基因總覽
TRIM3（tripartite motif containing 3）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 TRIM/RBCC family，具有 E3 ubiquitin ligase 活性。來源所述的功能涵蓋神經相關作用，也包括先天免疫與細胞週期調節；其中若干神經功能及相關作用標示為依相似性推論。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000345851 ★ | 6,448,613–6,473,941 | 12 |
| ENST00000525074 | 6,448,613–6,474,459 | 12 |
| ENST00000359518 | 6,448,613–6,473,984 | 13 |
| ENST00000536344 | 6,448,613–6,473,984 | 11 |
| ENST00001136891 | 6,448,613–6,473,984 | 12 |
| ENST00000528227 | 6,456,944–6,473,923 | 7 |
| ENST00000529529 | 6,458,138–6,474,394 | 4 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM3 是 E3 ubiquitin ligase，可將 ubiquitin 連接至受體蛋白。其生物學作用涉及神經功能、先天免疫訊號與細胞週期調控；不同作用的證據強度並不相同，部分神經相關主張標示為依相似性推論。
在神經元中，TRIM3 是細胞骨架相關回收或運輸複合體的組成部分，並可使 gamma-actin 多聚泛素化。來源將此作用與神經可塑性、學習及記憶的調節相連結。TRIM3 也會泛素化突觸後支架蛋白 GKAP；GKAP 參與突觸重塑，因此 TRIM3 對其作用與樹突棘形態調節相關。另有依相似性推論的資料指出，TRIM3 可正向調節微管依賴性運輸蛋白 KIF21B 的運動性。
在細胞週期相關作用中，TRIM3 透過依賴 RING 的 E3 ligase 活性誘導生長停滯，並泛素化 CDKN1A。這些結果將其泛素連接酶活性與細胞生長調節相連，但來源未進一步說明其作用機制的細節。
在先天免疫方面，TRIM3 透過促進 TLR3 的 Lys-63 連結型多聚泛素化，正向調節 TLR3 介導的訊號。接著，TRIM3 促進 ESCRT complexes 對已多聚泛素化 TLR3 的辨識與分選。此處來源支持的是特定訊號及分選過程中的調節作用；不應據此延伸為未載明的其他免疫機制。
Promoter 與基因調控
>TRIM3 ENST00000345851 GRCh38 chr11:6473841-6474941 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATTTTTGGGGCAGGGAAGGTGGTCCTTATATGAGCTGCCACTTAATGGGCCACTGGGGATTTTTCAACAT GAAAGGTACCGAGTCTCCAAATGCTGGTTGTAGGGCCTAAAAACAGGGCTCAACTCCAGGTTCTGCCACT TTCTAGCTGAGTGATGAGGGCTAACGTCTGGGGAGCAAGATCCCTATTTTTTCCCATTGTAAAATTGGGC TAATAAAAGATGCTACCTACTGACTATTAAATAATATATGTAAAGTGGCTAGTTCTGTGTCGGCACATAA TAACCACTCAGTCCCTGTAAACTGTTACAATTATTTTCCACTTGGGGCTGCTTTTTGCACAAGGCGATGA TTCTGAGAATTGTCCAGTGTCTTTGGTGTGAGGAAGGGAGTCGCTGGATGGTCTGAACCAGAATTTCCTC AGGAGGGGGCTCCTGAAGCGCCCAAAGCCTAATCAAATCCCCCACCTTTCTACCCCTTAACTCCTTCTCC CAGAGTTCTGGGTACTGCCCTTCTGCCGCCCAGAGATCGTGCTGAGGTACAGACGGTTTCTACGTCTTCC TGGTCAGCCGATAGACTAGCATATTCCATAGGAGCACTCCAAGGAAGCCGGAAAGGGCGCCTCCAGGAGG CAGGCGGCCCAGACAGGCTCCCAGAGTCCGAAATCCCTGCTGCCCCAGCTGCCTTTTCTTGACGGAGTCT CATCTCAATCCCTGAGACCGACTACACCGCCCTTCCCGGAGCCGGAGGCAGCTGGCGGAGATCCGGGATC CGAGATCCGGGATCCGGCTCGCCGGCCCGCCGGCTCCCTAGCAGCACCAAGGAGGCAGCGTCCGCAGGAG GTGGAGGCGTTGGCGGGGGGGCGTGCGGGTGCGGTAGGGGTGGGCAGGCGGGGTGGGCGGGGCCTCCGCG GCGGCGGGCGGGGCGTGGGTGGGTCTTCCCTACTGGAGTCACCCCCTCCCCCGGCCGGTCCGCAGCCCCG CCCCGGCCCCTCCCTCCGGCCTGTGCGGCTAGTCCGGCGGCGGCGCCGGCGCGGGGACAGGCGGAGGCGC GGGCAGGGCCGGGCGGACGGGCGCTGGCAGCAGTAGCAGCGCCGCGGGCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM3_3 ↗ | 11:6,456,566 | 負股 | 6,456,556–6,456,615 |
| TRIM3_1 ↗ | 11:6,473,903 | 負股 | 6,473,893–6,473,952 |
| TRIM3_2 ↗ | 11:6,477,757 | 負股 | 6,477,747–6,477,806 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR11_B39MX · enhancer · 6468951–6469629 · regulatory
