基因總覽
three prime repair exonuclease 2(TREX2)是人類的蛋白質編碼基因,產物屬於 exonuclease superfamily 中的 TREX family。現有資料將其描述為核酸外切酶,並指出它偏好具有 3′ 端錯配的雙股 DNA;可能參與 DNA 修復。來源未提供此蛋白質的長度、其他結構特色或更多家族成員資訊,因此不延伸描述其結構與生物學角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000370231 ★ | 153,444,473–153,446,056 | 2 |
| ENST00000393862 | 153,444,473–153,447,863 | 3 |
| ENST00000330912 | 153,444,473–153,470,587 | 13 |
| ENST00000334497 | 153,444,473–153,470,592 | 11 |
| ENST00000338525 | 153,444,473–153,470,587 | 12 |
| ENST00000370232 | 153,444,473–153,470,592 | 11 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TREX2 的產物是一種核酸外切酶,對末端帶有錯配的雙股 DNA 有偏好。資料指出它可能參與 DNA 修復,但目前提供的功能描述未進一步說明其在修復過程中的具體步驟或作用條件,因此此角色應視為可能的功能,而非已明確界定的修復機制。
其催化反應沿 DNA 的 3′ 至 5′ 方向進行核酸外切切割,產物為核苷 5′-磷酸。這項反應方向與其對 3′ 端錯配雙股 DNA 的偏好,構成目前資料所支持的主要分子作用資訊;資料未提供反應底物範圍以外的細節,也未指出切割如何連結至特定 DNA 修復途徑。
每個亞基可結合兩個 Mg²⁺。其中第二個鎂離子僅與一個殘基互動;若以 Mn²⁺取代,酵素仍保有部分活性。這些資料顯示金屬離子與酵素活性相關,但未提供更具體的催化機制或不同離子條件下的活性數值。
Promoter 與基因調控
>TREX2 ENST00000370231 GRCh38 chrX:153445956-153447056 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCAGTCGCCTGAGGCATCCCCCAGCCACCACTGTGAGAGGTGGGAGGCCGGGCAGGCCTGTGGTCACCA TGGTGCAGGTGCACCACCTGATTTATAGGCCAAGGGACTCCTCTTGGTCACCTCTCTGTGCCCCCAGCAT GGGGCTGGCCCTGCAGTGCACCCACCATCAAGGGCTGTTGTCTCTTGCTCCAGAATGAGGTCTTCAGGGC GCCACTGCTCGCAGGACCGGGAAGGACCTGGTGCCCTTTGCCTGGAGCGGGATAGACAGGGCAGGTCCCT GAGCCTGGGGTCCGAGGGGCTGGGCTTCACTCCTCCTGTAGTCCCGGCGCTCCTGGCCCACCCCCTAACG TTGCTTATCTGTGGTGGAGGAAGCATTAGCTCAGCTGCGGCCTGCACAGCTCCCGGGCCAGGCCCACCTC CCTTCCTTCCCCAGCAGCCACTGTTAGGTGCACGGTAGACATGATGAAGCGACGTCCTTAAAGCAGATAG CATCTCCCGAGGCTGCCCCATCCCTAGGTTTTGGGGGAGCACCCCTTCCCCTTTGGAGGCTGAGCACGGC ATGTGTGGGCACCTTGGTCACACTCCAGAGCTCGCTTCATCCCCACGAGCGGCACCTGATCTCCAGTGAC GGGGAGACTGAGGCCTGGCAAAGAGGACCTGTTGCCTTTGTGTAACTGGCCCCAGCATGGGGGAGGCATT GGCCCCAGCATGGGGGAGGCATTGACCCCAGGCCTGCCAGGCCTGGCAGCCACAGCCTGGCTAGGTGGAG GTTACTGCCTTCCGCACCACTCTGGCTTCCTCCCCGTGCCTGTGAAGAGCTCGGGGCCTGCTTCCTAATT TGTAAACACGGGGCGTGTGTCTCAGTGGCTGTGAGCTAGCGAGGGGGTGGCGAGCGAGCCGGCTGCGCAG GTCCTGAGGCCCCAGGCCTCATTGTTGGCCAACAGGCAGCTGGGGGCGGGCTGCGGCCGCTGATTAAAGG CCGCCTAGAGCAGCCTGTGTGGCGACAGGTGCCCAGAAGCCCAGGAAGCCGGTCAGTGCCCGCCCCAGGT AAGCTGGTGTGGTGGGGTTGGCAAGGACAGTCTCCCCGGGAGCCTGGGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TREX2_2 ↗ | X:153,455,731 | 負股 | 153,455,721–153,455,780 |
| TREX2_1 ↗ | X:153,470,569 | 負股 | 153,470,559–153,470,618 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_86HRSG · enhancer · 153443640–153443886 · regulatory
