基因總覽
TRIM17（tripartite motif containing 17）是蛋白質編碼基因，產物屬於 TRIM/RBCC 家族，具有 E3 ubiquitin ligase 功能。來源指出，它與神經元凋亡、自噬及細胞增殖的調節有關；其分子作用涉及蛋白質 ubiquitination。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000366698 ★ | 228,407,935–228,416,861 | 7 |
| ENST00000366697 | 228,406,860–228,416,645 | 6 |
| ENST00000295033 | 228,406,860–228,416,888 | 7 |
| ENST00000882179 | 228,406,860–228,416,902 | 7 |
| ENST00000882180 | 228,406,860–228,416,902 | 7 |
| ENST00001142497 | 228,406,860–228,416,888 | 7 |
| ENST00000456946 | 228,408,700–228,416,902 | 6 |
| ENST00000479800 | 228,409,172–228,416,653 | 6 |
| ENST00000355586 | 228,413,796–228,416,627 | 3 |
| ENST00000457345 | 228,414,900–228,416,861 | 2 |
| ENST00000520264 | 228,414,921–228,416,652 | 2 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRIM17 是 E3 ubiquitin ligase，可促進受體蛋白的 ubiquitination，並參與神經元凋亡、自噬與細胞增殖調節。它促使著絲點蛋白 ZWINT 以依賴 proteasome 的方式降解，進而負向調節細胞增殖。
在自噬方面，TRIM17 一方面抑制多種已知目標的自噬降解，另一方面也參與 midbody 的自噬。其自噬抑制作用涉及 MCL1；TRIM17 可使 MCL1 與自噬調節因子 BECN1 組成複合體。來源並指出，TRIM17 透過促進 MCL1 的 ubiquitination 與降解來調控神經元凋亡，並以此啟動神經元死亡。
TRIM17 也可藉由阻止 NFATC3 與 NFATC4 進入細胞核，抑制這些轉錄因子的轉錄活性。另依序列相似性推定的資料，TRIM17 會降低 TRIM41 介導的 ZSCAN2 降解，從而刺激神經元細胞中的 alpha-synuclein/SNCA 轉錄。
此外，TRIM17 可抑制 TRIM28 的 E3 ubiquitin ligase 活性及其與抗凋亡蛋白 BCL2A1 的交互作用，使 TRIM28 無法對 BCL2A1 進行 ubiquitination。這些作用顯示 TRIM17 可透過調節蛋白質降解、自噬及轉錄因子定位，參與多種細胞過程。
Promoter 與基因調控
>TRIM17 ENST00000366698 GRCh38 chr1:228416761-228417861 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCCAGCAAAATCCCACCAAAACCTAGATGGCGACCAGAATAACCTCTGGTTATCATGACTGCTCATTATA TGCTAATTTTAATACGTTAGCATGCTATGAGATACCCTCACCAGTGCCACAACAGTTTACAGATGCCAAG ACAAGGTCACAGTTACCCTATATGGTCTAAGAAGGGGAGGAGCCCTCAGTTTCTGGAATTGCCCTTCCTT TTCTGGGAAACTCATGAATACCCCACCCCTTATTTAGCATATAATCAGTAAATAGCCATAAAAATGGGCA ACCTGTAGCCCTGGGGGCTGGTCTGCCCATGGAGTAGCCACTCTTTATTCCTTTACTTTCTTAATAAACT TGCTTTCACTTTACTCTATGGATTTGCCCCGAATTCTTTCTTGCCCAAGATCCAAAACCCTCTCTTGGGG TCTGGATCAGGACCTGTTTCTGGTAACAAAACCACCTGGGGTGTCGGCAAGACCCACCCCGTCCCGCCTG GTTCTAGGGGACCTGACCTGCCAGGTGGTCCCTCCAAACTGGTCCGCCCACAGGATTGGGACGCCCCTCC CTGTACCCTCAGCCTGATGCTGACTGCCAACCATGTGGGCAGACCTGGCGGCTGACTGGCTGCTCCTGGG GACCCCCTTCATAGCTTCTCAACAGGCACTCGCTCCTGCTGCCTCGCCCCCACCCCAGCCCACACAAACT CCTCTCCATCCCCTACCCCGACCAACTTAGCCCCTCACCTAACCCTCCAGCCTGGGGCTCGCGTGCCCTC CCGCAGCCCCAACCCCAGGTTGAGAAGCCTCTTCCAATCCCACTCCCCCCACCCTGACGCTCGCCTGCCC GCCCCTAGCCCCACCAGCTGTCCCCATTCCACTCCCCACCCCCAAGTAACCCCCCAACTCCCCACCCTCC ACACTCCCTTAACCTCCCCTAAAAGTCCCACCCCAGGCCAACAAGACTCCTCCCTTCGCTGGGCTGTGGA CCACATCCTCCCCACCGCCCAGTCAGCACCCGCTGCGCCTGTCCCCGGCTCGTCCAGAGCCTTCCACCCC CTGCCGCCTTCCTTCCCCAAGCCACCCCCAACCTCTCCTAAGAGGCGCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TRIM17_1 ↗ | 1:228,416,702 | 負股 | 228,416,692–228,416,751 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_88PBQ6 · enhancer · 228415862–228416018 · regulatory
