基因總覽
TRIM24（tripartite motif containing 24）是蛋白質編碼基因，產物屬於 tripartite motif 蛋白質。這種蛋白質具有轉錄共活化因子的角色，可與多種核受體及其他共活化因子互動，調節標的基因的轉錄；也具有 E3 ubiquitin ligase 活性。蛋白質序列包含 RING-type、兩個 B box-type 與 PHD-type zinc finger，以及 bromo domain，並有多段預測為無序的區域。這些結構特徵構成其參與分子辨識與轉錄調控的基礎；其具體作用方式見下文。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000343526 ★ | 138,460,259–138,589,996 | 19 |
| ENST00000415680 | 138,460,193–138,590,023 | 19 |
| ENST00000883777 | 138,460,193–138,590,023 | 19 |
| ENST00000883778 | 138,460,193–138,590,023 | 20 |
| ENST00000883779 | 138,460,193–138,590,023 | 18 |
| ENST00000883780 | 138,460,193–138,590,023 | 11 |
| ENST00000883781 | 138,460,193–138,590,023 | 20 |
| ENST00000883782 | 138,460,193–138,590,023 | 18 |
| ENST00000883783 | 138,460,193–138,590,023 | 19 |
| ENST00000883784 | 138,460,193–138,590,023 | 17 |
| ENST00000921874 | 138,460,193–138,590,023 | 19 |
| ENST00000921875 | 138,460,193–138,590,023 | 20 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM24 可作為轉錄共活化因子，與多種核受體及共活化因子互動，調節標的基因轉錄。它能增強配體依賴的 AR、GCR/NR3C1、甲狀腺素受體（TR）及 ESR1 轉錄活化，也會調節視黃酸（RA）受體（包括 RARA）的轉錄活化。依相似性推定，TRIM24 亦參與調節肝細胞中依賴視黃酸的增殖。
TRIM24 與染色質的互動受到 histone H3 修飾狀態影響；對 Lys-4 未修飾（H3K4me0）且 Lys-23 乙醯化（H3K23ac）的 histone H3 親和力最高。它也具有 E3 protein-ubiquitin ligase 活性，可參與受質蛋白質的 ubiquitination。
在 DNA 損傷反應中，TRIM24 與 TP53 形成自我調節回饋：損傷早期，ATM kinase 磷酸化 TRIM24，促使其 ubiquitination 並降解；DNA 修復達一定程度後，TP53 促進 TRIM24 轉錄，之後 TRIM24 介導 TP53 的 ubiquitination 與降解。TRIM24 至少部分透過影響 p53/TP53 水平，參與細胞增殖與凋亡的調節。
在先天免疫中，TRIM24 介導 TRAF3 特定的 Lys-63-linked ubiquitination，進而促進 type I IFN pathway 下游訊息傳遞。此外，它可能藉由 ubiquitination NLRP3，負向調節 NLRP3/CASP1/IL-1beta 介導的 pyroptosis 與細胞遷移。
Promoter 與基因調控
>TRIM24 ENST00000343526 GRCh38 chr7:138459259-138460359 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTACGTGTTACAAAATCTTGTTTCCTTCATTCCGTTTCTATTCTTCAAGTTCCTTAAAAGCTGCGCCATT TTTTGAGTGAAAAATGTGCGTAACTTCTGATATCAGCGTAGAGAGGTGAGGGAGGGAGGGAGGGAATAAA ATAAGAGGGAGGGAGGAAATACAAAAGAATCCTGAAGTTATGAATTATTTGGGTAACAGTATTGAGGTTT ATTTTTGCTTAATGATGCTATATTTATGCAATAAAAACATTTGTCAATCTGTATTAATTCCTGGGAAAAC GAACCACTTTTAGTCACTTAAAAAGCAAATCACTGACTTTAAAAATTAATTTCACCTTTTTCATTGGGGA AACCCTTTAAAAATTTCCAACTTGCACGAGAACTTCCCCCCCTTATTCTTCATACTCATTCATTCTAGAG ATGAGTAAAATTAGGTTGCAATATCCCTGCTGCCTCCAGAGTACCTCTTTCACACAGTATTTTAAAAAAT TATTTCCTTGTTTGCTCTTCAGTACCTCCACTCCTTCCTCCTGTGACCCTCCGACCATATTTACTCCTCC TACAAGACCAGGTCTCCAGTAATGAAATCAGTTTTCCAAGCAGTTACTTAATTAACGGCATTGAGTAGAC AAGTGAGGTCCCGCCCCCTAGGAGGAGCTAACACCGCGGACCGAATCAGGCGGATGGTCGTTAACAAATG AACCCTTAATCTTTTCAGAGGAGGAAACATACACAAAGGCCCAATCAGAAGCCGCGATTTCAGGCGTCCG GAGGGGGCGGGGCTGGGCAAGCACCTCCCACTTCCCAACCTCCCGCCGCGGCCGACGGAGCCTCGCGGGC TCCAACAGGTCCCGCCCCCTCGCCAGGCGCGGCCGCTATTGGGCGGCGCGCTCCACACCGAAGCCTCAGT TGCTGGGAGAGGGAGGGCGGGGGCGGGGGCGGGGCCTGAGGTGGGCCAGGGGGATGAAGAGAAAGGCGGG GAGGCAAGGGCGGGCTGGGCGTATTCCACGAGCGCCTCGGCGGTTGGCGAAGCGGACGGGGTGCAGCCTC CCCGGTGCGAGGAACGGTCTCCGCTGACAGATACCCTCCTTCCGGCCGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM24_2 ↗ | 7:138,460,259 | 正股 | 138,460,210–138,460,269 |
