基因總覽
TRBV6-7 的正式名稱為 T cell receptor beta variable 6-7 (non-functional),屬於 T cell receptor gene。名稱中的「non-functional」指出此基因被分類為非功能性位點;現有資料未提供其 RNA 或蛋白質產物的結構與性質,因此不宜據此推定它會產生具功能的受體成分。資料庫摘要僅提供預測性註記,將其與 T 細胞受體複合體及細胞表面受體訊號傳遞相關聯,並預測其活性位置在細胞膜。這些內容屬於功能預測,不能視為已確認的作用或定位。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000390373 ★ | 142,487,863–142,488,295 | 2 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有資料對 TRBV6-7 的功能描述屬於預測性註記:它可能參與細胞表面受體訊號傳遞路徑。這表示資料庫將此基因與細胞表面受體相關的訊號活動建立可能關聯,但摘要沒有交代訊號如何產生或傳遞,也未列出可據以確認此作用的實驗證據,因此不能將參與該路徑寫成已證實的功能。
資料庫亦預測 TRBV6-7 可能是 T 細胞受體複合體的一部分。此項描述指出它與該複合體存在預測上的關聯,但沒有說明它是否形成複合體中的功能性成分、如何參與組裝,或在複合體中扮演何種角色。基因名稱標示為非功能性,因而也不應將這項預測延伸解讀為已確認的受體功能。
在位置方面,資料庫預測 TRBV6-7 可能在細胞膜具有活性。這是對活性位置的推測,並非已確認的細胞定位結果;現有摘要也未提供定位如何影響訊號傳遞或受體複合體的細節。上述功能、複合體關聯與位置均來自同一項預測摘要,資料不足以進一步描述其機制或生物學後果。
Promoter 與基因調控
>TRBV6-7 ENST00000390373 GRCh38 chr7:142486863-142487963 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAGGGACCTGGGGGCAGGGTGTTGGCTGGGTCTAGGAGAAGATGATGAGCTCAGAAAATAGACAAGGAG AAACCCCAGGGGAAAGCTTGTAAAATCCTGGAGGAATCACAAGATATATTATTTGAGCTCCTTTTTATTT ATTACTAAATTAATGGCAGGAATCCCATATAAAGGGATATTCCTTATGAAACATGACATCTAAAGTACAA ACAGAGGATTCTTCCTTACCCTAAATCCTGCCCTCTCTCCCTGAGTCTCTTACGCATCAGGCCACCTTTG TGCCCATAAGTCATGGGCAACGCAGTGTGGTCACCTTCATCCACACCTAGAGGACAGTCAGCAAAGTGAG GTGGTTCTGCCTGCTGCGGTCTCACCCCAGACATGGAAAGCAAGAGCCCTGGGTGGAGCTGAAGGTGCTC AGCTGGGTTTATCAGGAGTCTCATCTGTCAGTGGATTGACAAGAAACAGAGCAAAACGACTCCTCCAATG TTGATGAGCCTGCCCCTGGGTTTTGGAAACCTGATAACAGAGAAAACCAATATAGACAAAGGATTTTAAA CAGGATTATGGTCAATTAAGCAAATTAGAAAAAGATACTTGAAAGAATATTTGGGACACAGGAGTCAAAA ACACCAGGAAGACATGAGGAGTGTCCCTAAGACTCTAGACTACAGCACTGTGTAGACAACTAACACCAGA ATATTATTATATTATCGAAGTAATAAAATTTACAGTGAATTACAAACTGTTTCCAAAAGGTCATGAAAAT CTTGTAGACTTGTTTCAATTCAGACAAATGTGTTCTTCTCATTCTCAGCTGTTCACTGGTGCATTTATCT TGAATTTGACCATCTGGGGAATGGGCGTGGCCTCTCCTGACAGGAAGGCTCTGGGGGCCAGGCAGGGAGA ATGATGTCTCAGAATGACTCCCTTGAGAGTCCAGTTCCCCTTTCATCAATGCACAGACCCAGAAGACCCC TCCGTCCTGCAGCCCCTGCCATGAGCCTCGGGCTCCTGTGCTGTGTGGCCTTTTCTCTCCTGTGGGCAGG TGGGTCCTGGGCAGGGCCCCTTGTGTGGATATCAAGGCCCAGCCCCTTTCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_B339GW · enhancer · 142482932–142483636 · regulatory
ENSR7_538HTBR · CTCF_binding_site · 142483484–142483505 · regulatory
ENSR7_538HTC2 · CTCF_binding_site · 142483527–142483548 · regulatory
ENSR7_6LQFPD · CTCF_binding_site · 142484118–142484158 · regulatory
ENSR7_8674Z3 · enhancer · 142485710–142485908 · regulatory
ENSR7_538HTPH · CTCF_binding_site · 142485793–142485814 · regulatory
ENSR7_86752X · enhancer · 142488931–142489125 · regulatory
· motif · 142483486–142483502 · motif
· motif · 142483529–142483545 · motif
· motif · 142484120–142484136 · motif
· motif · 142484139–142484155 · motif
· motif · 142485795–142485811 · motif
· motif · 142487804–142487817 · motif
基因座與轉錄註解
TRBV6-7 依 HGNC/Ensembl 分類為 T cell receptor gene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000390373 ★ | TR_V_gene | 344 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TRBV6-7 被預測可能參與細胞表面受體訊號傳遞路徑,也可能是 T 細胞受體複合體的一部分;資料另預測其活性位置在細胞膜。這些均為預測性描述,並非已確認的功能或定位。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in cell surface receptor signaling pathway. Predicted to be part of T cell receptor complex. Predicted to be active in plasma membrane. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
ATGAGCCTCGGGCTCCTGTGCTGTGTGGCCTTTTCTCTCC40TGTGGGCAGGTCCAATGAATGCTGGTGTCACTCAGACCCC80AAAATTCCACGTCCTGAAGACAGGACAGAGCATGACTCTG120CTGTGTGCCCAGGATATGAACCATGAATACATGTATCGGT160ATCGACAAGACCCAGGCAAGGGGCTGAGGCTGATTTACTA200CTCAGTTGCTGCTGCTCTCACTGACAAAGGAGAAGTTCCC240AATGGCTACAATGTCTCCAGATCAAACACAGAGGATTTCC280CCCTCAAGCTGGAGTCAGCTGCTCCCTCTCAGACTTCTGT320TTACTTCTGTGCCAGCAGTTACTC344cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。