演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

TRGV9V2

T cell receptor gamma variable 9

TRGV9 是人類的 T cell receptor gene,正式名稱為 T cell receptor gamma variable 9。

Homo sapiens7p14.1
OFFICIAL SYMBOL
TRGV9
CHROMOSOME
7
LOCUS TYPE
TR_V_gene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TRGV9 是位於人類第 7 號染色體的 T cell receptor gene,正式名稱為 T cell receptor gamma variable 9。現有資料將其列為 T 細胞受體基因,但未提供產物的結構或其他基本特性細節。

Official symbol
TRGV9
Gene name
T cell receptor gamma variable 9
Organism
Homo sapiens
Gene type
T cell receptor gene
HGNC ID
HGNC:12295
Locus type
T cell receptor gene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
V2TCRGV9

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 77p14.1
chr7 · 159,345,973 bp · GRCh38chr7p22.3 · 1–2800000 · gnegchr7p22.2 · 2800001–4500000 · gpos25chr7p22.1 · 4500001–7200000 · gnegchr7p21.3 · 7200001–13700000 · gpos100chr7p21.2 · 13700001–16500000 · gnegchr7p21.1 · 16500001–20900000 · gpos100chr7p15.3 · 20900001–25500000 · gnegchr7p15.2 · 25500001–27900000 · gpos50chr7p15.1 · 27900001–28800000 · gnegchr7p14.3 · 28800001–34900000 · gpos75chr7p14.2 · 34900001–37100000 · gnegchr7p14.1 · 37100001–43300000 · gpos75chr7p13 · 43300001–45400000 · gnegchr7p12.3 · 45400001–49000000 · gpos75chr7p12.2 · 49000001–50500000 · gnegchr7p12.1 · 50500001–53900000 · gpos75chr7p11.2 · 53900001–58100000 · gnegchr7p11.1 · 58100001–60100000 · acenchr7q11.1 · 60100001–62100000 · acenchr7q11.21 · 62100001–67500000 · gnegchr7q11.22 · 67500001–72700000 · gpos50chr7q11.23 · 72700001–77900000 · gnegchr7q21.11 · 77900001–86700000 · gpos100chr7q21.12 · 86700001–88500000 · gnegchr7q21.13 · 88500001–91500000 · gpos75chr7q21.2 · 91500001–93300000 · gnegchr7q21.3 · 93300001–98400000 · gpos75chr7q22.1 · 98400001–104200000 · gnegchr7q22.2 · 104200001–104900000 · gpos50chr7q22.3 · 104900001–107800000 · gnegchr7q31.1 · 107800001–115000000 · gpos75chr7q31.2 · 115000001–117700000 · gnegchr7q31.31 · 117700001–121400000 · gpos75chr7q31.32 · 121400001–124100000 · gnegchr7q31.33 · 124100001–127500000 · gpos75chr7q32.1 · 127500001–129600000 · gnegchr7q32.2 · 129600001–130800000 · gpos25chr7q32.3 · 130800001–132900000 · gnegchr7q33 · 132900001–138500000 · gpos50chr7q34 · 138500001–143400000 · gnegchr7q35 · 143400001–148200000 · gpos75chr7q36.1 · 148200001–152800000 · gnegchr7q36.2 · 152800001–155200000 · gpos25chr7q36.3 · 155200001–159345973 · gnegTRGV9pq1 bp159,345,973 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr7:38,317,017–38,318,861
Gene span
1,845 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000444775 ★38,317,017–38,318,8612

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

資料預測 TRGV9 可能具有 MHC protein 結合與 peptide antigen 結合活性,並可能參與適應性免疫反應及先天免疫反應。這些功能描述屬於預測,來源未提供支持它們的實驗細節或作用機制。

