基因總覽
TRIM25（tripartite motif containing 25）是蛋白質編碼基因，其產物具有 ubiquitin E3 ligase 與 ISG15 E3 ligase 活性。蛋白質長 630 個胺基酸，含有 N 端 RING-type zinc finger，以及位於 C 端的 B30.2/SPRY domain；另有一段被註記為無序區域。這些結構註解描繪了 TRIM25 的分子特徵，而其具體作用與不同受質的修飾方式則見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000316881 ★ | 56,887,909–56,914,049 | 9 |
| ENST00001142469 | 56,887,909–56,914,065 | 9 |
| ENST00000537230 | 56,890,668–56,914,065 | 10 |
| ENST00001114659 | 56,896,042–56,914,065 | 6 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM25 是一種 E3 ligase，可催化受質蛋白的 ubiquitination，也能促進 ISG15 接到蛋白質 lysine 上。其免疫相關功能之一，是修飾病毒辨識受體 RIGI 與 IFIH1；TRIM25 可在 RIGI N 端 CARD-like 區域形成 Lys-63 連結的多聚 ubiquitin，並對 IFIH1 進行同類型修飾。這些作用參與對病毒的先天免疫防禦；來源指出，RIGI 的修飾可能參與導向 interferon 生成的訊號傳遞。
TRIM25 也支持抗病毒蛋白 ZAP/ZC3HAV1 的作用。它對 ZAP/ZC3HAV1 加上 Lys-63 連結的多聚 ubiquitin，這種修飾是 ZAP/ZC3HAV1 最佳化結合標的 mRNA 所需。另一方面，TRIM25 可促進 14-3-3 sigma（SFN）的 ISGylation；SFN 是參與多種訊息傳遞途徑調控的 adapter protein。
除免疫功能外，TRIM25 也參與 estrogen 在不同標的器官中的作用，並可促進 ZFHX3 ubiquitination，接續使其經 proteasome 降解。來源另指出，TRIM25 與 KHDC3L-OOEP scaffold 的交互作用及其對 BLM 的 ubiquitination，可能促進停滯的 replication fork 重新啟動，使 BLM 被招募並保留於 DNA replication forks；此項描述標示為 By similarity。
TRIM25 還會修飾與 stress granule 形成、nonsense-mediated mRNA decay、nucleoside 合成，以及 mRNA 翻譯和穩定性相關的多種受質。此外，它可藉由 ubiquitination 並降解 p62/SQSTM1，參與 autophagy 抑制。這些不同受質顯示 TRIM25 的功能不僅限於病毒防禦，也涵蓋多種細胞調控過程。
Promoter 與基因調控
>TRIM25 ENST00000316881 GRCh38 chr17:56913949-56915049 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCACTCTGTCCCCAAAGCAAACTCCAACTAACTCCTTCCAAAACACCATCCTTCTCTTTGCCACCATCCC CCCTCTTTTGAACACTTCTACTCTCCTGTCCACCCATATGTCCTGCAGTCAAGCCAGAGGAGGGAAAACA GAGCAAAAGAAAATATTAAAGGAAGTAAGTTTAAATCAATAACTTTGAGAAAAATATTTAAGTTCCAATA TTGTGTGTGTGAGTGTGCGCGCGCGCGACAGAGAGAAAGAGAGCGAGCGAGCGAGGGAGAGAGACAGAGA GAGAAGGAGAGAGAAAGCCTTTGTTAAACTGGGTAACTCCAAATCCCAGGAAAGTAGAAATGGGAATTTT TATAAAAGCATGATACATCAGTAGAATGGAAAGAAATCACCAGGTTTAAATTTGAGTGTGTGACTACGGC CTCCAGTCTTCCGGGATTGTATGTCCGCATGTCCGAGTCCGGGAAGAGGAAAGAGGAAGGATTAAAAAAA AGAAAAAAGAAGAAGAAAAAAAGCACTGTGGTTTAACAGTTCCTTTTTATTTTTTTAAAGGTTGGCCCAC AATATAACCAGCGCTGCTAGCGGGGACGGTGGGGACACCTCTGGTCTCAGATGAGTGCTGGGAAGGAGGG GACTTGCTCCGAGCGCAAGTTTGTGCGGAAGCGCGGCTGGACCTGGGCTCTGAATCCGGGGGTCCGGGGT TCTGCACCCAGGCGTCAGCTTCCTCATCCGCAGAGTGGCCCCCAGAAGCCTCCGGGTGGTCGCGAGGATG CTCTAAATCCCGGGGGCTAAGGCCGAGCCCGGCGTCCCGCGCCCAGCCCGCGGGAGCTCTTGGGGATCGG AGCGCGGCCGACCTTCGCCAGCTCATGGGCGACTGGGACTGCGGTGCCCGCAGGCTCCCGGGAGTACCTC GCGAGGCCCGCCCAGTCCTCGCCGCCCGCCCCCCCGCACCCCACGTGACTTCCTGACGGCTTCAGGGACT GCTCCTCTCGAGCTAGGTTTCGTTTCCTCGGCGGCCTCGGAGCGCGGGTGCAGCAGTTGTGTCCCGACCC CTGGGAGCGCCATGGCAGAGCTGTGCCCCCTGGCCGAGGAGCTGTCGTGCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM25_1 ↗ | 17:56,914,048 | 負股 | 56,914,038–56,914,097 |
| TRIM25_2 ↗ | 17:56,915,450 | 負股 | 56,915,440–56,915,499 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_BF9XJ · enhancer · 56910073–56910598 · regulatory
ENSR17_9SKW8 · enhancer · 56910715–56910976 · regulatory
ENSR17_83N6TD · promoter · 56914022–56914149 · regulatory
ENSR17_D4S8K · enhancer · 56914150–56916348 · regulatory
ENSR17_9SKZN · enhancer · 56918990–56919359 · regulatory
· motif · 56910373–56910395 · motif
· motif · 56910378–56910390 · motif
