演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TREX2

three prime repair exonuclease 2

TREX2 編碼核酸外切酶家族成員,偏好作用於末端不匹配的雙股 DNA,可能參與 DNA 修復。

Homo sapiensXq28UniProt Q9BQ50
OFFICIAL SYMBOL
TREX2
CHROMOSOME
X
UNIPROT
Q9BQ50
PDB / ALPHAFOLD
1Y97
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

three prime repair exonuclease 2(TREX2)是人類的蛋白質編碼基因,產物屬於 exonuclease superfamily 中的 TREX family。現有資料將其描述為核酸外切酶,並指出它偏好具有 3′ 端錯配的雙股 DNA;可能參與 DNA 修復。來源未提供此蛋白質的長度、其他結構特色或更多家族成員資訊,因此不延伸描述其結構與生物學角色。

Official symbol
TREX2
Gene name
three prime repair exonuclease 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:12270
UniProt
Q9BQ50
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HGNC 未提供其他基因異名。

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXq28
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegTREX2pq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chrX:153,444,473–153,470,592
Gene span
26,120 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000370231 ★153,444,473–153,446,0562
ENST00000393862153,444,473–153,447,8633
ENST00000330912153,444,473–153,470,58713
ENST00000334497153,444,473–153,470,59211
ENST00000338525153,444,473–153,470,58712
ENST00000370232153,444,473–153,470,59211

顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TREX2 的產物是一種核酸外切酶,對末端帶有錯配的雙股 DNA 有偏好。資料指出它可能參與 DNA 修復,但目前提供的功能描述未進一步說明其在修復過程中的具體步驟或作用條件,因此此角色應視為可能的功能,而非已明確界定的修復機制。

其催化反應沿 DNA 的 3′ 至 5′ 方向進行核酸外切切割,產物為核苷 5′-磷酸。這項反應方向與其對 3′ 端錯配雙股 DNA 的偏好,構成目前資料所支持的主要分子作用資訊;資料未提供反應底物範圍以外的細節,也未指出切割如何連結至特定 DNA 修復途徑。

每個亞基可結合兩個 Mg²⁺。其中第二個鎂離子僅與一個殘基互動;若以 Mn²⁺取代,酵素仍保有部分活性。這些資料顯示金屬離子與酵素活性相關,但未提供更具體的催化機制或不同離子條件下的活性數值。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 153446056 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TREX2 ENST00000370231 GRCh38 chrX:153445956-153447056 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCCAGTCGCCTGAGGCATCCCCCAGCCACCACTGTGAGAGGTGGGAGGCCGGGCAGGCCTGTGGTCACCA
TGGTGCAGGTGCACCACCTGATTTATAGGCCAAGGGACTCCTCTTGGTCACCTCTCTGTGCCCCCAGCAT
GGGGCTGGCCCTGCAGTGCACCCACCATCAAGGGCTGTTGTCTCTTGCTCCAGAATGAGGTCTTCAGGGC
GCCACTGCTCGCAGGACCGGGAAGGACCTGGTGCCCTTTGCCTGGAGCGGGATAGACAGGGCAGGTCCCT
GAGCCTGGGGTCCGAGGGGCTGGGCTTCACTCCTCCTGTAGTCCCGGCGCTCCTGGCCCACCCCCTAACG
TTGCTTATCTGTGGTGGAGGAAGCATTAGCTCAGCTGCGGCCTGCACAGCTCCCGGGCCAGGCCCACCTC
CCTTCCTTCCCCAGCAGCCACTGTTAGGTGCACGGTAGACATGATGAAGCGACGTCCTTAAAGCAGATAG
CATCTCCCGAGGCTGCCCCATCCCTAGGTTTTGGGGGAGCACCCCTTCCCCTTTGGAGGCTGAGCACGGC
ATGTGTGGGCACCTTGGTCACACTCCAGAGCTCGCTTCATCCCCACGAGCGGCACCTGATCTCCAGTGAC
GGGGAGACTGAGGCCTGGCAAAGAGGACCTGTTGCCTTTGTGTAACTGGCCCCAGCATGGGGGAGGCATT
GGCCCCAGCATGGGGGAGGCATTGACCCCAGGCCTGCCAGGCCTGGCAGCCACAGCCTGGCTAGGTGGAG
GTTACTGCCTTCCGCACCACTCTGGCTTCCTCCCCGTGCCTGTGAAGAGCTCGGGGCCTGCTTCCTAATT
TGTAAACACGGGGCGTGTGTCTCAGTGGCTGTGAGCTAGCGAGGGGGTGGCGAGCGAGCCGGCTGCGCAG
GTCCTGAGGCCCCAGGCCTCATTGTTGGCCAACAGGCAGCTGGGGGCGGGCTGCGGCCGCTGATTAAAGG
CCGCCTAGAGCAGCCTGTGTGGCGACAGGTGCCCAGAAGCCCAGGAAGCCGGTCAGTGCCCGCCCCAGGT
AAGCTGGTGTGGTGGGGTTGGCAAGGACAGTCTCCCCGGGAGCCTGGGGGC
TREX2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TREX2_2 ↗X:153,455,731負股153,455,721–153,455,780
TREX2_1 ↗X:153,470,569負股153,470,559–153,470,618

