCCAGGG880CTACAAGGAAAAGCTCCAGAAAGCTGTGACAAAACTGAAG920CAACTTGAAGACAGATGTACGGAGCAGAAGCTGTCCACAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。