基因總覽
TRDD1（T cell receptor delta diversity 1）屬於 T cell receptor gene，位於 T cell receptor delta locus。T cell receptor delta locus 是 T cell receptor alpha 與 delta loci 的一部分，並位於 alpha locus 內、介於 alpha V 與 J segments 之間。與 alpha locus 相同，delta locus 包含 V（variable）、J（joining）與 C（constant）segments；此外也含有 D（diversity）segments。TRDD1 的名稱指出其與 delta locus 的 diversity segment 類別相關。這些基因片段構成 T cell receptor 基因座的生殖系排列，於 T 細胞發育時經重組形成受體鏈所需的基因組合。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000415118 ★ | 22,438,547–22,438,554 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TRDD1 所屬的 delta locus 參與 T cell receptor delta chain 的形成。T cell receptors 是由 alpha 與 beta chains，或 delta 與 gamma chains 組成的二聚體，可辨識經處理成小胜肽、並結合於 antigen-presenting cells（APCs）表面 major histocompatibility complex（MHC）分子的外來抗原。T cell 發育期間，delta、gamma、beta、alpha loci 依序進行重排與表現；若 delta 與 gamma 的重排都產生功能性 chains，細胞便表現 delta 與 gamma，否則會繼續重排 beta 與 alpha loci。
delta chain 的基因組成形涉及 DNA 層級的片段重組：先將 D segment 與 J segment 接合，再把 V segment 接到 D-J gene。其後，C segment 透過 RNA 層級的剪接接合。這種重排方式使不同 V segments 能與多個 J segments 組合，形成多樣的抗原辨識範圍；接合處還可因 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸而增加 junctional diversity。
五個 variable segments 可用於 alpha 或 delta chains，並以 TRAV/DV symbols 表示。來源亦指出，alpha locus 中有些 V 與 J segments 已知無法編碼蛋白質，因而被視為 pseudogenes；此描述是針對 alpha locus 的片段，不能據此推定 TRDD1 本身具有相同性質。
Promoter 與基因調控
>TRDD1 ENST00000415118 GRCh38 chr14:22437547-22438647 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTTGGCAGGGAGGGTCACAGGTGAGCATTGTATTTTAATAGCAATAATAGCCATAAGCTAAACACTGCAG CAACCACAGCAGATATACAAATGGTATATATACAAATATACAATTATATTTGTATAAATATATATAAACA TATAATAAAGTAAGCTCCTATTTTCTTAATTAGAAGATTCAAAGTTAAGAATTTTGTCCAACTTGAATAT ATGAAACTTTAGGGTTATAGAGAAATTAGCCAATTCTACTTTAGATGTTTTAATGTATTAATACAGTTAA ACACACATATTTTAAAATTACATATTATATAAAATAATATATCAATTTTGAATACTGCTATTTCCTTTTA ATAATTCATAAAATAACTTTAAATTCTTCACAGGCATTTCAAATCAATGTATTTGTTGCCACTAGAGCCA CTTTTTTATCCTCAAATATTTTTCCAGAGTATATGAAACTCACTTTGCTAAATTGAAAATTAAGAGGCAC ATTAGATTTAGAAACATAATTTTAAATTGTTTCAATGATGGCACATTATTAATACCTACTTTGAGACACA ATACATACTCACATAATATTAGAATCATTGTTTTGCCATTTATCCTGTAAGTGAATATTCATGATCTCCA CAACAAAACATTTACTTTGATAGATTTGTTTAAACAATATCAAACACTTGCAGTCTTGAAGGCACTGGAA GACCCAAAAAATAGTTACTACGTTTCTGTTAAACTACTTAGTCATCTTTTTAACTAATTCTATCAGCTGA CTGCCATAAGCATCCATGAGCTAGCATTGATTGAGATCATTCCAATGTGTCCTCACTAAACTGTACTTAA CTGTTCAAAGCCAAATAATTAAGTGAAAGTATGGTAATACTGTTTTTCATAATTATTGTAAGGAATCAAA TATAAGGGATTTCTTCTTCTCTGAGGATCATGAACCTTACTCCATGTTCAAATAGATATAGTATTTTTTC ACAGTAAATTCCCCAAAGTGGAAATAGTCACTCAAACGAATACTTTTACTCTTTTGACATTAACCAAATG GCTTCCAATAAAAATCAAACAATTTATATTTTTACCAACATCTTGCCCACA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR14_73BLNJ · enhancer · 22434157–22434279 · regulatory
ENSR14_579GQ6 · CTCF_binding_site · 22434221–22434242 · regulatory
ENSR14_8MRTZ · enhancer · 22436219–22436457 · regulatory
· motif · 22433552–22433563 · motif
· motif · 22434223–22434239 · motif
· motif · 22435416–22435430 · motif
· motif · 22442618–22442632 · motif
基因座與轉錄註解
TRDD1 依 HGNC／Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000415118 ★ | TR_D_gene | 8 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | T cell receptors 由 alpha 與 beta chains，或 delta 與 gamma chains 組成，可辨識結合在 antigen-presenting cells 表面 MHC 分子上的抗原小胜肽。T 細胞發育時，相關 loci 依 delta、gamma、beta、alpha 順序重排；若 delta 與 gamma 均形成具功能的 chains，細胞表現這兩者，否則接續重排 beta 與 alpha。delta locus 位於 alpha locus 內，含 V、D、J、C segments；delta chain 經 D-J、再接 V 的 DNA 重組形成，C segment 則經 RNA 剪接接合。多種 V/J 組合及 terminal deoxynucleotidyltransferase 隨機加入核苷酸所造成的 junctional diversity，拓展抗原辨識範圍。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源T cell receptors recognize foreign antigens which have been processed as small peptides and bound to major histocompatibility complex (MHC) molecules at the surface of antigen presenting cells (APC). Each T cell receptor is a dimer consisting of one alpha and one beta chain or one delta and one gamma chain. In a single cell, the T cell receptor loci are rearranged and expressed in the order delta, gamma, beta, and alpha. If both delta and gamma rearrangements produce functional chains, the cell expresses delta and gamma. If not, the cell proceeds to rearrange the beta and alpha loci. This region represents the germline organization of the T cell receptor alpha and delta loci. Both the alpha and delta loci include V (variable), J (joining), and C (constant) segments and the delta locus also includes diversity (D) segments. The delta locus is situated within the alpha locus, between the alpha V and J segments. During T cell development, the delta chain is synthesized by a recombination event at the DNA level joining a D segment with a J segment; a V segment is then joined to the D-J gene. The alpha chain is synthesized by recombination joining a single V segment with a J segment. For both chains, the C segment is later joined by splicing at the RNA level. Recombination of many different V segments with several J segments provides a wide range of antigen recognition. Additional diversity is attained by junctional diversity, resulting from the random additional of nucleotides by terminal deoxynucleotidyltransferase. Five variable segments can be used in either alpha or delta chains and are described by TRAV/DV symbols. Several V and J segments of the alpha locus are known to be incapable of encoding a protein and are considered pseudogenes. |
DNA 與 RNA 序列
GAAATAGT8cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。