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_86HRSG · enhancer · 153443640–153443886 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:236 aa

TREX2 屬於 exonuclease superfamily,並歸入 TREX family。現有資料未列出其結構域、序列區段或其他蛋白質結構註解。

07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1Y97…

PDB · 1Y97

X-ray · 2.50 A · A/B=1-236

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

資料將 TREX2 標示於細胞核,未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 1 個夥伴 · 最多顯示 50 個
TREX2TREX2MESD
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TREX2 被描述為 homodimer,表示其可由相同蛋白質亞基構成二聚體。現有資料未指出其他直接結合夥伴、複合體成員或僅具功能關聯的分子。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

5 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 5 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TREX2 是一種核酸外切酶,偏好以具有錯配的雙股 DNA 作為底物,錯配位於 DNA 的 3′ 端。資料僅指出它可能參與 DNA 修復,未明確界定其修復途徑、作用步驟或其他條件。含實驗來源
證據與來源

Exonuclease with a preference for double-stranded DNA with mismatched 3' termini. May play a role in DNA repair

PMID 11279105 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性TREX2 可進行核酸外切切割,反應方向為由 DNA 的 3′ 端朝 5′ 端,並產生核苷 5′-磷酸。此描述提供了切割方向及產物資訊,未進一步說明其他底物或反應條件。資料庫紀錄
證據與來源

Exonucleolytic cleavage in the 3'- to 5'-direction to yield nucleoside 5'-phosphates.

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性每個 TREX2 亞基可結合兩個 Mg²⁺,其中第二個鎂離子僅與一個殘基互動。以 Mn²⁺取代 Mg²⁺時,酵素仍有部分活性;資料未提供活性變化的數值或更詳細機制。資料庫紀錄
證據與來源

Binds 2 Mg(2+) per subunit. The second magnesium ion interacts with only one residue. Substitution with Mn(2+) results in partial activity.

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Homodimer含實驗來源
證據與來源

Homodimer

PMID 15661738 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TREX2 的細胞內定位標示為細胞核。這筆資料未描述定位的實驗條件、異構型差異,或定位是否會隨細胞狀態改變。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 5 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000370231 · 1,071 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGCGACAGGTGCCCAGAAGCCCAGGAAGCCGGTCAGTGCC40
41CGCCCCAGTCCTCAGGGTTTGTGCCTCTCGCTCGGACAGT80
81TTGAGGACTTGCTATCCCCGTGGGAACATCACCATGTCCG120
121AGGCACCCCGGGCCGAGACCTTTGTCTTCCTGGACCTGGA160
161AGCCACTGGGCTCCCCAGTGTGGAGCCCGAGATTGCCGAG200
201CTGTCCCTCTTTGCTGTCCACCGCTCCTCCCTGGAGAACC240
241CGGAGCACGACGAGTCTGGTGCCCTAGTATTGCCCCGGGT280
281CCTGGACAAGCTCACGCTGTGCATGTGCCCGGAGCGCCCC320
321TTCACTGCCAAGGCCAGCGAGATCACCGGCCTGAGCAGTG360
361AGGGCCTGGCGCGATGCCGGAAGGCTGGCTTTGATGGCGC400
401CGTGGTGCGGACGCTGCAGGCCTTCCTGAGCCGCCAGGCA440
441GGGCCCATCTGCCTTGTGGCCCACAATGGCTTTGATTATG480
481ATTTCCCCCTGCTGTGTGCCGAGCTGCGGCGCCTGGGTGC520
521CCGCCTGCCCCGGGACACTGTCTGCCTGGACACGCTGCCG560
561GCCCTGCGGGGCCTGGACCGCGCCCACAGCCACGGCACCC600
601GGGCCCGGGGCCGCCAGGGTTACAGCCTCGGCAGCCTCTT640
641CCACCGCTACTTCCGGGCAGAGCCAAGCGCAGCCCACTCA680
681GCCGAGGGCGACGTGCACACCCTGCTCCTGATCTTCCTGC720
721ACCGCGCCGCAGAGCTGCTCGCCTGGGCCGATGAGCAGGC760
761CCGTGGGTGGGCCCACATCGAGCCCATGTACTTGCCGCCT800
801GATGACCCCAGCCTGGAGGCCTGAGCACCAGGGCCACCTC840
841CTGTGCCATGGACAGTGCCAGCCTCCACCGTTCAGCTGGC880
881CTCTACCACCCCCGGCTCCTCCTATCTGGGCAGCCTCAGG920
921TCCGTGCACCTGCCAGGCCTTCCCTGGCTGCCTGACCAGC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。