基因總覽
TRDJ4 的正式名稱為 T cell receptor delta joining 4，屬於 T cell receptor gene。它位於 T cell receptor alpha／delta 基因座；此基因座包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）片段，而 delta 位點另有 D（diversity）片段。delta 位點嵌在 alpha 位點內，位於 alpha 的 V 與 J 片段之間。TRDJ4 是其中的 J 片段之一，基因座的胚系排列為後續 T cell receptor 基因重組提供片段組成。來源說明的是 alpha／delta 基因座的組織與重組特性，未提供 TRDJ4 單獨的蛋白質產物描述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390474 ★ | 22,455,249–22,455,296 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor 可辨識外來抗原；這些抗原先被處理成小胜肽，並與主要組織相容性複合體（major histocompatibility complex，MHC）分子結合，呈現在抗原呈現細胞（antigen presenting cell，APC）表面。受體由兩條鏈構成，可以是 alpha 與 beta，或 delta 與 gamma。TRDJ4 所屬的 delta 位點提供 J 片段，參與形成 delta 鏈的重組基因序列。
T 細胞發育期間，delta 鏈的基因序列先經 DNA 層級重組，將一個 D 片段接到 J 片段，再把 V 片段接至 D-J 基因。與此不同，alpha 鏈由單一 V 片段與 J 片段重組形成；兩種鏈的 C 片段之後都透過 RNA 層級的剪接接入。來源描述 T cell receptor 位點的重組順序：delta、gamma、beta、alpha。若 delta 與 gamma 重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma；若未能如此，則繼續重組 beta 與 alpha 位點。
抗原辨識範圍的多樣性，部分來自多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合；另一部分則來自接合處多樣性。末端去氧核糖核苷酸轉移酶（terminal deoxynucleotidyltransferase）可隨機加入核苷酸，進一步增加接合處的變化。五個 V 片段可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號描述。上述資訊說明 T cell receptor 鏈的多樣性如何由片段重組與接合處變化形成；來源未進一步描述 TRDJ4 單一片段的特定抗原辨識結果。
Promoter 與基因調控
>TRDJ4 ENST00000390474 GRCh38 chr14:22454249-22455349 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAGTGCAATTACATTCCCCACGCTTCTAGTAAAATGTATCTTCTCTGAGTTTAGCCCTAATAAACATTCT AATAATTACATCGAGTCTCTCTAGTTCACAGATGCTGTATCTAATCTTATAACCTATAATACGGAAGATG TTATCCTCACTTCGTAGAGAAACCAGATAAAGCTCAGTGAGTTTAAGGAACTTGGCCAAGATTACACACT TGGAAAGGGACAGAGTCAAAACTAGGTTTTGGATCTTCTGACATCCTTCTACTTTACAACGACTAGGAAC CACCCTTCATGTTAGTGATTCTCCAACTATCATCTACAGTCTTTTAAGGATTGTAAACTGATCCGAAAAA TCCATATTCCCTCCTTGGTTTTTATGAGTGACATACAGGCAATCTCATAGATTCTGATGTTCACGTATAA CAGAAATTAATTTAACTGTCACTTCTAAGTGTGAGAGTGTCATTGAAGCTTGCTAAAATTTGATATGCAT GAATGTGTTATTAAAATGGATGGAAAAACTTAATTCTATTTTGTACTAAGCAGTTTGGCTGCTGCACAAT ACTTGGCAATGATGCAAAACTCTCAGATATGAAATAAATTTCCCCTAAAAGGTTGGAATGCATGGTATAT ATAACCTGCTAGGTCCCTGCCTCACCTAAGTGTAGCCCGAAGGTGGAGAACCACTGCTCTATGACCAACG TTCCACCCTTCTTTCCTCTTGATCAAACCAAAAAACATCTTTCCAGTCTATATTCATTCTCTCTTATTTG AGCACAAATTCTGTCAGATTGTAATATGGGCAAAAGCTTGGATTTCTATTTGATGCTAGAGTCACCTCTT GTTCCATCCTGAAGGACAACCTCTAAGACGGAGGAGAAGAGGCTAGGCCAGATGGGACAGAAAATCACAT GGGATGAATATCATGTGACTTGGCAACTGGGGCTAGGGTTGCCGTAAAGGGAAAAGCAAGGTAGTTTTTG GATTAGGTATGTCAGCTGTGCCAGACCCCTGATCTTTGGCAAAGGAACCTATCTGGAGGTACAACAACGT AAGTAACCTACTTTTCCTTCTTATGACCACTATGTTTGGCAATTACATTTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
· motif · 22452546–22452560 · motif
· motif · 22458902–22458913 · motif
基因座與轉錄註解
TRDJ4 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390474 ★ | TR_J_gene | 48 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 可辨識經處理成小胜肽、並與 MHC 分子結合而呈現在 APC 表面的外來抗原；受體由 alpha／beta 或 delta／gamma 鏈組成。T 細胞發育時，位點依 delta、gamma、beta、alpha 順序重組；若 delta 與 gamma 均形成具功能的鏈，細胞表現這兩條鏈，否則繼續重組 beta 與 alpha。alpha／delta 基因座含 V、J、C 片段，delta 位點另含 D 片段，且位於 alpha 位點內的 V 與 J 片段之間。delta 鏈先由 D-J、再由 V 與 D-J 重組形成，C 片段則經 RNA 剪接接入；多種片段組合及末端去氧核糖核苷酸轉移酶隨機加入核苷酸，增加抗原辨識多樣性。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
CCAGACCCCTGATCTTTGGCAAAGGAACCTATCTGGAGGT40ACAACAAC48cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。