定位方面,資料預測其可能位於質膜外側,並可能是 T cell receptor complex 的一部分;這些定位與複合體關係同樣屬預測。來源未說明其參與免疫反應的具體方式。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 38318861 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TRGV9 ENST00000444775 GRCh38 chr7:38318761-38319861 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAACCTCCAGGGTGATAGACCAGCTTAGAGACCAAGATTTTATCTTTCCTAAGTGATCTCACCTTCAGAG
GCATCATCACCAGACTTTTCAAGTTTTGTTTCTTAGAAATGGTCCCAAGTTCTTTCCCTCTCATCGTCTC
TTGCTTTAGGGAGCCTCCCAGCTAGTCTGTCTTAGCAAGACAAGGGCATAGCTGGTGCATTGCTGCTGGT
GAGCAGGGGCAAGTTCACAGAAGGCAGCATGGGAGAGTATAACAGAAATCACCATCAGTTTCCAAGGGCT
TGCTCTGTGTCAGGCATTGCCCTAAACAGTCTACCTGGGCAAACATTTATTCTTTGCAACATCCAGTAAG
GTAGGCTGTGATTTTATTCTCCTTTGGTAGATAAGAAAACAGAGGCAGAGAGAACTACTCAAAGAGCTCA
GGCTTTGCAGCCCGATAGAATTAATCTTAAATCTGTCACCAACAAGCTGTTAAACCTTGACCCATTACCT
GACCTGCTTTGAGTAGGGCTTTGTGAAGATTATACTAAATTTATGGTATTAAACATCATAATGGCTACAA
ACTGCTTGACACATTAAGGCATTCACTAAGTGTCCATTGCTTGGTAACTCTTTAAAAACTGTATTTTAAA
TGGTGATGTTTTGTTAACATCAGAACGACAAAAAAATACTACAATGGCCATCCATTCCCTCACTCCACCC
TTTCATCTATTCAACAAACACCTGGGAATAGAGAGATAAACAGCACATGATCTTACTCCCCTGGGAACTC
TTAACTGTCGTTTAGAATGAGAGAGAAATGGGTAAACAGGCCAAGACTTGGGTAGGAGGTGCTAGGAGAG
AGGAAGGCACTAGGTGGCGTGAAGAGAAAGCAATTTGAAGCATCTCCATCCTGGACTTACTGGGTGAGGT
AAGCTTCCTGGGGAAGACTGCCTGGGGCTGAGCCCAGAAGGATAAACAGGAATTAGCCAGGGAATGTGGA
GTAGAATGCAGTCCAAACACAAAAAAATTCAAGTCAATCCATAGAAGTGGGTCGTGGAATTCCAGGCAGA
AAGTGACTAAATGAAGATGGAAGGACAGGGAGGGGGTGGCCACATCACAGA
TRGV9 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR7_9K7M3 · enhancer · 38316759–38317087 · regulatory

ENSR7_B9LBM · enhancer · 38317450–38317989 · regulatory

ENSR7_B9LBR · enhancer · 38318358–38319299 · regulatory

ENSR7_5C2CGS · CTCF_binding_site · 38318999–38319020 · regulatory

ENSR7_B9LC8 · enhancer · 38321433–38321973 · regulatory

· motif · 38319001–38319017 · motif

· motif · 38319094–38319107 · motif

· motif · 38319094–38319107 · motif

· motif · 38319388–38319410 · motif

· motif · 38319388–38319410 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

T cell receptor gene

TRGV9 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000444775 ★TR_V_gene1,735 nt2

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TRGV9 被預測可能具有 MHC protein 結合與 peptide antigen 結合活性,可能參與適應性及先天免疫反應;也預測可能位於質膜外側,並屬於 T cell receptor complex。以上均為預測性描述。推論支持
證據與來源

Predicted to enable MHC protein binding activity and peptide antigen binding activity. Predicted to be involved in adaptive immune response and innate immune response. Predicted to be located in plasma membrane. Predicted to be part of T cell receptor complex. Predicted to be active in external side of plasma membrane.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000444775 · 1,735 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AAAAAAATTCAAGTCAATCCATAGAAGTGGGTCGTGGAAT40
41TCCAGGCAGAAAGTGACTAAATGAAGATGGAAGGACAGGG80
81AGGGGGTGGCCACATCACAGAGAACCTCTTATCCTAAGAA120
121CTCTGGACTTCATCTTCAGAGGCAAGGTAGAGAGAGCAAG160
161GACTTTAGAGCAGGAAAAGGACCAGGTCAGTCTAGTGGCC200
201ATGGGGAAGGTGGGTGGGAGGGGCCGAGATGGGATGTATG240
241GAGGTGCGTGAGGTGGAGGCAGTGGTGAGCCAGGAAATGT280
281TTAGGACGTAGAATCCTCAGGAATTAGAGTGCGGTGAATT320
321AGAGGGGAGAATTGAGGCTGATGCTCAAGCTCCTGGCTTG360
361GGCAATGTGGGTAGTTATGTCATACAGGGAACTCGGAAGA400
401AGATATGGTTTGGGGGAAGGGAATGAGTTCACTCTGGCTA440
441TGAGCAGACTTTGTTTGAGATCCCATGTCAGACGTACTTG480
481AAAATGTCCAAGAGTTAGCTGGATATGGGTACAGACAGCT520
521TTCGATTTAACTGAGGTCCGACTTAAGATTTTTTTTTACT560
561TTATGATGGTGCAAAAGTGACACGCATTTGGTAGAAAACA600
601TAATTTGACCTTTGCTGTTTCCCCAGGACAGTGATATAAG640
641GTTATGATACTCTCTTGCGATGCTGGGCAGTGGCAGTGAG680
681CTGCAGCTCCCAGTGGGTAAATTAAGCATGGAAATCTGGA720
721ACACAGCAGCTTTTAAGGGATGCACTGGGGAGAGCAGTTT760
761GTAAAAATACCTTGGGACGGATTAAATGTCTTGGCTTAGA800
801GAAAGAACAACAGACAATAGGAAACTGTCATTGAGGAGAA840
841GCCGGGATTCAGGAGATGTACATTATTCAGGTAGCTGAGG880
881GAGGGGACAGGAACCTGAATCTTCAACAGAAGCAAACAAA920
921CTGGGATGGAGGGCCCAGCCTCATGAAGGTGACCAGAAGG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。