基因總覽
TRDJ2 的正式名稱為 T cell receptor delta joining 2，屬於 T cell receptor gene。它位於 T cell receptor delta 基因座；該基因座嵌在 T cell receptor alpha 基因座內，介於 alpha 的 V 與 J 片段之間。delta 基因座包含 V（variable）、D（diversity）、J（joining）與 C（constant）片段。TRDJ2 所屬的 J 片段組織，參與構成 T cell receptor delta 鏈基因重組所需的基因座安排。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390475 ★ | 22,456,689–22,456,742 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
T cell receptor delta 基因座在 T 細胞發育期間經基因重組形成 delta 鏈。重組先將 D 片段接到 J 片段，再由 V 片段接合至 D-J 基因；TRDJ2 所屬的 J 片段因此是這項 DNA 層級重組安排的一部分。之後，C 片段會在 RNA 層級透過剪接接合。來源描述的是 delta 基因座的整體重組方式，未提供 TRDJ2 單一片段的獨立功能細節。
T cell receptor 可由 alpha 與 beta 鏈，或 delta 與 gamma 鏈組成二聚體，辨識已加工成小胜肽並結合於抗原呈現細胞表面主要組織相容性複合體（MHC）分子的外來抗原。單一細胞中的 T cell receptor 基因座依 delta、gamma、beta、alpha 的順序進行重組與表現；若 delta 與 gamma 的重組都產生功能性鏈，細胞便表現 delta 與 gamma，否則會繼續重組 beta 與 alpha 基因座。
多種 V 片段與數個 J 片段的不同組合，可擴大抗原辨識範圍；末端脫氧核苷酸轉移酶隨機增加核苷酸，則可帶來接合處多樣性。來源亦指出，五個可變片段可用於 alpha 或 delta 鏈，並以 TRAV/DV 符號描述。這些敘述說明 T cell receptor 基因座重組如何形成多樣性，但未限定 TRDJ2 本身所帶來的特定辨識能力。
Promoter 與基因調控
>TRDJ2 ENST00000390475 GRCh38 chr14:22455689-22456789 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCATTAACTGACAATGCATTAGCTGACAAACTCTGTGACTTAACTGCACTGAACTATAGTTTCCCTATAG TTAGATGAAGGATTTCCAAGCTGTCTTCCAGCCCTTGCCCACTATGATCCTGATTATCCCCAGACCAATT CTTATGAACAATTGGGAGGAAAAGCAAGGAAGCCCAATGGTGTGACTGTCCTATTACCCAGTAGGAATTC TGTGATTTAATGGAAAAAAAAAAAAAGGCACTGGAAAGGGAGTGAAAACTCTCCCTATGCATCCCTTAAT TAGCCCTTGTGTGATCACAGAGGTTTGGAAAAATGATGCCTTGAGGCTCCTTTCAGTCCTACCATCTATT ACTCTGGTTCAGGGGCTGGAAACTGGAAATTGAGTGAAGCCCAACTCAGCCACTCACTTAACCACCTTTA CAGTGCCTTTGTCTGTGAGATGGATCTAAAAATATCACCTCATAGAGTTTATTTCAATAACTTTGTTGAA GTAGTATAAACACCAGCTGTTTAAGTAGGAAAGTATTTATACAAATCATAGTCATCTGTGATTATTATAG TCCTTTGGATAGACCCCAAGTCTTTTGCATCAATGGCTCTTGCTCCAACCATTGTGTCCTTCCACCTCTC GCTGAGGCACAGTCCTGTTGTGATTGATTTAGTTGAGGCTTGTTGTTACGTTTCTGCCTACAACGGCCAT TTGGCAATTCTCAGCAAAATATGTGAAAATGTTATCCTGAAGCAAGATCTGGGAGTAAGAGATGGCAGGT TGAGGAGATAATAGCAGAAAATCTAAGGACTTGCCTAAGTGTCAAAACTCAGAAGATAGCAGACATCAAA AAAGCTGCCAAAATATAATGCTCAGATCTCAGAAACCCTTGCAAAGCTCTGTCTCCAGCTACACCCATTC TGCTCCACCCACCCACTTCCAAACAGATGAATTAGACTGACAGGGAGCAAATAGGTAGCAAGGTTTTTCG TAATGATGCCTGTGGTAGTGCTTTGACAGCACAACTCTTCTTTGGAAAGGGAACACAACTCATCGTGGAA CCAGGTAAGTTATGCATTTTACTACAGCTCAGTGTGTATATTTCTTTAGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_B6GCJ · enhancer · 22460445–22461064 · regulatory
· motif · 22452546–22452560 · motif
· motif · 22458902–22458913 · motif
· motif · 22460659–22460667 · motif
基因座與轉錄註解
TRDJ2 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390475 ★ | TR_J_gene | 54 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptor 可由 alpha-beta 或 delta-gamma 鏈組成，辨識與 MHC 結合的小胜肽；基因座依序重組。delta 基因座嵌於 alpha 基因座內，含 V、D、J、C 片段，發育時先接合 D-J 再接 V，C 則經 RNA 剪接加入。V/J 組合及末端脫氧核苷酸轉移酶增加的接合處多樣性擴展抗原辨識範圍。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
CTTTGACAGCACAACTCTTCTTTGGAAAGGGAACACAACT40CATCGTGGAACCAG54cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。