| TRIM24_1 ↗ | 7:138,460,361 | 正股 | 138,460,312–138,460,371 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_B32GWN · enhancer · 138458642–138459187 · regulatory
ENSR7_942XSK · enhancer · 138459520–138459982 · regulatory
ENSR7_942XSP · promoter · 138459983–138460445 · regulatory
ENSR7_537KBKZ · CTCF_binding_site · 138460950–138460971 · regulatory
ENSR7_942XT9 · enhancer · 138461853–138462342 · regulatory
· motif · 138455797–138455810 · motif
· motif · 138458989–138458999 · motif
· motif · 138459109–138459119 · motif
· motif · 138459896–138459906 · motif
· motif · 138459919–138459934 · motif
· motif · 138460031–138460041 · motif
· motif · 138460049–138460059 · motif
· motif · 138460107–138460117 · motif
· motif · 138460109–138460122 · motif
· motif · 138460181–138460191 · motif
· motif · 138460182–138460195 · motif
· motif · 138460187–138460197 · motif
· motif · 138460188–138460201 · motif
· motif · 138460193–138460203 · motif
· motif · 138460345–138460354 · motif
· motif · 138460404–138460424 · motif
· motif · 138460487–138460500 · motif
· motif · 138460952–138460968 · motif
· motif · 138461074–138461089 · motif
· motif · 138461430–138461436 · motif
· motif · 138461665–138461678 · motif
· motif · 138464633–138464645 · motif
· motif · 138464796–138464808 · motif
在部分乳癌病例中，TRIM24 表現量上升；此外，DNA 損傷活化的 TP53 會誘導其表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1050 aa
TRIM24 蛋白質長 1,050 個胺基酸，含有 RING-type zinc finger、兩個 B box-type zinc finger、PHD-type zinc finger 與 bromo domain。序列另有多段註記為無序區，並包含 nuclear localization signal、nuclear receptor binding site（NRBS），以及與特定 histone H3 修飾狀態互動的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRIM24 主要位於細胞核，並與活躍轉錄位點共定位，也會聚集至 DNA 損傷位置。 在抗病毒免疫相關情境中，它可由細胞核移至粒線體。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ESR1P03372 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM33Q9UPN9 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
TRIM24 與多種蛋白質互動，包括 CARM1、NCOA2/GRIP1、PML、KAT5/TIP60、BRD7、CBX1、CBX3、CBX5、NR3C2/MCR、AR、TP53 與 TRIM16；依相似性資料，它也與 NCOA2、CARM1 組成共活化複合體。TRIM24 與 DNA 結合的 estrogen receptors 互動需要 estradiol。它透過 bromo domain 辨識 histone H3 的特定修飾：可結合 H3K4me0，不能結合 H3K4me1、H3K4me2 或 H3K4me3；對 H3K23ac 亦有互動。對 H3K9me、H3K9ac/H3K14ac 及 H3K27ac 的親和力則很低（體外）。
疾病與遺傳關聯