ENSR11_CMC9 · enhancer · 6472846–6473930 · regulatory
ENSR11_B39NN · promoter · 6473931–6474949 · regulatory
ENSR11_53J55N · CTCF_binding_site · 6474308–6474329 · regulatory
ENSR11_B39NZ · enhancer · 6475950–6476907 · regulatory
· motif · 6473606–6473615 · motif
· motif · 6473606–6473615 · motif
· motif · 6474009–6474022 · motif
· motif · 6474024–6474037 · motif
· motif · 6474041–6474054 · motif
· motif · 6474067–6474080 · motif
· motif · 6474077–6474090 · motif
· motif · 6474310–6474326 · motif
· motif · 6475053–6475064 · motif
· motif · 6475674–6475685 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：744 aa
TRIM3 蛋白長 744 個胺基酸，屬於 TRIM/RBCC family。序列含 RING-type zinc finger、B box-type zinc finger、Filamin repeat，以及六個 NHL repeats；另有一段標註為無序區域。來源也將 N 端第 2–290 個胺基酸區域註記為與 KIF21B 互動相關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRIM3 主要位於 Golgi apparatus；受到 dsRNA 刺激後，會轉運至 early endosomes。 來源亦記載其位於細胞質、trans-Golgi network 與樹突，但未提供這些位置隨刺激改變的條件。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, dendrite。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- ASLP04424 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- TRIM2Q9C040 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TRIM21P19474 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2D1P51668 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2E2Q96LR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2IQ7KZS0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2ZQ9H832 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- USP32Q8NFA0-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- repP0DTD1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
TRIM3 可形成同源寡聚體，並與 TRIM2 互動；此互動會降低 TRIM2 活性。TRIM3 也是 CART complex 的組成部分，該複合體至少包含 ACTN4、HGS/HRS、MYO5B 與 TRIM3。來源另記載 TRIM3 與 ZFYVE28/LST2、KIF21B 有互動，並與 MYO5B、ACTN4 相關聯；其中 KIF21B、MYO5B 與 ACTN4 的關聯標註為依相似性推論。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM3 是 E3 ubiquitin ligase，參與神經可塑性、學習與記憶等神經功能，部分主張為依相似性推論；也參與先天免疫及細胞週期調節。它可泛素化 gamma-actin、GKAP、CDKN1A 與 TLR3，並調節 KIF21B 運動性、TLR3 訊號及 ESCRT 對多聚泛素化 TLR3 的辨識與分選。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin ligase that plays essential roles in neuronal functions such as regulation of neuronal plasticity, learning, and memory (By similarity). In addition to its neuronal functions, participates in other biological processes such as innate immunity or cell cycle regulation. Component of the cytoskeleton-associated recycling or transport complex in neurons, polyubiquitinates gamma-actin, thus regulating neuronal plasticity, learning, and memory (By similarity). Ubiquitinates postsynaptic scaffold GKAP, a neuronal substrate involved in synaptic remodeling and thereby modulates