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:236 aa
TREX2 屬於 exonuclease superfamily,並歸入 TREX family。現有資料未列出其結構域、序列區段或其他蛋白質結構註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 TREX2 標示於細胞核,未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- MESDQ14696 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TREX2 被描述為 homodimer,表示其可由相同蛋白質亞基構成二聚體。現有資料未指出其他直接結合夥伴、複合體成員或僅具功能關聯的分子。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TREX2 是一種核酸外切酶,偏好以具有錯配的雙股 DNA 作為底物,錯配位於 DNA 的 3′ 端。資料僅指出它可能參與 DNA 修復,未明確界定其修復途徑、作用步驟或其他條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Exonuclease with a preference for double-stranded DNA with mismatched 3' termini. May play a role in DNA repair PMID 11279105 ↗ |
| 分子活性 | TREX2 可進行核酸外切切割,反應方向為由 DNA 的 3′ 端朝 5′ 端,並產生核苷 5′-磷酸。此描述提供了切割方向及產物資訊,未進一步說明其他底物或反應條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | 每個 TREX2 亞基可結合兩個 Mg²⁺,其中第二個鎂離子僅與一個殘基互動。以 Mn²⁺取代 Mg²⁺時,酵素仍有部分活性;資料未提供活性變化的數值或更詳細機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Binds 2 Mg(2+) per subunit. The second magnesium ion interacts with only one residue. Substitution with Mn(2+) results in partial activity. |
| 交互作用 | Homodimer | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TREX2 的細胞內定位標示為細胞核。這筆資料未描述定位的實驗條件、異構型差異,或定位是否會隨細胞狀態改變。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GGCGACAGGTGCCCAGAAGCCCAGGAAGCCGGTCAGTGCC40CGCCCCAGTCCTCAGGGTTTGTGCCTCTCGCTCGGACAGT80TTGAGGACTTGCTATCCCCGTGGGAACATCACCATGTCCG120AGGCACCCCGGGCCGAGACCTTTGTCTTCCTGGACCTGGA160AGCCACTGGGCTCCCCAGTGTGGAGCCCGAGATTGCCGAG200CTGTCCCTCTTTGCTGTCCACCGCTCCTCCCTGGAGAACC240CGGAGCACGACGAGTCTGGTGCCCTAGTATTGCCCCGGGT280CCTGGACAAGCTCACGCTGTGCATGTGCCCGGAGCGCCCC320TTCACTGCCAAGGCCAGCGAGATCACCGGCCTGAGCAGTG360AGGGCCTGGCGCGATGCCGGAAGGCTGGCTTTGATGGCGC400CGTGGTGCGGACGCTGCAGGCCTTCCTGAGCCGCCAGGCA440GGGCCCATCTGCCTTGTGGCCCACAATGGCTTTGATTATG480ATTTCCCCCTGCTGTGTGCCGAGCTGCGGCGCCTGGGTGC520CCGCCTGCCCCGGGACACTGTCTGCCTGGACACGCTGCCG560GCCCTGCGGGGCCTGGACCGCGCCCACAGCCACGGCACCC600GGGCCCGGGGCCGCCAGGGTTACAGCCTCGGCAGCCTCTT640CCACCGCTACTTCCGGGCAGAGCCAAGCGCAGCCCACTCA680GCCGAGGGCGACGTGCACACCCTGCTCCTGATCTTCCTGC720ACCGCGCCGCAGAGCTGCTCGCCTGGGCCGATGAGCAGGC760CCGTGGGTGGGCCCACATCGAGCCCATGTACTTGCCGCCT800GATGACCCCAGCCTGGAGGCCTGAGCACCAGGGCCACCTC840CTGTGCCATGGACAGTGCCAGCCTCCACCGTTCAGCTGGC880CTCTACCACCCCCGGCTCCTCCTATCTGGGCAGCCTCAGG920TCCGTGCACCTGCCAGGCCTTCCCTGGCTGCCTGACCAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。