基因總覽
TRGV5 的正式名稱為 T cell receptor gamma variable 5,屬於 T 細胞受體基因。名稱指出它是 T cell receptor 的 gamma variable 基因;現有資料未提供其 RNA 或蛋白質產物的詳細性質、結構特色或家族組成,因此不宜據此補述。來源所列的細胞位置與免疫相關角色均為預測,並非已確證的描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390344 ★ | 38,349,355–38,350,022 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
目前資料將 TRGV5 與免疫反應及 T 細胞受體複合體相關聯,但這些功能描述均屬預測。來源指出,TRGV5 預測可能參與適應性免疫反應,也可能參與先天免疫反應;資料未進一步說明其參與的具體步驟、作用機制或兩類免疫反應之間的關係,因此不能據此推定更細節的功能。
在細胞位置方面,TRGV5 預測可能位於細胞膜,並預測可能是 T 細胞受體複合體的一部分。這些描述未提供定位或複合體組成的實驗細節,也未說明其是否具有其他位置或參與方式。由於所列功能為預測,不能將其改述為已確認的分子作用或細胞定位。
Promoter 與基因調控
>TRGV5 ENST00000390344 GRCh38 chr7:38349922-38351022 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTCCTACAGCAGCCTCATGTCCTGCACGTGTGCTCCAGAGGCAGAGGGAGACCAACCGGAGCCCCCTCC CTTTCTCATTCCCAGCTGTGATGACAGCAGAAACTGAATTCTCTGAGCTAGGACAACACAACAACTGAGA GAGACACTGTTCTACATCTCATTATGCATCTTTCAAACATGTGTCTCTATATATTCTTACAGAGGTGGTG ATAATCTGCCTATGCCTTACTGAATTTTCACAATAATATTACTATACTTTTTTTGTCCCCTATATTTCCA ACTGTGAATCCAGGTGCACTGCAGATATTAGTCTGCTTTCTGAGGGTAGGGATGACAAATAAAATATACA ATACCGGGGGAATTGGAAGTACAGAAAAATAACAAGTTTTTAGTTTAAGTATGTTCCAAATATTGCATGA CATGGCACCCAGTACTACTTTAAAAACAAACAAGCAAACAAACAAATTCACACTCCTACTTTAATGAACA AAAATCCTCTAATAAGGAGGTCACACACACAGGATTACAGGCACAACCCCTGCCCCCCCAACACACACAC ACACATATTTACCTTAGAGCAGACTCCGGGACACACCAACACACATGATCCTCAGTCCTTTTAATAAAGC ACGTTCAACCCTTCTCAGAGTGACCTTGAGTGGTTGCCTCCATGAGTCTGCAGATGCGAAAAGGAACTTG GTTCAGGGCCCTAATCAGAGGCTTCCTGTCAGGACAAGGTTCTGGCATCAGCATTACCTGCTGCAACTCT GAAGGGCAGGGTGGGAGCCTGCTATGGGACTGCCCCCTCCAAGGTGTGAGCCTGTTAATTCCAGGGTCAG CTTACCCAACATCTGCAGTCCCTCAGCTGGAGGCCTGAGCTCTTAATGCCCCTGCCTCCCTTCTGCCCTG GGCCTGCTCTCAACTGCCACAAGATGGCGCAGAAGAAAGGGCCTGAGGAGATGCGGGAGCTCCTCTGCAG GTCCTCCCAGGCACCACCCCTTCTGGGAGGAAGGCTTGGGAGTCCCCTAAGACACATCTTCAGTCACTTC TCTCTGCCTGTGACTCAGGAAGACCAGCTCCTCCTACTGTCTTCTGTGCTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_9K7XB · promoter · 38345142–38345642 · regulatory
ENSR7_5C2J2Z · CTCF_binding_site · 38345604–38345625 · regulatory
ENSR7_9K7XG · enhancer · 38345643–38346151 · regulatory
ENSR7_5C2J3N · CTCF_binding_site · 38345755–38345776 · regulatory
ENSR7_835FWC · enhancer · 38346529–38346755 · regulatory
ENSR7_5C2JNM · CTCF_binding_site · 38349421–38349442 · regulatory
ENSR7_9K7ZK · promoter · 38349529–38350029 · regulatory
ENSR7_5C2JR2 · CTCF_binding_site · 38349929–38349950 · regulatory
ENSR7_B9LHC · enhancer · 38350030–38350543 · regulatory
ENSR7_5C2JRP · CTCF_binding_site · 38350080–38350101 · regulatory
ENSR7_9K7ZX · enhancer · 38350848–38351107 · regulatory
ENSR7_C5RQG · enhancer · 38353267–38354715 · regulatory
ENSR7_5C2KGF · CTCF_binding_site · 38353906–38353927 · regulatory
ENSR7_5C2KJ7 · CTCF_binding_site · 38354288–38354309 · regulatory
ENSR7_5C2KJX · CTCF_binding_site · 38354446–38354467 · regulatory
ENSR7_5C2KL6 · CTCF_binding_site · 38354710–38354731 · regulatory
· motif · 38345606–38345622 · motif
· motif · 38345757–38345773 · motif
· motif · 38349423–38349439 · motif
· motif · 38349495–38349508 · motif
· motif · 38349495–38349508 · motif
· motif · 38349905–38349916 · motif
· motif · 38349905–38349916 · motif
· motif · 38349931–38349947 · motif
· motif · 38350082–38350098 · motif
· motif · 38350200–38350212 · motif
· motif · 38350202–38350224 · motif
· motif · 38350202–38350224 · motif
· motif · 38351616–38351628 · motif
· motif · 38351805–38351817 · motif
· motif · 38351807–38351822 · motif
· motif · 38351807–38351822 · motif
· motif · 38353551–38353566 · motif
· motif · 38353551–38353566 · motif
· motif · 38353908–38353924 · motif
· motif · 38354290–38354306 · motif
· motif · 38354448–38354464 · motif
· motif · 38354712–38354728 · motif
基因座與轉錄註解
TRGV5 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390344 ★ | TR_V_gene | 552 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRGV5 預測可能參與適應性免疫反應與先天免疫反應,可能位於細胞膜,並可能是 T 細胞受體複合體的一部分;這些描述屬預測。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in adaptive immune response and innate immune response. Predicted to be located in plasma membrane. Predicted to be part of T cell receptor complex. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
TTCTGGGAGGAAGGCTTGGGAGTCCCCTAAGACACATCTT40CAGTCACTTCTCTCTGCCTGTGACTCAGGAAGACCAGCTC80CTCCTACTGTCTTCTGTGCTAGGGATCACTTCCTTGTTGA120GTGGGGCCGGAGTTTTAAGAGGATCTTCTGCTCCTCCTCA160TCTGGTCCCTTTCCTTCCAAGGCCCCCGAGAGGAAGGCAT200GCGGTGGGCCCTACTGGTGCTTCTAGCTTTCCTGTCTCCT240GCCAGTCAGAAATCTTCCAACTTGGAAGGGGGAACGAAGT280CAGTCACGAGGCCGACTAGGTCATCTGCTGAAATCACTTG320TGACCTTACTGTAATAAATGCCTTCTACATCCACTGGTAC360CTACACCAGGAGGGGAAGGCCCCACAGCGTCTTCTGTACT400ATGACGTCTCCAACTCAAAGGATGTGTTGGAATCAGGACT440CAGTCCAGGAAAGTATTATACTCATACACCCAGGAGGTGG480AGCTGGATATTGATACTACGAAATCTAATTGAAAATGATT520CTGGGGTCTATTACTGTGCCACCTGGGACAGG552cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。