基因總覽
TRGC1 的正式名稱為 T cell receptor gamma constant 1,屬於 T cell receptor gene。現有資料將其與小分子結合活性相連,並預測其位於質膜、屬於 T cell receptor complex;但這些預測未提供更細的分子結構或產物特性,因此不宜據此延伸描述其結構與作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000443402 ★ | 38,257,879–38,265,678 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料指出 TRGC1 具有小分子結合活性;但未說明所結合的小分子種類,也未提供結合的實驗條件或作用方式,因此目前只能概述此項活性,不能進一步推定其分子機制。
其餘功能描述均屬預測:TRGC1 可能參與 T cell receptor signaling pathway、adaptive immune response,以及 gamma-delta T cell activation。這些資訊將其與 T 細胞受體訊號及免疫相關過程相連,但沒有交代具體的細胞或實驗系統、作用步驟,或各過程之間的關係,不能視為已確立的機制。
資料也預測 TRGC1 可能作用於組織內細胞數量恆定性的上游或其中環節,並位於質膜、屬於 T cell receptor complex。這些描述提供可能的細胞位置與複合體關聯,並未指出它如何影響細胞數量恆定性,也沒有說明其在複合體中的具體角色。
Promoter 與基因調控
>TRGC1 ENST00000443402 GRCh38 chr7:38265578-38266678 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAGACAGTATGTACATGCGGAAGTAGATTCTCTTTAAAACAAGTGACTGTGTATGTTAAAAATAAAAGTG AACAAAATGGCTAGGCATGGTGGCTCACACCTATAATCCCAGGATTTGGGAGGCTGAGGCAGGCAGATCA CTTGAGCGCAGGAGTTTTAAACCAGCCTGGTCAATATGGTGAAACATGTTCCTAGAAAAAAAATATTAGC CAGGCATGGTGATGCATACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCTG GGAAGTCGAGACTGCAGTGAGCTATGATCTTGCCGCTGCATTCCAACCTGGACGACAGAGCAAGCCCCAG TCTCAACAACAACAAAAATTTTGACATTGATTCATATGGGAAATAAGATAAATAATAAGATAAATATGGT GCATCGCAGAATCAGTTAAATGAAGAGTGGGAGTACACGAAATTGCAGAACATGAGAATGTGTCATATTT GGCCAAAGAACATAAGTTACAAAGGATGGAAAAGGGAAGTGGGAAAAGGACCAAAGAGTCTCATCTGTAG AGAGATCATTAAGGTTTTCTGACCTTCCACTTTCCCCTGCCATCCACCTTGAAAACCTGCTTCACTATGA TGAAACAAAAGAGATTAAAAAATAAAATAAATATGCTCATGAACTTTGGAAGCCCTGGTAGGAGGCAGTT AAAAATCACACTCATCACAGCATGTGCAGAATAAACAAAGGCCAGGTTTTCGTCCAGCATCTGACATTTG AGAGCTGTGACTTTTGGCAAGTTATTTAATGTCTTGATTCTCTTTTCAACATCTGTAAAATAAGCACAAT AATAAGTACTGTGCAGCCTATCCTGGATGAAAGGCCGCAGTGGACACCAGCTCAATGGCATCTTCTCTTT TTATGGTTATGTACTAGGCCACTCCAAACTGTGCAATGTGTGTGTTTCTCTAATGATTCTTTTAAACTCA TATTTCATTTCTCCCCATAGATAAACAACTTGATGCAGATGTTTCCCCCAAGCCCACTATTTTTCTTCCT TCAATTGCTGAAACAAAGCTCCAGAAGGCTGGAACATACCTTTGTCTTCTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
· motif · 38263590–38263603 · motif
· motif · 38266086–38266099 · motif
· motif · 38266148–38266161 · motif
· motif · 38266576–38266588 · motif
· motif · 38270140–38270153 · motif
· motif · 38270140–38270153 · motif
基因座與轉錄註解
TRGC1 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000443402 ★ | TR_C_gene | 2,730 nt | 3 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRGC1 具有小分子結合活性;資料預測它可能參與 T 細胞受體訊號路徑、適應性免疫反應與 gamma-delta T 細胞活化,也可能作用於組織內細胞數量恆定性的上游或其中環節。另預測其位於質膜並屬於 T 細胞受體複合體。 | 推論支持 | 證據與來源Enables small molecule binding activity. Predicted to be involved in T cell receptor signaling pathway; adaptive immune response; and gamma-delta T cell activation. Predicted to act upstream of or within homeostasis of number of cells within a tissue. Predicted to be located in plasma membrane. Predicted to be part of T cell receptor complex. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
ATAAACAACTTGATGCAGATGTTTCCCCCAAGCCCACTAT40TTTTCTTCCTTCAATTGCTGAAACAAAGCTCCAGAAGGCT80GGAACATACCTTTGTCTTCTTGAGAAATTTTTCCCTGATG120TTATTAAGATACATTGGCAAGAAAAGAAGAGCAACACGAT160TCTGGGATCCCAGGAGGGGAACACCATGAAGACTAACGAC200ACATACATGAAATTTAGCTGGTTAACGGTGCCAGAAAAGT240CACTGGACAAAGAACACAGATGTATCGTCAGACATGAGAA280TAATAAAAACGGAGTTGATCAAGAAATTATCTTTCCTCCA320ATAAAGACAGATGTCATCACAATGGATCCCAAAGACAATT360GTTCAAAAGATGCAAATGATACACTACTGCTGCAGCTCAC400AAACACCTCTGCATATTACATGTACCTCCTCCTGCTCCTC440AAGAGTGTGGTCTATTTTGCCATCATCACCTGCTGTCTGC480TTAGAAGAACGGCTTTCTGCTGCAATGGAGAGAAATCATA520ACAGACGGTGGCACAAGGAGGCCATCTTTTCCTCATCGGT560TATTGTCCCTAGAAGCGTCTTCTGAGGATCTAGTTGGGCT600TTCTTTCTGGGTTTGGGCCATTTCAGTTCTCATGTGTGTA640CTATTCTATCATTATTGTATAACGGTTTTCAAACCAGTGG680GCACACAGAGAACCTCACTCTGTAATAACAATGAGGAATA720GCCACGGCGATCTCCAGCACCAATCTCTCCATGTTTTCCA760CAGCTCCTCCAGCCAACCCAAATAGCGCCTGCTATAGTGT800AGACATCCTGCGGCTTCTAGCCTTGTCCCTCTCTTAGTGT840TCTTTAATCAGATAACTGCCTGGAAGCCTTTCATTTTACA880CGCCCTGAAGCAGTCTTCTTTGCTAGTTGAATTATGTGGT920GTGTTTTTCCGTAATAAGCAAAATAAATTTAAAAAAATGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。