在 papillary thyroid carcinomas（PTCs）中曾發現涉及 TRIM24/TIF1 的染色體異常：t(7;10)(q32;q11) 與 RET 發生易位，形成 TRIM24/RET（PTC6）致癌基因。這項資料描述的是腫瘤中的染色體易位及其產物，並未提供其他疾病關聯或風險證據。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM24 是轉錄共活化因子，可與多種核受體及共活化因子互動，依 histone H3 修飾狀態結合染色質，並具有 E3 ubiquitin ligase 活性。DNA 損傷反應中，它與 TP53 形成回饋調節；也參與核受體轉錄、細胞增殖與凋亡、先天免疫，以及可能的 NLRP3 相關調控。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional coactivator that interacts with numerous nuclear receptors and coactivators and modulates the transcription of target genes. Interacts with chromatin depending on histone H3 modifications, having the highest affinity for histone H3 that is both unmodified at 'Lys-4' (H3K4me0) and acetylated at 'Lys-23' (H3K23ac). Has E3 protein-ubiquitin ligase activity. During the DNA damage response, participates in an autoregulatory feedback loop with TP53. Early in response to DNA damage, ATM kinase phosphorylates TRIM24 leading to its ubiquitination and degradation. After sufficient DNA repair has occurred, TP53 activates TRIM24 transcription, ultimately leading to TRIM24-mediated TP53 ubiquitination and degradation. Plays a role in the regulation of cell proliferation and apoptosis, at least in part via its effects on p53/TP53 levels. Up-regulates ligand-dependent transcription activation by AR, GCR/NR3C1, thyroid hormone receptor (TR) and ESR1. Modulates transcription activation by retinoic acid (RA) receptors, including RARA. Plays a role in regulating retinoic acid-dependent proliferation of hepatocytes (By similarity). Also participates in innate immunity by mediating the specific 'Lys-63'-linked ubiquitination of TRAF3 leading to activation of downstream signal transduction of the type I IFN pathway. Additionally, negatively regulates NLRP3/CASP1/IL-1beta-mediated pyroptosis and cell migration probably by ubiquitinating NLRP3 PMID 16322096 ↗ · PMID 19556538 ↗ · PMID 21164480 ↗ · PMID 24820418 ↗ · PMID 32324863 ↗ · PMID 33724611 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 24820418 ↗ · PMID 32324863 ↗ |
| 分子活性 | TRIM24 的分子活性包括蛋白質修飾，具體類別為蛋白質 ubiquitination；此項敘述未進一步指出特定受質、細胞情境或下游結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | TRIM24 與多種共活化因子、核受體及其他蛋白質互動，並依相似性資料參與含 NCOA2 與 CARM1 的共活化複合體。它與 DNA 結合的 estrogen receptors 互動須有 estradiol；其對 histone H3 的結合則依 Lys-4、Lys-9、Lys-14、Lys-23 或 Lys-27 的修飾而異，相關低親和力資料為體外觀察。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with CARM1, NCOA2/GRIP1, PML, KAT5/TIP60, BRD7, CBX1, CBX3 and CBX5. Part of a coactivator complex containing TRIM24, NCOA2 and CARM1 (By similarity). Interacts with NR3C2/MCR. Interacts with the ligand-binding domain of estrogen receptors (in vitro). Interaction with DNA-bound estrogen receptors requires the presence of estradiol. Interacts with AR and p53/TP53. Interacts (via bromo domain) with histone H3 (via N-terminus), provided that it is not methylated at 'Lys-4' (H3K4me0). Does not interact with histone H3 that is methylated at 