· motif · 56910381–56910388 · motif
· motif · 56910397–56910410 · motif
· motif · 56910428–56910434 · motif
· motif · 56910438–56910453 · motif
· motif · 56912094–56912107 · motif
· motif · 56913361–56913374 · motif
· motif · 56913594–56913603 · motif
· motif · 56914387–56914398 · motif
· motif · 56914510–56914523 · motif
· motif · 56914526–56914534 · motif
· motif · 56914543–56914556 · motif
· motif · 56914569–56914582 · motif
· motif · 56914613–56914624 · motif
· motif · 56915307–56915318 · motif
· motif · 56915544–56915559 · motif
· motif · 56915545–56915559 · motif
· motif · 56915575–56915597 · motif
· motif · 56915575–56915597 · motif
· motif · 56915849–56915859 · motif
· motif · 56915885–56915898 · motif
TRIM25 的調控資料指出其受 interferons 調節；來源未進一步說明調控方向或具體條件。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：630 aa
TRIM25 長 630 個胺基酸。其 RING-type zinc finger 位於第 13–54 位胺基酸，B30.2/SPRY domain 位於第 439–630 位；第 355–403 位被註記為無序區域。第 180–450 位另標示為與 influenza A virus NS1 交互作用的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRIM25 被記錄於細胞質、stress granule 與細胞核。 來源未提供不同定位之間的轉換條件或異構型差異；另有病毒蛋白促使其重新分布至特定細胞質點狀結構的描述，詳見交互作用資料。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- G3BP1Q13283 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RIGIO95786 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- NK9N4V7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NP0DTC9 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- NSP03496 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NSSA0A0B5AC19 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
TRIM25 可形成同源二聚體，並透過 SPRY domain 與 RIGI 的 CARD domain 交互作用；也與 ZFHX3、YWHAE、RTN3 及 NLRP12 有交互作用。NLRP12 與 RTN3 的交互作用分別降低 TRIM25 介導的 RIGI 活化或 RIGI ubiquitination。TRIM25 也與 KHDC3L/FILIA-OOEP/FLOPED scaffold complex 及 DNA replication forks 上的 BLM 有關聯。病毒蛋白可與 TRIM25 交互作用並抑制其多聚化、RIGI ubiquitination 或下游訊號；另有 vaccinia virus protein C16 促進 TRIM25 ubiquitination 並使其重新分布的描述。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 15 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM25 具有 ubiquitin E3 ligase 與 ISG15 E3 ligase 活性，參與 RIGI、IFIH1 及 ZAP/ZC3HAV1 的修飾與病毒先天免疫防禦，也影響 SFN 的 ISGylation、estrogen 作用、ZFHX3 降解、複製叉重啟，以及多種 RNA 調控和 autophagy 過程；複製叉作用標示為 By similarity。 | 含實驗來源 | 證據與來源Functions as a ubiquitin E3 ligase and as an ISG15 E3 ligase. Involved in innate immune defense against viruses by mediating ubiquitination of RIGI and IFIH1. Mediates 'Lys-63'-linked polyubiquitination of the RIGI N-terminal CARD-like region and may play a role in signal transduction that leads to the production of interferons in response to viral infection. Mediates 'Lys-63'-linked polyubiquitination of IFIH1. Promotes ISGylation of 14-3-3 sigma (SFN), an adapter protein implicated in the regulation of a large spectrum signaling pathway. Mediates estrogen action in various target organs. Mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of ZFHX3. Plays a role in promoting the restart of stalled replication forks via interaction with the KHDC3L-OOEP scaffold and subsequent ubiquitination of BLM, resulting in the recruitment and retainment of BLM at DNA replication forks (By similarity). Plays an essential role in the antiviral activity of