dendritic spine morphology (By similarity). Positively regulates motility of microtubule-dependent motor protein KIF21B (By similarity). Induces growth arrest via its RING-dependent E3 ligase activity and ubiquitinates CDKN1A. Positively regulates TLR3-mediated signaling by mediating 'Lys-63'-linked polyubiquitination of TLR3. In turn, promotes the recognition and sorting of polyubiquitinated TLR3 by the ESCRT complexes PMID 15772161 ↗ · PMID 24393003 ↗ · PMID 32878999 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 24393003 ↗ · PMID 36481767 ↗ |
| 交互作用 | TRIM3 可形成同源寡聚體，並與 TRIM2 互動；此互動會降低 TRIM2 活性。TRIM3 是至少由 ACTN4、HGS/HRS、MYO5B 與 TRIM3 組成的 CART complex 成員，也與 ZFYVE28/LST2、KIF21B 互動，並與 MYO5B、ACTN4 相關聯；部分關聯為依相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms homooligomers. Interacts with TRIM2; this interaction reduces TRIM2 activity. Associates with myosin-Vb (MYO5B) and alpha-actinin-4 (ACTN4) (By similarity). Component of the CART complex, at least composed of ACTN4, HGS/HRS, MYO5B and TRIM3. Interacts with ZFYVE28/LST2. Interacts with KIF21B (By similarity) PMID 15772161 ↗ · PMID 19460345 ↗ · PMID 36481767 ↗ |
| 細胞定位 | TRIM3 位於細胞質、early endosome、Golgi apparatus 的 trans-Golgi network，以及樹突細胞突起；其主要位於 Golgi apparatus，受到 dsRNA 刺激後會轉運至 early endosomes。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Early endosome; Golgi apparatus, trans-Golgi network; Cell projection, dendrite; Mainly located in the Golgi apparatus and transported to the early endosomes upon stimulation with dsRNA PMID 36481767 ↗ · PMID 15772161 ↗ · PMID 32878999 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CTGTGCGGCTAGTCCGGCGGCGGCGCCGGCGCGGGGACAG40GCGGAGGCGCGGGCAGGGCCGGGCGGACGGGCGCTGGCAG80CAGTAGCAGCGCCGCGGGCCCTTCAGAGTGGCCGCAGTCC120GAGCTTTGCCCTCGCATCCTGTTCCAACGCGAGGCTGGTG160TGAGTGGCGGGAGCCATCTGTGGGCGCCATGGCAAAGAGG200GAGGACAGCCCTGGCCCAGAGGTCCAGCCAATGGACAAGC240AGTTCCTGGTATGCAGCATCTGCCTGGATCGGTACCAGTG280CCCCAAGGTTCTTCCTTGCCTGCACACCTTCTGTGAGAGA320TGTCTCCAAAACTATATCCCTGCCCAGAGCCTGACGCTAT360CCTGTCCAGTATGCCGGCAGACGTCCATCCTCCCAGAGCA400GGGCGTCTCGGCACTGCAGAACAACTTCTTCATCAGCAGC440CTCATGGAGGCAATGCAGCAGGCACCTGATGGGGCCCACG480ACCCGGAGGACCCCCACCCCCTCAGTGTAGTGGCTGGCCG520CCCTCTCTCCTGCCCCAACCATGAAGGCAAGACGATGGAG560TTTTACTGTGAGGCCTGTGAGACGGCCATGTGTGGTGAGT600GCCGCGCCGGGGAGCATCGTGAGCATGGCACAGTGCTGCT640GAGGGATGTGGTGGAGCAGCACAAGGCGGCCCTGCAGCGC680CAGCTCGAGGCTGTGCGTGGCCGATTGCCACAGCTGTCCG720CAGCAATTGCCTTAGTCGGGGGCATCAGCCAGCAGCTGCA760GGAGCGCAAGGCAGAGGCCCTGGCCCAGATCAGTGCAGCG800TTCGAGGACCTGGAGCAAGCACTGCAGCAGCGCAAGCAGG840CTCTGGTCAGCGACCTGGAGACCATTTGTGGGGCCAAACA880GAAGGTGTTGCAAAGCCAGCTGGACACACTGCGCCAGGGT920CAGGAACACATCGGCAGTAGCTGCAGCTTTGCAGAGCAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。