ENSR1_95CMTN · promoter · 228416019–228416519 · regulatory
ENSR1_95CMTS · promoter · 228416654–228416992 · regulatory
ENSR1_B3NBXK · enhancer · 228417643–228418190 · regulatory
ENSR1_95CMX5 · enhancer · 228421138–228421450 · regulatory
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：477 aa
TRIM17 蛋白長 477 個胺基酸，屬於 TRIM/RBCC 家族。其序列包含位於第 16–66 位的 RING-type zinc finger、第 94–135 位的 B box-type zinc finger，以及第 277–475 位的 B30.2/SPRY domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TRIM17 的定位資料列出細胞質與 lysosome；來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- HGSO14964 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM39Q9HCM9 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- TRIM41Q8WV44 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
TRIM17 透過 coiled coil 與 TRIM44 的 coiled coil 區域交互作用。它也與 TRIM28、TRIM41、BECN1、NFATC3 及 NFATC4 交互作用；其中與 TRIM28 的交互作用會抑制其對 BCL2A1 的作用，與 TRIM41 的交互作用則會抑制其對 ZSCAN2 的作用。TRIM17 與 NFATC3、NFATC4 的交互作用會阻止兩者進入細胞核。來源另指出 TRIM17 可與 BECN1 及 MCL1 組成複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRIM17 是 E3 ubiquitin ligase，參與神經元凋亡、自噬與細胞增殖調節。它促進 ZWINT 的 proteasome 依賴性降解，負向調節細胞增殖；抑制多種目標的自噬降解，並參與 midbody 自噬。其作用涉及 MCL1 與 BECN1，且可藉由 MCL1 的 ubiquitination 和降解啟動神經元死亡。TRIM17 也會阻止 NFATC3、NFATC4 入核，並抑制其轉錄活性。依相似性推定，它降低 TRIM41 介導的 ZSCAN2 降解，刺激神經元細胞中的 SNCA 轉錄；另會抑制 TRIM28 對 BCL2A1 的作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin ligase that plays important roles in the regulation of neuronal apoptosis, selective autophagy or cell proliferation. Stimulates the degradation of kinetochore ZW10 interacting protein ZWINT in a proteasome-dependent manner, leading to negative regulation of cell proliferation. Inhibits autophagic degradation of diverse known targets while contributing to autophagy of midbodies. Autophagy-inhibitory activity involves MCL1, which TRIM17 assembles into complexes with the key autophagy regulator BECN1. Controls neuronal apoptosis by mediating ubiquitination and degradation of MCL1 to initiate neuronal death. In addition, regulates NFAT transcription factors NFATC3 and NFATC4 activities by preventing their nuclear localization, thus inhibiting