ZAP/ZC3HAV1; an antiviral protein which inhibits the replication of certain viruses. Mechanistically, mediates 'Lys-63'-linked polyubiquitination of ZAP/ZC3HAV1 that is required for its optimal binding to target mRNA. Also mediates the ubiquitination of various substrates implicated in stress granule formation, nonsense-mediated mRNA decay, nucleoside synthesis and mRNA translation and stability. Participates in autophagy suppression by ubiquitinating and degrading p62/SQSTM1 PMID 16352599 ↗ · PMID 17069755 ↗ · PMID 17392790 ↗ · PMID 22452784 ↗ · PMID 23950712 ↗ · PMID 29357390 ↗ · PMID 30193849 ↗ · PMID 31710640 ↗ · PMID 33849980 ↗ · PMID 36045682 ↗ · PMID 36067236 ↗ · PMID 40542578 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 17392790 ↗ · PMID 27425606 ↗ · PMID 28202764 ↗ · PMID 36067236 ↗ · PMID 40542578 ↗ |
| 分子活性 | ATP + [ISG15] + [protein]-lysine = AMP + diphosphate + [protein]-N-ISGyllysine. | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | TRIM25 的功能分類包含蛋白質修飾，具體列出的修飾類型為蛋白質 ubiquitination；此項分類未額外提供特定受質、細胞情境或作用結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | TRIM25 可形成同源二聚體，並透過 SPRY domain 與 RIGI 的 CARD domain 交互作用；也與 ZFHX3、NLRP12、RTN3、YWHAE，以及 KHDC3L/FILIA-OOEP/FLOPED scaffold complex 和 BLM 有關。NLRP12 與 RTN3 的交互作用可降低 RIGI 活化或 ubiquitination。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms homodimers. Interacts (via SPRY domain) with RIGI (via CARD domain). Interacts with ZFHX3. Interacts with NLRP12; this interaction reduces the E3 ubiquitin ligase TRIM25-mediated 'Lys-63'-linked RIGI activation. Interacts with the KHDC3L/FILIA-OOEP/FLOPED scaffold complex and BLM at DNA replication forks (By similarity). Interacts with RTN3; this interaction prevents RIGI ubiquitination. Interacts with YWHAE PMID 17392790 ↗ · PMID 22452784 ↗ · PMID 22607805 ↗ · PMID 23950712 ↗ · PMID 27425606 ↗ · PMID 29357390 ↗ · PMID 30902577 ↗ · PMID 31710640 ↗ · PMID 34313226 ↗ |
| 交互作用 | 感染 influenza A virus 時，其 NS1 protein 可透過 coiled coil 與 TRIM25 交互作用。此交互作用特異性抑制 TRIM25 多聚化及其對 RIGI CARD 的 ubiquitination，進而抑制 RIGI 訊號傳遞。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via coiled coil) with influenza A virus NS1 protein; this interaction specifically inhibits TRIM25 multimerization and TRIM25-mediated RIGI CARD ubiquitination, thereby suppressing RIGI signal transduction PMID 19454348 ↗ |
| 交互作用 | 感染 human respiratory syncytial virus（HRSV）時，病毒 non-structural protein 1 可透過 SPRY domain 與 TRIM25 交互作用，抑制 RIGI ubiquitination，並使 RIGI 與 MAVS 的交互作用降低。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts (via SPRY domain) with human respiratory syncytial virus (HRSV) non-structural protein 1; this interaction suppresses RIGI ubiquitination and results in decreased interaction between RIGI and MAVS PMID 30558248 ↗ |
| 交互作用 | JC virus small t antigen 可與 TRIM25 交互作用；此交互作用抑制 RIGI ubiquitination，並因而抑制 RIGI 訊號傳遞。來源未進一步提供此作用的其他條件或分子步驟。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with JC virus small t antigen; this interaction suppresses RIGI ubiquitination thereby suppressing RIGI signal transduction PMID 33849980 ↗ |