'Lys-4' (H3K4me1, H3K4me2 or H3K4me3). Interacts (via bromo domain) with histone H3 (via N-terminus) that is acetylated at 'Lys-23' (H3K23ac). Has the highest affinity for histone H3 that is both unmodified at 'Lys-4' (H3K4me0) and acetylated at 'Lys-23' (H3K23ac). Has very low affinity for histone H3 that is methylated at 'Lys-9' (H3K9me), or acetylated at both 'Lys-9' (H3K9ac) and 'Lys-14' (H3K14ac), or acetylated at 'Lys-27' (H3K27ac) (in vitro). Interacts with TRIM16 PMID 10935545 ↗ · PMID 19556538 ↗ · PMID 19909775 ↗ · PMID 21164480 ↗ · PMID 22629402 ↗ · PMID 9115274 ↗ |
| 細胞定位 | TRIM24 主要位於細胞核，並與活躍轉錄位點共定位，也可到達 DNA 損傷位置。在抗病毒免疫相關情境下，它會由細胞核移至粒線體；來源未提供其他異構型差異或定位改變條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Mitochondrion; Colocalizes with sites of active transcription. Predominantly nuclear. Translocated from nucleus to mitochondria to mediate antiviral immunity. Localizes to sites of DNA damage PMID 21164480 ↗ · PMID 25593309 ↗ · PMID 32324863 ↗ |
| 調控 | TRIM24 表現量在部分乳癌病例中上升；此外，DNA 損傷活化的 TP53 可誘導 TRIM24 表現。來源未進一步說明乳癌中的表現變化是否適用於所有病例，亦未提供其他調控因子。 | 含實驗來源 | 證據與來源Up-regulated in some cases of breast cancer. Expression is induced by damage-activated TP53 PMID 21164480 ↗ · PMID 24820418 ↗ |
| 疾病關聯 | papillary thyroid carcinomas（PTCs）中曾發現涉及 TRIM24/TIF1 的染色體異常，具體為 t(7;10)(q32;q11) 與 RET 易位，並形成 TRIM24/RET（PTC6）致癌基因。此紀錄描述的是腫瘤中的染色體變化及融合基因，未陳述其他疾病或因果證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving TRIM24/TIF1 is found in papillary thyroid carcinomas (PTCs). Translocation t(7;10)(q32;q11) with RET. The translocation generates the TRIM24/RET (PTC6) oncogene PMID 10439047 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTATTCCACGAGCGCCTCGGCGGTTGGCGAAGCGGACGGG40GTGCAGCCTCCCCGGTGCGAGGAACGGTCTCCGCTGACAG80ATACCCTCCTTCCGGCCGCGCCACTCGGGAGGCGGATCCC120GTGGGCCTGAGGAGGCTTCCCCCGCCCGGTTTGCTTTCCC160TCCCTCGCTGGCGCTGCCGCGAGTCCACCGAGCGGCCTCT200GAGGAGCAGCCGCAGGAGGAGGAGGAGGTCGTCGGGGGCG240GCGGGCGGAGACCGCGCTCTCGCTTCCCCGGCGGCGGCAA280GGGCAGGACAATGGAGGTGGCGGTGGAGAAGGCGGTGGCG320GCGGCGGCAGCGGCCTCGGCTGCGGCCTCCGGGGGGCCCT360CGGCGGCGCCGAGCGGGGAGAACGAGGCCGAGAGTCGGCA400GGGCCCGGACTCGGAGCGCGGCGGCGAGGCGGCCCGGCTC440AACCTGTTGGACACTTGCGCCGTGTGCCACCAGAACATCC480AGAGCCGGGCGCCCAAGCTGCTGCCCTGCCTGCACTCTTT520CTGCCAGCGCTGCCTGCCCGCGCCCCAGCGCTACCTCATG560CTGCCCGCGCCCATGCTGGGCTCGGCCGAGACCCCGCCAC600CCGTCCCTGCCCCCGGCTCGCCGGTCAGCGGCTCGTCGCC640GTTCGCCACCCAAGTTGGAGTCATTCGTTGCCCAGTTTGC680AGCCAAGAATGTGCAGAGAGACACATCATAGATAACTTTT720TTGTGAAGGACACTACTGAGGTTCCCAGCAGTACAGTAGA760AAAGTCAAATCAGGTATGTACAAGCTGTGAGGACAACGCA800GAAGCCAATGGGTTTTGTGTAGAGTGTGTTGAATGGCTCT840GCAAGACGTGTATCAGAGCTCATCAGAGGGTAAAGTTCAC880AAAAGACCACACTGTCAGACAGAAAGAGGAAGTATCTCCA920GAGGCAGTTGGTGTCACCAGCCAGCGACCAGTGTTTTGTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。