their transcriptional activities. Decreases TRIM41-mediated degradation of ZSCAN2 thereby stimulating alpha-synuclein/SNCA transcription in neuronal cells (By similarity). Prevents the E3 ubiquitin-ligase activity of TRIM28 and its interaction with anti-apoptotic BCL2A1, blocking TRIM28 from ubiquitinating BCL2A1 PMID 19358823 ↗ · PMID 22023800 ↗ · PMID 27562068 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 資料庫紀錄 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. |
| 分子活性 | TRIM17 參與蛋白質修飾，特別是蛋白質 ubiquitination；此項功能分類指出其作用涉及將 ubiquitin 接合至蛋白質，但未提供特定受體蛋白、細胞情境或實驗結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | TRIM17 透過 coiled coil 與 TRIM44 交互作用，也與 TRIM28、TRIM41、BECN1、NFATC3 和 NFATC4 交互作用。與 TRIM28 的交互作用會抑制 TRIM28 對 BCL2A1 的作用；與 TRIM41 的交互作用會抑制其對 ZSCAN2 的作用。TRIM17 與 NFATC3、NFATC4 的交互作用則會阻止兩者進入細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (via coiled coil) with TRIM44 (via coiled coil). Interacts with TRIM28; this interaction prevents TRIM28 activity on BCL2A1. Interacts with TRIM41; this interaction prevents TRIM41 activity on ZSCAN2 (By similarity). Interacts with BECN1. Interacts with NFATC3 and NFATC4; these interactions prevent NFATC3 and NFATC4 nuclear localization (By similarity) PMID 19358823 ↗ · PMID 27562068 ↗ · PMID 30042493 ↗ |
| 細胞定位 | TRIM17 的細胞內定位資料列出細胞質與 lysosome；此項資料未進一步說明定位出現的條件、異構型差異或動態變化。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTCAGCACCCGCTGCGCCTGTCCCCGGCTCGTCCAGAGC40CTTCCACCCCCTGCCGCCTTCCTTCCCCAAGCCACCCCCA80ACCTCTCCTAAGAGGCGCCGCCCCAGTCCCGGCCGCCGAA120CACTCCCTCGCCCAGCATTCCCCTCCCCCGCCGCCCCCCA160GCCCCCGCTGACGCCACAAAGTCCCTAGGCCTCCCGACCC200CAGGTCCCCACGCCCCGGGCCGGGCCGCAGCCTCCTGGGC240TTCGTGGGGGCAGACCCAGCCTTTCCCGGCAGCGAGCGCT280CGGCCAGGTGCACTAGGCGCTGTGCGGGCCCCCCTTCCCC320GCGAGTCCCTCAAGCGGGAACCTGCCTCGTGTCTCCCAGG360AGCCATGGAGGCTGTGGAACTCGCCAGAAAACTGCAGGAG400GAAGCTACGTGCTCCATCTGTCTGGATTACTTCACAGACC440CTGTGATGACCACCTGTGGCCACAACTTCTGCCGAGCCTG480CATCCAGCTGAGCTGGGAAAAGGCGAGGGGCAAGAAGGGG520AGGCGGAAGCGGAAGGGCTCCTTCCCCTGCCCCGAGTGCA560GAGAGATGTCCCCGCAGAGGAACCTGCTGCCCAACCGGCT600GCTGACCAAGGTGGCCGAGATGGCGCAGCAGCATCCTGGT640CTGCAGAAGCAAGACCTGTGCCAGGAGCACCACGAGCCCC680TCAAGCTTTTCTGCCAGAAGGACCAGAGCCCCATCTGTGT720GGTGTGCAGGGAGTCCCGGGAGCACCGGCTGCACAGGGTG760CTGCCCGCCGAGGAGGCAGTGCAGGGGTACAAGTTGAAGC800TGGAGGAGGACATGGAGTACCTTCGGGAGCAGATCACCAG840GACAGGGAATCTGCAGGCCAGGGAGGAGCAGAGCTTAGCC880GAGTGGCAGGGCAAGGTGAAGGAGCGGAGAGAACGCATTG920TGCTGGAGTTTGAGAAGATGAACCTCTACCTGGTGGAAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。