| 交互作用 | Sendai virus、Nipah virus、Measles virus 與 Parainfluenza virus 5 的 protein V 可與 TRIM25 交互作用，抑制 TRIM25 介導的 RIG-I ubiquitination，並阻止下游 RIG-I 訊號傳遞，進而抑制 IFN responses。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with paramyxoviruses (Sendai virus, Nipah virus, Measles virus and Parainfluenza virus 5) protein V; this interaction inhibits TRIM25-mediated ubiquitination of RIG-I and prevents downstream RIG-I signaling thereby inhibiting the IFN responses PMID 29321315 ↗ |
| 交互作用 | 感染 Severe fever with thrombocytopenia virus（SFTSV）時，NSs 可與 TRIM25 交互作用，並將 TRIM25 集中至 NSs 誘導的細胞質包涵體中；此作用會抑制 IFN responses。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Severe fever with thrombocytopenia virus (SFTSV) NSs; this interaction this interaction sequesters TRIM25 in NSs-induced cytoplasmic inclusion bodies thereby inhibiting the IFN responses PMID 24478431 ↗ |
| 交互作用 | Epstein-Barr virus protein BPLF1 與 YWHAZ 可和 TRIM25 發生交互作用；來源將此關係連結至 type-I IFN response 的抑制，但未進一步描述作用步驟或其他條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Epstein-Barr virus protein BPLF1 and YWHAZ; leading to inhibition of the type-I IFN response PMID 29357390 ↗ · PMID 31710640 ↗ |
| 交互作用 | human metapneumovirus protein M2-2 可與 TRIM25 交互作用，抑制 RIGI ubiquitination，並因此抑制 RIGI 訊號傳遞。來源未提供此作用的其他實驗條件或分子細節。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with human metapneumovirus protein M2-2; this interaction suppresses RIGI ubiquitination thereby suppressing RIGI signal transduction PMID 36045682 ↗ |
| 交互作用 | vaccinia virus protein C16 可與 TRIM25 交互作用，促進 TRIM25 ubiquitination，並使 TRIM25 重新定位至特定的細胞質點狀結構；來源未進一步描述此定位變化的下游結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with vaccinia virus protein C16; this interaction promotes TRIM25 ubiquitination and relocalization to specific cytoplasmic punctate structures PMID 40719442 ↗ |
| 細胞定位 | TRIM25 的定位記錄包括細胞質、細胞質中的 stress granule，以及細胞核。此資料未提供定位改變的條件或異構型差異，也未說明各處定位的相對比例。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Cytoplasm, Stress granule; Nucleus PMID 17392790 ↗ · PMID 40542578 ↗ · PMID 40719442 ↗ · PMID 23950712 ↗ |
| 調控 | TRIM25 的調控與 interferons 有關。來源僅指出此調控因子，未說明 interferons 使 TRIM25 表現或活性增加或降低，也未提供調控發生的細胞條件。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CGTTTCCTCGGCGGCCTCGGAGCGCGGGTGCAGCAGTTGT40GTCCCGACCCCTGGGAGCGCCATGGCAGAGCTGTGCCCCC80TGGCCGAGGAGCTGTCGTGCTCCATCTGCCTGGAGCCCTT120CAAGGAGCCGGTCACCACTCCGTGCGGCCACAACTTCTGC160GGGTCGTGCCTGAATGAGACGTGGGCAGTCCAGGGCTCGC200CATACCTGTGCCCGCAGTGCCGCGCCGTCTACCAGGCGCG240ACCGCAGCTGCACAAGAACACGGTGCTGTGCAACGTGGTG280GAGCAGTTCCTGCAGGCCGACCTGGCCCGGGAGCCACCCG320CCGACGTCTGGACGCCGCCCGCCCGCGCCTCTGCACCCAG360CCCGAATGCCCAGGTGGCCTGCGACCACTGCCTGAAGGAG400GCCGCCGTGAAGACGTGCTTGGTGTGCATGGCCTCCTTCT440GTCAGGAGCACCTGCAGCCGCACTTCGACAGCCCCGCCTT480CCAGGACCACCCGCTGCAGCCGCCCGTTCGCGACCTGTTG520CGCCGCAAATGTTCCCAGCACAATCGGCTGCGGGAATTTT560TCTGCCCCGAGCACAGCGAGTGCATCTGCCACATCTGCCT600GGTGGAGCATAAGACCTGCTCTCCCGCGTCCCTGAGCCAG640GCCAGCGCCGACCTGGAGGCCACCCTGAGGCACAAACTAA680CTGTCATGTACAGTCAGATCAACGGGGCGTCGAGAGCACT720GGATGATGTGAGAAACAGGCAGCAGGATGTGCGGATGACT760GCAAACAGAAAGGTGGAGCAGCTACAACAAGAATACACGG800AAATGAAGGCTCTCTTGGACGCCTCAGAGACCACCTCGAC840AAGGAAGATAAAGGAAGAGGAGAAGAGGGTCAACAGCAAG880TTTGACACCATTTATCAGATTCTCCTCAAGAAGAAGAGTG920AGATCCAGACCTTGAAGGAGGAGATTGAACAGAGCCTGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。